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    在Ubuntu下安装单细胞3大R包

    查看Ubuntu系统以及R版本 cat /etc/issue 通常来说,很多R包的安装对R版本是有要求的,比如BiocManager需要 R (≥ 3.5.0),但是并不需要最新版R语言。...会删除软件包而保留软件的配置文件r # apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件 #然后更新Ubuntu源文件 ## 这里,不同Ubuntu系统有点不一样: cat /etc/issue...install -y r-base r-base-core r-base-dev 使用sudo安装一些必备包 这里只是举例,我比较常用的包,安装非常耗时,一般来说小半天就过去了。...安装我们的主角-3大R包 从代码的角度来看,很简单: options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn...web/packages/Seurat/index.html http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html R包安装失败通常是

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    如何在Ubuntu 18.04上使用devtools安装R包

    在本教程中,我们将讨论如何安装devtools并使用它直接从GitHub安装R包。...第3步 - 从GitHub安装R包 在这一步中,我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本,这是一个R的Web应用程序框架。...使用以下命令安装: devtools::install_github('rstudio/shiny') 当我们在输出结尾附近看到以下行并返回到R提示时,安装已成功完成: . . . ** testing...cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION 结论 在本教程中,我们直接从GitHub安装了最新的Shiny软件包,并学习了如何从CRAN重新安装其稳定版本...更多Ubuntu教程请前往腾讯云+社区学习更多知识。 参考文献:《How to Install R Packages using devtools on Ubuntu 18.04》

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    「R」安装和使用 R 包

    问题 你想安装和使用一个 R 包。...这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包,如下所示: install.packages("reshape2") # reshap2为包名 在一个新 R 线程中使用该包之前,你必须先导入它。...library(reshape2) 如果你在一个脚本中使用该包,将这一行输入脚本中。...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本,使用以下命令: update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ,管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包,由于普通用户没有更改权限...R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表 通过命令行安装

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    R包的安装

    2、作用:实现特定的功能,你需要什么功能,安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机,需要使用微信与人聊天,你就按照微信APP,需要上腾讯视频看电视剧,你就安装腾讯视频APP。...3、在哪可以找R包: (1)官方网站CRAN网站下载,使用“install.packages()”函数来安装 (2)Bioconductor网站下载,主要是生物生信相关的...R包,使用 “BiocManager::install()来安装 (3)github网站,是R包作者写的,没有经过审核,使用”devtools::install_github...几乎不使用,使用时需要写明R包的作者,就是指明选择谁写的R包。...说人话,智能手机安装的腾讯视频,只要你不卸载,就一直在你的手机里,需要看电视剧是打开APP,看完电视了你退出APP,再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。

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    R语言 | R包安装及向量

    关于R和RStudio安装在这里就不再介绍了,网上有很多相关内容,如果安装过程有困难可以后台私信我。 PS.本次内容为R包安装及初识向量。 ? PART2 R包安装 问:什么是R包?...(对于刚接触R的同学来说可能看起来比较抽象,但是没关系,我们会在后续的学习中慢慢了解R包的概念) 1.R包安装:第一次安装一个包,使用命令install.packages()即可。...#示例:安装ggplot2包 install.packages('ggplot2') install.packages("ggplot2") 值得注意的一点是,包的名称需要放在单引号''或者双引号""...中 2.R包载入:安装完成后,想要调用这个包中的命令、数据等信息,就需要先载入这个包,需要用到的命令为library()。...2.向量元素提取:通过在方括号[ ]中给定元素所处位置的数值,我们可以访问向量中的元素。 例1:通过data1[2],将data1中处在第二位的元素返回出来。

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    R包来源及安装指定版本R包方法

    说实话,自从之前好好学习了一下入门的R以后,一直没有用过R,很多东西都忘了,还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....Github 部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上,便可通过其Github进行安装,通过devtools::install_github("用户名/pkg_name")安装。...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时,就需要考虑安装某个特定版本的R包了,这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。...CMD INSTALL limma_1.8.10.tar.gz 但其实,在实际操作时我发现能不能装上还得看是什么R包以及你的网络情况。

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    R问题|如何本地安装R包

    简介 平常在各种R语言群里,总会遇到关于安装R包的问题,例如:搭载在github上的R包,由于网速(外网)原因而无法下载该怎么办?...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包,通过本地安装。 网上好多解决方案都是基于R gui的,但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例: 教程 使用bing搜索该包,找到相应网站[1]。 关键词:R包名称+R,或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧:R包名称+R 找到Downloads板块,下载对应的压缩包 这里以mac为例 ?...这个方法对一些有很多依赖包的包可能会很头疼,就怕安装完成,他还说你有其他包没安装,那你只能“将错就错”了!

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    在Ubuntu安装nginx

    安装Nginx apt-get install nginx (要最新版本下载下来编译吧) 装完应该能正常运行了。如果之前有装APACHE要改下端口。。。...php-cgi 改php-cgi的配置 Ubuntu下是/etc/php5/cgi/php.ini 之前有安装过php的话会复制apache的配置文件 打开cgi.fix_pathinfo选项: cgi.fix_pathinfo...=1; 改Nginx的fastcgi传递参数 Ubuntu下是/etc/nginx/fastcgi_params 默认应该已经设置好了,内容差不多就下面那样: fastcgi_param QUERY_STRING...if PHP was built with –enable-force-cgi-redirect fastcgi_param REDIRECT_STATUS 200; 创建VHost配置(这里只说Ubuntu...下的,也就路径和包含文件目录的区别了) 在/etc/nginx/sites-available/下创建服务器配置文件比如myserver ln -n /etc/nginx/sites-available

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    【Bug解决】Ubuntu安装pip3:无法定位软件包问题

    问题情景 在虚拟机上,我安装了Ubuntu18.04版本,系统默认自带了python3.6.5,然而没安装pip工具。...使用下面的语句进行安装 sudo apt install python3-pip 结果报错:无法定位软件包问题 问题原因和解决 这是因为之前我对apt进行了换源,更换了清华源,然而,目前这个源似乎在Ubuntu18.04...无法使用,于是换成阿里源 使用gedit打开源文件 sudo gedit /etc/apt/sources.list 将文件里面的内容全部替换为 deb http://mirrors.aliyun.com...universe deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu bionic-backports main multiverse restricted universe 然后更新软件包...sudo apt-get update 现在再次输入安装命令,即可成功安装。

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    求解答:为什么在r-stdio,cran安装R包总出错?

    R包安装方法有: 1. 自动安装(在线安装) 在R的控制台,输入install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra 若要指定安装目录 (e.g....“mydir”),则输入install.packages("stepNorm", contriburl="R包网页路径", lib="R包安装目录") 这种方法可能会出现安装错误,那么可以用 方法2 2...手动安装(离线安装) Windows:下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” ---- 在Rstudio...中也会经常遇到R包安装错误的提示。.../3.6/ R包列表页 ctri+F 查找你需要下载的包 5、R-studio手动安装本地包 相信接下来你也知道怎么做啦 【拓展阅读】 1.通过Github仓库名和包名安装 不是所有的R包都提交上传到

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