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使用Conda对软件进行安装

[1]  因为包含了大量的科学包,Anaconda 的下载文件比较大(约 531 MB),如果只需要某些包,或者需要节省带宽或存储空间,也可以使用Miniconda这个较小的发行版(仅包含conda和...Conda安装 下载安装包 官网下载:https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.htmlhttps://conda.io/miniconda.html 安装...Conda管理包 常用Conda命令 1234567891011121314151617181920 # 安装命令conda install package_name# 安装numpy,输入conda...install numpy# 安装 matplotlibconda install matplotlib# 查看已安装的包conda list# 搜索安装包conda search search_term...# 更新包conda update package_name# 更新环境中的所有包conda update --all Conda创建环境 123456789 # 基于 python3.6 创建一个名为

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    离线环境下使用Conda安装软件

    之前,小编教过大家使用Conda轻松安装生信工具,但有时候公共服务器由于安全原因是不能连接外网的,无法使用Conda在线安装软件,今天小编就教大家在离线环境下使用Conda安装软件。...由于服务器是公共的,所以我们在安装Conda时要注意不要将Conda添加至环境变量,以免引起服务器中某些工具无法使用。...出现上面界面时,可以自定义Conda的安装路径,如不输入则默认安装在home目录下。 ? 出现上面界面时,输入"no",完成安装。 进入Conda安装目录,激活Conda环境。.../activate 之后我们可以在bioconda上搜索我们想安装的软件,如"rmats"。 ? 选择需要的版本下载。 ? 下载好后将文件传至服务器,输入下面的命令离线安装。...## 离线环境安装软件 conda install --offline -f rmats-4.0.2-py27hd8e4039_4.tar.bz2 执行完后软件就安装好啦!

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    Linux软件安装 01 Conda的安装与使用

    CondaANACONDA所有语言的包、依赖和环境管理器Anaconda Navigator为什么要使用Conda?...list/conda info --env列出已经存在的小环境1.4.3 小环境的修改与删除1.4.4 使用conda安装软件1.4.4.1 需要安装哪些软件?...1.4.4.2 哪些软件可以使用conda来安装?在安装之前确保小环境被激活conda可以一次安装多个软件,但是容易遇到报错1.4.4.3 如何指定安装的软件的版本?...1.4.4.5 查看conda环境中已经安装的软件conda list图片1.4.4.6 删除软件conda remove fastqc删除特定环境下的特定软件conda remove -n rna fastqc...添加-y参数可以跳过确认执行的步骤了解内容:用mamba让软件安装更加顺滑安装mamba:conda install mambamamba的使用:除启动环境外,所有conda的命令都可以用mamba来代替

    20910

    Day3-小王-linux使用conda进行软件安装与环境配置

    利用conda进行linux软件安装和环境配置下载与安装conda下载:搜索miniconda的镜像网站,复制下载链接进入linux,来到目标安装目录,下载文件wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../anaconda/miniconda/Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh安装与激活bash Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86...\_64.sh按q,跳过 source ~/.bashrc激活condaconda如果出现一大段,说明激活成功镜像:因为国内下载国外网站的文件比较慢,需要使用镜像,代码如下conda config --...config --set show_channel_urls yes这是conda进行配置添加、显示下载channel的指令使用conda观察软件列表conda list通过这个指令能看到所有已经下载的软件关于环境...-n是--name的意思,python代表软件是基于python开发,其他的不用管conda activate rna-seq激活这个环境再查看的时候发现这个环境前面带上了*号,同时前面括号里面的也变成了新激活的环境

    26910

    软件许可证问题:软件许可证过期或无效,导致无法使用

    检查当前许可证状态首先,确认当前软件许可证的状态。1.1 查看许可证信息使用软件自带的命令或界面查看许可证信息。...安装新的许可证将新的许可证文件安装到软件指定的位置。3.1 复制许可证文件将下载的许可证文件复制到指定位置。...sudo cp /path/to/new_license_file /path/to/software/license_directory3.2 重新加载许可证使用软件自带的命令或界面重新加载许可证。...4.1 查看许可证信息再次使用软件自带的命令或界面查看许可证信息。 --license5. 检查网络连接确保网络连接正常,以便软件能够验证许可证。...重新启动软件在安装新的许可证后,重新启动软件以应用更改。9.1 重新启动软件sudo systemctl restart 10.

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    使用conda安装复杂软件不妨给它独立的环境(以rmats为例)

    首先在自己的服务器上面安装conda,安装方法代码如下: # 首先下载文件,20M/S的话需要几秒钟即可 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3...安装成功后需要更新系统环境变量文件 source ~/.bashrc 安装好conda后需要设置镜像。...使用conda新建rmats环境 记住,是新建rmats环境 ,然后在rmats环境 里面去安装rmats软件哦,代码如下: conda create -n rmats conda activate...install -c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件,我们的conda需要做的工作 : The following NEW packages will...anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1010 安装成功后,就查看自己的软件: $ STAR --version 2.7.8a

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    Linux 介绍与工具使用(四:conda以外安装软件的方法)

    3)安装 make install,直接安装到相应目录就好啦。 软件安装方式 1)二进制文件安装 前言 当然我们也可以不用conda来安装软件。...常用工具 工具 说明 install 其后加上软件包名,用于安装一个软件包 update 从软件源镜像服务器上下载/更新用于更新本地软件源的软件包列表 upgrade 升级本地可更新的全部软件包,但存在依赖问题时将不会升级...,通常会在更新之前执行一次update dist-upgrade 解决依赖关系并升级(存在一定危险性) remove 移除已安装的软件包,包括与被移除软件包有依赖关系的软件包,但不包含软件包的配置文件...我们经常可以在网络上见到以deb形式打包的软件包,就需要使用dpkg命令来安装。 常用参数 image.png 安装相关内容 可以使用-d 选项,使apt 下载但不安装。...conda 和mamba,安装软件不用这么麻烦啦~

    60820

    有一些软件不应该是使用conda的默认安装

    自从我们运行了生物信息学奇迹产品《共享服务器》之后,遇到了大量的服务器使用场景的小白提问。...怕大家误解以为是我们服务器问题,我只好亲力亲为尽可能的辅导大家生物信息学基础知识点,比如有一些软件不应该是使用conda的默认安装,否则就会出现如下所示的问题!...如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c..."bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages...,会误以为软件是成功的,如下所示: 但是实际上如果我们真正的使用它来下载,会出现如下所示的错误提示信息: 2023-10-30T14:01:52 prefetch.2.8.0 sys: connection

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    俄罗斯开发人员或因制裁而无法使用开源软件!

    虽然乍一看这些软件的使用是免费的,但开源软件的许可证协议仍然存在,可能会有诸多限制,尤其是禁止受到制裁的国家使用原本供公众随意访问的代码。 现有的软件程序也可能得不到支持。...虽然开发人员可以随意使用正式开源的软件,但代码作者可以就使用其开发的代码制定规定,包括出于某一个原因拒绝有权使用其代码。...EBR法律代理机构的执行合伙人Alexandra Zhuravleva针对该问题表示:“许多许可证都附有制裁方面的条款;如果美国和欧盟愿意,它们可以实行制裁,禁止被制裁方使用开源软件或架构——那么俄罗斯产品将无法获得支持和更新...,也无法正式使用此类软件。”...据一俄罗斯专家声称,俄罗斯数字注册部中85%的“国产”软件以某种形式使用开源,数字注册部赋予了公共采购权。

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    俄罗斯开发人员或因制裁而无法使用开源软件!

    虽然乍一看这些软件的使用是免费的,但开源软件的许可证协议仍然存在,可能会有诸多限制,尤其是禁止受到制裁的国家使用原本供公众随意访问的代码。 现有的软件程序也可能得不到支持。...虽然开发人员可以随意使用正式开源的软件,但代码作者可以就使用其开发的代码制定规定,包括出于某一个原因拒绝有权使用其代码。...EBR法律代理机构的执行合伙人Alexandra Zhuravleva针对该问题表示:“许多许可证都附有制裁方面的条款;如果美国和欧盟愿意,它们可以实行制裁,禁止被制裁方使用开源软件或架构——那么俄罗斯产品将无法获得支持和更新...,也无法正式使用此类软件。”...据一俄罗斯专家声称,俄罗斯数字注册部中85%的“国产”软件以某种形式使用开源,数字注册部赋予了公共采购权。

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    如何解决 Mac 安装第三方软件提示“xxx.dmg 已损坏,无法打开”或“xxx 来自身份不明的开发者,无法打开”的解决方法

    猫头虎 分享已解决问题:解决 Mac 提示“xxx.dmg 已损坏,无法打开”或“xxx 来自身份不明的开发者,无法打开”的方法 问题背景 近期有不少小伙伴在安装软件时遇到了以下问题: 打开某些 .dmg...或者显示 “xxx.dmg 来自身份不明的开发者,macOS 无法验证”。 这类问题多见于下载非 dmg Store 的应用或者手动安装一些开源软件时,非常影响开发和日常使用体验。...验证下载是否完整 检查下载页面提供的校验值(如 MD5、SHA256),使用以下命令校验文件: shasum -a 256 /路径/到/下载文件 重新安装 如果校验值不匹配,重新下载后再尝试安装。...温馨提示 避免禁用系统保护:方法 3 会降低系统安全性,仅建议在可信环境下短期使用。 定期更新系统:macOS 更新通常包含安全性修复,可以减少此类问题的发生。...使用虚拟机测试:对于身份不明的软件,可以在虚拟机中测试,确保安全后再在主机运行。 总结 以上就是针对 “xxx.dmg 已损坏,无法打开” 和 “来自身份不明的开发者” 问题的解决方法。

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    Win10 使用 GHO 安装出现 UWP 软件打开闪退 应用商店无法安装软件 现象解决方法

    本文是在一个用户的设备,他的设备是通过 GHO 的方式安装的 Win10 系统,在这个系统运行很多的 UWP 软件都是闪退,在应用商店也无法进行安装 现象 在一开始发现 UWP 软件无法运行的时候,可以通过事件查看器找到可能的日志...在用户的设备可以打开应用商店和 Edge 但是无法打开之前安装的 View3D 应用和 Whitman 应用 ?...点击设置更新发现无法更新,错误码是 0x80070422 从事件查看器可以看到下面的信息 激活应用 ThumbmunkeysLtd.PhototasicCollage_nfy108tqq3p12!...点击设置更新,等待更新之后重启,可以发现 UWP 应用可以正常使用 ?...本作品采用 知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议 进行许可。

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    详解RemoveError: setuptools is a dependency of conda and cannot be removed from

    错误原因setuptools是一个Python的软件包,用于构建和安装其他Python软件包。它是许多Python项目的依赖项,包括Conda自身。...当你使用Conda创建或管理环境时,Conda会自动安装setuptools作为一个必要的依赖项。这样可以确保在使用Conda安装其他软件包时,setuptools可用于正确构建和安装它们。...因为很多其他的软件包可能依赖于setuptools,移除它可能导致环境中其他软件包的功能异常或无法正常使用。...不移除setuptools最后,考虑到setuptools的重要性和广泛使用,你可能想要避免手动移除它。相反,你可以专注于其他解决方案,例如更新setuptools或修复与其他软件包的冲突。...管理和安装依赖项:setuptools 允许你指定包的依赖项,以确保依赖的软件包也能同时安装。这样可以避免在使用你的软件包时出现依赖缺失的问题。

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    如何选择TensorFlow安装环境

    我们称之为软件依赖项(software dependency)。假设该依赖项的当 前版本号为1.0。软件A先安装1.0版的依赖项,然后再对自身进行安装,一切都进行得很顺利。...最终,软件B将用2.0版的依赖项覆盖1.0版,并完成自身的安装。经历一番艰 辛后,你才发现软件A与2.0版依赖项不兼容,因此完全被破坏,情况顿时变得很糟。...最后,依赖库在将来可能会推出修复若干严重安全漏洞的关键的、 保持向下兼容性的更新。这时,对代码库中依赖库的更新将无法借助软件包管理器,而只能由软件开发者手工完成。...如果使用的是Anaconda,它 会包含一个内置的虚拟环境系统及其软件包管理器——Conda。稍后,笔者将会介绍如何使用这两种工具安装TensorFlow。 ·使用容器。...一般而言,如果准备在单机上安装和使用TensorFlow,笔者建议采用Virtualenv或Conda的虚拟环境。它们能够以较小的代价解 决依赖冲突问题,且易于设置。一旦创建完毕,便几乎一劳永逸。

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    macOS无法打开未验证安装包的解决方案:无法打开‘XXX.pkg’,因为无法验证其是否包含可能危害Mac安全或泄漏隐私的恶意软件

    macOS无法打开未验证安装包的解决方案:无法打开‘XXX.pkg’,因为无法验证其是否包含可能危害Mac安全或泄漏隐私的恶意软件 在macOS Ventura及以上版本中,系统安全性进一步加强,默认情况下不允许运行未验证或未签名的应用程序...当我们尝试安装一些未被官方验证的安装包(如“XXX.pkg”)时,可能会看到如下提示: “无法打开‘XXX.pkg’,因为无法验证其是否包含可能危害Mac安全或泄漏隐私的恶意软件。”...此时安装程序将正常启动,您可以继续完成安装。 解决方案背后的注意事项 1. 为什么macOS会拦截未验证软件? 未验证的软件可能来自未知来源,潜在包含恶意代码。...macOS通过Gatekeeper功能保护系统,阻止未签名的软件运行。 2. 如何确保安装包安全? 确保安装包来源于官方渠道或可信第三方。...让更多用户轻松解决macOS无法验证安装包的困扰!

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    《Python for Excel》读书笔记连载3:Python开发环境之Anaconda

    了解和熟练操作好的开发工具,在学习和使用Python时就会更加专注于其自身,并且也有助于Python开发。...包管理器:Conda和pip 在上一章中,我已经讲了一些关于Python包管理器pip的内容:pip负责下载、安装、更新和卸载Python包及其依赖项和子依赖项。...Conda VS. pip 对于Anaconda,你应该通过Conda安装所有可以安装的软件,并且只使用pip安装Conda找不到的软件包。否则,Conda可能会覆盖以前使用pip安装的文件。...这些命令必须输入到Anaconda提示符中,允许你安装、更新和卸载第三方软件包。...完成后,你可以使用pip安装pyxlsb和pytrends,因为这些软件包无法通过Conda获得: (base)> pip installpyxlsb pytrends 与Conda不同,当点击Enter

    1.9K20

    anaconda怎么和pycharm配合使用_pycharm怎么和anaconda结合

    因为包含了大量的科学包,Anaconda 的下载文件比较大(约 531 MB),如果只需要某些包,或者需要节省带宽或存储空间,也可以使用Miniconda这个较小的发行版(仅包含conda和 Python...不仅可以方便地安装、更新、卸载工具包,而且安装时能自动安装相应的依赖包,同时还能使用不同的虚拟环境隔离不同要求的项目。...install 某些大的安装包时,使用某些vpn选择国外节点下载会快一点]) pip与conda安装对比 1.pip安装不会安装所有的依赖项只会安装部分依赖项,而conda会安装全部; 2.pip与...conda在安装Tensorflow时,会同时解决TensorFlow所依赖的Python软件包和非Python软件包的问题,让安装变得简单。...(当然我们可以根据自身需求使用conda创建多个python环境,pycharm新建新的项目重新添加想要的某个环境的python解释器便可) 至此,完成了anaconda下python环境和pycharm

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