首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

我可以在R中的ggraph/ggplot2中分离弧形图中的两组顶点吗?

在R中的ggraph/ggplot2中,可以通过设置节点的属性来分离弧形图中的两组顶点。具体来说,可以通过在节点数据中添加一个分组变量,然后在绘图时根据该变量来设置节点的位置,从而实现分离两组顶点的效果。

以下是一个示例代码,演示如何在ggraph/ggplot2中分离弧形图中的两组顶点:

代码语言:txt
复制
library(ggraph)
library(ggplot2)

# 创建节点数据
nodes <- data.frame(
  id = c(1:10),
  group = c(rep("Group 1", 5), rep("Group 2", 5))
)

# 创建边数据
edges <- data.frame(
  from = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10),
  to = c(2, 3, 4, 5, 1, 7, 8, 9, 10, 6)
)

# 创建图对象
graph <- graph_from_data_frame(edges, vertices = nodes)

# 绘制弧形图
ggplot(graph, aes(fill = group)) +
  geom_node_arc_bar(aes(start = node_degree(from) / sum(node_degree(from)),
                       end = node_degree(from) / sum(node_degree(from)) + node_degree(to) / sum(node_degree(from))),
                    width = 0.1) +
  geom_node_point() +
  geom_edge_arc() +
  theme_void()

在这个示例中,我们创建了一个包含两组顶点的弧形图。通过设置节点数据中的group变量,我们将节点分为两组。然后,在绘图时,使用geom_node_arc_bar函数来绘制弧形图中的节点,通过设置startend参数来控制节点的位置。最后,使用geom_node_pointgeom_edge_arc函数来绘制节点和边。

这是一个简单的示例,你可以根据实际需求进行调整和扩展。关于ggraph/ggplot2的更多信息和用法,请参考腾讯云的相关产品和产品介绍链接地址。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

三种可视化方法,手把手教你用R绘制地图网络图!

大数据文摘出品 编译:睡不着iris、陈同学、YYY 不知道如何在地图上可视化网络图?下面这篇博客将使用Rigraph、ggplot2ggraph包来介绍三种地图上可视化网络图方法。...在对地理位置以及位置连接关系进行可视化时,还可以图中展示一些属性。...据我所知ggplot2控制线宽只能通过“size“来实现。 使用ggplot2,我们只需决定要调整哪一个几何对象大小。...这可能不是图形对象标注功能本来目的,但总之,当你真的需要克服上面图1所描述ggplot2图形属性限制时,它随时可以派上用场。...这样设置后,我们便可以分别控制边线线宽和节点大小,因为它们是图中各自单独生成。

2.6K40
  • R」数据可视化18:弧形

    图片来源:https://www.data-to-viz.com/graph/arc.html 可以看到上图中有很多个节点,不同节点之间用弧形进行连接。...这种关联可能有多种情况,最常见可以用于展现相关性结果,还可以用于展现不同字词共同出现频率等等(比如上面这张图就分析了雨果名作《悲惨世界》的人物出现情况)。...通过线粗细、颜色以及节点各种属性,你可以图中展现关联各种特性,比如可以用线粗细表示共现频率,用节点大小表示该词汇出现频率。...你可能会疑惑,我们已经有很多种展现关联方式,比如最简单网络图或者和弦图(好像我都没有讲过,糟糕,以后慢慢补)。为什么要用弧形图呢?...等(不过还没有仔细研究过具体区别)。

    1.9K10

    R地图上绘制网络图三种方法

    作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源 地理网络图与传统网络图不同,当引用地理位置进行节点网络可视化时,需要将这些节点放置地图上,然后绘制他们之间连结...首先准备需要R包,当需要一次性加载多个R包时,我们可以利用pacman,它整合了library包一些相关函数,利用pacman包p_load函数可以自动加载需要R包,如果没有找到则会自动安装缺失...))%>% rename(xend=lon,yend=lat) assert_that(nrow(edges_for_plot)==nrow(edges))# 给每个节点一个权重(weight)值,之后图中将反应在节点大小上...方法二:ggplot2+ggraph ggplot2有一个名叫gggraph扩展包(点我了解更多ggplot2扩展包)专门为网络图绘制添加了geoms美学,它可以帮助我们对节点和连线使用单独标度...这里介绍一个技巧,我们可以将绘图代码放置(),运行一句命令即可将图形显示在你RStudio,而不需要再次运行p_base。

    2.7K20

    R」数据可视化21: Edge Bunding图

    本文作者蒋刘一琦,自嘲是一个有艺术追求生信狗,毕业于浙江大学生物信息学专业,目前复旦大学就读研究生,研究方向为宏基因组。 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。...因此关联较多情况下,这一类可视化方式可能更有利于展现趋势变化,不会显得复杂而混乱。具体我们可以看一下下面的例子: ? 可以看到上图中,作图是用直线进行连接,很难了解其中规律。...当然,微生物组领域因为存在物种分类信息,所以可能环形排布方式能够呈现出更加直观规律。 ?...其实igraph包本身就是一个专门用于绘制网络图R包(igraph也有对应python和C包),而ggraph是一个基于ggplot2包,它可以让网络图变得更加“优雅”(最近学会新形容词)。...不同width值对网络图影响 当然其实也可以不用做成circle,比如把ggraphlayout改为circlepack,即: #plot p<-ggraph(mygraph, layout =

    1.8K22

    R tips:调整ggplot2坐标轴或legendlabel长度

    一个示意图如下图所示,其实此图中GO Terms长度相对是可以接受,实际情况下可能会遇到非常长GO Terms,导致整个图比例非常失调。...ggplot2对象,其实使用scale系列函数就可以达到目的。...,有些时候过长labels是出现在legend,而且str_wrap只在有空格地方才会折叠,那么一个很长没有空格字符串需要如何处理才能折叠?...= TRUE) 这个图直接使用scale_color_discrete进行修改是不会有任何改变,因为这个图color映射并不是ggplot2默认情况,而是使用ggraphgeom_edge...图层定义,需要使用ggraph特别定义一个scale函数: cnetplot(ego, colorEdge = TRUE, circular = TRUE) + ggraph::scale_edge_color_discrete

    6.5K41

    edgebundleR一行代码优雅绘制网络图

    欢迎关注R语言数据分析指南 加载R包 library(tidyverse) # 安装所需包 "edgebundleR" library(edgebundleR) library(igraph) library...(ggraph) 导入数据 d <- read_tsv("data.xls") igraph绘制网络图 # 获取重复集合 sets <- unique(d$Set[duplicated(d$Set)]...levels(clr) <- c("#DE9ED6FF", "#709AE1FF", "darkorange") V(g)$color <- as.character(clr) # 绘制图形,使用圆形布局,顶点大小为度...绘制网络图 # 导入 circlize 包 library(circlize) # 初始化 circlize 绘图环境,使用数据ID作为因子,设置x轴范围为0到10 circos.initialize...(factors = as.factor(d$ID), xlim = c(0, 10)) # 创建轨道绘图区域,使用数据ID作为因子,设置y轴范围为0到0.5,背景颜色根据图中节点颜色设定,不显示边界线

    37900

    如何试用 R 语言绘制散点图

    R语言绘制基因表达基因“对称散点图 转录组分析,计算了两组间差异表达基因后,通常怎样表示?您可能第一时间想到可以使用火山图。...的确,火山图是使用频率最多火山图中可以很轻松地根据基因在两组Fold Change值以及显著性p值,识别和判断差异表达基因概况。...提到散点图,常见还有另一种展示差异表达基因样式:横纵坐标轴可分别代表两组基因表达均值,这种风格可以更方便直观对比基因在两组差异状态。...因此另一种思路是,颜色代表p值,这样就可以图中获得一个渐变梯度。同样使用ggplot2方法绘制,和上述过程相比仅在颜色指定上存在区别。...这样可以很方便地看出,两组表达值差异越大基因,p值越小,二者趋势是一致,重在描述了差异倍数和p值关系。

    1.4K20

    R」数据可视化2 : 箱形图

    本文作者蒋刘一琦 在生物领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化时候,我们需要明确想要展示信息,从而选择最为合适图突出该信息。...逸出值,是根据四分位间距(interquartile range)进行计算:四分位间距 = Q3-Q1 = ΔQ 区间 Q3+1.5ΔQ, Q1-1.5ΔQ 之外值即被视为逸出值。...比如我们想要探究不同物种花萼长度差异。 (2) 如何使用ggplot2做箱形图 利用ggplot2画图核心命令是geom_boxplot。我们先来尝试做一个最最基础也是最丑boxplot图。...可以看到不同物种之间Sepal.Length有所不同,那么这种差异显著? 这个时候我们就需要做检验,那么如何可以直接把检验结果展示图中呢。这个时候我们可以使用另一个R包ggpubr。...,method="t.test",paired=T)可以发现这里没有添加comparisons参数,那么结果就是看三组是否存在两组间有显著差异。具体大家可以使用命令?

    2K10

    可视化之为什么要使用箱线图?

    图中NKG7基因,Cluster 5相对表达较高,Cluster 3整体表达较高,可以视作这两个ClusterMarker 基因。...如图所示,可以通过调整网页按钮实现图形旋转、表达数据预处理、按中位数排序和调整图形边距等功能。想让自己数据呈现在这样网站上面?来找易生信一起做个数据库吧。...这个图除了可以用函数ggbeeswarm绘制,还可以利用ggplot2 geom_boxplot+geom_jitter生成。 ?...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图) R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大在线绘图网站-ImageGP...- 富集分析和表达数据可视化 一个震撼交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 学习津贴 单篇留言点赞数第一位(点赞数至少为8)可获得我们赠送在线基础课9折优惠券。

    2.6K31

    如何在ggplot2图形上添加显著性差异注释?

    研究者常常要比较两组数据是否有统计学差异,并且要将这种差异图形上通过线和注释标注出来。 ? ggplot2包是一个很好可视化包,ggsignif包是ggplot2一个扩展包。...今天来学习怎么ggplot2包绘制图形上添加显著性差异注释。 1....如上图所示,可以看到两组是有统计学差异,但是图中P值使用是科学计数法,其实还可以使用*或注释来表示。 通过添加参数map_signif_level=TRUE,可以将统计学差异表示为*符号。...y_position数字与comparisons组别一一对应。 如果我们要调整横线两端小竖线长度怎么调整?想要使每根小竖线长度各不相同。...请注意:一般根据数据是否符合正态分布,选择合适统计方法,上面的数据集统计学方法都是默认可以使用函数test参数来指定统计学方法。

    14.4K10

    R语言从入门到精通:Day17 (ggplot2绘图)

    分组指的是一个图形显示两组或多组观察结果。小面化指的是单独、并排图形上显示观察组。ggplot2定义组或面时使用因子(factor)(主要涉及函数facet_grid())。...图6,小提琴图和箱线图组合 ? 讲到这里,必须要强调使用ggplot2最终目的还是为了更好理解数据。而为了理解数据,一个图中画出两个或更多组观察值通常是很有帮助。...R,组通常用分类变量水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型视觉特征分组变量来完成。...基础图形可以实现图形“组合”ggplot2自然也不是难事,可以使用函数facet_wrap()和函数facet_grid()创建。...如果想要把图13里面右边图例换个位置,那也不是一件难事,如图14。 图14,图例修改示意图 ?

    5.2K31

    小程序也能做这么精致动效?看完给大神献上了膝盖…… | 开发

    如 GIF 图中所展示效果,黏糊糊粘连路径是由 metaball 函数来创建出,然后根据返回路径坐标值,再基于贝塞尔曲线使用 canvas 画布绘制而成。...实现原理 可以看到,这个交互效果主要由两个圆球组成,它们之间存在三种情况:完全重合,完全分离和有交叠部分。...两圆完全重合时,小圆不会出现;当两圆之间距离超出设置最大连接距离时,两圆会完全分离不接触;而重点在于第三种情况,两圆有接触但没有完全重合。...设置大圆/小圆半径和中心点坐标 radius1 = r1 radius2 = r2 center1 = { x: x1, y: y1 } center2 = { x: x2, y: y2 } 3....定时器,每次要先清除画布,然后调用 metaball 函数,使用数组变量 a 接收 metaball 函数返回值,并对返回结果进行如下判断: center2.x = e.touches[0].x

    1.3K30

    R tips:debug并修复一个ggplot2绘图错误例子

    出现bug代码是使用clusterProfilercnetplot函数绘制一个富集分析图,正常情况下,它应该是出图如下: bug重现 出现问题R对象是一个clusterProfiler富集分析对象...ggplot_build.ggplot方法是ggplot2一个方法,call stack可以发现是它lapply(data, scales_map_df, scales = npscales)...不过对于要修复这个问题来说,目前信息已经足够了。 如何使用RStudio进行debug代码以及如何自由查看R函数源码,以前R tips推文中都曾经说过。...由于这个函数源码ggplot2,现在是没办法直接修改这个函数源码,但是我们可以再创建一个ggplot_build.ggplot函数去覆盖原来函数,只需要保证新建ggplot_build.ggplot...p % clusterProfiler::cnetplot()p 上述思路是具有普遍适用性需要对ggplot2对象泛型方法进行修改场合,都可以构造一个自己generic.gg

    2.6K20

    R tips:进一步debug并修复cnetplot绘图bug

    R升级到4.0+后,clusterProfilercnetplot会报如下rescale错误,这个现象以及解决方法以前推文:R tips:debug并修复一个ggplot2绘图错误例子中曾经说过...同样使用测试R对象如下位置 文件名:test.rds 链接:https://pan.baidu.com/s/1l2hqNw034OEBwVvfy7_01g 提取码:kezh 载入工具包及导入rds...这部分主要解决两个问题: (1)上一篇推文提到过,错误出现原因是cnetplot生成ggplot2对象data对象渲染过程某些数据被转换为了AsIs对象,最终导致报错。...我们可以看一下compute_aesthetics源码,可以看到其实他是layer对象下一个方法,因此可以通过如下方式获取源码: 由于是从layer获取方法,因此源码self就是代表一个layer...我们还可以进一步看一下为何这个映射是经过I函数处理,原因在enrichplot:::cnetplot.enrichResult源码,这里需要对S3对象有一定了解,以前R tips推文有专门说过如何真正获取一个

    3.1K80

    R」数据可视化3 : 热图

    可以看到这些挑选出基因在两组表达有较大差异,EN1、FOXC1这几个基因在Basal组总体呈现红色,Luminal呈现绿色。...所以图中可以看到Basal样本都聚在了一起,Luminal 样本也都聚在了一起。通常如果两组差异较明显,组内pattern较为相似,就能有这样聚类结果——一个组样本聚类在一起。...当然相关性计算除了相关系数以外,我们还会看pvalue是否显著。如果我们想要把pvalue表示图中可以格子上添加*号或者具体数值。...当然,R也有很多具有heatmap功能包,比如ggplot2,gplots。今天我们介绍含有heatmap.2功能gplots包。...data(mtcars) x<-mtcars y<-as.matrix(mtcars) R Studio我们可以清楚看到x和y区别(虽然如果点开你也许会觉得x与y难道不是一模一样),xtype

    1.8K10

    60-R可视化-8-用ggsignif做统计分析绘图

    "ggplot2添加p值和显著性 - 简书 (jianshu.com "ggplot2添加p值和显著性 - 简书 (jianshu.com)")") 前言 之前提到过两个快速出图R包:58-R可视化...x 轴列分组信息。...ps:其实这里虽然数据本身是按照正态划分,但分组以后数据呢?其实最好再对分组之后每个数据做一个正态性检验。这里只是举个例子,实际应用参数方法还应考虑方差齐性等。...不得不说,虽然审美层面对其一些做法并不认同,但可视化领域,它真的是老师般存在。 多组比较 主要使用方法stat_compare_means。如果需要检验两组以上数据是否存在差异,使用该方法。...难道annotation 一个一个手动标记? 有没有方法可以更好地创建list 呢?批量生成一个两两组list。

    2.5K30

    凹圆弧表面的编程加工遇到问题

    精度、刀具强度等各方面条件许可情况下,确实有一些圆弧面完全可以用尖刀刀具来完成。但是,这种情况是有限制条件。除了表面粗糙度等各方面的限制外,还有尖刀刀具角度限制等。...二、解决方法 通过实践我们分析出,采用了在数控车床上用圆弧车刀对凹圆弧形外廓进行加工,圆孤车刀加工工件虽然很漂亮但依然存在干涉问题。下面就具体闸述用编程方法解决圆孤车刀干涉问题。...具体分析如下: 如下图所示,假设所加工圆弧半径为R,圆弧刀具半径为r,因为刀位点(这里指刀具顶点)总是刀具圆弧中心轨迹垂直方向上增大一个r,故O点垂直方向上取一点O',且OO'距离为r。...弧ACB就是所需要加工圆孤型面。3起点与终点的确定从图中可以看出,刀具圆心起始点在A‘点,终点在B’点,故刀具刀位点起始点、终点分别为M、N。...图中有:sin∠AOP=AP/AO=|Xa-XO|/R(Xa、XO为A点和O点X轴坐标) A’Q=A 'Osin∠AOP=(R-r)sin∠AOP=(R-r)|Xa-XO|/R X‘O=XOA’Q

    76210
    领券