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CellChat三部曲2:使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析

如果有更多的数据集进行比较,我们可以直接显示每个数据集中任意两个细胞群之间的交互次数或交互强度。...NB: 结构相似性分析适用于具有相同细胞类型组成或截然不同的细胞类型组成多个数据集。 在这里,我们可以根据功能相似性运行多重和分类学习分析,因为两个数据集具有相同的单元类型组成。...我们可以将来自不同数据集的所有已识别的信号通路进行组合,从而并排比较它们,包括传出信号、传入信号和整体信号,方法是将传出和传入信号聚合在一起。...通过比较每个 L-R 对和每对细胞组的两个数据集之间的通信概率,可以采用上述方法来识别上调和下调的信号。另外,我们可以根据微分基因表达分析来识别上调和下调的信号配体对。...例如,我们可以定义一个group命名的字符矢量,以创建多组和弦图,将细胞群集分组到不同的细胞类型。

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    Java数据分组:HashMap、Stream API的groupingBy、reduce实践

    在 Java 开发中,对大量数据进行高效分组和统计分析是常见任务。...本文探讨两种数据分组技术:HashMap 和 Java 8 的 groupingBy 与 reduce 方法,给出代码示例和应用场景分析1.使用HashMap实现数据分组HashMap是Java中最基础且广泛使用的键值对容器之一...使用HashMap对对象按某个属性分组的示例:import java.util....使用Stream API中的groupingBy进行数据分组Java 8 Stream API提供了Collectors.groupingBy()方法,使得数据分组操作更为简洁和直观:import java.util...利用reduce进行聚合计算除了分组,Stream API还提供reduce()方法进行更复杂的聚合计算。例如,我们可以计算每个城市的总人口数:import java.util.

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    生存分析凭什么不需要矫正P值

    如果是临床队列,通常是会跟生存分析进行交集,或者多个数据集差异结果的交集,比如:多个数据集整合神器-RobustRankAggreg包 ,这样的基因集就是100个以内的数量了,但是仍然有缩小的空间,比如...HR值 可以看到,有基因表达量高低分组,基因突变与否分组,多个基因表达量和突变联合分组,甲基化高低分组,gsea和gsva等基因集得分进行分组,五花八门,其中200块的代码我的学徒免费送给你,GSVA和生存分析...比如我们可以下载TCGA数据库的RNA-seq表达矩阵,读入到R里面构建成为 expr 这个数据变量,然后整理好临床表型,构建成为phe这个变量,接下来就可以使用下面的代码对RNA-seq表达矩阵全部基因高低表达分组后批量生存分析...那么,我们一下子对几万个基因进行批量生存分析,每一次每一个基因的生存分析都是独立的P值,为什么我们没有对这样的P值进行矫正呢?...难道就是因为我们希望统计学显著的生存结果,就选择性展示它吗?

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    带你学MySQL系列 | 困扰MySQL初学者的分组聚合查询,我终于讲明白了!

    select department_id,avg(salary) from test group by department_id; 可以清楚地看到,使用department_id进行分组后...观察上图,有一点你需要记住,你用表中的字段A进行分组后,一般就需要对表中的其它字段,使用聚合函数,这样意义更大,而不是还对字段A使用聚合函数,没啥太大意义。 我们再思考下面这个问题!...当SQL语句中使用了group by后,在select后面一定有一个字段使用了聚合函数(5个聚合函数)。但是除了这个聚合函数,select后面还可以添加其他什么字段吗? 答案肯定是可以的!...1)原始表和结果集的概念 原始表指的是数据库中真正存在的那个表,使用【select * from 表名】查询出来的就是原始表信息。...结果集指的是在SQL语句中,添加其它任何一个限制条件,最终展示给我们表,都是结果集。添加不同的限制条件,查询出来的结果集也是不同的。 原始表只有一个,结果集却是各种各样的。

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    Java 开发中Stream的toMap与Map 使用技巧

    因为 toMap () 默认使用的是 HashMap,而 HashMap 在多线程环境下是非线程安全的。这时候,你可能会想:“我只是想提高处理效率,难道就这么难吗?”...1. groupingBy:分组处理的 “瑞士军刀”(1)基本用法:按字段分组Collectors.groupingBy()是一个非常强大的收集器,它可以将流中的元素按照某个字段进行分组,返回一个 Map...这种方法不仅可以避免重复键的问题,还可以方便地进行后续的统计和分析。(2)进阶用法:多级分组groupingBy () 还支持多级分组,即先按一个字段分组,再按另一个字段分组,返回一个嵌套的 Map。...groupingByConcurrent()可以在并行流中高效地进行分组统计,提高处理效率。...替代方案推荐分组处理:使用 groupingBy () 进行分组统计,避免重复键和 null 值问题。自定义收集器:当内置收集器无法满足需求时,使用自定义收集器实现灵活的收集逻辑。

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    Java 社区的一次十亿行数据编程挑战

    然后我将结果(行)收集到这个分组收集器中。我按站名对其分组。 然后,对于我的每个站,我需要聚合这些值,在我的聚合器实现中处理。每当新值添加到现有聚合器对象时,我都会跟踪最小值和最大值。...在早期的 Java 版本中,你也可以使用内存映射文件,但你有大小之类的限制,你无法一次对整个 13 GB 的文件进行内存映射。而现在有了新的外部内存 API,我们就可以做到这一点。你映射文件。...我们还可以考虑扩展到多个计算节点,这通常是我们对大规模数据存储所做的事情。对于这个问题它并不那么重要,我们必须拆分该文件并将其分发到网络中。也许不是那么理想,但那将是另一个极端。...凭直觉,你会为此使用 HashMap。你将使用气象站名称作为该 HashMap 中的键。Java HashMap 是一种通用结构,适用于一系列用例。...这可以追溯到人们真正针对特定数据集进行了大量优化的工作上,他们使用了对特定数据集无冲突的哈希函数。

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    3.Mybatis-select标签

    如果拿它跟具有相同功能的 JDBC 代码进行对比,你会立即发现省掉了将近 95% 的代码。MyBatis 致力于减少使用成本,让用户能更专注于 SQL 代码。...结果映射是 MyBatis 最强大的特性,如果你对其理解透彻,许多复杂的映射问题都能迎刃而解。 resultType 和 resultMap 之间只能同时使用一个。...resultOrdered 这个设置仅针对嵌套结果 select 语句:如果为 true,将会假设包含了嵌套结果集或是分组,当返回一个主结果行时,就不会产生对前面结果集的引用。...这就使得在获取嵌套结果集的时候不至于内存不够用。默认值:false。 resultSets 这个设置仅适用于多结果集的情况。...它将列出语句执行后返回的结果集并赋予每个结果集一个名称,多个名称之间以逗号分隔。

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    Java集合面试题&知识点总结(下篇)

    Map 接口提供了三种集合视图,允许以键集、值集或键-值映射关系集的形式查看某个映射的内容。 Map 是线程不安全的,如果多个线程同时修改 Map,需要进行同步处理。...数组:数组是 HashMap 的主体,也是实现快速查找的关键。数组的每个位置被称为一个桶,每个桶可以存储一个或多个键值对(Entry)。...并发更新操作:如果多个线程同时对同一个键进行更新操作,可能会导致其中一个线程的更新结果被覆盖。...如果多个线程同时对同一个 Segment 进行修改操作,那么这些线程会进行竞争,只有获得该 Segment 锁的线程才能进行修改操作,其他线程会被阻塞等待。...这样,当我们遍历 LinkedHashMap 时,就可以按照元素的插入顺序或者访问顺序进行遍历。

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    Java 8 Stream 的终极技巧——Collectors 操作

    它提供了collect() 方法来对 Stream 流进行终结操作派生出基于各种策略的结果集。我们就借助于 Stream 来熟悉一下 Collectors 吧。...,通常也建议使用 Java 进行分组处理以减轻数据库压力。...groupingBy 也有三个重载方法 我们将 servers 按照长度进行分组: // 按照字符串长度进行分组 符合条件的元素将组成一个 List 映射到以条件长度为key 的 Map<Integer...3.5 partitioningBy partitioningBy 我们在本文开头的提到的文章中已经见识过了,可以看作 groupingBy 的一个特例,基于断言(Predicate)策略分组。...3.10 mapping 该方法是先对元素使用 Function 进行再加工操作,然后用另一个Collector 归纳。比如我们先去掉 servers 中元素的首字母,然后将它们装入 List 。

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    真的是可以让所有的基因都随心所欲的差异吗

    为了减少这些因素带来的差异,研究者通常采取以下策略: 使用标准化的实验流程和数据处理方法。 增加样本数量以提高统计功效。 使用多个独立的差异分析工具或方法进行验证。...如果我们反向取交集呢 如果是针对不同的差异分析结果取交集,很容易陷入一个困境,就是没有一个基因是在所有的多次结果都出现,所以通常呢如果要取那些在多个数据集出现过的基因,并不强求是在所有数据集都出现。...同样的道理是,如果我们针对那些没有差异的基因去取交集,会不会也出现没有任意一个基因在所有数据集都出现没有差异的现象呢?也就是说,如果我们反向取交集呢?真的是所有的基因都可以随心所欲的差异吗?...在前面的 院士课题组的WGCNA数据挖掘文章能复现吗 教程里面,我们使用Bile Duct Cancer (CHOL)]这个数据集,然后根据里面的样品的二分类属性(肿瘤样品和正常组织对照)做一个简单的差异分析...然后呢我们从每个分组每次随机抽取5个样品组合成为两分组的差异分析,但是step-other-samples以及step-other-veen两个代码需要修改一下,大家可以帮忙吗?

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    数据库中间件 Sharding-JDBC 源码分析 —— 结果归并

    正如前文《SQL 执行》提到的“分表分库,需要执行的 SQL 数量从单条变成了多条”,多个SQL执行结果必然需要进行合并,例如: SELECT * FROM t_order ORDER BY create_time...通过 columnLabelIndexMap,可以很方便的使用查询列名获得在返回结果记录列( header )的第几列。...对这块不了解的同学,回头可以看下《SQL 解析(三)之查询SQL》。? 现在不用回头,皇冠会掉。...区别于 GroupByStreamResultSetMerger,其无法使用每个分片结果集的有序的特点,只能在内存中合并后,进行整个重新排序。...= new HashMap(1024); // 分组条件值与聚合列映射 // 遍历结果集 for (ResultSet each : resultSets) {

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    对线面试官 - Java基础面试题【一】

    派大星:可以尝试使用CopyOnWriteArrayList,它可以保证线程安全。 面试官:那你能简单讲一讲它的底层实现原理吗?...面试官:不错,了解HashMap吗?知道它的扩容原理吗? 派大星:了解一些:但是在不同JDK版本上有所不同。...Segment数组经初始化后便不再扩容,HashEntry数组可以扩容 使用预创建的思想,当线程想要进行put操作而获取锁时发现锁被占用,会先进行对节点的创建,以避免线程处于空闲状态 扩容是在HashEntry...CAS进行创建头节点或者使用Synchronized关键字加锁 面试官:不错,那你可以简单聊聊ConcurrentHashMap的扩容过程吗?...,扩容之前也先生成一个新的数组 在转移数组时,先将原数组分组,将每组分给不同的线程来进行元素的转移,每个线程负责一组或多组的元素转移工作。

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    SpringBoot 集成 MybatisPlus 二——查询

    ,使用 MyBatisPlus 可以直接进行。...1.3 根据多个字段进行联合查询@Testpublic void getUserByFields(){ Map map = new HashMap();...:User{id=2, username='zhangsan', gendar='女', remark='销售人员'}图片这里的 like() 方法相当于 SQL 语句中的 %zhang%;如果我们只想对某一个方向的查询进行模糊...2.3 聚合查询在实际的工作中,我们有时需要对查询的结果使用聚合函数进行计算。...如:查询不同性别的用户数量,当数量等于0时不统计我们对这个问题进行一下分解:首先需要按性别对用户表进行分组;然后计算各分组的数量;按数量对结果进行筛选,要求大于0此文以 count() 函数举例,其它函数的使用方法可以进行参考

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    不要再认为Stream可读性不高了!

    如果你不曾使用Stream流,那么当你见到Stream操作时一定对它发出过鄙夷的声音,并在心里说出“这都写的什么玩意儿”。...接下来我们将使用Stream来准确传达程序员的意图。 Stream中distinct方法表示去重,这和MySQL的DISTINCT含义相同。...但在我们的示例中,List中的元素并不是普通的数据类型,而是一个对象,所以我们不能简单的对它做去重,而是要先调用Stream中的map方法。...Stream利用Map通过对象中的学号+姓名字段去重,计算有多少学生:" + count); } 前面已经提到在使用map时,如果只需要调用一个方法则可以使用Lambda表达式中的“方法引用”,但这里需要调用两个方法...场景三:通过学号对学生进行分组,例如:Map,key=学号,value=学生成绩信息 传统的方式仍然可以通过for循环借助Map实现分组: /** * 借助Map通过for循环分类

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    group by 和 order by 的区别 + 理解过程

    order by 后面必须列出排序的字段名,可以是多个字段名。 2,group by 从英文里理解就是分组。必须有“聚合函数”来配合才能使用,使用时至少需要一个分组标志字段。...group by不能跟where一起用吗? 可以。注意:where肯定在group by 之前。 一,group by 字句也和where条件语句结合在一起使用。...即先对select xx from xx的记录集合用where进行筛选,然后再使用group by 对筛选后的结果进行分组 使用having字句对分组后的结果进行筛选。...二,需要注意having和where的用法区别: 1.having只能用在group by之后,对分组后的结果进行筛选(即使用having的前提条件是分组)。...2.针对第1个结果集使用group by分组,返回第2个结果集。 3.针对第2个结果集中的每1组数据执行select xx,有几组就执行几次,返回第3个结果集。

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    02_ElasticSearch索引操作总结归纳

    过滤查询场景:我们希望查询出来的文档不需要对他进行匹配度评分、简单的进行筛选一下 查询类型为:“bool” GET sku/_search { "query":{...####对Subject_Selection表中的数据进行分组, ####将具有相同Subject和Semester字段值的记录放到同一个分组里去, ####然后对每个分组中的数据应用聚合函数(COUNT...创建索引和映射对象,可以使用kibana工具进行创建,然后添加、查询、修改索引使用java代码进行操作。...IndexRequest: 新增或修改请求 IndexResponse:新增或修改的响应结果 BulkRequest: 批量请求(用于增删改操作) ;BulkRequest里面可以装入多个IndexRequest...("spec", spec); //除了使用Map,也可以使用实体类进行封装。

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    【JavaSE专栏53】Java集合类HashMap解析,基于哈希表的键值对存储结构

    如果需要在多线程环境中使用 HashMap,可以使用 ConcurrentHashMap 或使用 Collections 类的 synchronizedMap 方法对 HashMap 进行包装,使其变为线程安全的...类的一些常用方法的使用示例代码,通过这些方法,同学们可以实现对 HashMap 中的键值对进行添加、获取、删除、遍历等操作。...数据索引:HashMap 可以用于构建索引数据结构,例如在数据库查询中可以使用 HashMap 将查询结果的关键字与对应的数据关联起来,从而快速定位所需的数据。...数据分组:HashMap 可以用于将数据按照一定的条件进行分组,例如将学生按照班级进行分组,将班级作为键,将学生列表作为值。...五、如何实现 HashMap 的排序? HashMap 本身是无序的,如果需要对 HashMap 进行排序,可以使用 TreeMap 来实现有序存储。

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    面试必备之HashMap底层设计与实现详解

    HashMap取值非常快”等等。这个时候说明他已经很熟练使用HashMap的工具了。 问:“你知道HashMap 在put和get的时候是怎么工作的吗?”...答:“线程安全就是多个线程去访问的时候,会对对象造成不是预期的结果,一般要加锁才能线程安全。” 其实,问了以上那些问题,我基本能判定这个程序员的基本功了,一般技术中等,接下来的问题没必要问了。...HashMap可以说是一种折中的方案吧。...6、HashMap中的Hash计算和碰撞问题 HashMap的hash计算时先计算hashCode(),然后进行二次hash。...既然知道了分组的原理了,那我们看看几个例子,代码如下: int h=15,length=16; System.out.println(h & (length-1)); h=15+16; System.out.println

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