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我已经使用Vectorize函数为50x50数据集的Kolmogorov Smirnov测试创建了一个循环，并使其以50x50矩阵的形式输出p值。然后将这些p值存储为距离对象。应用分层聚类并将其存储为树状图对象。我再重复一遍，然后找到它们之间的共生关系。下面的代码输出一个2x2矩阵。<- as.dendrogram(hcr)
cor <- cor.dendlist(dendy1)所以我想要的是一个for循环<em
浏览 5提问于2018-07-25得票数 0
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我在R中使用了dist函数，我想知道它的时间复杂性。> d <- dist(as.matrix(mtcars)) # find distance matrix > plot(hc) # plot
浏览 3提问于2017-06-15得票数 4
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相似矩阵上的图和热图
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我已经为数据的成对比较计算了一个相似矩阵，我希望使用分层聚类和热图来可视化数据。热图不是一个问题，但是对于分层聚类，它似乎是对我的相似性矩阵做了一个距离矩阵(如果有变化，我将使用包aheatmap )，然后进行聚类。什么是最好的方法来指定它已经是一个基于数据的相似矩阵和聚类，就在热图的旁边？
谢谢!
浏览 1提问于2018-04-06得票数 1
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由于以前不知道聚类的数量，所以我想使用聚类分层聚类来根据距离来聚类一些(x，y)坐标。是否有支持此任务的库？我正在c++中使用Opencv库。
浏览 5提问于2015-02-24得票数 0
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我希望使用具有链接之间相似性的分层聚类来构建一个树状图，其中每片叶子都是来自原始网络的链接，分支使用MapReduce中的分层聚类来表示链接社区。任何参考方法算法将不胜感激。
浏览 2提问于2014-12-20得票数 0
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基于功能的基因聚类
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我们希望使用分层或k均值聚类，根据基因的功能对数据集中的基因进行聚类。我们得到了每个基因的GO id，现在我们想根据功能将它们分组，最好是分层的。我们正在用R编写程序。
提前感谢您的帮助！
浏览 2提问于2014-03-10得票数 0
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我使用R的heatmap函数进行分层聚类()。是否有一个函数接受heatmap返回的对象，并通过将阈值alpha应用于树状图来返回聚类？这在R中存在吗？
浏览 1提问于2014-03-17得票数 1
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这些路径被表示为状态序列(每个时间单元上的当前医疗单元)，我试图通过聚类算法找到典型的路径。由于时间单位是一个小时，我不希望持续时间的任何微小差异对聚类结果产生很大影响(例如，与医疗单元转移相反)。此外，是否有适当的方式来选择他们的价值？还是继续摸索着寻找一个好的
浏览 3提问于2018-12-17得票数 1
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我想对一些文本文档进行聚类，以找到具有相同概念的文档。我已经使用潜在语义分析(LSA)进行了语义相似性分析，但我搞不清应该选择哪种聚类方法来实现我的目的。谢谢
浏览 1提问于2015-06-19得票数 0
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我想运行具有300个特性和1500个观察的集群文档的单一链接的分层聚类。我想找出这个问题的最佳簇数。在python中有相当于clusGap()的东西吗？
谢谢
浏览 1提问于2016-12-13得票数 2
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我有100万行，有20个属性要进行分层聚类。当我想用R中的dist()在这个数据上建立一个距离矩阵时，它说它需要5 TB内存。我有以下几种方法：改变聚类方法"group by"：计数重复的行数，并添加一个列，说明此行在源中被复制了多少次。
浏览 0提问于2016-08-30得票数 2
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我正在寻找用于分层聚类(或其他聚类方法)的R包，它们可以处理混合数据类型。我有一个包含连续变量和序数变量的数据集。我们非常感谢您的任何建议。
浏览 6提问于2020-07-01得票数 0
我正在尝试使用自定义距离度量执行分层聚类。我在Python中执行所有计算，然后将数据结构传递给R进行聚类r=robjects.rstats = importr('stats')
m = r.matrix(robjects.FloatVector(list_of_
浏览 1提问于2011-03-19得票数 1
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R和Matlab结构
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我对R知之甚少，但我需要将matlab中的层次聚类所产生的树状图转换为R树状图结构。下表显示了matlab函数中分层聚类产生的树状图；其中第一列和第二列是对象或分支的is，第三列是距离。
有没有办法把这个表(或matlab的树状图)映射成R树状图？
浏览 1提问于2016-01-18得票数 0
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我有一个分类数据集，我需要在不知道k的情况下对它进行聚类。我知道聚类数据的标志，而不知道质心的数目，比如G-均值，但是对于类别数据，没有一种是有效的。我认为DBSCAN也是因为密度不好。
浏览 0提问于2016-05-07得票数 3
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我感兴趣的是使用pvclust R包来确定我使用R中的常规层次聚类hclust函数生成的聚类的重要性。我有一个数据矩阵，它由大约8000个基因及其在4个发育时间点的表达值组成。下面的代码显示了我用来对我的数据执行常规层次聚类的代码。我的第一个问题是:有没有一种方法可以将hr.dendrogram图应用于pvclust？其次，pvclust似乎是对列进行聚类，而且它似乎更适合于跨列进行比较的数据，而不
浏览 1提问于2012-12-05得票数 2
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我想使用R来使用描述相同样本的两组变量来执行分层聚类。一组是微阵列基因表达数据(针对特定基因)，这些数据已经标准化并进行了批量效应校正。另一组也有一些描述相同样本的定量临床参数。因此，我的最终目标是实现分层聚类并同时使用这两个组(合并到矩阵/数据帧中)，以检查这些临床变量中的哪些与特定基因聚类，等等：
1)在与基因合并并执行聚类之前，临床变量组中的初始转换是必要的吗？
浏览 13提问于2017-01-28得票数 2
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如何在scipy/numpy中对相关矩阵运行分层聚类？我有一个100行x 9列的矩阵，我想通过9个条件中每个条目的相关性来进行分层聚类。我想使用1-pearson相关性作为聚类的距离。
浏览 1提问于2010-05-26得票数 12
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作为对R相对较新的人，我在创建for循环时遇到了问题。
我有一个非常大的数据集，有9000条观测数据和25个分类变量，我已经将这些数据转换为二进制数据和预先形成的分层聚类。现在，我想尝试K模式聚类，使用“集群内每个集群的简单匹配距离”生成一个弯头图，这是从kmodes$withindiff输出的。我可以对每个k in 1:8集群进行求和，以得到弯头图。我需要创建一个for循环，通过每个k in 1:8循环并将每个输出保存到8个不同的向
浏览 4提问于2016-04-25得票数 1
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