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    如何整合多个单细胞数据集

    学员表示他在处理这个数据集(GSE152938)的时候,因为数据集里面是5个样品,但是只有一个是正常组织的样品,分组是不平衡的,所以需要联合其它数据集的正常组织,但是不知道如何在r编程语言里面操作。...数据集(GSE152938) 如下所示的数据集(GSE152938)文件形式 : 文件形式 对于这个数据集(GSE152938),可以使用下面的代码进行批量读取哈: dir='GSE152938_RAW...( dir ) samples 上面的这两个数据集走我们给大家的标准代码后各自独立的降维聚类分群,就会有 2-harmony/sce.all_int.rds 文件夹和文件。...然后就可以使用下面的代码,合并两个数据集: GSE131685 = readRDS('../2020-GSE131685-3个正常人的肾单细胞/2-harmony/sce.all_int.rds')...pwd=a7s1) 所以,理论上使用这个技巧是可以处理无限多个不同来源的单细胞转录组数据集啦,而且无需担心大家的文件格式的问题,反正每个数据集都自己的内部处理好,然后外部构建成为sceList合并即可。

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    多芯片分析(如何将多个测序、芯片数据集合并为一个数据集)(1)

    这是一个对我有特殊意义的教程,大约在一年半以前,我和朋友开始研究如何将多个数据集合并为一个数据集来分析,但是当时试了很多方法,效果不理想,再加上很多前辈告诉我很多人不认同这样合并多个数据集(因为会导致很多误差...然后最近因为疫情我又重新开始研究这段,终于给摸索出来一个还可以的教程并结合自己的数据集做了实例验证,效果挺满意的,所以想把这段教程写下来并总结以待后用。 移除批次效应前 ? ? ?...因为目前合并多个测序、芯片数据集这一块并没有完全统一的标准,方法大概有五六种。公说公有理婆说婆有理,对于我这样的新手来说,最简单的是跟随顶级文章的文章思路或者分析流程和步骤。

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    当数据量增加时,如何提升数据库性能?

    数据库优化--当写入数据增加时,如何实现分库分表? 高并发下数据库的一种优化方案:读写分离。就是一老主从复制的技术使得数据库实现数据复制多份,增加抵抗大量并发的得写能力。提升数据库的查询性能。...如何对数据库做垂直拆分 不同于主从复制的数据是全量拷贝到多个节点,分库分表后,每个节点保存部分的数据,这样可以有效的减少单个数据库节点和单个数据表中存储的数据量。...建立映射表,比如用户表是采用ID 作为分片键的,可以通过用户昵称和 ID 做一张映射表,当要查询的时候,先通过昵称找到ID ,然后找到对应的表,这样就能找到对应哪个库,哪个表的数据。...其次比如 Count() 操作,数据被分散到多个表,这样只能一个表 count, 当然,也可以采用 在分布式缓存 Redis 中记录数据总数。...分库分表主要方式垂直拆分和水平拆分,水平拆分方式有 Hash 分表,或者按照时间字段拆分,分库分表带来的分片键可使用映射表来处理。 如果没有性能瓶颈,尽量不分库分表 如果要做,就一次性做到位。

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    R语言指定列取交集然后合并多个数据集的简便方法

    我的思路是 先把5份数据的基因名取交集 用基因名给每份数据做行名 根据取交集的结果来提取数据 最后合并数据集 那期内容有人留言了简便方法,很短的代码就实现了这个目的。...我将代码记录在这篇推文里 因为5份数据集以csv格式存储,首先就是获得存储路径下所有的csv格式文件的文件名,用到的命令是 files<-dir(path = "example_data/merge_data...相对路径和绝对路径是很重要的概念,这个一定要搞明白 pattern参数指定文件的后缀名 接下来批量将5份数据读入 需要借助tidyverse这个包,用到的是map()函数 library(tidyverse...) df<-map(files,read.csv) class(df) df是一个列表,5份数据分别以数据框的格式存储在其中 最后是合并数据 直接一行命令搞定 df1数据,但是自己平时用到的数据格式还算整齐,基本上用数据框的一些基本操作就可以达到目的了。

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    当查询的数据来自多个数据源,有哪些好的分页策略?

    概述 在业务系统开发中,尤其是后台管理系统,列表页展示的数据来自多个数据源,列表页需要支持分页,怎么解决? 问题 ?...如上图,数据源可能来自不同 DB 数据库,可能来自不同 API 接口,也可能来自 DB 和 API 的组合。 我这也没有太好的解决方案,接到这样的需求,肯定首先和需求方沟通,这样分页是否合理。...无非就两种方案: 数据定期同步,首先将查询的数据汇总到一个地方,然后再进行查询分页。 内存中分页,首先将查询的数据存放到内存中,然后再进行查询分页。...如果以某一数据源进行分页,其他字段去其他数据源获取,这样还好处理一些。 如果以多个数据源融合后再分页的话,就数据定期同步 或 内存中分页吧。...pagination": { "total": 10, "currentPage": 2, "prePageCount": 3 } } 小结 如果你有更好的方案

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    当 Kafka 分区不可用且 leader 副本被损坏时,如何尽量减少数据的丢失?

    经过上次 Kafka 日志集群某节点重启失败导致某个主题分区不可用的事故之后,这篇文章专门对分区不可用进行故障重现,并给出我的一些骚操作来尽量减少数据的丢失。...,即偏移量为 0,此时 broker1 的副本需要截断日志,保持偏移量不大于 leader 副本,此时分区的数据全部丢失。...尽管这么做也是会有数据丢失,但相比整个分区的数据都丢失而言,情况还是会好很多的。...我的骚操作 首先你得有一个不可用的分区(并且该分区 leader 副本数据已损失),如果是测试,可以以上故障重现 1-8 步骤实现一个不可用的分区(需要增加一个 broker): ?...成功挽回了 46502 条消息数据,尽管依然丢失了 76053 - 46502 = 29551 条消息数据,但相比全部丢失相对好吧!

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    2000字详解 当Pandas遇上超大规模的数据集该如何处理呢?

    大家一般会用Pandas模块来对数据集进行进一步的分析与挖掘关键信息,但是当我们遇到数据集特别特别大的时候,内存就会爆掉,今天小编就来分享几个技巧,来帮助你避免遇到上述提到的这个情况。...接下来我们使用for循环并且将自己创立数据预处理的函数方法作用于每块的DataFrame数据集上面,代码如下 chunk_list = [] # 创建一个列表chunk_list # for循环遍历...我们将上面的思路整理成代码,就是如下所示 def reduce_mem_usage(df): """ 遍历DataFrame数据集中的每列数据集 并且更改它们的数据类型...""" start_memory = df.memory_usage().sum() / 1024**2 print('DataFrame所占用的数据集有: {:.2f} MB'...format(100 * (start_memory - end_memory) / start_memory)) return df 大家可以将小编写的这个函数方法拿去尝试一番,看一下效果如何

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    MySQL 外码约束原理:如何解决数据库添加数据时产生的外码(外键)约束?

    文章目录 前言 一、插入新数据时报错外键约束? 二、对于出错 SQL 语句的分析 三、对于外码约束的分析 四、如何处理外键约束?...总结 ---- 前言 我们在使用 MySQL 数据库时,添加数据如果设计不合理很容易出现外码约束的情况,为什么会产生这样的问题?那我们该如何处理这一问题呢?依据又是什么?...我们在 Course 表中插入课程号为 1 的数据时提示违反了外键约束,插入命令如下: insert into course(cno,cname,cpno,ccredit) values('1','数据库...但是我们反观上面操作,第一个插入的就是 cno=‘1’ 的数据,cno=‘5’ 的还没有插入,很显然不满足参照完整性规则。 四、如何处理外键约束?...---- 总结 本文我们掌握了 MySQL 数据库如何在设计不合理时遇到的外码约束的问题,并通过经典案例为大家分析了为何会出现这样的问题,同时顺着思路来设计业务的解决方案。

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    这个深度学习库能执行10多种图像文本任务,有20多个数据集,还统一接口|已开源

    (看图) 具体LAVIS有何过人之处?一起来看看吧~ ⼀站式视觉语⾔框架 LAVIS概括下来,可以用三个数字来表示:四、十、二十。...也正是有了这些视觉语言模型做基础,LAVIS才能够运行这十余种视觉语言任务。...讲完模型架构和任务,就还差数据集了,不过这就不必担心,因为LAVIS能够支持二十多种数据集。 想实现各项任务都能够找到合适的数据集进行训练。...这样一来,⽤户便可以利⽤LAVIS提供的load_model(), load_dataset() ,⼀键加载所需模型和数据集。...这些模块之间相互依赖,由此便形成了一个简单而统一的库,进而可以更方便地训练和评估模型;访问所支持的模型和数据集以及扩展新模型、任务和数据集。

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    这个深度学习库能执行10多种图像文本任务,有20多个数据集,还统一接口|已开源

    (看图) 具体LAVIS有何过人之处?一起来看看吧~ ⼀站式视觉语⾔框架 LAVIS概括下来,可以用三个数字来表示:四、十、二十。...也正是有了这些视觉语言模型做基础,LAVIS才能够运行这十余种视觉语言任务。...讲完模型架构和任务,就还差数据集了,不过这就不必担心,因为LAVIS能够支持二十多种数据集。 想实现各项任务都能够找到合适的数据集进行训练。...这样一来,⽤户便可以利⽤LAVIS提供的load_model(), load_dataset() ,⼀键加载所需模型和数据集。...这些模块之间相互依赖,由此便形成了一个简单而统一的库,进而可以更方便地训练和评估模型;访问所支持的模型和数据集以及扩展新模型、任务和数据集。

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    MySQL 数据库添加数据时为什么会产生外码(外键)约束?原理就是什么?如何解决?

    文章目录 前言 一、插入新数据时报错外键约束? 二、对于出错 SQL 语句的分析 三、对于外码约束的分析 四、如何处理外键约束?...总结 ---- 前言 我们在使用 MySQL 数据库时,添加数据如果设计不合理很容易出现外码约束的情况,为什么会产生这样的问题?那我们该如何处理这一问题呢?依据又是什么?...---- 本次案例的案例情景是传统的数据库表:学生-课程数据库。 一、插入新数据时报错外键约束? 我们在 Course 表中插入课程号为 1 的数据时提示违反了外键约束。...但是我们反观上面操作,第一个插入的就是 cno=‘1’ 的数据,cno=‘5’ 的还没有插入,很显然不满足参照完整性规则。 四、如何处理外键约束?...---- 总结 本文我们掌握了 MySQL 数据库如何在设计不合理时遇到的外码约束的问题,并通过经典案例为大家分析了为何会出现这样的问题,同时顺着思路来设计业务的解决方案。

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    【DB笔试面试498】当DML语句中有一条数据报错时,如何让该DML语句继续执行?

    题目部分 在Oracle中,当DML语句中有一条数据报错时,如何让该DML语句继续执行? 答案部分 当一个DML语句运行的时候,如果遇到了错误,那么这条语句会进行回滚,就好像没有执行过。...有了这个语句,就可以很轻易的在错误记录表中找到某次操作所对应的所有的错误,这对于错误记录表中包含了大量数据,且本次语句产生了多条错误信息的情况十分有帮助。只要这个表达式的值可以转化为字符串类型就可以。...ERRLOG')REJECT LIMIT 1 * ERROR at line 1: ORA-00001: unique constraint (LHR.PK_T1_A) violated 可以看到,当设置的...REJECT LIMIT的值小于出错记录数时,语句会报错,这时LOG ERRORS语句没有起到应有的作用,插入语句仍然以报错结束。...④ 错误日志表的列不支持的数据类型包括:LONG、LONG RAW、BLOG、CLOB、NCLOB、BFILE以及各种对象类型。

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