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如果这个R包真的不存在了肿么办

有学员看了我们的甲基化芯片教程(大概是两年前)，想跟着代码来跑自己的数据，但是卡在安装R包上面，就是一个很简单的注释包(IlluminaHumanMethylation450k.db)，注释我们甲基化芯片设计的探针到对应的基因组坐标...version 3.6.1) 这是一个大名鼎鼎的 is not available 错误，翻译成为中文，就是你想安装的包在指定的R或者bioconductor版本里面不存在。...学员来求助于我，下意识的我会检查他的R或者bioconductor版本，然后看是不是R包名字输入错误。...也就是说，这个包是被删除了，在 https://bioconductor.org/about/removed-packages/ 可以看到是很早之前，就被删除了。...如何安装被移除的R包呢 这个其实跟我之前讲解的如何安装旧版R包有异曲同工之妙。 留给读者解决吧，相信你粉了我们生信技能树这么久，这一点实力，还是可以有的！

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    R语言时间序列函数大全（收藏！）

    nlme) #调用其中的gls函数 library(fArma) #进行拟合和检验 基本函数 数学函数 abs，sqrt：绝对值，平方根 log, log10, log2 , exp：对数与指数函数 sin...x, as.Date(charvec)) #包xts timeSeries(x,as.Date(charvec)) #包timeSeries #规则的时间序列，数据在规定的时间间隔内出现 tm = ts...#预设的时间有重复的时间点时 zoo会报错 xts按照升序排列 timeSeries把重复部分放置在尾部； #行合并和列合并 #都是按照列名进行合并，列名不同的部分用NA代替 cbind() rbind...lines(U, col=”blue”, lty=”dashed”) lines(L, col=”blue”, lty=”dashed”)#在时序图中作出95%置信区间 ——说明：运行命令arima(prop...”ML”) #看nlme包 summary(fit.gls2) #或 fit=arima(eg1,c(1,0,0),xreg=time(eg1),include.mean=F,method=”ML”)

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    python代码检查工具pylint-让你的python更规范

    Pylint 的一个很大的好处是它的高可配置性，高可定制性，并且可以很容易写小插件来添加功能。 如果运行两次 Pylint，它会同时显示出当前和上次的运行结果，从而可以看出代码质量是否得到了改进。...使用 Pylint 对一个包 pakage 进行代码检查： 1. 进入这个包所在文件夹，运行 pylint [options] pakage。...此外，对于安装了 tkinter 包的机器，可以使用命令 pylint-gui打开一个简单的 GUI 界面，在这里输入模块或者包的名字 ( 规则同命令行 ), 点击 Run，Pylint 的输出会在 GUI...在Pylint的输出中有如下两个部分：源代码分析部分和报告部分。...违反了编码风格标准 (R) 重构。写得非常糟糕的代码。 (W) 警告。某些 Python 特定的问题。 (E) 错误。很可能是代码中的错误。 (F) 致命错误。阻止 Pylint 进一步运行的错误。

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    r语言 固定效应模型_r语言coef函数

    包 R中有很多软件包可以做混合线性模型，这里我只介绍nlme、lme4和ASreml（对！...几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。...lme4 lme4包是由Douglas Bates开发，他也是nlme包的作者之一，相对于nlme包而言，它的运行速度快一点，对于睡觉效应·随机效应的结构也可以更复杂一点，但是它的缺点也和nlme一样...它的用户主要是育种公司、科研机构等，它可以在各种平台上运行，包括Windows、Linux、OS X等。...2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。

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    Zigbee协议栈中文说明

    网络层数据实体在接受到该原语时，为传送NSDU包，需要构造一个NPDU包。在处理过程中，如果网络层数据实体在发送NSDU包之前，先发送了NLDE-DATA.cindirm原语，则将发起所有的后续处理。...该命令通知发送数据帧源设备，在传送数据帧时出现错误。路由错误命令的载荷格式如图3.13所示。...3.5.6.3.1能力信息域 是一个1字节的域，这个域包含在连接请求命令中的能力信息域的格式，在表3.18中有描述。...3.7.3.4 链路状态信息 无线的连接可以是不对称的，也就是说，它们在一个方向可能工作良好，但向另一个方向却不然。因此，在路由请求中的链路发现返回应答时会发生错误。...如果设备在使用正常的单播路由处理单播数据帧时遇到链路失败，设备将向源设备发送返回一个路由错误命令帧，其错误代码标示失败的原因（见表3.40），并向上层发送NLME-ROUTE-ERROR.indication

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    R语言︱线性混合模型理论与案例探究（固定效应&随机效应）

    包 R中有很多软件包可以做混合线性模型，这里我只介绍nlme、lme4和ASreml（对！...几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。...lme4 lme4包是由Douglas Bates开发，他也是nlme包的作者之一，相对于nlme包而言，它的运行速度快一点，对于睡觉效应·随机效应的结构也可以更复杂一点，但是它的缺点也和nlme一样...它的用户主要是育种公司、科研机构等，它可以在各种平台上运行，包括Windows、Linux、OS X等。...2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。

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    PyHero爱之初体验(上)~

    最近爱上了tree命令~看看目录结构 ? 项目里面只有一个图片，我抠下来。安装在这里。 ? 看看里面的目录写的是什么。打开一个shell文件。很明显是一个执行命令，去试试看 ?...如图所示 ---- 你可能会说了，好像命令不太一样。因为这个app的编写是linux上面写的，而且还是py2.7时代的产物。别以为现在这么容易的运行，我改了半天代码，~~~~~ ?...因为我现在是win平台,先往下看 4.subprocess 一、subprocess以及常用的封装函数 运行python的时候，我们都是在创建并运行一个进程。...像Linux进程那样，一个进程可以fork一个子进程，并让这个子进程exec另外一个程序。在Python中，我们通过标准库中的subprocess包来fork一个子进程，并运行一个外部的程序。...运行出来就是这个样子,我现在汉化一下??? ? 对不起了,老外.我忍不住把名字也改了. ---- 等下,程序写的有点不对劲.我需要在Linux下试验一下.这个分析先分析到这里. ----

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    如何配置 latexmk

    $\LaTeX$ 文档的编译过程通常比较复杂，尤其是有参考文献的情况下， 需要多次编译并调用外部命令。这个问题可以通过 latexmk 工具来解决。...我个人由于需要使用不同的引擎，所以默认设为 1， 然后用命令行参数切换不同的引擎，比如 latexmk -xelatex。...$bibtex_use = 1.5; 通常 bbl 文件是由 BibTeX 编译 bib 文件生成的，在清理辅助文件时可以删掉； 但是有时并没由提供 bib 文件，只有 bbl（比如 arxiv 上的...makeindex -s nomencl.ist -o \"$_[0].nls\" \"$_[0].nlo\"");\ }\ push @generated_exts, "nlo", "nls"; 一些宏包需要额外的编译命令...， 比如 nomencl 宏包需要调用 makeindex 命令将 nlo 文件编译成 nls 文件， 所以要手动配置这个编译过程。

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    parse() got an unexpected keyword argument transport_encoding

    这个错误通常在使用Python的解析库时出现，本文将介绍这个问题的原因，并提供解决方法。...问题的原因当我们使用某些Python解析库时，例如BeautifulSoup或lxml等，我们可能会在调用parse()方法时遇到这个错误。...这个错误通常发生在向parse()方法传递关键字参数transport_encoding时。 这个错误的原因很可能是我们使用了不兼容的库版本或不正确的参数名称。...在命令行中运行以下命令：shellCopy codepip install --upgrade library_name其中，library_name是你正在使用的解析库的名称，例如beautifulsoup4...当我们解析包含非ASCII字符的XML文档时，需要确保文档使用的编码方式与解析器预期的编码方式一致，以避免乱码或解析错误。

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    Go语言核心36讲（Go语言基础知识二）--学习笔记

    这里，我给出你一个参考的回答：命令源码文件是程序的运行入口，是每个可独立运行的程序必须拥有的。我们可以通过构建或安装，生成与其对应的可执行文件，后者一般会与该命令源码文件的直接父目录同名。...当需要模块化编程时，我们往往会将代码拆分到多个文件，甚至拆分到不同的代码包中。但无论怎样，对于一个独立的程序来说，命令源码文件永远只会也只能有一个。...首先，Go 语言标准库中有一个代码包专门用于接收和解析命令参数。这个代码包的名字叫flag。 我之前说过，如果想要在代码中使用某个包中的程序实体，那么应该先导入这个包。...状态码2代表用户错误地使用了命令，而flag.PanicOnError与之的区别是在最后抛出“运行时恐慌（panic）”。 上述两种情况都会在我们调用flag.Parse函数时被触发。...总结 如果你想详细了解flag包的用法，可以到这个网址 https://golang.google.cn/pkg/flag/ 查看文档。或者直接使用godoc命令在本地启动一个 Go 语言文档服务器。

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    从源码的角度看Go语言flag库如何解析命令行参数！

    在此包中所有可作为参数的类型都有这样的定义。 在flag包的设计中有两个重要的类型，Flag和FlagSet分别表示某个特定的参数，和一个无重复的参数集合。...Parse的代码里用到了一个，CommandLine共享变量，这就是内部库维护的FlagSet，所有的参数都会插到里面的变量地址向地址的指向赋值绑定。...var CommandLine = NewFlagSet(os.Args[0], ExitOnError) 可以看到调用的时候是传入命令行第一个参数，第二个参数表示报错时应该呈现怎样的错误。...绑定错误时退出。 分别为每个FlagSet绑定要解析的变量。 如果判断命令行输入参数少于2个时退出（因为第0个参数是程序名本身）。...补充：使用NewFlagSet时，flag 提供三种错误处理的方式: ContinueOnError: 通过 Parse 的返回值返回错误 ExitOnError: 调用 os.Exit(2) 直接退出程序

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    PySpark分析二进制文件

    通过搜索问题，许多文章提到了国内的镜像库，例如豆瓣的库，结果安装时都提示找不到pyspark。 查看安装错误原因，并非不能访问该库，仅仅是访问较慢，下载了不到8%的时候就提示下载失败。.../Python.framework/Versions/2.7/share' 即使这个安装方式是采用sudo，且在管理员身份下安装，仍然提示该错误。...所以这里要带名参数： sc = SparkContext(conf = conf) sys.argv的坑 我需要在使用spark-submit命令执行python脚本文件时，传入我需要分析的文件路径。...argv是一个list类型，当我们通过sys.argv获取传递进来的参数值时，一定要明白它会默认将spark-submit后要执行的python脚本文件路径作为第一个参数，而之后的参数则放在第二个。...要解决这个问题，最简单的办法是导入一个现成的模块： from __future__ import division 注意：这个import的声明应该放在所有import声明前面。

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    GORM V2 几个最实用的功能和升级注意事项

    最近在自己在开发个人的新项目，这个项目预计未来几个月后能跟大家见面，项目搭建的过程中遇到了ORM版本选择的问题，经过自己仔细斟酌还是选择了GORM的 V2版作为项目的ORM框架，这个抉择过程其实就是说服自己不使用的...V2 支持在日志中增加追踪信息 说实话这个是我选择升级到V2的一个主要原因， 良好的基础框架是一个项目成功的必备因素，GORM V1版本开发的Logger接口中我们是没有办法把请求上下文传递进去的。...，比如引入一个GLS开源库，每个请求唯一的traceid、spanid 这些都放到gls里，记日志的时候再从GLS里把这些信息拿出来记录到日志中去。...但是现在GORM V2 支持Flag 模式了，就是咱们很多人用的0代表未删除 1代表删除 使用前需要先安装GORM的soft_delete这个包。...是否要升级V2 这里说的这些知识我目前体验下来的几点明显变化，像什么数据迁移之类的我就没看，因为真正做项目的时候没这个权限。

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    R语言nlme、nlmer、lme4用（非）线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例|附代码数据

    这个问题的参数是：已知截距（0日值）在各组和样本之间是相同的。 数据 用lattice和ggplot2绘制数据。...gnls(     X ~ SSfpl) 但如果我只允许asymp.R在各组之间变化，就能运行成功。 params=symp.R~Group 绘制预测值。...plot(dp,(x=fitted,y=res,colour=Group)) 01 02 03 04 我不能用nlme来处理三个参数因组而异模型，但如果我只允许asymp变化，就可以运行。...nlmer 我想现在可以为nlmer得到正确的模型规范，但我找不到一个方便的语法来进行固定效应建模（即在这种情况下允许一些参数因组而异）--当我构建了正确的语法，nlmer无法得到答案。...似然分析 计算一个( sigma^2_R ) 似然函数的代码并不难，但运行起来有点麻烦：它很慢，而且计算在置信度下限附近的几个点上出现了非正-无限矩阵；我运行了另一组值，试图充分覆盖这个区域。

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    AI copilot 能提升开发效率么？

    而且，这些代码都是我在工作之余写的，可以说从数字上看，我「仅仅」用业余时间就以极大的优势「完胜」优秀的程序员。 单纯从上面我个人的数据来看，AI 对开发效率有极其强劲的提升！...; Ok(BulkString(data)) } 有了这个新的认知，当我给定 array 的注释时，copilot 会学习 bulk string 的写法，然后妥善处理错误。...目前，这几种情景我觉得 AI copilot 带给我帮助最大。 如何避免 copilot 的错误？ 在使用 copilot 时，错误是不可避免的。...常见问题1：盲目信任 copilot 我在写 redis RESP 解析器时，没有验证 copilot 帮我生成的关于 map 的示例。...我却没有仔细检查，盲目相信 copilot，导致这个错误的需求示例进一步导致生成的代码，以及生成的测试都出现同样的错误。这样的代价很大，这个错误直到后续我添加真实场景的测试时才被揪出来。

    32010

    Python与R的争锋：大数据初学者该怎样选？

    Python和R作为机器学习的主流语言，受到了越来越多的关注。数据学习领域的新兵们经常不清楚如何在二者之间做出抉择，本文就语言特性与使用场景为大家对比剖析。...二.Python和R在文本信息挖掘和时序分析方面的区别 Python和R都有非常强大的代码库，Python有PyPi，R有CRAN。...但两者方向不同，Python使用的范围更加广泛，涉及到方方面面；R更专注统计方面，但在数据量大时运行速度很慢。下面我针对数据分析中的两种使用场景来比较Python和R： 1.  ...使用R进行情感极性分析 首先需要对数据进行预处理，安装Rwordseg/rJava（其中有不少坑）两个包； 进行数据清理清除掉没用的符号后，进行分词：Rwordseg中的segmentCN方法可以对中文进行分词...GARCH模型 library(nlme)--调用其中的gls函数 library(fArma)--进行拟合和检验 library(forecast)—arima建模 下面我介绍一下R语言中forecast

    6K90

    因为使用peerDependencies而引发的bug

    前言 前几天有个人跟我反馈说，她fork了我右键菜单那个开源项目，一直无法打包成功。我寻思着应该不可能吧，当我尝试打包时，果然翻车了。...g n 安装完成后，我去找了下我写这个项目时所发布的node版本v14.14.0，我们用n工具来安装并切换它： n 14.14.0 我们运行node --version命令看下是否成功。...当我满怀信心的执行build命令后，结局却让我很失望。 是的，他换了个错误 image-20210912132222990 看报错是类型无法自动推导，这就很怪异了。...dependencies dependencies是package.json中的一个属性，里面放运行代码时所需的依赖，在install时这些包会被安装，打包项目时，这里面的包也会被打包进去。...peerDependencies peerDependencies也是package.json中的一个属性，这个单词翻译过来是对等依赖的意思，这里面的包在install时并不会安装，打包项目时，这里面的包也不会被打包进去

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    一次Rust重写基础软件的实践（三）

    有读者可能会问：既然 Rust 定义了 Unrecoverable Errors, 那就是不可恢复的错误，我为什么还固执的需要处理这种错误呢？回答这个问题还是需要结合我的场景来讨论。...(int array[]) 将数组以一个指定 size 大小的数组传递给函数 void foo(int array[SIZE]) 在 C 语言中有多种方式把一个数组传递给函数，不仅如此，大家知道在...解决方案 在解决这个问题时，我首先考虑到的是在 Rust 中寻找类似 Golang 的 panic 恢复机制 [4]。...而我也基于这个办法，在做了相应的试验后，将其运用到了转化的项目中，同时我把试验的样本代码放到了我的 github [7] 里，欢迎大家一起交流。...; 的输出。 对于处理了 panic 错误的代码，我需要做出一些说明和解释。首先 std::panic::catch_unwind 是一个闭包调用，所以对于变量的处理需要谨慎一些。

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