我在snakemake管道中得到以下错误： Building DAG of jobs...F19FTSEUHT1027.PSU4_ISF1A_long.fastq.gzcanuw
浏览 49提问于2020-01-15得票数 0
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我的Snakefile包含"conda“指令，我总是用--use-conda标志调用snakemake。
默认情况下是否有启用此标志的方法？也就是说，在默认情况下，我可以让snakemake使用conda而不将--use-conda显式地添加到每次调用中吗？
浏览 4提问于2019-12-02得票数 0
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TLDR I得到以下错误：
“如果包装器的构建器不是非常小心，那么依赖主机库的conda环境中就会出现动态库注意:与上面链接中使用预定义
浏览 5提问于2020-09-21得票数 1
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在尝试运行snakemake时，我总是必须安装/下载conda。(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.shCreating conda environment ..有预装的方法吗？我注意到conda安装在.snakemake/文件夹中。
浏览 22提问于2022-02-25得票数 1
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我有一个简单的Snakefile，我有一个使用YAML配置文件中定义的Conda环境的规则。但是，在运行此Snakefile时，Snakemake不激活Conda环境，并返回此错误： jobid: 0
conda-env我的问题是:如何从我的SnakeMake脚本中自动激活Conda
浏览 0提问于2018-09-11得票数 0
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我在和Snakemake建一条管道。一条规则涉及使用readr读取CSV文件的R脚本。当我使用--use-singularity和--use-conda运行管道时，我会得到这个错误In addition: Warning message:
In我正在容器中运行整个管道，以确保可再现性。Snakemake建议在Miniconda容器上<e
浏览 4提问于2021-06-21得票数 2
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编辑，在尝试任何操作之前，请确保安装Snakemake之前：如广告所示：。不要像这里所宣传的那样安装它：，您将得到一个非常旧的版本( -c conda-forge是很重要的！)我今天一直在和蛇搏斗。我的问题是，我的明星法则给了我一个错误：
/rst1/2017-0205_illuminase
浏览 2提问于2018-11-15得票数 0
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我用python3.5创建了一个Conda环境，以便运行Snakemake工作流。我在Snakemake规则中使用了单独的Conda环境。我想使用python2库运行其中的一个模块，但是在这里我似乎不能导入特定的模块。这是我的规则的环境： - conda-forge - z
浏览 16提问于2017-12-28得票数 1
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在以前的Snakemake版本(在3.9.1上使用与bioconda --use-conda的集成进行了测试)上，我只能检查environment.yaml文件的workdir散列，并在以下位置找到相应的环境: workdir/.snakemake/conda/md5
在版本4.3.0上，文件的md5哈希与环境文件夹不匹配。查看源代码
浏览 0提问于2017-11-12得票数 1
如何让snakemake激活我的环境列表中已经存在的conda环境？ 我知道您可以将--use-conda与.yaml环境文件一起使用，但这似乎会生成一个新的环境，当该环境已经存在时，这会很烦人。我尝试过使用： 但它只是为环境中的包返回命令未找到错误
浏览 341提问于2019-11-29得票数 2
当我运行以下命令时：bcftools +fill-tags input.vcf.gz -- -t 'F_MISSING' | bcftools view -i 'INFO/F_MISSING<0.25'bcftools 1.15可以很好地运行此命令。但是，1.15版会使我在snakefile中使用的其他包变得复杂。您知道如何使用bcftls 1.16添加F_MISSING吗？我使用conda install -c
浏览 12提问于2022-11-18得票数 1
snakemake使用：它似乎成功地构建了环境，当我在..snakemake/conda/79eeda 10/bin/samtools中检查版本时当我使用这个方法运行一个只在1.9版本中可用的特定samtools参数的不同规则时，它也会失败，
浏览 0提问于2021-01-04得票数 1
我刚开始使用Snakemake，使用的是snakemake-minimal 5.4.5。如果我明确了这条规则中的所有文件名(即，我使用染色体编号代替{染色体}通配符)，它就能完美地工作。input files cannot be determined from output files: chromosome 如果我在shell中运行下面这样的代码，你知道为什么：
浏览 27提问于2020-06-10得票数 1
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我有一些代码，我正在合并到Snakemake管道中。我还希望能够独立于Snakemake运行代码，所以我想编写灵活的代码。我在我的Snakemake文件中的规则中有以下结构： input: output: runfile.py
然后，在<
浏览 3提问于2019-04-30得票数 3
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我正在努力在我们大学的HPC上实现一个snakemake管道。我在一个激活的conda环境中这样做，并使用sbatch提交了以下脚本： --configfile，它无法识别我的config.yaml文件中的参数(例如)：
snakemake: err
浏览 13提问于2021-10-30得票数 1
我正在写一个snakemake文件，将对多个样本执行多个操作。在我验证了在本地计算机上运行的工作流之后，我现在正在集群上运行该工作流。我的前两条规则彼此独立，第一条规则使用fastqc，另一条规则使用bwa mem 这两个规则类似于(此时我仅在单个SAMPLE = 'NIPT-PearlPPlasma-03-PPx_S3downSample： s
浏览 31提问于2020-04-08得票数 1
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原题：
据我所知，snakemake (参见)的最佳实践是，每个规则都应该有自己的envs文件，以保持模块化和可维护性。在我的例子中，那是25种环境。但是，对于某些规则来说，这是失败的，在规则env中安装的工具会拉出与运行snakemak的“父”env中的版本不完全相同的pa
浏览 12提问于2022-05-04得票数 -1
我在一个名为myenvname的conda环境中安装了一个Python模块myenvname。__version__)
当我使用命令snakemake -j 1 --use-conda --conda-frontend conda运行上面的snakemake文件时，我得到了ModuleNotFoundError，这意味着在我指定的环境中没有modulename。编辑:错误的脚本修复
浏览 21提问于2022-11-17得票数 0
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在snakefile中，如何访问通过命令行传递给snakemake的所有配置值和相应的参数？例如，通过运行：特别是，我希望获得snakefile中可用核心的数量，以便能够使用该值执行一
浏览 0提问于2019-02-26得票数 3
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