主要内容： 准备数据 基本点图 在点图上添加摘要统计信息 添加平均值和中位数 带有盒子图和小提琴图的点图 添加平均值和标准差 按组更改点图颜色 更改图例位置 更改图例中项目的顺序 具有多个组的点图...定制的点图 相关信息 第一步：准备数据，使用的数据包括三列，len长度，supp是分类变量，dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。...设置仅显示dose为0.5mg和2mg两个分组的点图 p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2")) ?...第四步：添加箱图 # Add basic box plot ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot()+ geom_dotplot...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len
它是箱式图和密度图的组合，密度图通过旋转放置在箱式图侧边，以显示数据的分布形状。小提琴图比箱形图显示更多的信息。...主要是数据的分布，可以看出是双峰的还是多峰的 主要函数和参数 geom_violin()主函数 color, size, linetype：线条的颜色大小和线的类型 fill：填充颜色 trim：是否修剪小提琴尾部...，需要转换为因子 # @ supp 分组变量，需要转换为因子 ToothGrowth <- get_data() # 需要的包 library(ggplot2) library(patchwork)...", color = "black" ) # 添加分组颜色、箱式图 p2 <- p + geom_violin(aes(fill = dose), trim = FALSE) + geom_boxplot...# 多组点图 # 分组信息展示为添加颜色 p6 boxplot(width = 0.5) + geom_dotplot(aes(fill = supp), binaxis
技能树新开了一个专辑《绘图小技巧2025》，欢迎关注，这是今年这个专辑的第一篇稿子~ 此次给绘制的图来自文献《Triple DMARD treatment in early rheumatoid arthritis...复现的图： 这个图主要展示了 A：治疗后 与 治疗前的差异火山图，B：治疗前 与正常对照 差异基因在三组样本中的表达热图，以及 C&D：一些 marker 基因在三个组别中的箱线图+抖动散点+显著性比较...limma 算法，我们也尽量复现同样的哈，其中，疾病和对照肯定是差异巨大，但是治疗前后就很难说了因为从文献里面的pca来看本来就是分组内的差异并没有显著的小于组间差异！...test = "t.test") + # 检验的类型,可以更改 ylim(c(0,max_pos*1.12)) + theme_classic() + #设置白色背景 labs...test = "t.test") + # 检验的类型,可以更改 ylim(c(0,max_pos*1.12)) + theme_classic() + #设置白色背景 labs
一、前言 柱状图和箱线图的代码能理解了其实发现好多作图都是可以触类旁通的，小提琴图作为科研结果常用展示图也不可或缺，用ggplot或者vioplot。...(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_violin(trim=T) #T改为F即完整的小提琴图 p 图片 #选择需要显示的x项 p + scale_x_discrete...)) + geom_violin(trim=FALSE) p + stat_summary(fun.data=mean_sdl, mult=2, geom="pointrange...p + geom_jitter(shape=16, position=position_jitter(0.2)) 图片 2.4 上色 定义颜色的代码跟前两章柱状图箱线图的一样，都对应着线框颜色和填充颜色...，都是常用于展示基因组间差异表达，很基础的描述性统计可视化图。
data analysis https://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3 本地pdf s41467-022-31724-3.pdf 论文中公布了大部分图的数据...，但是没有公布对应的作图代码，没有关系，我们可以自己写代码试着模仿，今天的推文重复一下论文中的Figure 2A 带有条纹的分组柱形图 示例数据截图 image.png 这里实现条纹柱形图用到的是...github.com/coolbutuseless/ggpattern 安装 remotes::install_github("coolbutuseless/ggpattern") 因为是ggplot2的扩展包...，除了把作图函数替换，其余的细节都可以用ggplot2的语法来调节 读取数据 library(readxl) dffig2a<-read_excel("data/20220806/41467_2022
本文属于科学计算与可视化范畴，要点在于扩展库numpy、pylab、matplotlib的用法。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍一款R包「roughnet」其最主要用来绘制网络图时添加纹理填充，小编测试后发现挺有趣的有多了一种图形展示方式。...install.packages(c("signnet","graphlayouts")) library(signnet) library(graphlayouts) library(dplyr) 绘制纹理填充网络图...[c(1,34)] 的形状设置为矩形 # 根据 Louvain 社区检测算法的结果，为节点设置不同的填充颜色 V(g)$fill 的大小设置为 30 V(g)$stroke 的边框粗细设置为 2 E(g)$color 的颜色设置为灰色...# 载入 "avatar" 数据集 main 的子图 w <- ifelse
))+ scale_fill_manual(values = c("#0073C2FF", "#EFC000FF")) # 使用 position = position_dodge() # 这里分组的柱状图被改为相邻的图...) 垂直区间 geom_pointrange()中间有一点的误差bar 代码 rm(list = ls()) #需要的包 library(tidyverse) library(ggplot2) library...p + geom_pointrange() ?...geom_pointrange(aes(ymin = len - sd, ymax = len + sd), data = dataset_summary) # 和小提琴图合并 p2 <- ggplot...结束语 关于这个误差bar的添加，主要的问题其实是计算的问题，需要max和min，如果存在分组的问题，那么就需要使用按照分组再计算max和min，然后再在aes中使用。 love&peace
多分组的PCA图和top基因热图在转录组和蛋白组的差异分析中，我们常常在质控阶段需要做一下样本的PCA图和标准差top 基因的表达，来评价组内差异和组间差异。...以前主要做的二分组的比较，要想把多个分组的信息放在一张PCA图或者热图上，只需修改下Group值就行。...= F)#不以因子变量读取options(scipen = 20)#不以科学计数法显示load("step1_input.Rdata")exp 图-...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),200)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(pheatmap...：匹配最后一个点号之前的所有内容。替换为空，保留最后一个点号后的内容。sub("\\d+$", "", ...)\\d+$：匹配末尾的所有数字。替换为空，去除末尾的数字。P1P2
本教程介绍如何使用R软件和ggplot2包创建带有误差棒的图形。...可以使用以下函数创建不同类型的错误栏： geom_errorbar（） geom_linerange（） geom_pointrange（） geom_crossbar（） geom_errorbarh...VC 0.5 4 5.8 VC 0.5 5 6.4 VC 0.5 6 10.0 VC 0.5 len：齿长 dose：剂量单位为mg（0.5,1,2） supp：补充类型...标准差用于绘制图形上的误差线。首先，使用下面的辅助函数将用于计算每组感兴趣变量的均值和标准差。...使用点图绘制误差棒 p <- ggplot(df, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center') # use
3.分组 是ggplot2种映射关系的一种, 默认情况下ggplot2把所有观测点分为了一组, 如果需要把观测点按额外的离散变量进行分组处理, 必须修改默认的分组设置。...下面用到一个diamonds数据集，这个数据集的样本数非常大，所以要先抽样，这样画出的图才比较好看。...；而这里是先画好了带有不同映射的ggplot，再加上点就好。...)) 注意直方图和柱形图的区别：直方图把连续型的数据按照一个个等长的分区（bin）来切分，然后计数，画柱状图。...geom_histogram geom_hline geom_jitter geom_line geom_linerange geom_map geom_path geom_point geom_pointrange
0.需求 就是在点图的侧边加上密度图 原来是ggstatplot可以直接画的，但这个包的最新版本画图直接报错，旧版本可以但是装包时各种套娃，依赖包各种过时各种限制版本，搞起来真的麻烦。
在 WPF 中，如果有一个样式是继承另一个样式，而样式没有使用 TargetType 那么在运行的时候会提示 只能根据带有基类型 IFrameworkInputElement 的目标类型的 Style... 运行将会提示 只能根据带有基类型...“IFrameworkInputElement”的目标类型的 Style。...调用的堆栈 at System.Windows.Style.Seal() at System.Windows.StyleHelper.UpdateStyleCache(FrameworkElement...，同时有更好的阅读体验。
上一篇主要是想说一下大体的思路，就是一个主要的框架，我觉得在做一件事情之前，都需要有一个初略的设计，就是中提的想法，抓住问题的关键点。...（查询、添加、修改、删除、导出、打印等） （原来的说法：详细权限的划分） 4、在同一个页面里哪些人可以看到那些信息 （原来的说法：资源的访问权限） ...这里我只想表示表之间的关联，至于字段我只是写了几个主要的，字段的设计嘛，大家肯定各有各的方式，我想我写出来主要的就可以了。 ? 我的英文比较差，还是直接用中文吧，这样更直接一些。 ...记录打开的页面和相关的信息。 [项目—节点拥有的详细权限] 按钮组，一个功能节点（主要是列表页面）有哪些按钮，比如“添加”按钮，“修改”按钮等。记录按钮的名称、打开的页面和相关的信息。 ...[角色拥有的功能结点] 记录一个角色拥有哪些功能结点，功能结点里面有哪些具体的操作（添加、修改等） 不知道大家的项目的角色是在什么时候诞生的，是在设计的时候吗？
在 WPF 中，如果有一个样式是继承另一个样式，而样式没有使用 TargetType 那么在运行的时候会提示 只能根据带有基类型 IFrameworkInputElement 的目标类型的 Style... 运行将会提示 只能根据带有基类型...“IFrameworkInputElement”的目标类型的 Style。...调用的堆栈 at System.Windows.Style.Seal() at System.Windows.StyleHelper.UpdateStyleCache(FrameworkElement
）映射到分组属性： #默认分组设置, 即group=1 p + geom_boxplot() #分组(group)也是ggplot2种映射关系的一种, 如果需要把观测点按额外的离散变量进行分组处理,...此处介绍几种常用的几何对象，geom_histogram用于直方图，geom_bar用于画柱状图，geom_boxplot用于画箱式图等。...比如柱状图，fill是柱子的填充颜色，这时就使用scale_fill系列函数来更改颜色。 比如点图使用color分组，则使用scale_color_系列函数来更改颜色。...ggplot2的图层设置函数对映射的数据类型是有较严格要求的，比如geom_point和geom_line函数要求x映射的数据类型为数值向量，而geom_bar函数要使用因子型数据。...如果数据类型不符合映射要求就得做类型转换，在组合图形时还得注意图层的先后顺序。
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # example data x = np.arange...
#geom_point()完成的就是几何对象的映射，ggplot2提供了各种几何对象映射，如geom_histogram用于直方图，geom_bar用于画柱状图，geom_boxplot用于画箱式图等等...箱式图 #数据量比较大的时候，用直方图和密度函数图是表示数据分布的好方法，而在数据量较少的时候，比如很多的生物实验，很多时候大家都是使用柱状图+errorbar的形式来表示，不过这种方法的信息量非常低，...被Nature Methods吐槽，这种情况推荐使用boxplot。...ggplot(small)+geom_boxplot(aes(x=cut, y=price,fill=color)) #geom_boxplot将数据映射到箱式图上，上面的代码，我们应该很熟悉了，按切工...geom_hline geom_jitter geom_line geom_linerange geom_map geom_path geom_point geom_pointrange
关于如何使用CSS创建动画三维条形图的教程。...这一切都是从一个小实验开始的，这个实验受到了来自Nettuts +的教程的启发，它展示了如何使用CSS，图像和JavaScript将3D条形图嵌入到HTML页面中。...在阅读完教程之后，我挑战自己将这个想法变成纯粹的CSS，看看我能做多少。最初的挑战是创造一个经典的半透明的6方框3D盒子。最后的挑战是创建一个完整的三维条形图，我们将在本教程中创建。...1个带有溢出的容器：隐藏时，隐藏栏内的内部块，当它归零时 这总共有5个div。...挑战2 - 图表支架（带有轴标签） 2011 2012 25% 50% 75% 100% 正如您所看到的，我们使用无序列表和项目内的span元素来定位X轴和Y轴标签。
参考：R绘图系列-带有significant信息的boxplot | showteeth's blog[1]GitHub - const-ae/ggsignif: Easily add significance...x 轴列中的分组信息。...ps：其实这里虽然数据本身是按照正态划分，但分组以后的数据呢？其实最好再对分组之后的每个数据做一个正态性检验。这里我只是举个例子，实际应用中参数方法还应考虑方差齐性等。...# test：指定要使用的检验类型，默认是wilcox.test # map_signif_level：是显示具体pvalue还是显示符号c("***"=0.001,"**"=0.01, "*"=0.05...参考资料 [1]R绘图系列-带有significant信息的boxplot | showteeth's blog: http://showteeth.tech/posts/40911.html [2]GitHub
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