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我有一个bam文件，谁知道如何将bam文件转换为csv文件？我正在尝试使用R-software打开bam文件，但我不确定如何从bam文件中获取变量，到目前为止，我已经使用了下面提到的代码：biocLite(&qu
浏览 40提问于2018-12-15得票数 2
在同一个目录中，我还有一个csv文件，其中包含4列：FileID, File.name, Donor, Type
假设目录中的bam文件是：Donor.1234-xyz.bam, Donor.5678-abc.bam, Donor.1011-def.bam, Donor.1213-ghi.bam (它与名为csv文件的名为File.name的第2列中的名称相匹配)。我希望脚本用名称Donor+Type重命名文
浏览 7提问于2022-05-09得票数 0
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我有一个文件类型混合的文件夹(.bam、.bam.bai和.log)。我创建了一个for循环来对每个.bam文件执行两个命令。我的当前代码将每个命令的输出定向到一个单独的csv文件中，因为我不知道如何将输出定向到不同的列。问题1
我希望将命令的输出导出到同一个csv中。如何更改代码，以便将第一个命令的输出保存为csv的第一列，而将第二个
浏览 1提问于2022-06-16得票数 1
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我正在处理data.csv文件，我需要处理某些模式的数据。目前，我的data.csv文件中的类colum如下所示：org.apache.camel.bam.rules.TemporalRule.processExchange现在，我需要将出现在括号"(“之前的文本替换为文本".java”。org.apache.
浏览 9提问于2016-11-29得票数 1
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我需要保存一些关于一些文件的信息。没有什么太花哨的，所以我想我会用一个简单的一行每一项文本文件。fname).hexdigest]io.each do |line|end
当然，这不起作用，因为文件名可以包含空格在文件名的情况下，唯一有帮助的是ascii nul "\0“，但是nul分隔的文件不再是真正的文本文件了.在尝试完成这项工作时，我试图想出其他方
浏览 1提问于2010-05-13得票数 1
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我有几个文件子集，我想从这些文件中计数行，并将结果写入csv文件。我试着做个例子。.ext3) 在计算了*.ext中的第一个系列文件之后，我将结果输出到csv如何将*.ext2的第二个计数系列的输出写入同一个csv文件的第二列？第三列也是这样吗？
感谢大家给我的答案，我试图使他们适应我的<em
浏览 0提问于2016-02-05得票数 0
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我有一个包含几个文件的目录。例如：
File2.bam
File1，/Path/To/File1.bamFile3，/Path/To/File3.bam
我已经成功地在不同的步骤
浏览 0提问于2019-06-30得票数 1
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我在工作流中创建了一个简单的csv，如下所示：A,1另外，我还有另一个通道，它的文件名与示例名称匹配。我希望能够在新进程中使用与每个示例名称相关联的值。我还尝试在脚本中使用awk提取相应的值并将其保存到变量中，这将导致使用正确的值，但它会消耗CSV文件，因此只处理一个示例。#!csv on associated bam file}
workflow
浏览 8提问于2022-05-09得票数 0
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大容量汉字插入
、、、
我想将包含汉字的csv数据文件大容量插入到sql server 2012。csv数据文件的原始编码为utf8，fmt文件由bcp工具生成。问题是，如果我通过记事本将csv数据文件的编码从utf8转换为unicode (用记事本打开数据文件，然后选择'save‘并选择'unicode’格式)，则可以将数据批量插入数据库。任何人都知道是否存在任何脚本，如python
浏览 6提问于2015-11-30得票数 0
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在整个测试过程中，我使用我在脚本顶部指定的几个输入文件：from mymodule.mymodule import *
def clean_bam(options, samples
浏览 3提问于2021-03-30得票数 2
我在同一个目录中有许多文件，我想在中使用bash命令将它们转换为另一个文件(从.sam到.bam)。我用bash编写了这个小命令。它工作得很好，但问题是所有结果文件都将具有相同的名称，因此会相互替换，最后我将只有一个文件。您知道如何更改此命令，以便为每个.sam文件单独获取.bam文件吗？BAM_OUTDIR="bam_files"
SAM_INDIR=&quo
浏览 0提问于2017-08-10得票数 1
我有多个bam文件，从每个bam文件中我应该找出每个带id的bam文件的映射读取数，为此我有以下命令为此，我得到了一些数字，如1222456。我的要求是，我应该获得csv文件中所有输入bam文件的输出，其中有2列，列1)
浏览 0提问于2019-10-16得票数 2
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我正在尝试从一些公共S3桶下载几十个大型文件(每个文件10-25GB)。我是在HPC集群的上下文中这样做的，该集群的用户存储配额有限。通常，我有我的Snakemake管道在我的用户目录下，但包括一个符号链接文件夹(data)的大型文件。/3_month/10X_P4_0.bam", "data&#
浏览 3提问于2019-12-21得票数 2
我将csv文件上传到Server中，本应为Int或Decimal的列只是varchar，我正在尝试将16.50转换为0.165或6.40转换为0.064。update bplateinfo2018我知道错误了
“当将varchar值16.50转换为数
浏览 1提问于2019-01-15得票数 1
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我正在尝试对一个目录中的所有.bam文件运行生物信息学命令行工具。这就是我正在使用的：do -T ASEReadCounter \
浏览 5提问于2016-06-20得票数 0
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我想根据条形码信息将一个sam文件分割成多个sam文件。查询条形码信息在另一个文件中列出。/A_barcode.csvsplited_dir=./splited_sam/A
filtered_dir=".-o ${filtered_dir}/$(basename ${sam} "sam")"bam";do
浏览 0提问于2019-03-02得票数 2
我正在寻找一种方法将PyArrow表转换为内存中的csv，这样我就可以将csv对象直接转储到数据库中。使用，可以在磁盘上创建csv文件，但在内存中是否可以创建csv对象？我很难理解这些文件。
浏览 10提问于2022-06-01得票数 0
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将pandas数据帧转储到sql数据库的最佳方法是什么？首先将数据帧转换为csv文件，然后转储csv文件或逐行写入sql数据库，哪个更好？
浏览 5提问于2014-09-17得票数 0
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