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对具有楔形键的分子应用反应时出现清理错误。在对分子应用质子去除反应时，我得到了这个错误，但我在MolBlock信息中看不到任何错误。这是为了解决一个反应问题，在这个问题中，我试图将一个简单的反应(质子去除)应用到一个分子上，给出它的异构微笑。 我创建了一个函数来使用智能和微笑来应用反应，但我得到了以下错误，我无法修复。smile
浏览 98提问于2019-03-28得票数 2
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到目前为止，我已经尝试过：
- showing this as a string in首先将源和目标分子转换为RDkit<
浏览 1提问于2020-10-13得票数 1
我试图使用RDKit来枚举大量的复合库，并将结果输出为CSV文件中的一行微笑字符串。我成功地使用了以下代码：os.chdir('xxx')from rdkit.Chem import rdChemReactions为了减少内存使用量，我尝试执行一个迭代枚举，在"reactants_1“中每次取一个分子，与"reactants_2”中的所有分子进行反应，将生成的化
浏览 13提问于2022-01-28得票数 2
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我用RDKit计算了两个微笑结构的分子列表之间的分子相似度。现在，我能够从两个单独的csv文件中提取微笑结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块，以及如何计算两个分子列表之间的相似性。from rdkit import DataStructsms = [Chem.MolFromSmiles当它运行到ms1行时，它会<
浏览 0提问于2018-08-04得票数 4
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我想用这个工具在我的网页上画一个分子。我还在这里找到了一个例子，。这个例子在我的例子中是可行的，但是当我试图调用一个函数将一个分子画成一个.svg，而不使用示例代码时，我失败了。我在浏览器中得到以下错误消息： at drawmol (results:21:15)
at results/rdkit/dist/RDKit
浏览 7提问于2022-08-12得票数 0
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我正在使用RDKit完成一些任务，并遇到了一些问题。我正在尝试使用SaltRemover()函数对我的数据集进行清理，但是发生了ArgumentError，但我找不到它。所使用的代码如下：from rdkit.Chem import AllChemA1 = A1['SMILES']
A1_mol = Chem.MolF
浏览 12提问于2019-12-03得票数 2
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我目前正在做一个Django项目，该项目需要获取InChI字符串并将其转换为分子的功能，但我正在使用的包似乎在其功能MolFromInchi方面存在问题。每当我尝试使用这个函数时，python都倾向于生成这个回溯：>>> mol = MolFromInchi('InChI=1S/O2Si/c1-3-2')这个错误</
浏览 0提问于2020-04-10得票数 3
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换句话说，第二个分子在其结构中包含第一个分子。 我所做的是使用rdkit删除公共部分，以获得不同片段的微笑(CSC1=CC=C(O)C=C1 in kekulized form)。我正在尝试将这个片段转换成分子，然后再转换成指纹，以计算与参考分子的相似性。 Desired transformation 但我得到了一个错误：‘无法对原子进行kekulize’，使用这些原子的索引。但是，当我试图将'mols_frags‘列表中的分子</e
浏览 43提问于2021-04-28得票数 0
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在使用py2exe构建之后，当我调用Draw.MolToImage方法时，会出现一个错误：C:\pythonApprecent call last): img=Draw.MolToImage(part[i])
File "rdkit\Chem\Draw\__init__.pyc",
浏览 2提问于2015-08-31得票数 0
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当我从用户(MKT)运行这个MyScript.py时，....it就像一种魅力。ImportError: No module named rdkitfrom
浏览 2提问于2014-08-31得票数 0
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我从事数据科学工作，我在清理Pandas数据帧时遇到的一个典型问题是将列从一种字符串格式转换为另一种字符串格式(特别是，我正在查看的字符串是化学标识符，它们中的每一个都以一种晦涩的方式表示一个分子，所以仅仅通过查看字符串并不容易理解它们我有许多小函数(从一个名为RDKit的化学库继承而来)来在格式之间进行转换，并且每个转换对(即输入格式和输出格式)大约有一个函数。这是太多的函数名称，难以记住。例如，假设我想要从格式“微笑”转换为格式"inchi key“，我目前的操作如下： from r
浏览 36提问于2020-06-15得票数 1
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我创建了这个相当简单的javascript；球或“分子”在屏幕上移动。我希望加入这样的功能:当一个球与另一个球接触时，它们会交换速度。我们不需要担心任何角度，只是当他们接触到对方，速度交换。(不过，在链接的代码中，我没有改变速度，而是编写了一个颜色更改代码)
分子似乎是随机变化的，而不是当两个分子接触时。当将数组设置为有3个分子</
浏览 2提问于2013-08-06得票数 1
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我正在开发一个react原生应用程序，我必须将GooglePlacesAutocomplete放在Scrollview.This中，如下代码所示。 <GooglePlacesAutocomplete nearbyPlacesAPI={'GooglePlacesSearch'} placeholder="Origin Address"
浏览 8提问于2022-10-05得票数 0
我试图使用图论，通过Python，来验证分子碎片是否是大分子的有效子结构。(注意，我们使用的表示法自动忽略氢原子)：代码中考虑的4个分子片段也可以绘制成图表，如下所示：用眼睛可以很容易地推断，前三个是有效的5-羟色胺子图，而最后一个(右下角)不是--例如serotonin_graph, valid_substructure)>>> subgraph_checker(serotonin_graph, invalid_substructure)因此，该函数将返
浏览 7提问于2022-08-29得票数 2
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函数中未定义的列
、、
= "Ano",)]我试图将一个清理过程(加上其他几个功能)应用于多个数据集，这些数据集都是以相同的格式格式化的。编辑：
浏览 2提问于2018-12-05得票数 1
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当我输入页面时，我使用useEffect来定义变量值，但有时我会收到以下警告： setJob('Novo Utilizador')}, [])
我知道我应该在函数中返回一些东西来清理它，但是既然我只使用if而不是const，那么我如何返回
浏览 2提问于2021-06-08得票数 0
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我正在使用顺风css将样式应用于我的反应性项目，但我遇到的问题是，每当我应用任何css类时，我都必须关闭我的dev服务器并重新设置dev服务器，以使css更改出现。我需要一个解决这个问题的方法，这样在我保存它的时候，这些更改就会出现。
浏览 7提问于2022-06-17得票数 0
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第三个列表是分子丰度，所有这些都是独一无二的。虽然温度和Kzz值是重复的，但它们从来没有在分子丰度值的关系中连续重复，它们的作用更像类别，而不是任何其他类型。温度和Kzz确实与分子丰度有关，但由于这些数据是经验的，确切的关系还不清楚。不过，我没办法。我的第一次尝试是将每个列表插入一个数据帧中，然后使用Seaborn的heatmap函数来绘制它(在使用df.pivot()将数据转换成一个枢轴表
浏览 2提问于2020-07-12得票数 0
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RDKit不绘制氯离子
、、、
我在处理pdb数据库里找到的这个分子。<code>C0</code><code>A1</code><code>B2</code>我还尝试了在pdb数据库维基百科中找到的其他几个微笑字符串，它们是我用OpenBable是否偏爱RDKit</e
浏览 82提问于2021-06-11得票数 0
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我想知道useEffect钩子清理函数何时在function中被调用，它是在依赖项更改时被调用，还是在组件卸载时被调用。()=>{ 清理函数是在dependency上调用，还是在组件卸载时被调用。
浏览 3提问于2020-06-11得票数 5
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