将列名转换为R中数据框的第一行_将多列中的行值转换为R中的列名？_将XML转换为R中的数据框 - 腾讯云开发者社区

类似py 中的readlines 方法，同样，R 的函数也会逐行（识别） x_line <- readLines("MsigDB/h.all.v7.2.symbols.gmt") ps：发现对于gmt...： x_split <- strsplit(x_line, "\t") 每个向量会被按照指定符号切割，每个向量会被转换为列表对象，列表中的元素为按照换行符拆开的一个个元素。...接着我们需要将该列表元素再进行一些处理： names(x_split) <- vapply(x_split, function(x) x[1], character(1)) # 将每个列表的第一个元素，...HALLMARK_MITOTIC_SPINDLE" [5] "HALLMARK_WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING" [6] "HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING" 纯文本-> 数据框...，一定要小心使用cbind 连接，因为不等长的连接会自动删除那些过长的列表中的元素（木桶中最短的那根板）

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怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢

今天收到一封邮件，来询问这样的问题： [5veivplku0.png] 这样的邮件，是直接的邮件，没有寒暄直奔主题的邮件。...唯一的遗憾是不知道是谁写的…… 如果我理解的没有错误的话，写信人的需求应该是这个样子的：他的原始数据： [8vd02y0quw.png] 处理后想要得到的数据： [1k3z09rele.png] 处理代码...rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4=rnorm(10)) dd library(data.table) melt(dd,id=1) 代码解释： 1，dd为模拟生成的数据框数据...，第一列为ID，其它几列为性状 2，使用的函数为data.table包中的melt函数 3，melt中，dd为对象数据框，id为不变的列数，这里是ID一列，列数所在的位置为1，其它几列都变成一列，然后列名变为行名...来信者需求：怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢 1，csv文件，可以用fread函数读取，命名,为dd 2，数据变为一列，如果没有ID这一列，全部都是性状，可以这样运行

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R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

数据框数据框的创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame)，由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作)，读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2 <- read.csv("ex2.csv“",row.names = 1,check.names = F) #row.names...=1指定第一列为行名，check.names=F指定不转化特殊字符#注意：数据框不允许重复的行名#rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) #再次重复：数据框不允许重复的列名...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1...(iris)])# 2.提取内置数据iris的前5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。

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【R语言】根据映射关系来替换数据框中的内容

前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...假设我们手上有这个一个转录本ID和基因名字之间的对应关系，第一列是转录本ID，第二列是基因名字然后我们手上还有一个这样的bed文件，里面是对应的5个基因的CDs区域在基因组上的坐标信息。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息，从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...参考资料： ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列

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3.9生信

图片数据框的来源：可由代码新建、已有数据转换或处理、读取表格文件、R语言内置数据内置数据多用于新手练习，eg：iris、volcano、letters、LETTERS 新建数据框：图片 ##A....是针对逻辑值使用 C.数据框修改 a.改一个格 df1【3,3】 <- 5 b.改一整列 df1$score <- c(12,23,50,2) c.改行名和列名 rownames(df1) = c("r1...","r2","r3","r4") 修改行名 d.只修改某一行/列的名 colnames(df1)【2】 = "CHANGE" 将第二列的名字改为CHANGE e.两个数据框的连接merge merge...(m) = c("a","b","c") #加列名 rownames(m) = c("q","w","e") #加行名矩阵的转置和转换：转置：t(m) 行变列，列变行转换：as.data.frame...(m) 转换为数据框列表列表新建和取子集新建 q = list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2)) 取子集如果有

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生信课程note-3

#重点：数据框#1.数据框来源# （1）用代码新建# （2）由已有数据转换或处理得到# （3）读取表格文件（对数据框操作）# （4）R语言内置数据（可以直接使用的的数据框）heatmap(volcano...、行、列dim(df1)nrow(df1)ncol(df1)#行名，列名rownames(df1)colnames(df1)#4.数据框取子集df1$score 向量取子集用的是[] 取score这一列...c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"列名和行名都是向量#6.两个数据框的连接test1 <- data.frame(...mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]mt(m):转置行变列m<-as.data.frame(m) 转换为数据框必须要赋值矩阵画热图： pheatmap::pheatmap(m)...test <- read.csv("exercise.csv")# 2.求test第一列数值的中位数median(test$Petal.Length)# 3.筛选test中，Species列的值为a或c

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

df1) #输出行名 colnames(df1) #输出列名数据框取子集数据主要操作为按列取子集，取出来的为向量；按行去子集取出的仍为数据框。...#取第二列 df1[c(1,3),1:2] # 取第一行和第三行以及第一列和第二列，注意逗号前后不同的向量，分别表示取得行和列！！！..."r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # | 或符号前后不可以连接字符，只能用于数字，逻辑值两个数据框的连接 test1 <...,"b","c") #加列名 m m[2,] #矩阵取子集不支持使用$ m[,1] m[2,3] m[2:3,1:2] m #矩阵中的重要函数 t(m) #行列的转置，行变列，列变行，行名和列名都跟着变换...as.data.frame(m) #将转换为数据框 #作图 pheatmap::pheatmap(m) #使用pheatmap包中的pheatmap函数做图，热图会先进行聚类，之后再作图。

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生信入门马拉松之R语言基础-数据框、函数(Day 3)

列名有则改之，无则新增两个数据框连接-merge() 数据框中有相同的列名，同时该列有交集。...6 9 思考一下数据转化代码和输出结果的区别 m矩阵转变数据框后查看m的数据类型 t(m)#给矩阵转置，行变为列，列变为行 ## [,1] [,2] [,3] ## a 1 2 3...## b 4 5 6 ## c 7 8 9 as.data.frame(m)#将矩阵m转换为数据框 ## a b c ## 1 1 4 7 ## 2 2 5 8...## 3 3 6 9 is.data.frame(m) ## [1] FALSE m矩阵转变数据框后赋值给aa后查看aa的数据类型 t(m)#给矩阵转置，行变为列，列变为行 ## [,1] [,2...] [,3] ## a 1 2 3 ## b 4 5 6 ## c 7 8 9 aa <- as.data.frame(m)#将矩阵m转换为数据框

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Day3

(列名 =向量(列的内容), 列名 =向量(列的内容))###由已有数据转换或处理得到读取表格文件df2 <- read.csv("gene.csv")R语言内置数据属性dim(df1)#维度nrow(...df1)#行数ncol(df1)#列数rownames(df1)#行名colnames(df1)#列名取子集:取列: $按坐标: [] #2,2取第二行第二列按名字,c('gene','change')...取多列/行修改一个格-取出后赋值df13,3 <- 5一整列 df1$score <- c(12,23,50,2) 新增一列-$接原来表格中不存在的列。...(df1)2 <- "CHANGE"两个数据框的连接/合集-mergemerge(test1,test2,by="共同列的列名")merge(test1,test3,by.x = "name",by.y...= "NAME")# name为test1需要合并的列的列名矩阵matrix -**二维，只允许一种数据类型新建 <- matrix()取子集-[]转置-t()转换为数据框: as.data.frame

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【生信技能树培训笔记】R语言基础（20230112更新）

[1] FALSE FALSE FALSE TRUE> table(x) #重复值统计x1 3 5 #第一行返回向量中的取值（去重后的向量元素）2 1 1 #第二行返回每个元素的重复次数> sort...(m) #将矩阵转换成数据框的数据结构 a b c1 1 4 72 2 5 83 3 6 9重点：将数据框或举证转置之后，其数据结构都是矩阵。...0.05Tips：当取用的列名为原数据框存在的列名，则赋值为修改改列内容；当取用的列名不存在与原数据框，则赋值为新增一列。...指定的列名称取交集，其余列均包含在新数据框中。...：描述：将两个数据框按照共同的列或行的名称进行合并。

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生信技能树-R语言-day3

将这些元素筛选出来#提示：%in%length(g %in% s) # 错误，因为%in%产生的逻辑值中，T和F都存在，所以都会被计算个数，相当于length计算的是逻辑值的个数g[g %in% s]#...3> df1[,2] # 逗号的右边的数字，取第二列[1] "up" "up" "down" "down" > df1[c(1,3),1:2] # 逗号前的第一和第三行，逗号后的第一列到第二列...，之前不存在的）修改行名rownames() = c()赋值修改后的向量（行名都是一样的）修改其中一列的列名colnames(文件名)[第几列]= “”赋值列的名字（每一列名字都不一样）两个数据框的连接...,y]矩阵的转置和转换 t()转置（将行和列互转，要先给列改名，不然转置没有区别> colnames(m) m a b...7 8 9转换为数据框 m = as.data.frame()可以用class来判断是否转换成功list列表新建> x <- list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3)

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R语言系列第一期（番外篇）：R的6种对象—向量、矩阵、数组、因子、列表、数据框

可以按列或者按行分别使用cbind和rbind函数将向量‘粘’在一起。...· 6.数据框 · 到最后一个对象了，在其他统计软件包中，数据框被称为“数据矩阵”或“数据集”，他是一系列等长度的向量和/或因子，交叉相关，很适合数据收集的类型。...· 之前我们提到数据框提取向量，使用d$age来提取d中的age变量。...只有一个数字的索引在数据框中只会提取列数据，不会提取行数据，所以d[3, ]中的”,”省掉和不省结果是不同的。逗号前代表行，逗号后代表列。...，[1] FALSE TRUE TRUE，然后这个结果在索引逗号的前面代表行入选结果，第一行剔除，后两行保留。

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2023.4生信马拉松day3-数据结构

跟我念三遍：row是横排成行；colum是纵队为列；rownames(df1) #看所有行名colnames(df1) #看所有列名3.数据框取子集-（1）按列名取列——【最重要】df1$score...df1[,2] #取出来的列是向量df1[2] #不加逗号，可以取出列，并保留其数据框属性df1[c(1,3),1:2] #取第一行第三行的前两个数（会继承行名、列名）#小tips：读懂error...df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1#改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames...m[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]#矩阵的转置和转换mt(m)as.data.frame(m) class(m) #看着是把m变成了数据框，但是没有赋值就没有发生过；要m=...iris最后一列有哪几个取值，每个取值重复了多少次table(iris[,ncol(iris)])# 2.提取内置数据iris的前5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。

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阿榜的生信笔记3

()读取行数、ncol()读取列数、rownames()读取行名、colnames()读取列名 3、数据框取子集 ①、$:取数据框中的某一项 #4.数据框取子集 df1$gene mean(df1$...： 5、数据框的修改数据框的修改和向量类似，先提取出要修改的值，重新赋值后，修改成功了注意下面这张图片：提个小问题：你知道这两句代码的区别吗？...df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1 答案是不存在是增加，存在是修改 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1","r2","r3",..."r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 6、数据框的连接我们如何将这两个数据框连接起来呢？...[,1] m[2,3] m[2:3,1:2] ②、矩阵的转置和转换如上图所示，colnames()<-c()列名重新赋值，t()转置，行和列互相转换，as.data.frame()将矩阵转换为数据框

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GEO数据挖掘-基于芯片

(pd), colnames(exp))这行代码取临床信息数据框 pd 的行名和表达矩阵 exp 的列名的交集。...) # 关于scale的进一步学习：zz.scale.R4.2 解析4.2.1 dat = as.data.frame(t(exp))将表达矩阵 exp 转置后转换为数据框。...5.2.5 差异基因热图过滤和重命名表达矩阵 exp = exp[deg$probe_id,]：将 exp 矩阵的行过滤为 deg 数据框中 probe_id 列对应的行。...这一步确保表达矩阵 exp 只包含差异表达基因分析结果中的探针。 rownames(exp) = deg$symbol：将表达矩阵 exp 的行名设置为 deg 数据框中的 symbol 列。...rownames(annotation_col) = colnames(n)：将注释数据框 annotation_col 的行名设置为表达数据矩阵 n 的列名，确保注释信息与样本数据对齐。

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

全文并非是对数据整理的实操整理,主要整理在数据整理/清洗中常用的R包介绍 library(tidyr) library(dplyr) library(stringr) library(tibble) 1...：使gene名变为列名，将样本名转化为data.frame中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失图片图片 step2...把原来的行名转变为第一列图片 step3 宽变长：test、gene、count数均在一行上（将上图的宽数据变为长数据）图片 6.2实操代码 6.2.1 如何生成一个matrix set.seed...dat = t(exp) %>% #将matrix进行行列转置 as.data.frame() %>% #将matrix转为data.frame rownames_to_column() %...### ggplot2 分面相关设置（facet）详解 7.一些实操中的便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y的列名正确替换为x里面的

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R语言数据结构(三)数据框

数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式，不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。...为方便大家理解记忆，对每种数据结构的基本操作概括为四大类：创建数据结构往里面添加数据从里面查询数据对里面的数据进行修改这篇文章我们将介绍数据框的使用数据框数据框是R语言中的一种类似于表格的数据结构...stringsAsFactors: 逻辑值，指定是否将字符向量转换为因子向量。在R 4.0.0之前，默认设置是TRUE，但现在已更改为FALSE。...行列索引号从1开始，表示第一行或第一列，负数表示排除对应位置的元素。名称是指数据框中每个向量的名称，可以用双引号或单引号包围。使用方括号[]访问数据框中的元素时，返回的结果仍然是一个数据框。...删除数据框中的第一行 df_deleted_row <- df[-1, ] cat("删除第一行后的数据框：\n") print(df_deleted_row) # 删除第一行后的数据框： #

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Learn R 数据结构

1.数据框来源 1）用代码新建 2）由已有数据转换或处理得到 3）读取表格文件 4）R语言内置数据 2.新建和读取数据框 df1 rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") 只修改某一行/列的名 > colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 6.两个数据框的连接 > test1...m[2,3] #取矩阵的第二行第三列c 8 > m[2:3,1:2] #取矩阵2、3行的1、2列 a b 1, 2 5 2, 3 6 矩阵的转置 > m a b c 1, 1 4 7 2, 2...5 8 3, 3 6 9 > t(m) #行变列列变行 ,1 ,3 a 1 2 3 b 4 5 6 c 7 8 9 ####矩阵转换为数据框...5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。

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巧用R语言实现各种常用的数据输入与输出

将数据输入或加载到R工作空间中，是使用R进行数据分析的第一步。...R语言中数据的输入需要设置数据读取的路径，一般将数据文件放到工作目录下，这样直接就可以通过read.table等读取数据文档（不许要设置路径）。...（2）header：一个表示文件是否在第一行包含了变量的逻辑型变量。如果header设置为TRUE，则要求第一行要比数据列的数量少一列。（3）sep分开数据的分隔符。...read.table 5 保存为.Rdata 通过save()函数保存为.Rdata文件，通过load()函数将数据加载到R中。...如果一个数值向量，其元素为引用的列的索引。在这两种情况下，行和列名报价，如果他们被写入。如果FALSE，并没有被引用。 sep: 字段分隔符字符串。每一行x中的值都被这个字符串分隔开。

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R语言入门系列之一

a,b,c,sep=" ")将a、b、c粘贴为一个字符串，空格分割tolower()转换为小写，toupper()转换为大写substring()substring(a,1,3)返回字符对象a中第1到第...)返回列名字rownames()返回行名字t()矩阵转置数组（array）与矩阵相似似，但是维度可以大于2，类似的具有array()、as.array()、is.array()函数，创建方式如下所示：...数据框元素索引有三种方法，第一种为通过列的序号索引，第二种通过列名字索引，第三种通过$变量名索引，如下所示：可以使用attach()函数来将数据框添加到当前平台，这样就可以直接使用列名字或变量名来调用数据框中的数据...变量类型不同，在统计中其处理方法也不同（例如RDA、CCA等），结果也不相同。由于因子的存在，数据分组信息等都可以转换为一个变量，从而使得数据框可以存储远多于矩阵的数据。...（R会添加默认变量名），为TRUE则会使用第一行作为变量名；row.names、col.names设置那一列为行名字，哪一行为列名字；sep设置分隔符，默认是一个或多个空格、制表符tab；设置stringsAsFactors

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R 数据整理（二：将文本数据转换为数据框或列表）

怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢

R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

【R语言】根据映射关系来替换数据框中的内容

3.9生信

生信课程note-3

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

生信入门马拉松之R语言基础-数据框、函数(Day 3)

Day3

【生信技能树培训笔记】R语言基础（20230112更新）

生信技能树-R语言-day3

R语言系列第一期（番外篇）：R的6种对象—向量、矩阵、数组、因子、列表、数据框

2023.4生信马拉松day3-数据结构

阿榜的生信笔记3

GEO数据挖掘-基于芯片

Day07 生信马拉松-数据整理中的R

R语言数据结构(三)数据框

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