GEO数据库中的数据是公开的，很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析，其中差异表达分析是最常见的分析策略之一，为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据，官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差异分析...从名字也可以看出，该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中，然后进行差异分析，本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的 GEOquery limma GEOquery...在网页上可以看到GEO2R的按钮，点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外，GEO2R还提供了一些简单的数据可视化功能。 1....点击Sample values, 可以看到对应的表达量值，示意如下 ? GEO2R进行差异分析的步骤如下 1....第一个参数用于选择多重假设检验的P值校正算法，第二个参数表示是否对原始的表达量进行log转换，第三个参数调整最终结果中展示的对应的platfrom的注释信息，是基于客户提供的supplement file
今天收到一封邮件，来询问这样的问题： [5veivplku0.png] 这样的邮件，是直接的邮件，没有寒暄直奔主题的邮件。...唯一的遗憾是不知道是谁写的…… 如果我理解的没有错误的话，写信人的需求应该是这个样子的： 他的原始数据： [8vd02y0quw.png] 处理后想要得到的数据： [1k3z09rele.png] 处理代码...，第一列为ID，其它几列为性状 2，使用的函数为data.table包中的melt函数 3，melt中，dd为对象数据框，id为不变的列数，这里是ID一列，列数所在的位置为1，其它几列都变成一列，然后列名变为行名...来信者需求： 怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢 1，csv文件，可以用fread函数读取，命名,为dd 2，数据变为一列，如果没有ID这一列，全部都是性状，可以这样运行...：melt(dd)，达到的效果如下： [2dtmh98e89.png] 所以，就是一个函数melt的应用。
这种类型的检索例子有： 确定表中行数（或者满足某个条件或包含某个特定值的行数）； 获得表中某些行的和； 找出表列（或所有行或某些特定的行）的最大值、最小值、平均值。...AVG()可用来返回所有列的平均值，也可以用来返回特定列或行的平均值。...COUNT()函数 COUNT()函数进行计数，确定表中行的数目或符合特定条件的行的数目，有两种使用方式： 使用 COUNT(*) 对表中行的数目进行计数，不管表列中包含的是空值（ NULL ）还是非空值...使用 COUNT(column) 对特定列中具有值的行进行计数，忽略 NULL 值。...屏幕快照 2018-05-31 05.54.19.png 使用 COUNT(cust_email) 对 cust_email 列中有值的行进行计数，cust_email 的计数为 3（表示 5 个顾客中只有
一、汇总数据 工作中经常需要汇总数据而不是将它们全部检索出来（实际数据本身：返回实际数据是对时间和处理资源的浪费），这种类型的检索有以下特点： ①确定表中的行数（或者满足某个条件或包含某个特定值的行数）...NULL的行}； 2、count（）函数 count（）函数进行计数，可利用count（）确定表中行的数目或符合特定条件的行的数目； count（）函数有两种使用方式： ①使用count（*）对表中行的数目进行计数...，不管表列中包含的是空值（null）还是非空值； ②使用count（column）对特定列中具有值的行进行计数，忽略null值； select count（*） as num_cust from customers...； 这条SQL语句利用count（*）对customers表中所有行计数，计数值在num_cust中返回； select count（cust_email） as cum_cust from customers...； 这条SQL语句使用count（cust_email）对cust_email列中有值的行进行计数； PS：如果指定列名，则指定列的值为空的行被count（）函数忽略，但如果count（）函数中用的是星号
原始计数数据 利用DESeq2工具对特定细胞类型聚类进行pseudobulk差异表达分析 创建函数以遍历不同细胞类型的pseudobulk差异表达分析 本课程基于2019 Bioconductor tutorial...提取QC过滤后的原始计数用于DE分析 将计数和元数据聚合到样本级别 进行DE分析(每个条件至少需要两个生物重复才能执行分析，但建议进行更多重复)。...然后，我们将使用DESeq2对感兴趣的条件进行差异表达分析。...，然后对每个数据框进行转换，这样行就是基因，列就是样本。...我们需要包括计数，元数据和设计公式以进行我们感兴趣的比较。在设计公式中，我们还应在元数据中包含我们想要回归其变化的任何其他列（例如批次，性别，年龄等）。
不必要的索引会浪费存储空间，同时也会增加数据更新成本（数据更新时，索引也相应的需要被更新）。 MySQL 使用索引 索引用于快速定位特定值的表数据行。...如果不使用索引，MySQL则需要从第一个数据行开始查找整个数据表，直到找到要查找的数据行，表越大，查找成本越高。如果查找条件的列存在索引，那么MySQL就可以快速定位需要查找的数据位置。...外键优化 如果表有很多的列，查询也有很多的组合，那么有必要将使用率较低的列划分到关联的不同表中，并使用主表主键进行关联。...B-tree 数据结构提供了对特定值，值列表，范围值包括=, >, ≤, BETWEEN, IN等在内的条件查询的快速定位。 不同存储引擎对于但表最大索引数及索引长度都有规定。...如果只有分别基于col1 和 col2的单列索引，优化器会尝试使用索引合并优化，或者尝试使用更具筛选性（能够排除更多的无关数据行的）的索引。 多列索引，可以使用任何的前缀索引来进行查询。
过高的p值可能会导致对结果的过度解释(基本上每个细胞都有重复)。排名靠前的标记是值得信赖的。确定每个聚类条件之间所有的保守标记。 识别在特定群集之间差异表达的标记 我们的聚类分析产生了以下群集： ?...与多个条件配合使用时，可用于标识跨条件保留的细胞类型标记。 特定聚类之间的标记识别：该项分析探索了特定簇之间差异表达的基因。...对于从上述分析中确定的似乎代表相同细胞类型(即具有相似标记)的群集之间的基因表达差异很有用。 识别每个群集的所有标记 通常建议在评估单个样本组/条件时使用此类型的分析。...针对每种情况计算基因水平的p值，然后使用MetaDE R软件包中的meta分析方法进行跨组组合。 在开始标记鉴定之前，我们将明确设置默认测定，我们希望使用原始计数，而不是集成数据。...首先，我们将带有基因标识符的行名转换为自己的列。
项目二：数据库设计 一，为什么需要设计数据库 良好的数据库设计 1.节省数据的存储空间 2.能够保证数据的完整性 3.方便进行数据库应用系统的开发 糟糕的数据库设计 1.数据冗余、存储空间浪费 2.内存空间浪费...关系模型中基本数据结构是二维数据表，且必须满足相应的要求： （1）表说明的是关系模型中某一特定的方面或部分的对象及其属性 （2）表中的行通常叫做记录或元组，代表具有相同属性的对象中的一个 （3）表中的列通常叫做字段或属性...（5）表必须符合某些特定条件 ①信息原则：每个单元只能存贮一条数据； ②列有唯一性的名称，贮存在列下的数据必须具有相同数据类型；列没有顺序；； ③每行数据是唯一的；行没有顺序； ④实体完整性原则，即主键不能为空...实体型(Entity)：具有相同的特征和性质的集合体，用实体名及其属性名来抽象和刻画同类实体;在E-R图中用矩形表示，矩形框内写明实体名；比如学生张三、学生李四都是实体 属性(Attribute)：实体所具有的某一特性...一对一(1:1)联系 一对多（1：m）的联系 多对多（m:n)联系
通常，在数据库查询中，谓词操作用于筛选出满足特定条件的数据行。谓词下推的目的是在查询执行之前尽早地应用谓词，减少查询的数据集大小，从而提高查询的效率。...例如，如果一个查询只需要返回特定的列数据，而数据源可能包含更多的列，投影下推会尽早地将投影操作下推到存储引擎执行，以便只返回所需的列数据，避免传输和处理不必要的数据。...Pushdown 本方案对列存储数据库不适用。...---- Statistics 通常，DBMS 对任意的 table R，都保存着以下信息: 利用上面两条数据，可以得到 selection cardinality，即 R 中 A 属性下每个值的平均记录个数...数据分配：将数据值分配到相应的桶中。每个数据值都被映射到与其所属区间对应的桶中。 桶计数：在每个桶中，记录该桶中包含的数据值数量。 计算选择性：根据直方图中每个桶的计数值，计算选择性。
聚合函数aggregate function具有特定的使用场景 使用场景 确定表中的行数（或者满足某个条件或者包含某个特定值的行数） 获取数据中某些行的和 找出表中（特定行或者所有行）的max、min、...：输出排序顺序 常见的聚合函数 AVG()：平均值，自动忽略值为NULL的行 COUNT()：行数 count(*)：统计所有行，包含空行 count(column)：对特定列column中具有值的行进行计数...Products group by vend_id; -- 指定分组的字段：对每个vend_id进行计算 规定： group by中可以包含任意数目的列，可以进行嵌套 group by子句中列出的每一列都是检索列或者有效的表达式...group by在where之后，order by之前 能够通过相对位置指定列，group by 2, 1 如果分组列中带有NULL的行，将它们作为一个组返回 having 除了能够group by...order by group by 对产生的输出排序 对行进行分组，输出可能不是分组的顺序 任意列均可使用 只可能使用选择列或者列表达式，而且必须使用每个选择列表达式 句中未必需要 如果有聚集函数，必须使用
: 1.所有的聚集函数在对指定的列进行计算时,会忽略列值为NULL的行. 2.特别的COUNT函数在对所有的列进行计算时允许使用*, 对行进行计数时,不会忽略一行数据中每个列为null值的行....可利用COUNT()确定表中行的数目或符合特定条件的行的数目。 ...COUNT()函数有两种使用方式: ①使用COUNT(*)对表中行的数目进行计数， 不管表列中包含的是空值（ NULL）还是非空值。...(对行进行计数时,不会忽略一行数据中每个列为null值的行) ②使用COUNT(column)对特定列中具有值的行进行计数，忽略NULL值。....对非数值数据使用MAX() 虽然MAX()一般用来找出最大的数值或日期值，但MySQL允许将它用来返回任意列中的最大值，包括返回文本列中的最大值。
数据在一列或多列的基础上进行排序。...DESC：也是可选的。它通过表达式按顺序对结果集进行排序。...5.7、分组的问题 PostgreSQL GROUP BY子句用于将具有相同数据的表中的这些行分组在一起。它与SELECT语句一起使用。...，您使用的任何列进行分组时，要确保这些列应在列表中可用。...5.8、HAVING 的用法 在PostgreSQL中，HAVING子句与GROUP BY子句组合使用，用于选择函数结果满足某些条件的特定行。
这通常包括添加新列、删除现有列、修改列的数据类型或约束条件等操作。 添加字段 在MySQL中，为已存在的表添加字段（也称为列）是一个常见的操作，这通常是为了满足新的数据存储需求或适应业务逻辑的变化。...constraints：对新字段的约束条件，如NOT NULL、DEFAULT值、UNIQUE等（可选）。...修改字段 在MySQL中，修改表中的字段（也称为列）通常涉及更改字段的数据类型、名称、默认值、约束条件等。...使用 DELETE FROM DELETE FROM 语句逐行删除表中的数据，并且可以在 WHERE 子句中指定条件来删除特定的行。由于 DELETE 是DML操作，它可以被事务控制，允许回滚。...如果需要在事务中控制数据的删除，或者需要基于特定条件删除行，或者希望保留自增主键计数器的当前值，则应该使用DELETE FROM。
学习目标知道如何导入和读取数据，并了解数据的质控，能够对数据进行质控和分析。1. 质控准备图片在基因表达定量后，需要将这些数据导入到 R 中，以生成用于执行 QC（质控）。...也就是说，对于每个单独的样本，将拥有以下三个文件：具有细胞ID的文件，代表所有定量的细胞具有基因ID的文件，代表所有定量的基因每个细胞的每个基因的计数矩阵以上数据存放在data/ctrl_raw_feature_bc_matrix...标识符的来源可能是 Ensembl、NCBI、UCSC，但大多数情况下这些是官方基因符号。这些基因的顺序对应于矩阵文件中的行顺序。图片matrix.mtx这是一个包含计数值矩阵的文本文件。...行与上面的基因 ID 相关联，列对应于细胞条形码。请注意，此矩阵中有许多零值。图片将此数据加载到 R 中，需要将这三个数据整合为一个计数矩阵，并且考虑到减少计算的原因，此计数矩阵是一个稀疏矩阵。...ID 添加一个特定于样本的前缀。
) df = df |> split(df$class) # 根据'class'列将'df'数据框分割成多个子数据框 # 对每个子数据框进行操作 packing <- lapply(df, function...(x) { # 按'detector'列对子数据框进行排序 x = x[order(detector)] # 从子数据框中提取'detector'和'N2'列，并保留唯一的行 radius...[index]$y + x$`.pred_class` |> as.numeric() # 计算x数据框中每个元素的纵坐标，并存储在'y0'列中 x$r = out[index]$radius...，其中数据来自packing数据框中具有缺失'native'列的行 geom_point( data = packing[which(is.na(native))], aes(x =...形状、填充等属性 # 添加自定义的"moon"（月亮）图层，其中数据来自packing数据框中具有非缺失'native'列的行 geom_moon(data = packing[which(!
5.3 按照特定列的值排序： 按照索引列进行排序： data.sort_index() 按照money的值进行排序： data.sort_values(by="money",ascending = True...5.6 切割数据 对date字段的值依次进行分列，并创建数据表，索引值为data的索引列，列名称为year\month\day。...7.3 对结果进行计数求和 data.query('department=="饮料"').count() # 对饮料类型的数据进行筛选后计数 data.query('department...在筛选后的数据中，对money进行求和 输出结果：9.0 8....数据汇总 8.1 以department属性对所有列进行计数汇总 data.groupby("department").count() 输出结果： ?
5.3 按照特定列的值排序： 按照索引列进行排序： data.sort_index() 按照money的值进行排序： data.sort_values(by="money",ascending = True...5.6 切割数据 对date字段的值依次进行分列，并创建数据表，索引值为data的索引列，列名称为year\month\day。...7.3 对结果进行计数求和 data.query('department=="饮料"').count() # 对饮料类型的数据进行筛选后计数 data.query('department...# 在筛选后的数据中，对money进行求和 输出结果：9.0 8....数据汇总 8.1 以department属性对所有列进行计数汇总 data.groupby("department").count() 输出结果： ?
GC含量分析：QualiMap能够分析测序数据中的GC含量，并与预期的GC含量进行比较，以检测可能的偏差。...必须参数：描述输入数据的配置文件；要求是2列或者3列的制表符分割文件，第一列是样品名，第二列是单个文件bamqc分析结果的路径（或者是样本bam文件路径，需要加 -r 参数），第三列是对应样本的分组...第一列是样品名，第二列是实验条件（ex:处理或未处理），第三列是样品计数数据的文件的路径；第四列是计数数据中包含计数值的列的索引（用于当所有样本的计数都包含在一个文件中，但需要统计不同样本列的情况）...这可以用来过滤掉低表达的基因，即只有当基因的表达量计数超过这个阈值时，它才会被包括在分析中 -R ：R脚本可执行文件的路径。...具有相同ID的区域将作为同一特征的一部分进行汇总。
学习目标 知道如何导入和读取数据，并了解数据的质控，能够对数据进行质控和分析。 1. 质控准备 在基因表达定量后，需要将这些数据导入到 R 中，以生成用于执行 QC（质控）。...也就是说，对于每个单独的样本，将拥有以下三个文件： 具有细胞ID的文件，代表所有定量的细胞 具有基因ID的文件，代表所有定量的基因 每个细胞的每个基因的计数矩阵 以上数据存放在data/ctrl_raw_feature_bc_matrix...标识符的来源可能是 Ensembl、NCBI、UCSC，但大多数情况下这些是官方基因符号。这些基因的顺序对应于矩阵文件中的行顺序。...features.tsv matrix.mtx 这是一个包含计数值矩阵的文本文件。行与上面的基因 ID 相关联，列对应于细胞条形码。请注意，此矩阵中有许多零值。...matrix.mtx 将此数据加载到 R 中，需要将这三个数据整合为一个计数矩阵，并且考虑到减少计算的原因，此计数矩阵是一个稀疏矩阵。
可以直接更新表中的数据，也可以通过视图进行更新，或者使用括在括号中的子查询进行更新。 通过视图进行更新受制于需求和限制，如CREATE view中所述。...更常见的是，UPDATE根据条件表达式指定对特定的行(或行)进行更新。 默认情况下，UPDATE操作遍历表中的所有行，并更新满足条件表达式的所有行。...唯一的例外是将SERIAL (%Library.Counter)字段添加到具有现有数据的表时。 对于这个添加的计数器字段，现有的记录将具有NULL值。...使用SET关键字，将一个或多个列=标量表达式对指定为逗号分隔的列表。...使用不带列列表的VALUES关键字，指定下标数组，其中数字下标对应列号，包括在列计数中不可更新的RowID作为列号1。
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