我有一个使用MatrixEQTL进行eqtl分析的输出文件ch01_76563780 GW_06g07292006g072920 0.0499413219745195 923.819795644165 2.2250738585072e-308 1.60416093688267e-302
我正在尝试计算每个基因的关联性，以获得总结的重要基因。
浏览 14提问于2021-05-19得票数 0
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我正在用MySQL开发基因组数据库，我必须获取每个基因的平均转录本数量(每个表中的条目)(在它自己的列上标记，因此每个相同基因的转录本都有相同的数量)。transcript_name chr启动端外显子gene_namemysql> SELECT Avg(COUNT(*) FROM refGeneshg GROUP BY na
浏览 3提问于2016-11-05得票数 1
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一旦管道完成，我就可以通过标签找到与每个管道相关联的Google操作。然而，我无法确定他们的成本。Google记帐日志只列出计算引擎账单，但它们没有显示计算引擎实例与基因组操作之间的联系，因此我无法计算成本。
如何计算Google云基因组管道的成本？
浏览 3提问于2018-11-21得票数 0
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我使用ggplot2绘制条形图，在添加geom_errorbars之后，我得到许多相互堆叠的错误条形图(如下图所示)。有什么问题吗？我尝试在Windows和Linux中绘制它，以确保问题不是来自我的R版本，并且我得到了相同的结果。
浏览 0提问于2021-03-12得票数 0
我有一个FASTA文件，里面有多个基因样本的比对。我正在尝试开发一个程序，可以计算每个样本的突变数量。做这件事最好的方法是什么？将每个基因样本存储在字典中，并以某种方式进行比较？
浏览 0提问于2012-09-25得票数 1
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我正在研究单核rna测序，我做了一个由所有特征的基因子集组成的矩阵，显示每个基因的数量。我想要计算在每个特性中表达的基因的比例，但是不能得到我的代码来返回正确的结果。这与我已经用colSums计算的每个特性的计数数是分开的。
没有表达的<e
浏览 9提问于2022-05-13得票数 0
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为特定的数据组织构建堆叠条形图
、、、、
我想构建一个堆叠的条形图，x轴代表基因组(或仅仅是有机体)的数量，y轴代表基因组的确切数量中出现的基因簇的数量。因为我知道这些基因来自哪些有机体，我希望每个条形图都能显示每个基因组在构建这个条形图中的影响。； 1)第一列显示了每个基因簇所涉及的基因组
浏览 17提问于2019-05-20得票数 0
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场景:每个"order"只能有一个“导入文件”。因此，我创建了一个表，其主要列为*order_code*和*file_code* (Order_File表)，每个"order"可以有多个基因“”。( Order_Gene表)我想知道你对这个模式设计的看法，如果我设计错了，还是它是正确的？谢谢。
浏览 1提问于2012-07-13得票数 0
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我一直在阅读NEAT (关于增强拓扑的NeuroEvolution)的S白皮书，还有一件事特别令人困惑：📷
当两个基因组以相同的创新数共享连接时，所产生的创新是从更合适的父母那里获得的(或者是随机的
浏览 0提问于2016-11-05得票数 1
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我有以下格式的数据：ATCGACAGACCGACG我已经将每个基因存储到字典中，并将以>开头的行作为值。所以字典类似于{'abc12':'ATCGACAG'，等等}
现在我希望能够比较每个基因，这样它就可以计算每个位点的A、T、C或G的数量。我唯一能想到的就是将字典分解为每个核苷酸
浏览 0提问于2012-09-28得票数 1
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我有一个大的基因ID矩阵，后面跟着一系列的引导值。2.52996431217 1.80711736583 1.37340919803 1.37340919803 8.31273988284 3.97565820484 1.80711736583
问题是，并不是每个基因都有相同数量的引导值，因此矩阵不是矩形的，因此read.table()不能工作。readLines()也不一定工作，因为我需要基因ID与它们各自的
浏览 2提问于2014-06-06得票数 0
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通过将染色体的基因设置为位，我获得了单个测试载体的最大覆盖率。现在我需要用最少的测试向量获得100%的覆盖率。如果我将每个基因设计为测试向量，id需要根据基因的数量和总覆盖率来计算适应度函数，id还需要同时进化染色体长度和每个测试向量(基因)位。
有没有可能有一个可变长度的染色体？对于这种类型的任务有什么标准的
浏览 0提问于2012-05-23得票数 2
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我有几个数据帧(最多12个)，其中有多个列，显示了基因随时间的变化(例如5个时间点)以及其他基因如何与这种变化相关(即，其他基因也以与数据中其他基因相关的方式下降或上升)。该分析一次提取每个基因，使用该基因作为参考，并针对每个单独的基因进行测试，以查看这些基因随时间的变化模式是否与第一个参考基因相关。这对<em
浏览 16提问于2019-01-27得票数 0
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这些模块是彩色的，也是用数字编号的。通常，灰色模块也被标记为数字中的0，对应于没有在任何模块中聚类的一组基因。我确切的问题是，它的大小是否有限制，比如它不应该超过总数据量的20%、30%或50%？
浏览 16提问于2018-05-18得票数 1
我有一个.csv文件，它包含第一列中的基因名称和后续列中每个患者的每个基因的“每百万条转录数”计数。有56,632个基因被读取，并且似乎有许多重复的基因ID。下面是我的数据矩阵示例：TSPAN6 1.45问题:我无法通过基因名称调
浏览 0提问于2015-10-24得票数 0
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对于每个标签，我们需要两个数字。首先，与标签相关联的电子书的数量，其次，与标签相关联的电子书的数量+每个后代相关联的电子书的数量。更新:有一个datetime参数Ebook.published，它定义了何时计算</e
浏览 3提问于2011-04-26得票数 0
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我的数据框架很简单。两列:第一列有基因型(1-39)，第二列有性状值(数值，连续)。我想选择8个基因型，并计算相关性状值的平均值和stdev值。最后，我想对8种基因型进行10,000次的抽样，而对于每一个样本，我希望得到相关性状值的stdev和平均值。理想的情况是，在矩阵中，每一行代表一个样本，每种基因型代表8列，对于stdev和与这些基因型关联的特征值的
浏览 1提问于2012-06-05得票数 1
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具有树状图的扫描相关矩阵
、、、
我试着使用我自己的RNAseq数据集，重新创建scanpy教程中描述的关联矩阵。scanpy中的相关函数是：sc.pl.correlation_matrix，而图如下所示：这里的主要问题是:如何计算不同细胞类型之间的Pearson相关性，而每种细胞类型的矩阵大小却是不同的例如:我有1000个基因作为列，500个CD34+细胞作为行，只有200个CD19+ B细胞。那么，如何</e
浏览 10提问于2022-03-06得票数 0
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我正在寻找模拟特定SNP和数量表型之间的遗传关联的最佳方法或最佳软件包，模拟数据与我的真实数据最相似，除了我知道因果变量。我在R中看到的所有软件包似乎都专门用于谱系数据或指定合并和其他进化因素的人口数据，但我没有任何人口遗传学经验，我只想模拟欧洲人口的简单情况，具有与我的真实数据相似的特征(即性状的正态分布和基因型的加性效应，相似的等位基因频率…)。例如，如果我的
浏览 0提问于2012-09-03得票数 0
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--我需要创建一个可视化/图表，显示从一组项目中选择的所有方法(即可能组合的数量)
具体来说，我展示的是来自两种动物的潜在后代，其中每个父母都可能拥有一定数量的基因，而后代继承了0，1，或每种类型的双亲基因这些基因有有趣的名字(如火)，有时这些基因的组合也有自己的名字(fire + pastel =萤
浏览 1提问于2015-01-27得票数 2
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