如何编写能够读取.xyz文件并计算原子之间距离的代码？

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python、chemistry

我想做一个python脚本来加载xyz文件。从xyz参数中，我需要找到原子之间的距离、角度和原子之间的二面体。我有一个矩阵形式的xyz坐标： 60 Buckminsterfullerene (C60 Bucky Ball) 1 C 0.56182991 1.03720708 -3.341537453.21677684 2 46 57

浏览 87提问于2021-04-21得票数 0

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寻找一个好的空间分区数据结构，以便从

c++、optimization、data-structures、space-partitioning

我正在进行一些MD模拟，涉及数百万个原子的系统。1 0 07 0 09 0 0 所以我有五个原子。如果我的</

浏览 4提问于2013-01-31得票数 7

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使用awk计算距离

awk

我有如下所示的文本文件。13.799 N 21.660 -6.795 11.323我想计算原子坐标之间的距离例如，我想读取文件夹中的所有文件，并计算第一个和第二个原子、第一个和第三个原子、

浏览 0提问于2012-12-03得票数 2

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Biopython PDB:计算原子与点之间的距离

python、distance、point、biopython、protein-database

使用典型的pdb文件，我可以使用类似于Biopython文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。residue1['CA'] Biopython中是否有一种方法可以用xyz坐标计算原子到不动点的距离<

浏览 5提问于2016-05-06得票数 2

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计算原子坐标之间的距离

python、perl、biopython、bioperl

我有一个文本文件，如下所示ATOMATOM 963 CA GLU A 208 45.403 -17.443 13.188 1.00 40.25 C 我想计算两个α碳原子之间的距离，即计算第一个和第二个原子之间的

浏览 1提问于2012-11-30得票数 3

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如何使用pymol选择原子？

visualization、scientific-computing

我不确定这是不是该问的网页...我有一个已经生成的xyz文件： O 0 0 0.1 C 0 0 0.6 O 0如何在命令行中选择特定的原子或测量两个原子之间的距离(pymol)？

浏览 27提问于2011-08-22得票数 2

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氨基酸结合位点发现，蛋白质数据库

python、distance、chain、protein-database

问题是我不知道如何计算每个原子的范德华。因为在PDB中，原子名称类似于CB1，CA等，而不是单个原子。例如，我知道N的Waals半径。我可以写代码来计算原子之间的原子距离，但我没有完成van der Waals部分，这是必不可少的。for循环，并比较距离，只要我知道如何<em

浏览 17提问于2017-01-11得票数 4

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如何解析文件、创建记录和对记录执行操作，包括术语频率和距离计算

perl、hash、bioinformatics

我没有使用Perl子类或模块(包括Bioperl)，因此请将响应限制在适当的‘初学者级别’，以便我能够理解和学习您的建议和/或代码(也请限制“魔术”)。该方案的要求如下： ·长度-坐标之间的距离 ·density

浏览 1提问于2010-12-04得票数 6

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用R计算纬度和经度坐标的距离

我试着计算出一个位置和所有其他位置与它们的纬度和经度之间的距离。我一直在使用argosfilter包中的distanceTrack来计算神圣位置之间的距离，这非常简单，因为这是我需要的代码： lon<-lizard$Longitude但是现在我想计

浏览 1提问于2015-04-12得票数 0

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计算pdb文件中单个原子与其他原子之间的距离；打印问题

perl、printing

在对我从互联网和一些实验室伙伴中找到的一些代码进行编码后，我创建了一个脚本来计算单个原子与所有其他原子之间的距离，这些原子与直线上的模式是一致的。请记住，这是一个.pdb文件。有问题的PDB文件： --我运行代码，没有收到错误消息，但是没有输出。就像我的打印检查工作一样。但是，当距离

浏览 0提问于2013-12-06得票数 0

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Perl嵌套循环:数组-计算最小距离

arrays、perl

第一个文件包含我想要计算到的距离的数据。第二个文件包含目标残留的坐标。对于该如何计算，一直有疑问。但是，我遇到的<

浏览 2提问于2013-08-06得票数 0

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创建节点并计算汽车的初始位置

c++、c++11

在这种情况下，如何在C++中创建代码和算法？如何在节点之间

浏览 3提问于2013-01-26得票数 2

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用mdtraj计算两个原子间的距离

python、arrays、python-3.x、if-statement、error-handling

我试图计算选定原子与mdtraj.distances之间的距离，但是我想打印一个数组，例如，小于0.15nm的距离和相应的帧，但是显示一些距离。有人能帮我吗？我的代码：import mdtraj as md traj_file = inputnp.zeros

浏览 8提问于2022-09-14得票数 0

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将距离矩阵转换为邻接表

python、list、graph-theory

我有12000个原子之间的距离矩阵(成对欧几里得距离)。我想把它转换成一个节点邻接列表，列表的ith元素是一个位于阈值范围内的节点列表。；距离<= 1；将是： [0 1] [1 1] [2 1]最后，邻接列表将是：下面是一个有效的代码))] # fill the adjacency list

浏览 12提问于2022-06-21得票数 0

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如何使用变量赋值构造多维数组

arrays、fortran、physics

所以我遇到了一个数组do循环的问题。我有一个976个原子的X，Y，Z坐标数组列表。在另一个文本文件中，我有一个数组，每个原子有976个电荷。此外，我还有Xo，Yo，Zo的2,971个点(13x13，x13)的数组。我需要计算的是原子的实际X，Y，Z坐标和2,197个网格点之间的距离。最初，我用33个原子做的<

浏览 0提问于2018-03-29得票数 0

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使用Maps计算两个附件的距离，然后将每个距离保存到数据库

ruby-on-rails、google-maps-api-3、open-uri

我正在编写一个应用程序，根据距离将孩子们和幼儿园的孩子联系起来。这将是对api的请求。我的想法是向孩子的创造过程发送请求。我会从数据库中获取子地址和幼儿园地址，并构

浏览 3提问于2018-02-22得票数 1

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表示不等式点和DNF之间距离的Python库

python、numpy、scipy、pyeda

我正在寻找一个python构造，它允许我：(iii)给定一个点(u1，u2，u3，u4)，我可以找到这一点到DNF公式的设定距离。我知道numpy允许我编写原子公式并计算它们从点到点的<e

浏览 13提问于2022-02-25得票数 0

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如何使用VBA合并功能以避免占用额外的单元格？

excel、vba

这个电子表格的目的是计算原子之间的距离，我们希望改进函数，以避免占用额外的列。(见图像的后置脚本。 =VLOOKUP($F4,$A$4:$E$1023,2,FALSE) 在

浏览 5提问于2022-09-18得票数 -2

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从特定的残差中获取原子坐标并计算距离

function、return、coordinates

我试图在PDB文件中提取特定残余物中原子的精确坐标。 print(cys_ox) 这个

浏览 7提问于2021-08-09得票数 0

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如何计算MDtraj中原子对之间的距离？

python、biopython

我想计算两个氢原子之间的距离。我想使用MDtraj模块来完成这项工作。但我得到了ValueError：以下是代码h1 = np.array([(4.259, 24,471, 0.81), (-0.008, 23.118, -0.407)]) h1是第一个氢原子和第二个氢原

浏览 0提问于2020-12-02得票数 1

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