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SciPy 稀疏矩阵(2):COO

上回说到,计算机存储稀疏矩阵的核心思想就是矩阵中的非零元素的信息进行一个必要的管理。...SciPy COO 格式稀疏矩阵 在开始 SciPy COO 格式稀疏矩阵之前我花了一些篇幅讲解稀疏矩阵的三元组存储策略,这主要是因为 SciPy COO 格式稀疏矩阵用的存储策略就是三元组存储策略的第...01 实例化 SciPy COO 格式稀疏矩阵类的定义位于 scipy.sparse 包中的 coo_matrix 类,进行实例化就能获取一个 SciPy COO 格式稀疏矩阵的实例。...至于如何优化元素访问这一操作,继续使用这样的格式可能不好办了,需要从格式进行改进。...至于怎么去改进也不需要我们去实现,SciPy 已经实现了这样的稀疏矩阵格式,它就是下一回要介绍的 DOK 格式稀疏矩阵

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SciPy 稀疏矩阵(5):CSR

我们显然可以发现 LIL 格式稀疏矩阵进行该操作效率非常高,因为不同于 COO 格式稀疏矩阵外加上 DOK 格式稀疏矩阵获取某一行数据需要扫描整个稀疏矩阵的非零元素信息,LIL 通过把稀疏矩阵看成是有序的稀疏行向量组并这些稀疏行向量进行压缩存储...实例化 SciPy CSR 格式稀疏矩阵类的定义位于 scipy.sparse 包中的 csr_matrix 类,进行实例化就能获取一个 SciPy CSR 格式稀疏矩阵的实例。...当然,SciPy CSR 格式稀疏矩阵也有缺点: 进行列切片操作的性能非常低下。 其修改矩阵元素的代价非常高昂。...但是我们可以发现 LIL 格式和 CSR 格式都是把稀疏矩阵看成有序稀疏行向量组,然后行向量组中每一个行向量进行压缩存储。...我们完全可以把稀疏矩阵看成是有序稀疏列向量组,然后模仿 LIL 格式或者是 CSR 格式列向量组中的每一个列向量进行压缩存储。

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    SciPy 稀疏矩阵(4):LIL(上)

    “ 上回说到,无论是 COO 格式稀疏矩阵还是 DOK 格式稀疏矩阵进行线性代数的矩阵运算的操作效率都非常低。...通过针对每个稀疏向量进行压缩存储,我们可以实现稀疏矩阵的压缩存储。这种压缩方法不仅可以节省存储空间,而且可以提高矩阵运算的效率。...SciPy LIL 格式稀疏矩阵 在开始 SciPy LIL 格式稀疏矩阵之前我花了一些篇幅讲解稀疏向量的二元组存储策略外加上基于稀疏向量的稀疏矩阵的存储策略,这主要是因为 SciPy LIL 格式稀疏矩阵用的存储策略就是基于稀疏向量的稀疏矩阵的存储策略的第...实例化 SciPy LIL 格式稀疏矩阵类的定义位于 scipy.sparse 包中的 lil_matrix 类,进行实例化就能获取一个 SciPy LIL 格式稀疏矩阵的实例。...优缺点 SciPy LIL 格式稀疏矩阵有着以下优点: 非常灵活的切片操作。 能够非常高效地改变稀疏结构。 当然,SciPy LIL 格式稀疏矩阵也有缺点: 执行矩阵运算的操作的效率非常低。

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    在 Cython 中高效访问 scipy lil_matrix

    1、问题背景scipy sparse 矩阵是一种稀疏矩阵,在处理大型数据集时非常有用。Cython 是一种静态类型语言,可以编译成 Python 代码,从而提高性能。...然而,在 Cython 中访问 scipy 稀疏矩阵时,可能会遇到一些问题。例如,lil_matrix 表示使用不同长度的列表列表。将此类数据结构有效地传递给 Cython(无需复制)可能很困难。...然后,您可以使用 cdef 语句声明变量来存储 scipy 稀疏矩阵。...以下是一些代码示例,展示了如何在 Cython 中高效访问 scipy lil_matrix:import numpy as npcimport numpy as np​from scipy.sparse...然后,我们访问了矩阵的元素,并将其转换为 CSR 格式(压缩稀疏格式)以进行更高效的操作。

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    SciPy 稀疏矩阵(6):CSC

    “ 上回说到,CSR 格式稀疏矩阵基于程序的空间局部性原理把当前访问的内存地址以及周围的内存地址中的数据复制到高速缓存或者寄存器(如果允许的话)来 LIL 格式稀疏矩阵进行性能优化。...我们完全可以把稀疏矩阵看成是有序稀疏列向量组,然后模仿 LIL 格式或者是 CSR 格式列向量组中的每一个列向量进行压缩存储。...实例化 SciPy CSC 格式稀疏矩阵类的定义位于 scipy.sparse 包中的 csc_matrix 类,进行实例化就能获取一个 SciPy CSC 格式稀疏矩阵的实例。...当然,SciPy CSC 格式稀疏矩阵也有缺点: 进行行切片操作的性能非常低下。 其修改矩阵元素的代价非常高昂。...PART. 02 下回预告 不同于 LIL 格式和 CSR 格式都是把稀疏矩阵看成有序稀疏行向量组,然后行向量组中每一个行向量进行压缩存储,CSC 格式稀疏矩阵看成有序稀疏列向量组,然后通过模仿 CSR

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    推荐系统为什么使用稀疏矩阵如何使用python的SciPy包处理稀疏矩阵

    在推荐系统中,我们通常使用非常稀疏矩阵,因为项目总体非常大,而单个用户通常与项目总体的一个非常小的子集进行交互。...这意味着当我们在一个矩阵中表示用户(行)和行为(列)时,结果是一个由许多零值组成的极其稀疏矩阵。 ? 在真实的场景中,我们如何最好地表示这样一个稀疏的用户-项目交互矩阵?...压缩稀疏行(CSR) 尽管在SciPy中有很多类型的稀疏矩阵,比如键的字典(DOK)和列表的列表(LIL),但我只讨论压缩稀疏行(CSR),因为它是最常用和最广为人知的格式。...为了有效地表示稀疏矩阵,CSR使用三个numpy数组来存储一些相关信息,包括: data(数据):非零值的值,这些是存储在稀疏矩阵中的非零值 indices(索引):列索引的数组,从第一行(从左到右)开始...在下面的例子中,我们看到第一行包含一个值a,因此我们用0:1进行索引。第二行包含两个值b, c,然后我们从1:3开始索引,以此类推。

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    SciPy 稀疏矩阵(3):DOK

    SciPy DOK 格式稀疏矩阵 在开始 SciPy DOK 格式稀疏矩阵之前我花了一些篇幅讲解散列表以及基于散列表的三元组,这主要是因为 SciPy DOK 格式稀疏矩阵就是基于散列表的三元组。...实例化 SciPy DOK 格式稀疏矩阵类的定义位于 scipy.sparse 包中的 dok_matrix 类,进行实例化就能获取一个 SciPy DOK 格式稀疏矩阵的实例。...格式稀疏矩阵也有缺点,这里的缺点也就只有一个,就是进行线性代数的矩阵运算的操作效率非常低,因为需要对散列表的键值进行遍历。...下回预告 不管是 COO 格式稀疏矩阵还是 DOK 格式稀疏矩阵,它们都无一例外地三元组进行了存储。因此,COO 格式稀疏矩阵和 DOK 格式稀疏矩阵可以放在一个板块中。...然而,无论是 COO 格式稀疏矩阵还是 DOK 格式稀疏矩阵进行线性代数的矩阵运算的操作效率都非常低。

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    SciPy 稀疏矩阵(1):介绍

    SciPy 提供了多种格式稀疏矩阵,包括 COO、CSR、CSC 等多种格式。在实际应用中,SciPy 稀疏矩阵被广泛应用于图像处理、网络分析、文本处理等领域。...由于稀疏矩阵中大部分元素都是零,因此进行存储和计算时,需要采用特殊的算法和存储方法,以达到更高的效率。...换句话说,计算机存储稀疏矩阵的核心思想就是矩阵中的非零元素的信息进行一个必要的管理。...SciPy 稀疏矩阵学习路线 在介绍 SciPy 稀疏矩阵的学习路线之前,我们通过查看 Python 科学计算工具包 SciPy 的官方文档,我们可以发现 SciPy 稀疏矩阵一共有 7 种格式,如图所示...为什么选择这条学习路线我在这里就只能长话短说了,具体原因等我把 SciPy 稀疏矩阵的 7 种格式全部介绍完你们就自然而然的可以理解了。

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    【学术】一篇关于机器学习中的稀疏矩阵的介绍

    本教程将向你介绍稀疏矩阵所呈现的问题,以及如何在Python中直接使用它们。 ?...稀疏现象有兴趣是因为它的开发可以带来巨大的计算节省,并且在许多大的实践中都会出现矩阵稀疏的问题。...机器学习中的稀疏矩阵 稀疏矩阵在应用机器学习中经常出现。 在这一节中,我们将讨论一些常见的例子,以激发你稀疏问题的认识。...多个数据结构可以用来有效地构造一个稀疏矩阵;下面列出了三个常见的例子。 Dictionary of Keys。在将行和列索引映射到值时使用字典。 List of Lists。...此外,使用NumPy数据结构的机器学习库也可以在SciPy稀疏数组上透明地进行操作,例如用于一般机器学习的scikit-learn和用于深度学习的Keras。

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    python的高级数组之稀疏矩阵

    对于稀疏矩阵,采用二维数组的存储方法既浪费大量的存储单元来存放零元素,又要在运算中浪费大量的时间来进行零元素的无效运算。因此必须考虑稀疏矩阵进行压缩存储(只存储非零元素)。...Scipy.sparse模块提供了许多来自于稀疏矩阵的不同存储格式。这里仅描述最为重要的格式CSR、CSC和LIL。...CSR、CSC是用于矩阵-矩阵矩阵-向量运算的有效格式,LIL格式用于生成和更改稀疏矩阵。Python不能自动创建稀疏矩阵,所以要用scipy中特殊的命令来得到稀疏矩阵。...(1) 压缩稀疏行(CSR,Compressed Sparse Row):或csr_matrix  按行矩阵进行压缩的。    ...CSC(Compressed Sparse Column),用于CSC格式的类型为:csc_matrix  按列矩阵进行压缩的。

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    如何使用python处理稀疏矩阵

    如果我们决定逐行进行,那么刚刚创建了一个压缩的稀疏矩阵。如果按列,则现在有一个压缩的稀疏矩阵。方便地,Scipy两者都支持。 让我们看一下如何创建这些矩阵。...为此,要从左到右逐行遍历元素,并在遇到它们时将其输入到此压缩矩阵表示中。 压缩稀疏矩阵如何呢?...但是,仅出于演示目的,这里介绍了如何稀疏Scipy矩阵表示形式转换回Numpy多维数组。...鉴于格式之间的转换得到了高度优化,这节省了440 MB,且几乎没有时间开销。显然,也可以直接创建这些稀疏SciPy矩阵,从而节省了临时的占用内存的步骤。...总结 之后遇到处理一个大的数据集,并考虑通过适当地使用稀疏矩阵格式节省内存。

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    Rust的一些科学计算相关经验(稀疏矩阵计算的相关生态仍有很大欠缺)

    但是它不支持形如f64 * [稀疏矩阵]的写法。而由于孤儿原则的存在,你没法其直接进行乘号的重载。直接做法是使用库自带的map函数,非常方便。我个人是使用Enum包装了稀疏矩阵并重载了所有运算符。...直接求解{u}可以利用[k]矩阵稀疏进行迭代法求解,可以显著降低计算量。 模型原型为Shi et al. 2017描述的关于斜拉索-阻尼器系统的有限差分格式,考虑阻尼器刚度与拉索抗弯刚度的影响。...且F的值在每个时间步上需要用多个矩阵进行计算并求解。矩阵尺寸由模型分解出的单元数量决定。 Rust开了优化。Python使用scipy库。...大概是五矩阵的逆矩阵仍有一定的稀疏性,或是Python求稀疏矩阵逆的迭代法速度过快,python使用逆矩阵法也有很高的速度优势。...Python使用scipy的spsolve看来是触发了矩阵的优化迭代法。计算耗时的增加相比于矩阵规模的增长几乎可以忽略不计。scipy这个库还是十分靠谱的。

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    scipy.sparse、pandas.sparse、sklearn稀疏矩阵的使用

    文章目录 1 scipy.sparse 1.1 SciPy 几种稀疏矩阵类型 1.2 lil_matrix 1.3 矩阵的通用属性 1.4 稀疏矩阵存取 2 pandas.sparse 2.1 SparseArray...2.2 新建SparseDataFrame 2.3 格式转化 2.4 稀疏矩阵的属性 2.5 scipy.sparse与pandas.sparse 3 sklearn 1 scipy.sparse 参考...: SciPy 稀疏矩阵笔记 Sparse稀疏矩阵主要存储格式总结 Python数据分析----scipy稀疏矩阵 1.1 SciPy 几种稀疏矩阵类型 SciPy 中有 7 种存储稀疏矩阵的数据结构...通用方法 import scipy.sparse as sp ### 转换矩阵格式 tobsr()、tocsr()、to_csc()、to_dia()、to_dok()、to_lil() mat.toarray...() # 转为array mat.todense() # 转为dense # 返回给定格式稀疏矩阵 mat.asformat(format) # 返回给定元素格式稀疏矩阵 mat.astype(

    1.8K10

    走过19年,每年千万下载量,科学计算开源库SciPy的前世今生

    并借助 SciPy 1.0 这个成熟的象征,展现了当前科学计算以及未来发展方向都是什么样的。 ?...SciPy 发展里程碑 20 世纪 90 年代末期,美国梅奥医学中心的博士生 Travis Oliphant 发布了一系列构建于数值数组之上的包,并提供了用于信号处理、特殊函数、稀疏矩阵、正交、最优化和快速傅里叶变换等的算法...数据结构:稀疏矩阵 scipy.sparse 提供了 7 种稀疏矩阵数据结构,或者称之为稀疏格式。其中最重要的一种是压缩行/压缩列的稀疏格式,它们分别为 CSR 与 CSC。...这两种方法都提供了快速的主轴索引与快速的矩阵-向量乘法,这两种稀疏格式SciPy 及依赖的库中得到了广泛的应用。...整个 cKDTree 模块通过模板化类用 C++重写了,并新增周期性边界条件的支持,它经常用于物理过程的模拟。

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    走过19年,每年千万下载量,科学计算开源库SciPy的前世今生

    并借助 SciPy 1.0 这个成熟的象征,展现了当前科学计算以及未来发展方向都是什么样的。 ?...SciPy 发展里程碑 20 世纪 90 年代末期,美国梅奥医学中心的博士生 Travis Oliphant 发布了一系列构建于数值数组之上的包,并提供了用于信号处理、特殊函数、稀疏矩阵、正交、最优化和快速傅里叶变换等的算法...数据结构:稀疏矩阵 scipy.sparse 提供了 7 种稀疏矩阵数据结构,或者称之为稀疏格式。其中最重要的一种是压缩行/压缩列的稀疏格式,它们分别为 CSR 与 CSC。...这两种方法都提供了快速的主轴索引与快速的矩阵-向量乘法,这两种稀疏格式SciPy 及依赖的库中得到了广泛的应用。...整个 cKDTree 模块通过模板化类用 C++重写了,并新增周期性边界条件的支持,它经常用于物理过程的模拟。

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    Scipy 高级教程——稀疏矩阵

    Python Scipy 高级教程:稀疏矩阵 Scipy 提供了处理稀疏矩阵的工具,这对于处理大规模数据集中的稀疏数据是非常有效的。...本篇博客将深入介绍 Scipy 中的稀疏矩阵功能,并通过实例演示如何应用这些工具。 1. 稀疏矩阵的表示 在 Scipy 中,稀疏矩阵可以使用 scipy.sparse 模块进行表示。...Scipy 提供了 scipy.sparse.linalg 模块,用于处理稀疏矩阵的线性代数问题。...总结 通过本篇博客的介绍,你可以更好地理解和使用 Scipy 中的稀疏矩阵工具。这些工具在处理大规模稀疏数据、线性代数问题以及图算法等方面具有广泛的应用。...在实际应用中,根据具体问题选择合适的稀疏矩阵表示和操作将有助于提高数据分析的效率和可靠性。希望这篇博客你有所帮助!

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    大规模稀疏线性规划求解思路梳理

    原始线性规划问题格式问题举例: 分析scipy.optimize.linprog预处理过程,发现该过程充斥着大量冗余的循环判断操作,且化成的标准型也并非最简模式。...scipy.optimize.linprog中采用scipy.sparse.linalg.splu方法,首先矩阵M进行LU分解,再求解M的逆矩阵M^{-1},最后计算△=-M^{-1}res。...为了使Cholesky和Incomplete Cholesky的分解结果尽可能接近,使用Approximate Minimum Degree Ordering Algorithm系数矩阵进行重排; b...采用icfm方法系数矩阵进行缩放求解,不同之处在对每行/列进行分解时保留原始元素的位置而非不保留最大的p个元素,只在对角线的计算上考虑填充元的信息。...稀疏矩阵乘法优化 参考scipy稀疏矩阵乘法,将一期实现中的HashMap数据结构替换成数组,减少HashMap增删过程产生的时间开销,优化后,在二期数据上,单次稀疏矩阵乘法能减少2~3秒时间。

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    万字长文带你看尽深度学习中的各种卷积网络

    如果你曾听过深度学习的各种卷积网络(例如 2D/3D/ 1x1 / 转置 /空洞(扩张)/ 空间可分离 / 深度可分离 /扁平化 / 分组 / 分组卷积)并疑惑它们到底都是什么的话,你可以通过这篇文章了解它们实际的工作原理...它将输入也压平为 16 x 1 矩阵,之后将卷积核转换为一个稀疏矩阵 (4 x 16),接着在稀疏矩阵和压平的输入间执行矩阵乘法运算,最终得出的矩阵(4 x 1)转换回 2 x 2 的输出。 ?...Devices,https://arxiv.org/abs/1707.01083)分组卷积(Shuffled grouped convolution)进行了介绍。...总的来说,分组卷积包括分组卷积和通道(channel shuffling)。...通道 经过这种,我们再接着如常执行第二个分组卷积 GConv2。但是现在,由于经过的层中的信息已经被混合了,我们本质上是将特征映射层的不同小组喂养给了 GConv2 中的每个组。

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