主要介绍使用pivot_longer进行长宽数据转换，这两个函数都是来自于tidyr包 问题背景 现在有一个表达矩阵，要画箱线图 但是，上面表格不满足向ggplot2画箱线图的函数传递参数的需求，要变换成数据框把所有数字变成一列传递给...首先行列转置 把原来的行名变成第一列 把原来的列名变成第二列 就变成数据框形式了。也就是把宽数据变成长数据。 代码如何实现？...,1:6) exp[,1:3] = exp[,1:3]+1 exp library(tidyr) library(tibble) library(dplyr) dat = t(exp) %>% # 先转置...as.data.frame() %>% # 变成数据框 rownames_to_column() %>% # 行名变成一列 mutate(group = rep(c("control","...列名中含有数值型数据，可以names_prefix/names_transform提取，可以用readr包中的parse_number()函数直接解析 列名中含有多个变量可以用正则表达式拆分成多列 一行有多个观测
一、向量、矩阵、数据框和列表的区别 1）向量：一维 2）矩阵：二维，只允许一种数据类型 3）数据框：二维，每列只允许一种数据类型 4）列表：容纳各种数据类型 ps：数据类型的判断：clss（）...数据类型的转化：as.data.frame/ as.matrix 二、数据框 （1）数据框的来源： a 新建 b as.data.frame转化 c 读取表格文件 read.csv() d 内置数据集如...iris，mtcars （2)新建数据框： 1、data.frame() 2、read.csv(" ") ⚠️文件在当前的工作路径中可以直接使用文件名，否则需要使用绝对路径，否则就会报错。...） 4、修改行名和列名 行名修改：rownames(数据框的名称)<-c() #重新赋值 名列名修改：colnames(数据框的名称)<-c() 改一个行名或列名： colnames(数据框名称）[列数...as.data.frame() as.matrix() 最后用class() 明确一下数据类型 （4）矩阵画热图 图片 四、列表 （1）列表的新建 > l<-list(m1=matrix(1
，列表中的元素为按照换行符拆开的一个个元素。...接着我们需要将该列表元素再进行一些处理： names(x_split) 列表的第一个元素，...也就是通路名，作为列表名 x_split 列表中的前两个元素 # 这里 "[" 方法可以理解为 function(x) x[-...HALLMARK_MITOTIC_SPINDLE" [5] "HALLMARK_WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING" [6] "HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING" 纯文本-> 数据框...，一定要小心使用cbind 连接，因为不等长的连接会自动删除那些过长的列表中的元素（木桶中最短的那根板）
seaborn提供了一个快速展示数据库中列元素分布和相互关系的函数，即pairplot函数，该函数会自动选取数据框中值为数字的列元素，通过方阵的形式展现其分布和关系，其中对角线用于展示各个列元素的分布情况...函数自动选了数据框中的3列元素进行可视化，对角线上，以直方图的形式展示每列元素的分布，而关于对角线堆成的上，下半角则用于可视化两列之间的关系，默认的可视化形式是散点图，该函数常用的参数有以下几个 ###...# 1. corner 上下三角矩阵区域的元素实际上是重复的，通过corner参数，可以控制只显示图形的一半，避免重复，用法如下 >>> sns.pairplot(df, corner=True) >>...#### 3、 x_vars和y_vars 默认情况下，程序会对数据框中所有的数值列进行可视化，通过x_vars和y_vars可以用列名称来指定我们需要可视化的列，用法如下 >>> sns.pairplot...通过pairpplot函数，可以同时展示数据框中的多个数值型列元素的关系，在快速探究一组数据的分布时，非常的好用。
“向量”——一维 “表格”——二维 matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型 data.frame 数据框-二维，每列只允许一种数据类型 list列表：可装万物 1.数据框来源 （1）用代码新建 （...#读取"gene.csv"文件，赋值df2 3.数据框属性 4.数据框取子集 df1$gene #"$"前是数据框名称 后是列名；提取该列的向量 #按名字取子集 df1 行，列 图片 5.数据框修改..." #修改一个列名 6.两个数据框的连接 按照共同的列名取交集，后连接 两个数据框列中有交集时既可以使用，自动连接 矩阵新建和取子集 矩阵画热图 pheatmap::pheatmap(m) #热图结果默认聚类...pheatmap::pheatmap(m,cluster_cols = F,cluster_rows = F) #修改默认聚类 列表新建和取子集（列表可装万物） x[1] x$m1 #列表取子集 元素的...“名字”-names（） 后置的难点 数据框按照逻辑值取子集 #将逻辑值赋值给k，按逻辑值在df1中取子集**实战中会经常遇到 删除变量 数据结构总结 以上来源，生信技能树
数据框的长宽转换对于熟悉R语言的朋友而言，应该不会陌生。使用ggplot2画图时，最常用的数据处理就是长宽转换了。...在pandas中，也提供了数据框的长宽转换功能，有以下几种实现方式 1. stack stack函数的基本用法如下 >>> import pandas as pd >>> import numpy as...，将对应的值转换为新的数据框中的某一列，从而实现了数据框由宽到长的转换。...不同之处，在于转换后的列标签不是以index的形式出现，而是作为数据框中的variable列。...unstack类似，实现数据框由长到宽的转换。
通常拿到了上下调差异基因列表，然后说的GO/KEGG数据库注释，指的是超几何分布检验。...这些都离不开生物学功能数据库，但是数据库不仅仅是GO/KEGG哦，目前最齐全的应该是属于 MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了已知的基因集合：http...，因为数据框不能是不整齐的，所以没办法是宽的，每个基因集合里面的基因个数不一样，大概率都是不整齐的。...(glist)) 这样的列表如果想转换成为前面的数据框也很容易： TERM2GENE = do.call(rbind, lapply(names(genes_to_check), function(...x){ data.frame(gs_name=x,gene_symbol=glist[[x]]) })) 对象（遵循MSigDB的gmt文件标准） 前面的数据框或者列表，要弄成对象就比较麻烦了，需要做一些转换
，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型，但同一列只允许一种数据类型*数据框中括号内行在列前df1 0] #先取出列名为gene的向量，在给出一个一一对应的逻辑值向量数据框修改修改数据相当于定位取出数据后赋值，赋值需对应元素或向量df1[3,3] 数据赋值5df1df1...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l 的重要性#再次说明1：5可以换为1:nrow(a)# 4.探索列表取子集l[2]
将模式对话框放置到HTML结构的顶层，将其设置为 document.body 的子元素。...例如：https://github.com/tajo/react-portal 将模式对话框作为整个组件结构中的顶层组件（根元素的子组件），通过全局的数据来控制他显示或隐藏。...第二种方式首先对于单元测试不友好，因为我们不得不把对话框作为body的子元素（或者其他某个真实DOM的子元素）来显示，那么得有浏览器的真实DOM才能看到效果。...方法装载一个组件到body元素中，最终可能会导致虚拟DOM与真实DOM不一致或者服务端渲染遇到问题。...第三种方式在笔者看来是最合理最优秀的，下面就谈谈这种实现方式的思路。 全局数据流控制模式对话框 实际上就是用flux或redux的方式去控制对话框显示或关闭。
三个a分别对应了k1，12个随机数中的前三个值，那条线是三个值的中位数（不是平均值哦）3.向量、数据框、矩阵、列表#先简单介绍下这些名字吧。# 1.向量是组成数据框以及矩阵的基本单位。...#数据框可以由不同数据类型的向量组成，但矩阵不行。...# 1.用‘数据框’$+tab#如果没反应就手动敲一下列名，然后删掉再tab。df1$score #代码的意思是：df1这个数据框中取score那列。...# 2.用坐标df1[2,2] #取数据框中第2行、第2列## [1] "up"df1[2,] #取数据框中第2行，由于取行会保留数据框的一部分属性，因此行名和列名会反馈给你。...] [,3]## a 1 2 3## b 4 5 6## c 7 8 9#转换为数据框,记得赋值后再去class哦as.data.frame(m)#
==取子集g[seq(2,100,2)]g[c(F,T)] #用逻辑值挑选，会选出T所在的内容# 3.向量g中有多少个元素在向量s中存在(要求用函数计算出具体个数)？...rep函数中的each为一个向量重复完再执行下一个向量的重复，而换成times则为整体的重复（abcdabcd）数据框与矩阵matrix 只允许一种数据类型data.frame 每列只允许一种数据类型数据框...，R语言或者R包里自带的，无需赋值即可使用(不全是数据框哦)irisclass(iris)#顺便了解一下其他数据结构的内置数据heatmap(volcano) #热图函数 火山图参数，系统内置class...merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "NAME") #不用专门修改名字，by.x/y函数解决 # 优先选择改数据，在R里面修改数据矩阵和列表 不支持$m 转置m1 换为数据框#列表 可以用$x <- list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix
\D/g,'')"> 输入英文: 除了英文的标点符号以外...，其他的都可以中文，英文字母，数字，中文标点 <input type="text" onkeyup="this.value=this.value.replace(/^[^!
然后用逻辑向量返回数据框中的所有行，其中这些值为TRUE。...我们将filter()在后面的课程中更详细地探讨该功能。 2.列表 从列表中选择组件需要略有不同的表示法，即使理论上列表是向量（包含多个数据结构）。...使用双括号表示法对于访问各个组件同时保留原始数据结构非常有用。创建此列表时，我们知道我们最初在第二个组件中存储了一个数据框。...list1[[1]] [1] "ecoli" "human" "corn" 引用该向量的第一个元素，使用： list1[[1]][1] [1] "ecoli" 也可以对数据框和矩阵执行相同的操作...从random列表中提取向量 age的第三个元素。 从random列表中的数据框 metadata中提取基因型信息。 ---- 3.导出文件 到目前为止只修改了R中的数据; 文件保持不变。
在 PySpark 中，可以使用SparkContext的parallelize方法将 Python 的列表转换为 RDD（弹性分布式数据集）。...以下是一个示例代码，展示了如何将 Python 列表转换为 RDD：from pyspark import SparkContext# 创建 SparkContextsc = SparkContext.getOrCreate...()# 定义一个 Python 列表data_list = [1, 2, 3, 4, 5]# 将 Python 列表转换为 RDDrdd = sc.parallelize(data_list)# 打印...RDD 的内容print(rdd.collect())在这个示例中，我们首先创建了一个SparkContext对象，然后定义了一个 Python 列表data_list。...接着，使用SparkContext的parallelize方法将这个列表转换为 RDD，并存储在变量rdd中。最后，使用collect方法将 RDD 的内容收集到驱动程序并打印出来。
1.纵向合并：rbind( ) 要纵向合并两个数据框，可以使用 rbind( )函数。被合并的两个数据框必须拥有相同的变量，这种合并通常用于向数据框中添加观测。...横向合并：cbind ( ) 要横向合并两个数据框，可以使用 cbind( ) 函数。用于合并的两个数据框必须拥有相同的行数，而且要以相同的顺序排列。这种合并通常用于向数据框中添加变量。...v.names：这是一个字符串，表示要重塑的值变量的名称。在这种情况下，"conc"表示原始数据中的浓度变量。 idvar：这是一个字符串或向量，表示标识变量的名称或变量列表。...tidyr 包以一种比较简洁统一的格式实现数据长宽格式的转换，其中，函数 pivot_wider( ) 用于把长格式数据转换为宽格式，而函数 pivot_longer( ) 用于把宽格式数据转换为长格式...在对医学数据进行分析之前，通常情况下应先把数据集转换为长格式，因为 R 中的大多数函数都支持这种格式的数据。
本文是数据分析的第三课，教大家如何在python中对数据框进行简单操作，包括更改列名、显示某列中的部分字符、对某列的数值型数据进行取整等。...本文目录 更改列名 显示某列中的部分字符 抽取某列的部分字符，加别的字符构成新列 对数值型的列取四舍五入 注意：本文沿用数据分析第一课【Python数据分析—数据建立】里的数据框date_frame...第一种方法：数据框的名字.columns = 新列名对应的列表。 第二种方法：数据框的名字.rename(columns = {'旧列名1':'新列名1', '旧列名2':'新列名2', ...})...+’同学‘两个字符构成数据框的新列，可以在jupyter中运行如下语句： date_frame.name.str[0:1] + '同学' 得到结果如下： ?...至此，在python中对数据框进行简单操作已经完成，大家可以动手练习一下，思考一下还有没有别的数据框操作的方法
> x[,2] [1] 6 7 8 9 10 > x[,"v2"] [1] 6 7 8 9 10 > x[( x$v1= 8),] #找出第1列小于4并且第2列大于等于8的元素...v1 v2 v3 3 3 8 13 > x[x$v1>2,] #第1列大于2的所有元素 v1 v2 v3 3 3 8 13 4 4 9 NA 5 5 10 15 > x[which(x$v1...>2),] #使用which函数筛选第1列大于2的所有元素 v1 v2 v3 3 3 8 13 4 4 9 NA 5 5 10 15 > ?...$v1>2) [1] 3 4 5 > x$v1>2 [1] FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE > subset(x,x$v1>2) #和上面的操作一样,筛选第1列大于2的所有元素
一、数据容器简介 Python 中的 数据容器 数据类型 可以 存放多个数据 , 每个数据都称为 元素 , 容器 的 元素 类型可以是任意类型 ; Python 数据容器 根据 如下不同的特点 : 是否允许元素重复...列表定义语法 : 列表标识 : 使用 中括号 [] 作为 列表 的标识 ; 列表元素 : 列表的元素之间 , 使用逗号隔开 ; 定义 列表 字面量 : 将元素直接写在中括号中 , 多个元素之间使用逗号隔开...或者 list() 表示空列表 ; # 空列表定义 变量 = [] 变量 = list() 上述定义 列表 的语句中 , 列表中的元素类型是可以不同的 , 在同一个列表中 , 可以同时存在 字符串 和...数字类型 ; 2、代码示例 - 列表中存储类型相同的元素 代码示例 : """ 列表 List 代码示例 """ # 定义列表类 names = ["Tom", "Jerry", "Jack"] #...- 列表中存储类型不同的元素 代码示例 : """ 列表 List 代码示例 """ # 定义列表类 names = ["Tom", 18, "Jerry", 16, "Jack", 21] #
))test2library(dplyr)inner_join(test1,test2,by="name") #重复项合并right_join(test1,test2,by="name") #以第二个数据框为准的合并...，缺失数据为NAfull_join(test1,test2,by="name") #全部合并，不遗漏，缺失数据为NAsemi_join(test1,test2,by="name") #仅取两者重复的行...，并只留下第一个数据框valueanti_join(test1,test2,by="name") #仅取两者不同的行，留下第一个数据框的value
前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息，从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。..._.*","\\1",bed$V4) #获取转录本号对应的基因名字 symbol=mapping[NM,1] 方法一、使用最原始的gsub函数 #先将bed文件中的内容存放在result1中 result1...参考资料： ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列
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