有些snakemake参数遵循key=value模式。我想把它们添加到snakemake profile yaml文件中。 例如，命令行参数应该存储在snakemake配置文件中。
浏览 24提问于2020-09-24得票数 0
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我的Snakefile包含"conda“指令，我总是用--use-conda标志调用snakemake。
默认情况下是否有启用此标志的方法？也就是说，在默认情况下，我可以让snakemake使用conda而不将--use-conda显式地添加到每次调用中吗？
浏览 4提问于2019-12-02得票数 0
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在snakemake规则中有没有完整描述配置数据使用的地方？在yaml文件的用户指南中有一个这样的示例： A: data/samples/A.fastq然后，在如下规则中使用它：此表单不起作用：如果我在yaml文件中定义
浏览 0提问于2017-08-04得票数 1
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我希望将发送到snakemake命令的所有/大部分参数放在Snakemake文件中，并缩短命令行。而不是跑： snakemake
cluster: bsub job-nam
浏览 4提问于2020-05-13得票数 0
我正在尝试让snakemake (运行在Ubuntu20.04上的5.20.0版本)的--profile参数正常工作。我设置了一个配置文件目录，其中包含一个config.yaml文件。如果我把这个放到config.yaml中然后运行snakemake --profile xxx target，一切都很顺利。但是，如果配置文件包含
set-threads: "trim
浏览 0提问于2020-08-01得票数 1
我正在使用Snakemake在SLURM集群上执行规则。rule rule_name:
...(如果重要的话，我正在使用SLURM profile )
浏览 3提问于2021-02-27得票数 1
有没有办法在.yaml文件中定义一个snakemake配置字符串，使其可以包含{通配符}和{参数}值，并且当该字符串在外壳命令中使用时，{}值将替换为实际的"“值？例如，假设您希望配置字符串定义要作为参数传递给程序的字符串的格式：其中，上述内容在.yaml文件中，ID和REP是通配符，外壳命令会将展开的字符串作为参数</em
浏览 41提问于2017-08-09得票数 1
Test include from snakemake `r snakemake@input`.错误: pandoc文档转换失败，错误99
有谁能解决这个问题吗？我认为唯一
浏览 10提问于2021-08-03得票数 1
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假设我有一个config.yaml文件，如下所示reference_database: "data/zymogen_alignment_file.fasta"basecall: configuration: "dna_r9.4.1_450bps_hac.cfg"
我可以访问我的Snakefile中的所有参数，如config[
浏览 2提问于2021-03-03得票数 2
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config.yaml --cluster-config cluster.yaml \snakemake: error: unrecognized arguments: --inputDIR=[path\to\dir]
在我的理解中，Snakefile应该能够接受
浏览 13提问于2021-10-30得票数 1
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创建多个配置文件？
、、、、
因此，不允许用户在主配置文件中定义某些工具使用的线程。我想实现snakemake的"workflow.cores * percentage“功能，也就是说，我可以为每个工具指定总内核的百分比(在命令行中使用--cores #定义)。这是因为snakemake更新了他们现在支持多个配置文件的API。根据他们的日志，配置文件被更改为配置文件。: ["path/to/config1.yaml<
浏览 19提问于2020-07-02得票数 1
在snakemake中使用config.yaml文件定义参数时是否可以使用通配符？我使用一个通用的R脚本来制作相同的基本热图，但是输入矩阵不同。我希望使用通配符为我的config.yaml文件中的每个热图指定热图的配置(例如K-均值集群的K数)。=config["heatmap-{condition}"][k]
log: "logs/results/heatmap-{condition}.log
浏览 1提问于2018-03-19得票数 7
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从该示例中，configtx.yaml包含以下定义： Orderer:
我的问题：
浏览 1提问于2017-05-28得票数 3
我开始尝试在Snakemake中使用容器，我有一个问题，什么需要预先构建到容器中，什么不需要。例如：
我想要在容器中运行一个python脚本(例如，存储在workflow_root/scripts/myScript.py中)，并从另一个程序通过管道进入。我是否需要将python脚本构建到容器中，将其声明为输入文件，或者可以从容器中访问该脚本(以及如何指向它)？out2 = "{runPath}/{sample}_read2_dcs
浏览 9提问于2021-10-06得票数 4
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在Snakemake中，可以通过将规则定义为conda: "envs/my_environment.yaml"来轻松地设置conda环境。这样，YAML文件指定在运行管道之前安装哪些包。mappability-bigwig-file /data/mm9.bigWig \ /ref/mo
浏览 3提问于2020-12-14得票数 1
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在使用application.yaml将外部属性加载到spring boot (2.0.3.RELEASE)应用程序时，我遇到了一个奇怪的行为。下面我将展示一个最小的例子。我定义了一个@ConfigurationProperties类，如下所示：@ConfigurationProperties var testMap : MutableMap<String, St
浏览 5提问于2018-07-12得票数 3
2回答
我想知道如何将排序密钥定义为serverless.yaml文件，以及如何在从DynamoDB表中获取数据时对数据ASC或DEC顺序进行排序？我还想知道，假设我有用户表字段，如Fullname(String)City(String)PhoneNumber这是我的serverless.yaml文件Resources:
Us
浏览 4提问于2018-05-24得票数 4
我试图在DNN 7中将一个自定义属性保存到现有的用户配置文件中，但是配置文件属性没有被设置。我一定是理解错了什么。
// I expect this to return "value"
浏览 1提问于2014-08-26得票数 2
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我有一个yaml文件，其中存储了所有的静态值。创建了一个管道作业，它应该显示两个参数。(B)环境:这应以选定的区域为基础。，我在管道之外定义了两个函数，以便我可以在参数部分使用它们。#!= []
return var_re
浏览 2提问于2020-06-25得票数 0
/crypto-config/peerOrganizations/hospital.example.com/users/Admin@hospital.example.com/msp/keystore/key/channel/crypto-config/peerOrganizations/org2.example.com/users/Admin@org2.example.com/msp/keystore/<em
浏览 1提问于2018-09-05得票数 2
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