如何在.vmdrc中正确设置VMD的表示形式 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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分子对接教程 | (9) VMD可视化对接结果

这一部分来自多年前我在学习山东大学在MOOC网上的生物信息学课程的笔记，对此表示感谢。你可以换成对接结果的文件进行学习。能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。...图4.15 打开一个蛋白质结构默认的蛋白质结构显示方案（图4.16）：把显示窗口拖大后可以看到，VMD 读取了 PDB文件中的原子坐标，把每一个原子以细线的形式展示在 3D 空间中。...图4.16 默认的蛋白质结构显示方案 1、VMD 中鼠标的使用：把鼠标移到显示窗口里，按住左键，随意拖动，蛋白质就会在 3D 空间内任意旋转；按住鼠标右键拖动，蛋白质会在当前平面内 360 度旋转；前后滚动鼠标中键...VMD 可以设置多个representations（简称 rep），也就是将多个显示状态的试试效果叠加在一起（图4.20）。...设置两个 representations 后，蛋白质中的所有脯氨酸就以红色的原子球的形式叠加显示在以二级结构着色的碳骨架上了。 ?

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在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件

压缩率高，存储下来的文件大小远小于csv等明文数据格式；支持数据帧读取，有很多高效的数据处理软件如vaex专门针对hdf5格式的文件读、写、可视化等进行了优化；在传统量子化学领域，hdf5格式的文件就得到了大量的使用...在确定需要选择hdf5格式的文件作为分子动力学轨迹的存储格式之后，我们需要考虑下一步如何在已有的可视化软件，如VMD中，去展示hdf5格式的轨迹文件。...有一个开源软件叫VMD-h5mdplugin专门支持了在VMD上显示hdf5格式的分子轨迹文件。...处理 delta 中: 100% (323/323), 完成....而相应的，我们也需要一些配套的可视化软件，用来展示HDF5文件中存储的内容。本文所介绍的改进版的VMD-h5mdplugin插件，可以在VMD中直接展示HDF5的分子运动轨迹，并给出了相应的案例。

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Open Babel的安装与使用

，这一点跟官方所提供的指令安装方案略有区别，但是在Ubuntu 20.04系统中这个安装策略才是正确的。...To see details and specific options for a particular format, e.g CML, use babel -L cml 如果显示结果如上，则表示安装成功...这里第一次执行安装指令时遇到了一些问题，我们从这个错误日志中可以看到，是因为本地我们的python版本是3.8，而Open Babel依赖于更低一些级别的python环境。...$ cat file.smi C(CC)CCCC(=O)N mol 关于更多的使用方法和示例，这里不做过多的展开，参考链接1中的内容非常的全面，感兴趣的童鞋可以参考之。...在基本的案例中我们演示了使用obabel来将一个xyz坐标格式的文件转化成一个SMILES表达式。

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在PPT中插入分子3D模型，让分子动起来

准备分子的3D模型文件我们可以借助VMD程序生成3D模型文件。...用VMD载入一些常见的格式，如xyz、pdb等，然后点击File → Render，选择Wavefront (OBJ and MTL)渲染方式，然后点击Start Rendering即可。...在VMD的安装目录会生成vmdscene.mtl和vmdscene.obj两个文件。 2....动画设置要实现视频中所示的效果，需要简单设置一下动画。点中3D模型后，点击PPT中的“动画”，会看到比一般的图片或文本框多几个选项，如下图所示：选择“转盘”效果，即可实现3D模型的旋转。...在右边还有更多的选项，如下图所示：可以设置“份量”为“连续”，则可以一直旋转。修改“持续时间”可以调整转速。至此即可实现视频中的效果。当然，笔者只是粗略地做了些摸索，对3D模型功能还理解较浅。

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【Blender】如何使用Festivity方案一键三渲二 - PMX版本

导言上一期中已经介绍过FBX的方法以及三渲二实例效果。...但是由于mmd的vmd动作适配于pmx的骨骼组，如果想要在fbx上做运动，会出现骨骼不对应，动作不匹配的情况 FBX请看：https://cloud.tencent.com/developer/article...表示pmx方案如果没有需要自己绘制文件名内容对应pmx方案文件 *Diffuse diffuse贴图通道基础材质 *Lightmap 光照贴图 ? *Shadow_Ramp 阴影贴图 ?...在材质节点编辑器中，选择刚刚追加进来的材质（Genshin xxxxx）图片修改这里所有需要修改的东西图片图片点击右上角这个打开节点修改图片图片修改完成后右上角箭头退出按照上述方法，修改...这一步往下，方法一致，不再赘述常见问题一坨黑，无材质检查是否启用节点图片检查Diffuse是否连接图片检查输出是否连接正确图片设置光照之后无比的卡这个问题比较复杂，我与原作者联系过

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用MOPAC做结构优化

该部分给出了体系结构的一些信息，包括化学式、点群等。下面是程序根据一般的成键规则判断的体系中原子的带电情况，对本例的丙氨酸体系，笔者故意使用了内盐形式： ? 程序也将其判断出来了。...可以存成xyz文件用VMD等可视化程序查看。MOPAC官方没有比较好的可视化程序，卢天曾开发过一个小工具可用于读取每一步的坐标，并转化为xyz文件，用VMD查看轨迹。...具体使用方法参见： http://sobereva.com/212 结构优化的设置 MOPAC中可冻结部分原子，此时只要在该坐标后面写0即可，需要优化的坐标后写1（可省略），如 PM6-DH+ MOZYME...当然，若为了实现这个目的，在MOPAC中有比较简单的写法，即同时写上noopt opt-H两个关键词便可，表示不做优化但优化H原子。...方法的选择对于大体系，尤其是弱相互作用体系，推荐使用PM7和PM6的带弱相互作用版本，如PM6-DH+、PM6-D3H4等。

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autodock分子对接结果分析_分子对接公司

使用VMD中的File->Save Coordinates中的“resname 小分子名称”，将ligand小分子分别拆出来，生成75N.pdb、75L.pdb、75M.pdb、75J.pdb文件，由于蛋白质是由对称的两条链...二、预处理：准备配体分子使用Ligand下拉菜单中的Torsion Tree一系列工具，设置配体分子的可扭转键，保存配体分子。...Filename设置对接中的刚性分子 Docking->Ligand->Choose设置对接中的Ligand分子 Docking->Macromolecule->Set Flexible Residues...可视化比较将AutoDock做出来的75N配体结合构象（黄色，选择-11.25的那个结果）与原来5T4B体系复合体系中75N构象（浅蓝色）放入VMD进行比较，可以发现两者非常接近。...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请发送邮件至举报，一经查实，本站将立刻删除。

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认识 JavaAgent --获取目标进程已加载的所有类

JVMTIAgent是一个利用JVMTI暴露出来的接口提供了代理启动时加载(agent on load)、代理通过attach形式加载(agent on attach)和代理卸载(agent on unload...boolean isNativeMethodPrefixSupported()//是否支持设置native方法的前缀。...两种加载形式所加载的Instrument Agent都关注同一个JVMTI事件 – ClassFileLoadHook事件，这个事件是在读取字节码文件之后回调时用，也就是说premain和agentmain...加载过程如下： 1.创建并初始化 JPLISAgent 2.MANIFEST.MF 文件的参数，并根据这些参数来设置 JPLISAgent 里的一些内容 3.监听 VMInit 事件，在 JVM 初始化完成之后做下面的事情...也就是说某个类之前没有加载过，那么都会通过两者设置的transform，这可以从最后的java/lang/Shutdown看出来。

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分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

1.设定工作目录，打开文件打开PyMOL软件，设置我们的工作目录。 ?...如果是从PDB网站上下载蛋白，如 1e8y.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白，点击菜单栏中的 File->Get PDB，或者通过fetch 命令下载，这在前面有介绍。...点击 A->preset->simple 显示蛋白的简单形式 ? 点击 A->preset->ball and stick 显示球棍模型 ?...http://pymol.chenzhaoqiang.com/ ，对作者的贡献表示感谢。...可以保存文件编辑好的图片。 ? 至于美化，这里远远不够，就得去自己好好研究这个软件怎么使用了，反正上面的教程也挺详细的，后续在介绍另外一个软件VMD。

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MindSponge分子动力学模拟——软件架构（2023.08）

比如RunInfo()可以在屏幕上输出指定步长的能量，或者是WriteH5MD可以将整个MD的轨迹保存到一个指定的hdf5格式的文件中，文件后缀名为h5md，可以在VMD中增加一个hdf5的插件来进行动态可视化...这个VMD插件来进行可视化。...colvar：各种形式的参量。这里预定义了一些常用的参量，比如分子质心、原子间键长键角等。当然，用户也可以自己开发一些参量，可以用于增强采样。 control：控制器和约束算法。...在神经网络的训练中我们可以使用优化器来迭代损失函数，而在分子动力学模拟中就可以使用积分器（如Leap-Frog和Velocity-Verlet）来迭代势能函数。 partition：近邻表。...存储有一个分子系统的基本信息，如原子名称、残基名称，还有最核心的原子构象坐标等等。

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PDB文件说明

实际分子模拟中往往重新定义电荷, 故此列往往不用. VMD写出的PDB文件中无此列..../输出格式中, X表示输入/输出空格; An表示输入/输的字符串占n位, 左对齐; In表示输入/输的整数占n位, 左对齐; Fm.n表示输入/输的浮点数占m位, 其中小数点后的数字占n位....这些格式前面的整数则表示重复次数, 如23X表示23个空格, 3F8.3表示F8,3格式重复三次. 如果你使用其他程序语言, 可根据上面的格式说明转换为相应的形式....未正确排列的原子名称 PDB记录中未正确排列的原子名称可能导致问题....ATOM和HETATM记录中的原子名称由下列内容组成: 元素符号(如C), 右对齐在13-14列中; 远程标识字符(如A), 左对齐在15-16列中.

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影创SDK☀️六、讲讲SDK如何适配不同型号的设备控制器

目前SDK适配的设备 SDK中集成了几种类型的游戏控制器，如： 3Dof手柄：K02、K07手柄 6Dof手柄：K102、K11手柄以下图片，依次为上述四种设备。...表示开，0表示关） ActiveBT3Dof：K02、K07手柄 ActiveKS：打开它，其他K系列手柄才会起作用，不然即使其他K手柄设为1，也不会起作用 KSModeSet3Dof：内测的一款...它们是互斥存在的。如何在Unity中模拟你的手柄，进行交互接下来我们学习下，如何在unity中，显示出你的手柄模型，并进行一个交互。...2、设置使用K11手柄其实在SDK中，并没有暴露给开发者设置模拟手柄的接口，橙子查阅代码发现，我们可以通过更改代码的形式，去使用其他手柄。...因为不同的手柄设备，按键不一样，功能不一样，那么在编写代码时，主意调用正确的API就好了 SDK API部分，我们可以去官网进行完整的查看。（传送门）

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Java 在 Linux 上的守护进程：如何优雅地终止和管理自启动程序？？

通过正确设置 SDK 和源文件目录，开发者能够顺利进行项目开发和管理。...我们将结合代码示例，展示如何在 Java 中编写守护进程，并讨论如何安全地终止这些进程。...摘要本文将围绕如何在 Java 中管理 Linux 上的守护进程展开，尤其重点探讨如何优雅地 kill 自启动程序。...Java 程序在 Linux 环境下同样可以以守护进程的形式运行，尤其是在需要长期运行的服务或任务（例如 Web 服务、数据处理任务）中，守护进程尤为重要。...在 Java 中，可以通过两种方式将程序作为守护进程运行：使用第三方工具（如 nohup 或 systemd）启动 Java 程序。编写 Java 代码，手动控制守护进程的生命周期。

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Java的Instrumentation类原理分析

.jar TestMainInJar如果时间掌握得不太差的话,程序首先会在屏幕上打出 1,这是改动前的类的输出,然后会打出一些 2,这个表示 agentmain 已经被 Attach API 成功附着到...设置了 native 的 prefix“another”,它将这个函数接口解释成:由 Java 的函数接口 native void method()和上述 prefix"another",去寻找本地代码中的函数...是 void Java_package_class_wrapped_wrapped2_method(jclass theClass, jobject thiz); // 这个函数名正确吗? 吗?...答案是否定的,因为事实上,对 Java 中 native 函数的接口到 native 中的映射,有一系列的规定,因此可能有一些特殊的字符要被代入。...而实际中,这个函数的正确的函数名是: void Java_package_class_wrapped_1wrapped2_1method(jclass theClass, jobject thiz);

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如何更改 Linux 文件和目录权限？

在Linux系统中，文件和目录权限是安全性和访问控制的关键组成部分。正确设置文件和目录的权限可以确保只有授权的用户能够读取、写入或执行这些文件和目录。...图片本文将详细介绍如何在Linux系统中更改文件和目录的权限。1. 文件和目录权限概述在Linux系统中，每个文件和目录都有一组权限，用于确定对它们的访问权限。...x（执行）：允许以可执行文件的形式运行文件或进入目录。权限标志可以用数字表示：r：4w：2x：1将这些数字相加，可以得到八进制的权限值。...使用以下命令验证目录权限的更改：ls -ld directory终端会显示目录的详细信息，包括权限。4. 总结本文详细介绍了如何在Linux系统中更改文件和目录的权限。...使用chmod命令，您可以通过数字形式或符号形式设置文件和目录的权限。确保正确设置文件和目录的权限可以保护您的数据安全，并确保只有授权用户能够访问和修改文件和目录。

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优化property=og标签，让你的网站在搜索引擎面前更优雅

property=og 标签是一种开放内容协议（Open Graph Protocol）的标签，它可以让网页成为一个“富媒体对象”，并被其他社会化网站如Facebook、百度、谷歌等引用和展示。...property=og 标签的使用方法是，在中添加的形式，其中 xxx 表示属性名，yyy 表示属性值。...能够正确的分享您的内容到SNS网站； 4....、用法和优势，以及如何在WordPress中添加该标签。"...property=og 标签应根据网页的实际内容和目标进行合理设置，避免过度优化或误导用户。

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用 Wolfram 语言绘制电子轨道

Language 化学研究中可能经常需要绘制电子轨道，来描述原子或分子中电子的波函数。...通常，它们是通过电子结构软件（如高斯程序 Gaussian）以多维数据集文件（Cube 文件）形式输出的。这些文件包含三维网格中给定轨道的体数据。...实现多维数据集文件可视化的应用程序有很多（如 VMD 或 GaussView），但我在这里想利用 Mathematica 的功能来轻松地合并图形, 以及使用它的过程自动化能力来高效地创建动画中的帧。...首先，我们需要一个从多维数据集文件中提取数据的函数。在这个过程中, 我们将创建一个 XYZ 文件的文本，这个格式也是由高斯开发的。...首先，复制并在浏览器中打开此链接： https://dl.dropboxusercontent.com/s/rdsxcnqudn1s76n/cys-MO35.cube ，这是一个多维数据集文件，将该文件保存到你的基目录下

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MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）

所以，分子动力学中的迭代器跟深度学习中的优化器，本质上可以是相同的，换句话说，我们可以直接使用深度学习中的一些优化算法（如Adam等）来作为分子动力学模拟中的迭代器。...而如果参考这个README.md文件的指示安装一个VMD插件的话，就可以在本地直接用VMD来可视化分子模拟的轨迹，输出为gif动态图如下所示：分子动力学模拟在上一个章节中，我们演示了一下使用MindSpore...中自带的优化器做了一个能量极小化，得到了一个稳定的构象。...需要说明的是，在上一步的过程中，如果我们想保留最后一帧的结果，既可以使用VMD导出，也可以在WriteH5MD中进行相应的参数配置，比如在上面的案例中将对应代码修改为： cb_h5md = WriteH5MD...，其他的调整见代码中的注释。

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python decode encode

decode的作用是将其他编码的字符串转换成unicode编码，如str1.decode('gb2312')，表示将gb2312编码的字符串str1转换成unicode编码。...encode的作用是将unicode编码转换成其他编码的字符串，如str2.encode('gb2312')，表示将unicode编码的字符串str2转换成gb2312编码。...如：s='中文' 如果是在utf8的文件中，该字符串就是utf8编码，如果是在gb2312的文件中，则其编码为gb2312。...unicode没有规定用int还是用short来表示一个“字符”） utf8：unicode实现。它使用unicode定义的“字符”“数字”映射，进而规定了，如何在计算机中保存这个数字。...在解码的时候,如果是基于约定的,那就可以直接从指定地方读取如BOM或者python文件的指定coding或者网页的meta,就可以正确解码, 但是现在很多文件/网页虽然指定了编码,但是文件格式实际却使用了其他的编码

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TensorFlow 图形学入门

在这个设置中，计算机视觉和计算机图形学携手并进，形成了一个类似于自动编码器的单一机器学习系统，可以以一种自我监督的方式进行训练。 ?...在这个Colab示例中，我们展示了如何在一个神经网络中训练旋转形式，该神经网络既训练预测观察对象的旋转，也训练其平移。这项任务是许多应用程序的核心，包括专注于与环境交互的机器人。...材料材料模型定义了光线如何与物体交互，从而赋予它们独特的外观。例如，有些材料，如石膏，能均匀地向四面八方反射光线，而有些材料，如镜子，则纯粹是镜面。...由于其不规则的结构，与提供规则网格结构的图像相比，在这些表示上的卷积要难得多。...TensorBoard 3d 可视化调试是评估实验是否朝着正确方向进行的一种很好的方法。

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