如何修改我的代码，以便将Python终端上执行的输出提取到fasta文件中？

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python、command-line、terminal、biopython、pdb-files

我被这部分卡住了。我已经生成了使用Biopython生成所需序列的代码。下面是我的代码。如何修改此代码，以便在我当前的工作目录中保存为快速文件。

浏览 34提问于2020-11-14得票数 0

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更改文件中fasta序列名称的格式，包括序列中的核苷酸编号

python

我不太懂编程，但我正在学习Linux和Python。我有一个序列文件，里面有13500个序列。并且序列的名称采用一种形式我想要计算每个序列中的核苷酸数量，并想将其名称更改为 >MP_scaffold_001_1 <TAB> <Number_of_nucleotides

浏览 1提问于2014-11-03得票数 0

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如何将python脚本作为不同文件的循环运行？

python、loops

我有一个python脚本如下：from Bio import SeqIO wanted_file = "A_ids.txt([seq], f, "fasta") 我想为相同的输入文件运行上面的脚本，但是对于40个不同的</e

浏览 4提问于2016-11-11得票数 0

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多FASTA文件序列的对齐

python、bioinformatics、biopython、fasta、pairwise

我有多个fasta文件，包含超过10,000个fasta序列由下一代测序产生，我想对每个序列与文件中的每个序列进行配对，并将所有结果存储在同一个新文件中，以便在之后进行聚类分析。下面编写了FASTA序列的示例和我用于执行与python成对的序列对齐的代码。我

浏览 1提问于2019-08-05得票数 3

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如何使用gnu-parallel来处理有两个输入的脚本？

parallel-processing、gnu-parallel

我正在尝试运行具有两个输入的Python脚本，如下所示。我得到了这两个输入中的大约300个，所以我想知道是否有人可以建议如何在并行中运行它们。单次运行如下所示：我的并行测试不起作用： ls *.fan; ls *.fasta | parallel<e

浏览 4提问于2016-02-05得票数 3

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在cmd脚本中没有输出来合并批处理文件内容。

cmd、merge

在windows cmd中，我运行一个exe命令，如下所示：在这里，假设在当前文件夹中，有三个输入文件如下：y.faz.fahi 自动生成的</e

浏览 5提问于2016-10-17得票数 0

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'if‘求值中存在Python逻辑错误

python、python-3.x、docker、python-3.5、ubuntu-16.04

我刚刚犯了一个最奇怪的错误。我还没有机会完全调试它，但我想发布这篇文章，看看其他人是否也有类似的问题。下面的代码在一个下载文件的函数中。如果存在最终文件，则if语句逻辑用于跳过下载步骤。正如您在输出中看到的，它是False。文件的路径有效且文件存在，如输出所示。因此，if语句本质上是False or not True，它应该(并且在<e

浏览 3提问于2017-02-15得票数 0

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使用os.walk的循环只运行第一个周期

python-3.x、pandas、loops、os.walk

我正在尝试获取列表中的一组文件的路径。这些文件位于不同的子文件夹中。我使用os.walk和循环来遍历不同的文件，并将完整路径附加到新的数据帧，以便在不同的程序中使用。但是代码中有一个错误，它只会让它运行循环的第一个周期。我在MacOS1

浏览 15提问于2019-08-14得票数 0

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迭代FASTA文件中的多个序列以获得最大的ORF长度

python、bioinformatics、biopython

我已经编写了迭代FASTA文件的代码，它工作得很好，但是我得到了错误的长度。我不知道如何修改其余的代码，以便从每个序列中产生最大的ORF，这样就可以列出所有ORF，然后排序以获得最大的长度。代码只需要从第二读帧返回最长的ORF的长度，并且只在3'->5‘<em

浏览 1提问于2020-04-15得票数 0

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用R写FASTA文件输出

r、rna-seq、sequence-alignment、clustal、clustalx

我正在尝试使用ClustalW执行多序列对齐。代码可以工作，我可以在R中看到我的终端上的对齐，下面是我编写的代码。(sequences = myClustalWAlignment,names = "w",nbchar = 60,

浏览 6提问于2022-09-25得票数 0

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如何在新终端中用python运行linux终端命令

python、linux、subprocess

我读到了很多关于如何在python中使用子进程模块运行linux shell命令的答案。在我的例子中，我需要在我的python代码中运行linux shell命令，以便这些命令应该在新的终端中执行。subprocess.call(["df","-h"]

浏览 4提问于2018-04-13得票数 1

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Snakemake: wildcard.wildcard_name和{通配符}的区别？

python、snakemake

我正在学习Snakemake，我对wildcard.wildcard_name和{wildcard_name}之间的区别感到困惑。例如，如果这是规则：""""""p

浏览 1提问于2021-01-23得票数 1

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python上bash输出的打印错误

python、bash

我试图用python程序自动化bash中的一些进程(对于RNA-seq)，第一步是像下面这样从*.fastq传递文件。fastq(这些文件的内容与我的问题无关file ##

浏览 1提问于2018-02-05得票数 0

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使用条件匹配行中的多个模式

python、bioinformatics、fasta

我有这样一个fasta文件：myfasta.fastaAAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG>2_CDSTTTGGGAATTAAACCCTTTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAATTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA 我有一个代码，我想用它来根据它们

浏览 0提问于2019-03-27得票数 4

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我不知道如何为要在python中打开的文件指定路径

python、biopython

我是Python的新用户，我尝试导入genbank和fasta格式的文件。在他们的文档中，他们提供了一个示例，说明如何将数据集导入到Python中。具体地说，他们在Biopython教程和Cookbook的第16页中提供了以下示例： for seq_record in SeqIO.pars

浏览 0提问于2012-02-13得票数 1

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如何消除fasta文件中的重复序列

bioinformatics、biopython、biological-neural-network

我试图用所有发布的序列来构建细菌数据库类型，使用bowtie2来计算我的读取数据的覆盖率，并利用fasta_library进行映射。为此，我将从ncbi下载的所有基因组序列合并到一个fasta_library中(我在fasta文件中合并了74个文件)，问题是在这个fasta文件(我</

浏览 11提问于2020-04-22得票数 3

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在Python2中，通过Python3将信息保存在字典中可以很好地工作

python、dictionary

在我合作的一个python项目中，我们最初打算将输入fasta文件中的信息解析到字典中。解析方法已经实现了(和)，问题是:代码在Python3中运行时运行良好(fasta文件被加载，其信息被解析为FDB数据结构，然后将其保存在新的fdb文件中)，但当它在Python2

浏览 8提问于2016-07-18得票数 0

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如何从包含其他文件列表的fasta文件中提取用户定义的区域

python、bash、perl、bioinformatics、fasta

我有一个多fasta序列文件: test.fastaMGIKGLTKLLADNAPSCMKEQKFESYFGRKIAVDASMSIYQFLIVVGRTGTEMLTNEAGELTVDCYARFVFDGEPPDLKKRELAKRSLRRDDASEDLNRAIEV

浏览 16提问于2022-08-08得票数 0

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Python循环以提取多个fasta文件中所有小于100 to的序列

loops、biopython、fasta

我对python有点陌生，我编写了一个脚本来遍历目录中的所有fasta文件，并提取每个文件的短于100 a的序列：import sys files = os.listdir(input_handle) for file in SeqIO.parse(files, "<

浏览 5提问于2022-08-29得票数 0

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使用bash循环运行在命令行中使用单引号的程序，其中单引号使bash脚本的意图无效。

bash、find、quoting、variable

The问题：outputfile for fna in $(find .barrnap $fn

浏览 0提问于2018-09-04得票数 1

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