首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何使用xargs在slurm上提交多个作业

在Slurm上使用xargs提交多个作业的方法如下:

  1. 首先,确保你已经安装了xargs工具。如果没有安装,可以使用以下命令进行安装:
  2. 首先,确保你已经安装了xargs工具。如果没有安装,可以使用以下命令进行安装:
  3. 准备好你要提交的多个作业的脚本文件。假设你有多个脚本文件,分别为job1.sh、job2.sh、job3.sh。
  4. 创建一个包含所有脚本文件路径的文本文件,每行一个脚本文件的路径。假设你创建了一个名为jobs.txt的文本文件,并将脚本文件路径按照以下格式写入:
  5. 创建一个包含所有脚本文件路径的文本文件,每行一个脚本文件的路径。假设你创建了一个名为jobs.txt的文本文件,并将脚本文件路径按照以下格式写入:
  6. 使用xargs命令结合sbatch命令来提交多个作业。命令格式如下:
  7. 使用xargs命令结合sbatch命令来提交多个作业。命令格式如下:
  8. 解释:
    • cat jobs.txt:将jobs.txt文件的内容输出到标准输出。
    • |:管道符号,将前一个命令的输出作为后一个命令的输入。
    • xargs -I {}:将标准输入的每一行作为参数传递给后面的命令,并用{}表示参数的位置。
    • sbatch {}:使用sbatch命令提交作业,{}会被替换为具体的脚本文件路径。
    • 通过这个命令,xargs会将jobs.txt中的每一行作为参数传递给sbatch命令,从而实现批量提交多个作业。

这种方法可以方便地在Slurm上批量提交多个作业,提高工作效率。在使用xargs时,可以根据实际情况调整参数,例如调整并行度、错误处理等。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

  • CONQUEST 编译安装指南 Slurm 篇

    在实际的生产环境中,使用单用户模式直接运行命令的机会不是很多,通常是采用提交作业任务给集群计算的方式。这样一来既能节约资源和时间,又能申请到更大规模的计算资源,对于平台管理人员还是用户来说都是非常有利的。国家超算中心,地方超算中心,学校超算中心一般都对外提供这样的服务,不过需要按核时进行计费。所谓“核时”就是一个 CPU 核运行一个小时,这也是高性能计算中通常使用的资源衡量单位。作为超算中心或者高性能集群,必不可缺的就是集群作业管理系统,它可以根据用户的需求,统一管理和调度集群的软硬件资源,保证用户作业公平合理地共享集群资源,提高系统利用率和吞吐率。

    01

    美国为何封杀中国超算!一文读懂超级计算机的应用、架构和软件知识

    2019年5月,美国商务部将华为列入了出口管制的“实体清单”,华为被推向了这波中美对抗的风口浪尖。紧随其后,6月,特朗普政府又对其他几家中国机构实行了限制出口政策,包括中科曙光、江南计算技术研究所、成都海光等。其中,中科曙光和江南计算技术研究所均为中国超级计算机研发机构,中科曙光研发了“曙光”系列,江南计算技术研究所研发了“神威”系列。另外一个国产超算巨头“天河”相关单位早在2015年就被纳入了实体清单。至此,国产超算三巨头“天河”、“曙光”和“神威”均已被特朗普政府封杀。继“华为禁令”之后,“超算禁令”再次暴露美国欲限制中国发展的野心。那何为“超算”?本文将简述超级计算机的背景知识与发展现状。

    02

    第一性原理计算框架 CONQUEST 的安装与测试

    随着计算机的计算能力和运行规模的不断提升,基于第一性原理计算理论的计算材料学科越来越得到重视。但是一般来说这样的模拟对一个包含成千上万的原子、电子而言,所需的计算框架是非常复杂的,计算代价是相当昂贵的。比如为人所熟知的商用类型 第一性原理计算框架 VASP 授权通常需要五六万人民币以上,而且在一个普通超算集群上计算一个完整的体系结构(超过 1,000 个原子)可能需要几周,甚至几个月。无论是软件授权成本,还是时间成本,都比较高昂。对于想学习和实践第一性原理计算的小伙伴而言,当然也有比较节省的方式。首先软件可以选用免费的开源第一性原理计算框架,比如说本文中即将介绍到的 CONQUEST,以及 ABINT,SMASH 和 QUANTUM ESPRESSO 等。

    07

    Nature | 手把手教你搭建大规模药物虚拟筛选平台

    目前,一个上市的药物平均需要花费20-30亿美元,并且需要10年左右的研发时间。大部分经费都花费在了昂贵且耗时的湿实验部分,初始Hits阳性率太低以及(临床前)阶段的高损耗率。使用基于结构的虚拟筛选,Hits质量随着筛选化合物的数量而提高。尽管存在大量的化合物数据库,但是缺乏有效的灵活的方式使用计算机集群进行大规模的SBDD的手段。本文介绍VirtualFlow,这是一个高度自动化的开源平台,可以有效的准备化合物库并进行超大规模的虚拟筛选。VirtualFlow能够使用各种强大对接程序。本文准备了目前已知的最大的免费使用的配体库,配体库包含了超过14亿个可商业购买的分子。VirtualFlow可以探索广阔的化学空间,并可以准确的识别与目标蛋白具有高亲和力的分子。

    03

    Nomad 系列-快速上手

    •agent - 代理。Agent 是在 Server(服务器) 或 Client(客户端) 模式下运行的 Nomad 进程。•client - 客户端。Nomad 客户端负责运行分配给它的任务。它还向服务器注册自己,并监视要分配的任何工作。当运行代理时,客户端可以被称为节点 (Node)。•server - 服务器端。Nomad 服务器管理所有作业和客户端,监视任务,并控制哪些任务被放置在哪些客户端节点上。服务器之间相互复制数据以确保高可用性。•dev_agent - 开发(模式)代理是一种代理配置,它为运行 Nomad 的单节点集群提供了有用的默认值。它在服务器和客户端模式下运行,并且不会将其群集状态持久化到磁盘,这允许代理从可重复的干净状态启动,而不必在运行之间删除基于磁盘的状态。

    02
    领券