我是第一次接触SLURM。我想并行处理一长串文件。具体地说，我有一个脚本来处理像这样的现在我想处理文件列表中的许多文件，如下所示file2...如何使用SLURM并行处理文件列表(即使用16个CPU
浏览 0提问于2016-07-10得票数 1
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我刚接触SLURM。我想并行处理一个文件列表assembled_reads/*.sorted.bam。然而，在下面的代码中，只有一个进程被反复使用。 -R scaffs_HAPSgracilaria92_50REF.fasta \ -I ${${SLURM_ARRAY_TASK_ID
浏览 8提问于2017-08-09得票数 4
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我试图使用库删除以slurm这个词开头的所有文件。在命令行中，我会这样做：这样的命令将在shell中工作。sh.rm("./slurm*") RAN: '/bin/rm slurm*'
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浏览 9提问于2016-01-31得票数 2
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将参数传递到slurm脚本
、、、、
我使用slurm脚本在集群上运行用于Matlab计算的数组。每个脚本都使用一个数组来循环matlab参数。例如，我的slurm文件当前看起来像我经常需要运行这个数组来处理许多不同的文件。这意味着我将提交作业(S批处理exampleScript.<
浏览 0提问于2019-06-18得票数 2
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我经常在不同的目录下运行许多SLURM作业。因此，查询作业的workdir非常有用。我可以对队列中的作业(例如，挂起、运行等)执行此操作。批处理脚本，例如submit.sh和restart.sh。因此，查询作业的“命令”也很有用，即批处理脚本的文件名。我也不能对已完成的作业使用squeue方法-它只显示slurm_load_jobs error: Invalid job id specified，因为已完成的作业不包括在squeue列表中。那么，我如何
浏览 130提问于2019-12-18得票数 2
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我是SLURM的新手，我尝试做一些非常自然的事情:我有一个编译过的C程序off.exe，它以一个变量作为输入，我想并行运行它几次，每个程序都有一个不同的输入参数值。我想我可以使用%a数组迭代器作为输入：
#!
浏览 0提问于2021-05-17得票数 0
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我有一个slurm作业，我使用批处理脚本启动它，例如：我在考虑在最后一步使用一个salloc呼叫。
浏览 2提问于2017-09-10得票数 2
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我曾经使用SLURM调度程序处理集群，但现在我或多或少被迫切换到基于SGE的集群，并且我正试图掌握它。我在SLURM系统上的工作涉及到使用N个输入文件运行可执行文件，并以这种方式设置SLURM配置文件， 0 /path中的提交脚本包含这一行；
srun -n $SLURM_NNODES --mult
浏览 5提问于2015-01-29得票数 1
我想知道如何在bash中用ls列出只会列出特定文件子集的文件？例如，我有一个包含10000个文件的文件夹，其中一些文件名为：temp_cc1_covmat和temp_cc1_slurm，但1的值范围为1-1000。那么，我如何列出只说，temp_cc400_slurm-temp_cc_499_slurm？
我想这样做，因为我想要排队的超级计算机上的文件，只有slurm结束。我可以做
浏览 8提问于2017-07-19得票数 4
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我有一个有四个节点A、B、C和D以及Slurm版本17.11.7的计算集群。我在与Slurm数组作业做斗争。我有以下bash脚本：mkdir -p $FOLDER脚本生成以下文件：
我在
浏览 0提问于2018-06-18得票数 1
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我有一个(本土的)集群网络基准测试，我正在尝试使用SLURM调度程序来运行它。基准测试使用一个标准的客户机/服务器体系结构，它在启动时要求客户机可执行文件的服务器IP地址(或主机名)参数。通常，我会编写一个服务器脚本，它将grep主nic的地址，并在共享文件系统上删除信息，但是AFAIK不会在集群节点上工作。我还了解到，有一个SLURM_JOB_NODELIST env变量允许脚本从我的S批处理脚本中查看集群中所有节点的列表，但我不认为这在本
浏览 1提问于2018-03-31得票数 2
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我有一个批处理文件来运行总共35个代码，这些代码位于不同的文件夹中。我的每个代码都是一个开放的mp代码，每个代码需要4个内核。那么，我如何分配4个节点，使每个代码获得4个核心。请告诉我如何使用这个环境，因为我知道给出了在queue..Basically中分配的节点列表我的想法是在每个文件夹中创建$SLURM_JOB_NODELIST，然后在mpirun中使用它。slurm是否有任何其他方式自动分配上
浏览 2提问于2021-05-30得票数 0
我遵循以下说明：我试图使用以下链接更改日志设置：，如果我将日志输入到"info“，那么我将一无所获。srun build/bin/arangod --server.endpoint tcp://0.0.0.0:50
浏览 1提问于2018-06-19得票数 0
我正在运行大约400个文件通过SLURM管道与批处理。当我用sbatch ./myscript.sh file_x对一个任务排队时，所有的文件都会排队到同一个节点。我在S批处理脚本的开头尝试了一个#SBATCH参数的变体，但没有成功。到目前为止，我尝试过的是：#SBATCH -N 1#SBATCH -o slurm_out/output_%j.txt
#SBATCH -e slurm<
浏览 0提问于2019-07-10得票数 2
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我很难理解SLURM从sbatch脚本开始工作的方式。看起来SLURM忽略了--ntasks参数，并立即启动了批处理文件中的所有srun任务。我正在使用Slurm2.6.5在我的个人工作站上调度和提交带有8个内核的作业，并且我自己安装了它--所以完全有可能配置是边界的。下面是slurm.conf文件中的一些相关部分：SchedulerType=sched/backfill
SelectType=select
浏览 5提问于2015-01-13得票数 1
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我创建了这个批处理文件myfirst_slurm_job.sh，其中包含以下代码： #!/bin/bashcd $HOME/..echo $SLURMD_NODENAME
echo $SLURM_NTASKS然后我运行这个命令行： sbatch myfirst_slurm_job.sh 注意:这是我的第一篇文章
浏览 54提问于2021-03-31得票数 0
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我想在这个系统上运行，但不幸的是，我没有找到任何关于如何做到这一点的信息，或者说这是可能的。我是新手，但据我所知，我必须通过创建Slurm作业来运行TensorFlow，并且不能通过ssh直接执行python/tensorflow。
有谁有关于这个主题的想法、教程或任何来源吗？
浏览 8提问于2016-01-16得票数 20
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如何获取slurm作业状态(例如，已完成、失败、超时...)在作业完成时(在提交脚本中)？也就是说，我想写来单独跟踪超时/失败的作业。
目前我使用退出代码，但是超时的作业也会得到退出代码0。
浏览 9提问于2020-06-05得票数 1
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因此，我有一个使用多处理的python脚本，它有4种运行方式，这取决于它在运行时读取的环境变量APP_TYPE。
因此，我使用slurm --array使其并行。问题是，它没有生成4个作业，每个作业都有自己的任务(使用所有节点核在A/B/C/D模式下运行python脚本)，而是每次任务产生次数。请注意，我期待着在每个节点上运行每个作业一次，这样我就可以在多处理中使用节点的所有核心(在本例中，每个节点有28个核心)。运行S批处理</e
浏览 1提问于2021-05-28得票数 0
您需要运行30个运行作业，但要确保每个作业都运行在特定节点列表中的节点上(这些节点具有相同的性能，以公平地比较时间)。你会怎么做？我试过的是：
srun --nodelist=machineN[0-3] <some_cmd>：在所有节点上同时运行<some_cmd> (我需要:在列表中的一个可用节点上运行<some_cmd>
浏览 6提问于2016-05-27得票数 18
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