首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数,并将其延伸为图形语法,即独立指定绘图组件,并将它们组合起来,以构建我们想要的任何图形显示。...每个geom只能显示特定的几何图形(例如,条形图、线和点等),每个geom都有默认统计,并且每个统计都有默认的geom 位置调整:用于调整图形上几何元素的位置以避免相互遮挡,例如在条形图中,堆叠或回避(...您可以智能地使用以下三种默认设置来简化代码: (1)每个geom都有一个默认的统计信息(反之亦然),所以我们只需要指定geom或stat中的一个,而不是两个都指定。...本书第5章中解释了如何逐层构建图。 4.3.2.3 通过使用qlot()减少键入语法代码的数量 在ggplot2中,有两个主要的高级函数用于创建绘图:qlot()和gglot()。...每个坐标系都有相关的功能。

5K20

如何通过Google来使用ggplot2可视化

大家由最近的直播我的基因组45—55讲应该可以看得出来,可视化方面我的确很弱,但我还是想分享一下自己是如何通过google来使用ggplot做可视化的!...而Lattice绘图系统相对高级一些,它会调用lattice包,其中包括 xyplot/histogram/stripplot/dotplot等命令,如果你使用 panel函数,还可以控制每个面板内的绘图...=cut), position="fill") 直方图只需要一个数据,自动分组来得到X,Y轴变量,直方图把连续型的数据按照一个个等长的分区(bin)来切分,然后计数,画柱状图 3.条形图 以上两个等价...5.箱式图 ggplot(small)+geom_boxplot(aes(x=cut,y=price,fill=color)) 总共有5种 cut,每个 cut下面都有7种 color,所以会形成...如果ggplot2只是有这39个内置图形函数那就太没意思了,每个映射都是可以细化调整的,包括X,Y轴,颜色,大小等具体的熟悉,只是需要时间来熟练使用!

1.9K80
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    这50个ggplot2现成图表你居然没有从头到尾自己画一遍

    我比较喜欢ggplot2+AI 来做科研绘图, 当然,有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节,完全不使用AI。...✦ 统计转换(Statistical trassformations, stats)是对数据进行某种汇总,例如将数据分组创建直方图,或将一个二维的关系用线性模型进行解释。...✦ 标度(Scales)是将数据的取值映射到图形空间,例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值,展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...时序图展现变化: 展现组成成分:饼图,马赛克图, 聚类:层次聚类,主成分 空间:地图 当然了,这并不是最佳或者说最合理的划分模式,不过对初学者来说,掌握这些代码打基础已经算是不错了。...用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化(上):https://mp.weixin.qq.com/s/WN4TSMNjH4b6vZgYVjaRvQ 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化(下):https

    1.6K10

    数据可视化的最佳解决方案:ggplot2

    本篇从R的角度介绍如何使用ggplot2包,首先给几个我觉得最值得推荐的理由: 采用“图层”叠加的设计方式,一方面可以增加不同的图之间的联系,另一方面也有利于学习和理解该package,photoshop...和对应的函数即可在R中找到函数说明文档和对应的实例 在R和Python中均可使用,降低两门语言之间互相过度的学习成本 基本概念 本文采用ggplot2的自带数据集diamonds。...下面展示箱线图最长使用的一些方法: library(ggplot2) # 绘图 library(ggsci) # 使用配色 # 使用diamonds数据框, 分类变量为cut, 目标变量为depth...当研究某个连续型变量的箱线图涉及多个离散型分类变量时,我们常使用分面facetting来提高图表的可视性。...color填色 geom_boxplot(aes(fill = color)) + # 分面: 本质上是将数据框按照因子型变量color类划分为多个子数据集subset, 在每个子数据集上绘制相同的箱线图

    2.7K30

    day4 呦呦鹿鸣——R for data science阅读笔记之ggplot()

    使用 ggplot2 可视化单个变量的分布&两个或多个变量之间的关系。...(penguins)View(penguins)开始可视化使用ggplot()第一个参数:在图形中使用的数据集第二个参数:mapping:如何将数据集中的变量映射到绘图的视觉属性,在aes()中定义使用...显示体重和鳍状肢长度之间关系的平滑曲线geom_smooth(method = "lm")注意添加位置是给每个企鹅种群单独拟合曲线?还是给整个企鹅群体拟合曲线?给图加上标题吧!...fct_infreq() :按每个级别的观测值数(最大在前)fct_inseq():按级别的数值。数值变量数值变量可以是连续的,也可以是离散的。...直方图ggplot(penguins, aes(x = body_mass_g)) + geom_histogram(binwidth = 200)binwidth 参数:设置直方图中间隔的宽度,

    25110

    从基础到进阶,掌握这些数据分析技能需要多长时间?

    能够处理分类数据 知道如何将数据集划分为训练集和测试集 能够使用缩放技术(如归一化和标准化)来缩放数据 能够通过主成分分析(PC)等降维技术压缩数据 1.2....数据可视化 能够理解数据可视化的基本组成部分。能够使用数据可视化工具,包括Python的matplotlib和seaborn包;和R的ggplot2包。...能够使用scikit-learn来建立模型 2.2 模型评估和超参数调整 能够在管道中组合变压器和估计器 能够使用k-折交叉验证(k-fold cross-validation)来评估模型性能 了解如何使用学习和验证曲线调试分类算法...ROC)曲线 2.3 结合不同的模型进行集合学习 能够使用不同分类器的集合方法 能够结合不同的算法进行分类 知道如何评估和调整集合分类器 3....第一个级别的能力可以在6到12个月内实现。第2级能力可以在7到18个月内实现。第3级能力可以在18至48个月内实现。这一切都取决于所投入的努力和每个人的专业背景。 好,以上就是今天的分享。

    88020

    ggpubr!一键绘制出版级论文配图,绘图小白福音...

    我想这应该是很多刚学习可视化的同学都会遇到的问题,今天这篇推文就给大家推荐一个非常好用的、可以一键绘制出版级别论文配图的可视化工具-「ggpubr」 「ggpubr介绍」 ggpubr是一个基于ggplot2...的R语言可视化绘图工具包,它提供了一系列简单易用的函数,用于创建高质量的出版级别的统计图形。...安装 在R中安装ggpubr可以使用以下命令: install.packages("ggpubr") 主要特点 ggpubr是一个基于ggplot2的扩展,因此它继承了ggplot2的所有功能,并添加了更多的实用功能和自定义选项...ggpubr提供了一系列简单易用的函数,使用户能够快速创建各种常见的统计图形,如线图、散点图、柱状图、箱线图、直方图、小提琴图、QQ图、核密度图、热力图和配对图等。...ggdensity():创建核密度图,用于展示单一变量的分布情况。支持分组、填充颜色和密度曲线。 ggheatmap():创建热力图,用于展示两个变量之间的相关性。支持调整颜色映射、标签和注释。

    40510

    开发 | 用数据说话,R语言有哪七种可视化应用?

    他用API编写了第一版Price Discovery,AI科技评论对他所写的这篇文章做了编译,未经许可不得转载。 如何选择正确的图表类型 四种可选择的基本类型: 1. 比较类图表 2....AI科技评论将在以下篇幅介绍如何利用 R 实现可视化: 1. 散点图 使用场景:散点图通常用于分析两个连续变量之间的关系。...在上面介绍的超市数据中,如果我们想根据他们的成本数据来可视化商品的知名度,我们可以用散点图,两个连续的变量这里我们命名为Item_Visibility和Item_MRP。...热点图 使用场景:热点图用颜色的强度(密度)来显示二维图像中的两个或多个变量之间的关系。可对图表中三个部分的进行信息挖掘,两个坐标和图像颜色深度。...关系图 使用场景:关系图用作表示连续变量之间的关联性。每个单元可以标注成阴影或颜色来表明关联的程度。颜色越深,代表关联程度越高。正相关用蓝色表示,负相关用红色表示。

    2.3K110

    课后笔记:ggplot2优雅的显示WB结果

    mapping:使用aes函数指定,为aesthetic attributes的缩写。但字符串映射使用aes_string。..., ymax, xend, yend) 指定数据分组和顺序的映射group和order,另一类是字符串映射。...identity表示条形的高度是变量的值;对于连续性变量使用bin,转换的结果使用变量density来表示。...「position:」 位置调整,有效值是stack、dodge和fill,默认值是stack(堆叠),是指两个条形图堆叠摆放,dodge是指两个条形图并行摆放,fill是指按照比例来堆叠条形图,每个条形图的高度都相等...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary

    2.5K20

    R语言之 ggplot 2 和其他图形

    下面使用点(point)这种几何对象来展示数据,结果如下图所示。 p + geom_point() 除了坐标轴,还可以把变量映射到颜色(color)、大小(size)、形状(shape)等属性。...例如,在上图中,我们将变量 am 映射到颜色,但具体使用哪种颜色是 ggplot2 自动选择的。如果想自己设定颜色,就需要使用标度(scale)函数了。...例如,要将上图按照变量 am 的两个水平分别展示,可以使用下面的命令。绘图结果如下图所示。...接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中,最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量,可以绘制直方图或密度曲线图。...3.3 热图 热图(heatmap)是将一个矩阵中的元素数值用不同颜色表达,并对矩阵的行或列进行层次聚类的一种颜色图。通过热图,我们不仅可以直接观察矩阵中的数值分布状况,还可以知道聚类的结果。

    51020

    R数据科学|5.4内容介绍及习题解答

    此外,如果数据质量不高,若对每个变量都采取这种做法,那么你最后可能会发现数据已经所剩无几! 2. 缺失值代替 最简单的做法就是使用mutate()函数创建一个新变量来代替原来的变量。...注意:和 R 一样,ggplot2也遵循不能无视缺失值的原则。...可以使用 is.na() 函数创建一个新变量来完成这个操作: nycflights13::flights %>% mutate( cancelled = is.na(dep_time...5.4 习题解答 该节的作业习题较少,就直接在内容后面附上了。 问题一 直方图如何处理缺失值?条形图如何处理缺失值?为什么会有这种区别? 解答 直方图:当计算每个箱中的观察数时,丢失的值被删除。...条形图:在geom_bar()函数中NA被视为单独一类的数据,此函数要求x是一个离散的(分类的)变量,缺失的值类似于另一个类别。

    2.4K30

    R语言基础绘图

    一般来说,数据的维数越高,展示起来越复杂。一维数据比较容易,一般常用点图,线图,饼图等来展示。二维数据一般是矩阵,可以使用热图,条形图的等。...1.3 绘图获取帮助 R 语言有非常完善的帮助系统,一般的绘图函数都有详细的帮助文档以及案例数据,可以通过 R 自带的案例数据进行学习。了解每个函数所需数据结构。...,默认打开的就是 X11 窗口,也可以使用命令 x11() 来直接打开一个绘图窗口。...基础绘图主要绘制一些二维图形,例如点图,线图,直方图,饼图,条形图等,很多情况下,这些图形使用 Excel 绘制更加容易,但是基础绘图是学习 R 绘图思想的基石,熟练掌握这些函数的使用,也可以绘制出满足文献出版要求的图形...一般的,使用高级绘图命令绘制图形的框架,使用低级绘图命令对图形进行补充。另外,R 的绘图参数是对图 形进行个性化修饰和调整的,R 的两种命令和绘图参数需结合使用。

    1.4K20

    Python Seaborn综合指南,成为数据可视化专家

    我们将一起使用它们。 使用Seaborn进行数据可视化 让我们开始吧!我已将此实现部分分为两类: 可视化统计关系 绘制分类数据 我们将研究每个类别的多个示例,以及如何使用seaborn对其进行绘制。...使用Seaborn绘制散点图 散点图可能是可视化两个变量之间关系的最常见的例子。每个点在数据集中显示一个观察值,这些观察值用点状结构表示。图中显示了两个变量的联合分布。...用分类数据绘图 抖动图 Hue图 箱线图 小提琴图 Pointplot 在上面的小节中,我们了解了如何使用不同的视图表示来显示多个变量之间的关系。我们绘制了两个数值变量之间的关系图。...使用Seaborn的直方图 另一种用于单变量分布的图是直方图。 直方图以箱子的形式表示数据的分布,并使用条形图来显示每个箱子下的观察次数。...绘制双变量分布 Hex图 KDE 图 Boxen 图 Ridge 图 (Joy图) 除了可视化单个变量的分布外,我们还可以看到两个独立变量是如何相互分布的。

    2.8K20

    TiDB 源码阅读系列文章(十四)统计信息(下)

    除此之外,对列和索引的统计信息,分别使用了 Column 和 Index 来记录,主要包含了直方图,CM Sketch 等。 ...索引直方图的创建 在建立索引列直方图的时候,我们使用了 SortedBuilder 来维护建立直方图的中间状态。...在这个函数中: 为了保证每个值只在一个桶中,我们处理了处理一下交界处桶的问题,即如果交界处两个桶的上界和下界 相等,那么需要先合并这两个桶; 在真正合并前,我们分别将两个直方图的平均桶深 调整 至大致相等...注意到这个函数需要两个参数:每个 Region 上扫描的 start key 以及 Region 上每一个扫描范围输出的 key 数目 output counts,那么要如何更新 QueryFeedback...使用查询得到的真实数去反馈调整直方图,假定所有桶贡献的误差都是均匀的,用连续值假设去调整所有涉及到的桶。

    95130

    【数据分析 R语言实战】学习笔记 第四章 数据的图形描述 (下)

    4.6 ggplot2程序包 ggplot2是R中用于绘图的高级程序包,它将绘图视为一种映射—数学空问到图形元索空间的映射,例如将不同的数值映射为不同的颜色或其他图形属性。...使用qplot()对变量carat画出更美观的直方图: > qplot(carat,data=diamonds,geom="histogram",binwidth=.1,xlim=c(0,3),fill...p中 (2)几何对象 基本图层确定了数据源和映射后,通过加号(+)就可以不断地添加新图层.第二图层添加几何对象类的函数,在图中绘制图形元素其他类型的图形,如直方图、箱线图等。...:position用于这一层图形的位置调整,常用于条形图(bar)和直方图,取值为“identity”时表示直接显示," dodge”为按分类变量并列放置," stack”为堆叠放置,"fill”显示相对比例...使用标度类的函数,相当于添加一个新的图层,因此仍然用“+”连接函数,除了基本图层ggplot()其他图层的设置都可以应用于函数qplot() 设置坐标轴样式的标度函数一般以“scale x"开头 ?

    1.9K20
    领券