我想翻译一个序列的前15个碱基，然后从中找到最后一个氨基酸的名称。我有我的fasta文件fasta文件用于人类基因组的MTHFR序列。为了尝试翻译前15个氨基酸，我这样做了： for(n in 1:15){translate(myseq, genetic.code = GENETIC_CODE)} 但我不认为这段代码在试图找到答案时是正确的
浏览 22提问于2020-11-09得票数 0
2回答
当DNA序列中有某种模式时，我想检索编码的氨基酸。例如，模式可以是: ATAGTA。在sequence1中，模式码只代表一个氨基酸，而在sequence2中，它只编码两个氨基酸.我希望这个工具能够扩展到数千个序列。我一直在考虑如何做到这一点，但我只想:替换所有与模式不同的核苷酸，翻译剩下的，得到编码氨基酸的摘要。
请让我知道这个
浏览 3提问于2013-11-11得票数 1
2回答
我正在尝试制作这个序列的概率矩阵： 'DITCCGQFHFAIIYHDWQYKIFRYAATSPVKEPWKHRMWYSIVAANDVENCNSFHGPYQQ FANQHAERGWSPGLIVRNF‘一种氨基酸序列的蛋白质。按字母表排列： 字母表= ('A'，'C'，'D'，'E'，'F'，'G'，'H'，'I'，'K'
浏览 27提问于2020-01-02得票数 1
1回答
连接多个字符串和字典值
、、、
我在输入文件中有这个字典和一个序列列表。字典键表示一个氨基酸，值表示这个氨基酸的向量。我创建了一个循环，用于从文件中获取所有序列，之后，我尝试在一个字符串中获得相应氨基酸的所有值以及原始序列。00000000001000000000","P":"000000000
浏览 1提问于2022-10-27得票数 0
回答已采纳
3回答
我正在尝试产生一个核苷酸基序，它将编码所选择的氨基酸。例如，组氨酸由CAT，CAC编码。精氨酸是CGT、CGC、CGA、CGG、AGA和AGG。其模式是：
根据这个规则，你可以定义选择的氨基酸(H和R)，也可以定义我不想要的氨基酸(例如AAA是赖氨酸，AAT因此，我需要定义与我选择的AAs匹
浏览 1提问于2014-12-22得票数 0
回答已采纳
我有一个FASTA文件，其中有一串序列，格式如下：
使用生物工程实现的代码允许我找到最长的氨基酸序列，从蛋氨酸开始，并以停止密码子结尾，在FASTA文件中的每一个序列。基本上，它使用三个不同的正读框将DNA序列翻译成一个氨基酸序列，在可变的allPossibilities中，它保存了以M(一个特定<e
浏览 0提问于2018-04-03得票数 2
回答已采纳
1回答
Biopython翻译输出错误
、、、、
在翻译前显式地修剪序列或添加尾随N。这可能成为今后的一个错误。BiopythonWarning)
我希望生成的倒数第二个文件只有这些信息然而，当bash脚本运行时，只有警告/错误消息而不是两个氨基酸序列被输出到屏幕上氨基酸序列不应该从蛋氨酸开始，因为蛋氨酸是错误信息的来源。我需要这种格式的序
浏览 5提问于2014-01-21得票数 0
不管怎样，他们给出了这个基因序列文件，它看起来很像：但是有了更多的基因就会变得更长。他们想把它转换成蛋白质序列。到目前为止，我得到了..。with open('DNA_sequences.csv', 'r') as f:
columns = line.rstrip("\n").split(",")我还为蛋白质<e
浏览 0提问于2016-11-25得票数 0
1回答
我有一个脚本，它使用一个基因的位置和链信息(补体，向前)来提取核苷酸序列。一旦提取，脚本使用翻译表和密码子起始位置将核苷酸序列转换为氨基酸序列，并将其与原始氨基酸序列进行比较。#11，基因起始于25341位，终止于26294位，该基因来自补体链，而实际的氨基酸序列是最后一个条目(如/translation)。尽管genbank文件指出该基因从25341位置开始，在位置1(
浏览 1提问于2015-12-22得票数 0
回答已采纳
1回答
我正在从蛋白质序列中提取不同氨基酸字母的频率。我还在处理字母的不同“缩减”表示(即，不是20个字母，而是一些等价的字母K，R，->，KR，等等)。从蛋白质序列中提取不同k-mers的频率计数(即长度为1,2,3的字母重叠计数)的有效方法是: 1)从蛋白质序列中提取不同k-mers的频率计数，最好使用内置的scikit学习工
浏览 2提问于2014-03-31得票数 0
1回答
我有很多氨基酸序列，比如fasta格式，我做了多个序列比对。我试着把二进制代码画成热图。例如，如果它有变化，它将是红色的，如果不改变，它将是黄色的。将多序列对齐改为二进制矩阵(如果氨基酸与参考序列不同，则绘制x、如果不是y)图为热映射。
我
浏览 1提问于2020-05-28得票数 1
回答已采纳
好的，这是我的问题。在给定的A，T，G和C序列(是的，这是DNA)中，我必须找到所有的氨基酸，并计算它们中的多少。从外行的角度来看，这就是问题所在。我必须搜索这个序列的某些模式(也称为密码子)，这是A和/或T和/或G和/或C的三个字母长序列，每个氨基酸至少有一个密码子。我的工作是计
浏览 0提问于2012-02-23得票数 1
回答已采纳
我正在尝试做一个Chrome扩展，它允许用户输入一个核苷酸序列，并将该序列转换为相应的氨基酸序列。理想情况下，我可以点击浏览器中的扩展图标，然后弹出一个文本框，我可以将序列粘贴到其中。点击“翻译”后，氨基酸序列将出现在输入文本框的下方。我希望稍后添加更多的功能，但这是扩展的基础。我对超文本标记语言还很陌生，对CSS和JavaScript也很陌生，
浏览 1提问于2017-04-27得票数 0
3回答
我得到了一个FASTA格式的文件(类似于这个站点：)，该文件给出了特定细菌中的各种蛋白质编码序列。我被要求给出文件中包含的每个单一代码氨基酸的完整计数和相对百分比，并返回如下结果： if word in ["A", "C",
浏览 4提问于2014-11-18得票数 1
回答已采纳
6回答
当将DNA翻译成蛋白质时，核糖体读取DNA核苷酸3×3的序列。每组3个核苷酸被称为密码子，每个密码子编码一个氨基酸，存在一些冗余。这意味着任何编码蛋白质的DNA序列都是从ATG开始的，ATG将被翻译机器识别。
然而，三个不同的密码子被用来停止翻译: TAA，TAG和TGA。我还可以执行其他替换(例如，25G>T)，这些替换会导致早期终止，但14C>A是序列中</
浏览 0提问于2019-10-15得票数 31
回答已采纳
2回答
创建给定变量集的所有可能排列
、、、、
我有一个与反向翻译有关的问题。问题本身可以描述为:给定20个唯一字母的字符集(对应20个氨基酸)，每个字母表由A、T、G、C中的任意3个字符组成的代码生成，生成所有编码给定氨基酸序列/字符串的可能的核苷酸序列。正向翻译是很好的，因为我可以把三重奏映射到氨基酸码，但问题是反向翻译，在这种情况下，三胞胎<
浏览 6提问于2015-02-06得票数 0
回答已采纳
我想知道下面的代码可能出了什么问题，以及为什么我得到了一个错误KeyError：'[‘？该程序的目的是将输入的DNA序列翻译成RNA序列，然后从存储在RNA []中的RNA序列从dict中产生氨基酸序列。CCU":"P", "CCC":"P", "CCA":&quo
浏览 0提问于2015-02-04得票数 0
回答已采纳
2回答
更改列表中的索引
、、、
'list_sequence = ['MLSPDLPDSAWNTR', 'LLCR', 'VMLCLLGAGSVAAGVIQSPR', 'HLIK氨基酸序列中</
浏览 0提问于2019-10-30得票数 0
我有一个Python代码，可以将氨基酸序列转换为DNA序列： # Read the file and get the Peptide stringprint (dna_sequence) 当文本文件采用以下格式时，代码可以正常工作： ABBBC 但是，当文本文件如下所示时，代码将不起作用： ABBBC
ABBBC 我从Python中得到以下错误： KeyError Traceback (most recent call
浏览 36提问于2019-06-18得票数 0
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
即时通信 IM
实时音视频活动推荐
腾讯云开发者
