我在snakemake中使用的一个工具可以在N个案例中的一个案例中对相同的数据返回一个奇怪的信号(非零状态)，并且不记录输出。根据这一点，每当我收到这样的信号并得到空输出时，我都想重新启动该规则。我认为这是一种"while-cycle“。我知道这种在没有明确DAG的情况下工作的逻辑与snakemake的</em
浏览 13提问于2021-07-22得票数 0
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我想使用Snakemake对我的样本进行迭代映射。我不知道之前需要重新映射多少次样本。对于某些样本，它可能是2-3倍，对于其他样本，它可能是10倍。如果我理解正确的话，Snakemake不能使用while循环，但也许某种检查点是可能的？
基本上，我想在这个循环中调用fasta序列，用于每次Illumina读取，直到它不再改变。我之前写了一个bash脚本来做这件事，但是一个Snakemake确实可以加速这个过程。在ba
浏览 2提问于2021-04-09得票数 2
我正在用snakemake建一条管道。我有一个检查点，它应该产生多个输出文件。这些输出文件稍后将在我的规则中使用，全部在expand中使用。/scripts/foo.R" 当然，这只是一个很小的部分，但我基本上在我的R脚本中有一个循环，用于在somedir中输出多个文件。如果是这样的话，我仍然会心存感激，因为我在理解大多数snakemake函数时遇到了问题，因为我有能
浏览 35提问于2020-01-07得票数 1
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在snakemake中，我可以在声明规则之前定义全局变量。当我有一个需要通过某个工具下载的文件列表时，这是很棒的--然后我可以确保这些文件的名称是我后续步骤的通配符。中通过在规则中链接输入和输出来处理我下载的文件。理想情况下，我可以在我的规则中创建一个SRAFILES全局变量，但我没有做到这一点。通常，我不知道这些文件的确切名称
浏览 10提问于2022-03-29得票数 1
我有以下情况 input: conditional_input在上述情况下，当condition_a是False时，它只计算检查点B而不计算检查点A。或者还有其他优雅的
浏览 2提问于2020-02-04得票数 0
简而言之，我在一条规则中从其他文件中创建了许多文件，它们都符合通配符格式。我不知道我创建了多少个，因为我不知道我最初下载了多少。在我迄今所读的所有示例中，输出是目录(“/path”)，而我有一个“/path/{id}.txt”。因此，我猜这会修改函数本身中的检查点的调用方式。以及展开的用法。upload_print_results
我尝试过将download_mv<em
浏览 13提问于2021-12-06得票数 0
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这个问题与我之前的帖子Snakemake exit a rule during execution有关。"output/out2.txt" run: shell("echo 'final' > output/final.txt") 在检查点步骤1中，我正在读取input.txt的文件内容，如果不包含字母&
浏览 10提问于2020-10-28得票数 0
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在我的流程的第一步中，我从数据库中提取了一些每小时的数据。由于某些原因，数据有时会丢失几个小时，从而导致文件。只要丢失的文件量不是太大，我仍然希望运行一些依赖于该数据的规则。rule get_data: "data/{id}.csv" "Rscript get_data.R {output}"
和我的get_data.Rif
浏览 0提问于2019-12-17得票数 0
我是Snakemake和StackOverflow的新手。不要犹豫，告诉我，如果有什么不清楚，或如果你想要任何其他细节。该工作流由以下部分组成：
子工作流"convert_bcl_to_fastq"它从BCL文件中在名为FASTQ的目录中创建Fastq文件。规则"generate_fastqc"它接受由子工作流生成的FASTQ文件，并在名为FastQC的目录中创建FASTQC文件。Compl
浏览 0提问于2020-03-12得票数 1
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下面是我想要做的一个精简的例子： rule all: output: "work_dir/data.txt"test_sourmash/sourmash/Snakefile:Wildcards: 我不确定上面的代码在功能上与snakemake手册的<
浏览 22提问于2019-09-11得票数 2
我想使用Snakemake作为一个流程，它要求重复执行某个步骤，直到满足某些条件为止。这是不可能事先确定多少次的步骤是需要的。可能是1或6或任何其他数字。我的直觉是，这是Snakemake所不能做的，因为有向无圈图和所有..。谢谢!
在下面的精彩答
浏览 3提问于2019-12-30得票数 1
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我最近遇到了一些关于snakemake运行检查点所需的中间规则的问题。在尝试解决此问题后，我认为问题出在aggregate_input函数中的expand命令中，但无法弄清楚它为什么会这样。这是来自snakemake的当前检查点文档，我以https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles
浏览 16提问于2019-05-24得票数 2
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最近版本的snakemake允许(并鼓励)规则访问其他规则的输出，如rules.rule_A.output.ouput_1。这就大大减少了重复和错误。但是，这种方法不适用于all规则，因为它必须首先存在于Snakefile中，因此不能访问尚未定义的规则。然而，我发现这个解决方法有点人为的(导致检查点没有被触及，但它的输入是这样的)，我很好奇是否有人有更好的方法。还可以对Snakemake进行修补，以
浏览 2提问于2018-01-11得票数 2
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基本上，我有三个snakemake规则(规则全部除外)，尽管有检查点资源，但无法解决这个问题。
第一条有我的第一个，也是我唯一开始的文件。它将有x个输出(数字根据输入文件的不同而变化)。这些x输出中的每一个都需要在规则2中单独处理，这意味着规则2将运行x个作业。然而，这些作业中只有一些子集y会产生输出(该软件只为超过某一阈值的输入编写文件)。所以，虽然我希望这些输出在作业3中作为一个单独的<
浏览 1提问于2021-03-03得票数 1
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所以我有一个用shell写的管道，它在三个文件夹上循环，然后在文件夹内的文件上循环。
下一步，我有一个snakemake文件，它接受一个输入文件夹和输出文件夹。在试运行时，我给出了snakemake文件中的文件夹路径。，所以我想知道有什么方法可以显式地给出输入和输出文件夹路径.例如，snakemake --cores 30 -s trial.snakemake /path
浏览 7提问于2021-10-01得票数 0
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我希望加载一个TensorFlow模型(检查点)，并在while循环中使用。 saver.restore(sess, str(modelpath / 'mfn.ckpt'))
while问题是会话在时间结束后关闭。我现
浏览 3提问于2020-03-25得票数 0
我目前正在运行一个snakemake检查点，即使在命令正确完成之后，它似乎也会抛出一个非零退出代码，并且不确定如何解决这个问题。下面脚本的目的是解析坐标文件bed_file，从bam文件rna_file中提取所有区域，并最终组装这些区域。代码如下，我的snakemake版本是5.6.0。，snakemake由于某种神秘的原因返回(exited with non-zero exit code)。我可以看到输出是在文件中生成的</
浏览 32提问于2019-10-01得票数 1
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我有一个snakemake工作流，它失败了，因为最后一个作业要么创建了两个输出文件，要么一个也没有创建。我尝试过使用检查点来解决这个问题，但我认为在尝试整理聚合函数中的输出文件时，我会使用通配符。但是如果我做了正确的运行，snakemake会中止它，并告诉它作业执行失败：SAMPLES, = glob_wildcard
浏览 49提问于2020-02-06得票数 0
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