最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字，小仙心里也是很复杂，可终究跟“毕业”二字沾了边，就当它是好事啦！...研究了一下，也只能理解个大概，暂且认为就是坐标轴相同的两种数据集可以用一张气泡矩阵图来展示，气泡的大小和颜色可呈现两种不同的信息。 ? Step1....绘图数据的准备 首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。 ? Step2....绘图数据的读取 data<-read.csv(“your file path”, header= T) #注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F Step3.绘图所需...package的安装、调用 library(reshape2) library(ggplot2) #注释：package使用之前需要调用 Step4.绘图
点九图介绍 这一块是对点九图的简单介绍，如果对这块已经有了解的话，可以直接跳到2，看看聊天气泡中如何使用点九图。...注意：这种图片格式只能被使用于Android开发。在ios开发中，可以在代码中指定某个点进行拉伸，而在Android中不行，所以在Android中想要达到这个效果，只能使用点九图。...聊天气泡中使用点九图 2.1 遇到的问题和解决方案 先简单说下从网上拉取点九图的过程，首先使用url请求网络数据，并将结果缓存为本地文件，再使用文件流创建Bitmap，接着使用Bitmap创建drawable...再看看上面1.5的解析原理，它会带来一个坑，由于聊天气泡需求需要使用url从网络上拉取点九图，如果这个点九图没有经过编译的过程，将其周围的黑线标记放入到png中的一个辅助chunk中，那么在使用这个图作为背景时...步骤9中，一定要使用缓存，不然异步加载的过程中，在list中显示会有问题，跳变很严重。有的图片加载组件不支持NinePatchDrawable缓存的记得要补上。
) # 设置主题格式，这部分可以选择在绘制中进行 # 也可以在theme_set中进行全局设置 theme_set( theme_bw() + theme(legend.position =..."top")) 绘图 geom_point()：用于绘制散点图 参数 color:点的颜色 size：点的大小 shape ：点的形状 # 设置主函数 p <- ggplot(mydata, aes(...添加点的文本 函数：geom_text() and geom_label():添加文本和标签 geom_text_repel() and geom_label_repel()：文本注释，在ggrepel...气泡图 # alpha是透明度 size是设置气泡的因素 p + geom_point(aes(color = cyl, size = qsec), alpha = 0.5) + scale_color_manual...结束语 我比较喜欢ggplot2的一点是可以将绘图程序写进函数，可以批量绘图，批量下载，至于设置这些东西，能记就记，记不住，用的时候百度。 love&peace
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...) ggplot2在Suggests 如果你在包中使用ggplot2，大概率你会想要将它列入Imports。
看看第三期的图，配色是不是看着很舒服： 2.可视化 在分群注释之后，我们可以使用DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多种函数对细胞或基因可视化。...在绘图之前，我们首先创建新的工作目录，并读取第三期亚群注释后的数据： dir.create("4-plot") setwd('4-plot/') sce.all=readRDS( "../3-Celltype.../sce_celltype.rds") sce.all 使用DimPlot函数展示T细胞（"0","1"）在tSNE图中的位置： Idents(sce.all) DimPlot(sce.all,label...第五集：细胞比例 1.背景 在细胞分群命名完成之后，我们可以比较不同样本和分组之间细胞比例的差异。细胞发生癌变、肿瘤细胞转移、药物治疗等刺激因素，都会导致肿瘤微环境中细胞类型发生改变。...这将显示在X轴和绘图标题中。 ylab : y标注的文本标签。这将显示在坐标轴和绘图标题中。 zlab : 点大小的文本标签。这将包含在地块标题中。 dotsize : 最大点大小。
ggplot2的主题系统可以让我们更好的控制图形 非数据元素 的细节，通过更加精细的修改来提升图像的美感，ggplot2 的主题系统自带多个 element_ 功能 element_text( ) element_line...( ) element_rect( ) element_blank( ) 本节来介绍主题元素element_text() ,使用它控制绘图中文本元素的许多部分，如字体大小、颜色和字体类型。...ggplot2的element_text()剖析 element_text() 控制的元素列表 axis.title.x: 自定义 x 轴标签/标题 axis.title.y : 自定义 y 轴标签/标题...legend.text：自定义图例文本 plot.title: 自定义图像主标题 plot.subtitle: 自定义图像副标题 plot.caption: 自定义图像的脚注 plot.tag: 自定义绘图的标签...加载R包 library(tidyverse) library(palmerpenguins) 依旧还是使用企鹅的数据集，接下来使用element_text() 函数来调整图像的文本元素 p<- penguins
富集分析我们可以使用R包" clusterProfiler "进行（具体教程见使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析）。...使用Y叔的" clusterProfiler "进行完富集分析后，可以直接使用 dotplot 绘制气泡图，而且配色还十分的好看。 ?...但有时候我们的富集分析结果是用其他工具做出来的，或者想要更改气泡图显示的内容时，又该怎么样做出和Y叔一样的气泡图呢？ 如，我想展示结果中A-D四个GO term的富集倍数、q值和count数。...\t") ## 绘制气泡图 p <- ggplot(data, aes(x = Enrichment, y = Description, size = Count, color=qvalue)) + geom_point...这样我们就完成气泡图的上色过程啦！ 如果想要更改其他颜色，可以在scale_color_gradient 函数中修改。 参考资料： ggplot2|详解八大基本绘图要素
预后模型在纯生信分析中绝对有一席之地，本文简单的介绍下常见的预后模型构建的思路，详细的代码和使用场景见文中对应的推文链接 常见的分析思路可以是， （1）通过某种目的初步筛选出候选的基因集合（数目较多）...通路基因集可以在MSigDB（GSEA | MSigDB (gsea-msigdb.org)）中获得，方式可以参考scRNA分析|单细胞GSVA + limma差异分析-celltype分组？...差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析 ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 R|clusterProfiler-富集分析 ggplot2| 绘制KEGG气泡图 ggplot2|绘制...|让你的火山图“活”过来 R|clusterProfiler-富集分析 ggplot2| 绘制KEGG气泡图 ggplot2|绘制GO富集柱形图 clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化...其中很多包是ggplot2的扩展包或者使用了很多ggplot2的函数 ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢” ggplot2 |legend
网站对绘图进行了分类 ? 2. 网站提供搜索功能，可以搜索需要的图形类型，例如heatmap ? 3. 每一个图形都给出了代码 ? 4....将代码复制到Rstudio中逐条运行 ? 2. 样例展示 2.1 词云 1. 安装所需要的包 ? 2. 载入相关的包 ?...2.2 气泡图 1. 安装所需要的包 ? 2. 载入安装包 ? 3....用 scale_size() 我们需要在上一张图表上改进的第一件事是气泡大小。scale_size()允许使用range参数设置最小和最大圆圈的大小。请注意，您可以使用来定制图例名称name。...总结 通过不断地对比，是不是发现原来用R语言绘图狠简单，作者由于时间有限，只能列出几个出来，剩下的要靠大家自己进行挖掘尝试。
导语 GUIDE ╲ ggtree是ggplot2的拓展包，可以应用于进化树的绘制，还能对进化树丰富的注释分析。...ggtree是一个功能强大的系统发育树可视化及注释R语言软件包，在Bioconductor中发布，是ggplot2的扩展包。ggtree可以读取多种数据格式的系统发育树，并对其进行注释分析。...ggtree的安装 首先通过bioconductor安装ggtree包（在接下来的绘图展示中，还需要安装其他依赖包，也可以用此命令安装） if (!...在phyloseq包中，采用密度脊线对丰富度数据可视化。...输入是ggplot图形对象的命名列表（可以是任何类型的图表）。还可以使用ggplotify将其他功能生成的图转换为ggplot对象，然后在geom_inset中使用该对象。
但如果想把结果最展示在文章中（箭头所指），还需要一些绘图的操作。今天，我们就重点来讲解 如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure。 ?...那么，今天的绘图操作，我们就来给大家详细讲讲如何通过气泡图来展现GO/KEGG功能富集的结果。...气泡图 气泡图的制作相当复杂，如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果，也可以拿出来看一下。...在运行这个R代码之前呢，需要安装两个R包ggplot2和Hmisc，然后直接运行bubblePlot.R即可。...相信有不少同学对R语言还是不太熟悉，在运行代码的过程当中可能还会遇到不同的问题，可以在文末的留言板中留言哦，小猎豹会及时帮大家解决的。
首先，简单介绍一下作者，宁海涛是211硕士毕业，先后学习Python进行深度学习模型构建以及可视化展示，当然还包括数据分析、数据处理、数据可视化等技能，此外，还特别擅长于使用R语言进行数据统计和可视化绘制...因为你还没发现这个Python科学绘图宝藏工具包 R-ggplot2 绘制带颜色条的相关性散点图 网友需求系列01-Python-matplotlib定制化刻度（主副）绘制 下面为部分可视化作品集：...学术图表可视化作品展示 商业图表可视化 Python-R-双Y轴可视化绘制 R-ggplot2 基础图表绘制-散点图示例 Python 空间绘图 - 房价气泡图绘制 经济学人风格图表的Python-Seaborn...空间插值图表可视化作品展示 地图可视化 常见的地图绘制方法，这个包全包了~~ 绘图技巧 | 三元相分级统计地图(Ternary Choropleth Map)可视化绘制 绘图技巧 | 双变量映射地图可视化绘制方法...地图可视化绘制 | R-cartography 艺术地图绘制 R-ggplot2 标准中国地图制作 绘图技巧 | “变形”地图可视化绘制方法 地图可视化绘制 | R-tanaka/metR包 绘制3D
我比较喜欢ggplot2+AI 来做科研绘图， 当然，有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，完全不使用AI。...我在几年前《生信五周年》全国巡讲的活动重点推荐过《50个ggplot2现成图表》代码希望大家可以学习它！...ggplot2 Scatterplot 这个教程侧重于8个单元： 展现单个连续变量：散点图，折线图，气泡图 进阶条形图：区域图 展现排序：棒棒糖图 展现连续变量的统计分布：条形图，箱线图，小提琴图，峰峦图...最后一个是 https://stackoverflow.com/ 你会发现，你想实现的各种稀奇古怪的绘图需求，只需要你能使用英文描述出来，就是能找到答案的！...用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（上）：https://mp.weixin.qq.com/s/WN4TSMNjH4b6vZgYVjaRvQ 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下）：https
下面是包含人口数据的气泡图，气泡的大小都和样本中人口的数目成正比。...除去用气泡大小表示连续变量（例如人口数目），对于离散变量（例如所属大洲），我们还可以用点的形状加以区分，下面我们就把各个样本所在大洲用点的形状在图中区分出来： qplot(gdpPercap, lifeExp...////这里顺带说一句，ggplot2的2.0版本以前是提供直接使用qplot函数更改拟合模型的，例如，广义线性模型（glm）或者用户自定义的模型(例如y=x^3)。...不过2.0以后，ggplot2的编写者为了鼓励大家放弃qplot这种简单暴力的绘图函数，使用ggplot2提供的更多其他的绘图功能，所以不再在qplot里支持更改拟合模型的功能。...另一种选择是使用横轴是年份的箱线图来显示整体趋势。
第三期我们选择0.5分辨率，对细胞进行了分群注释。本期，我们将在第三期基础上使用多种方法可视化细胞和基因。 1.背景介绍 绘图质量一定程度上会直接影响文章的发表。...配色协调考验的是绘图人的审美水平。笔者是直男审美，在学习R绘图的时候，数据和代码的问题往往能解决，但就是画的一手丑图。...看看第三期的图，配色是不是看着很舒服： 2.可视化 在分群注释之后，我们可以使用DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多种函数对细胞或基因可视化。...在绘图之前，我们首先创建新的工作目录，并读取第三期亚群注释后的数据： dir.create("4-plot") setwd('4-plot/') sce.all=readRDS( "../3-Celltype.../sce_celltype.rds") sce.all 使用DimPlot函数展示T细胞（"0","1"）在tSNE图中的位置： Idents(sce.all) DimPlot(sce.all,label
做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。...如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。...今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等 今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。...这里generation （k/n）我的理解是n是自己感兴趣的基因，k是注释到某个通路的基因 （不知道是不是这个意思，欢迎大家留言讨论这个generatio） 这个kegg的富集分析里没有自己感兴趣的基因...c(0,0.65))+ theme(panel.grid = element_blank()) 这里还会经常遇到一个问题就是y轴的文字如果比较长，左侧就会看起来很多，看起来不好看，这个时候可以在文字里插入一个换行符
超过42,000家客户通过使用Tableau在办公室或随时随地快速获得结果。数以万计的用户使用TableauPublic 在博客与网站中分享数据。...具体可以参考文章： 国内首款-数据可视化参考手册：专业绘图必备 国外专家Nathan Yau总结了在数据可视化的过程中，一般要经历的四个过程，如下图所示（我做了适当的修改）。...地理空间型 地理空间型图表主要展示数据中的精确位置和地理分布规律，包括等值区间地图、带气泡的地图、带散点的地图等。地图用地理坐标系可以映射位置数据。...R语言数据可视化方法 如需绘制这些不同类型的图表，我们主要使用R ggplot2及其拓展包extension，比如ggrepel、ggally、ggalluvial等包；也还会使用lattice、plot3D...R中ggplot2包的geom_path()和geom_polygon()等函数，结合地理空间坐标系可以使用DataFrame格式的数据，绘制不同投影下的世界与国家地图。
对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。...一 载入数据集和R包 library(ggplot2) pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE) head(pathway...二 绘制KEGG气泡图 2.1初始化数据并绘制散点图 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) + geom_point() ?...可在以下几个方面进行优化： A：标题，横纵坐标轴； B：按照通路上基因的多少定义点的大小； C：根据P值定义点的颜色； 2.2 修改点的大小 #按照Gene个数定义点的大小 ggplot(pathway...四 参考资料 ggplot2：数据分析与图形艺术 好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
3，准备输入文件 在单细胞的seuratObject文件中提取矩阵文件和注释文件，这里以以一个样本为例 library(Seurat) library(tidyverse) load("sce.anno.RData...") #使用一个样本作为示例 test <- subset(sce2, sample == "P01") #注释文件 meta_data % rownames_to_column...每对受体-配体的p值 significant_means.txt：每对受体-配体显著性结果的平均表达量值 2， cellphonedb可视化 cellphonedb提供了plot函数可以进行简单的可视化 #气泡图...B：当然也可以根据method得到的4个结果文件，使用ggplot2或其他R包自行绘制 （以待后续）。...参考资料： https://github.com/Teichlab/cellphonedb ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ 精心整理（含图PLUS版）|R语言生信分析，可视化（R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总
可先阅读文章：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 1.利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标...绘图 ggplot(trees, aes(x=Girth,y=Height)) + geom_point() ?...geom_point(aes(fill =Abs_Residuals, size = Abs_Residuals),shape=21,colour="black") + # size also mapped #使用实际的值绘制气泡图...car包中的scatterplot()函数增强了散点图的许多功能，它可以很方便地绘制散点图，并能添加拟合曲线、边界箱线图和置信椭圆，还可以按子集绘图和交互式地识别点。...show.legend.text # 逻辑词，图例中是否包含文字； ggtheme # ggplot2主题名称，默认为theme_pubr()； # 可用值包括theme_gray(),theme_bw
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