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开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

;；2D图表编辑和生成；3D几何图形生成；使用精确结构和SMARTS类查询进行子结构搜索；定量构效关系分子描述子计算（QSAR）研究；指纹计算；国际化学标识符（InChI）支持；在生物信息学领域，功能包括同源配体检测...RDKit 官网：http://www.rdkit.org/ RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用，用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型...2006年6月Rational Discovery被关闭，但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。目前，RDKit的开源开发由诺华积极贡献，其中包括诺华捐赠的源代码。...PNG，SVG和PDF文件 分子和反应描述 芳香化和kekulization 规范（异构）SMILES计算 分子和反应的精确和亚结构匹配 支持匹配和突出显示 互变异构体和共振结构的匹配 计算分子和反应指纹...其中一些功能和指纹是使用Open Babel和RDKit派生的。使用MOPAC，ChemoPy计算大量的3D分子描述符。

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    C++ 万字长文第一篇---拿下字节面试

    构造函数和析构函数 构造函数在每次创建对象的时候调用，函数名称和类名相同，无返回类型，构造函数可以为类初始化某些成员。...析构函数在每次删除对象的时候调用，函数名称和类名相同，但在前面加了一个 符号，同样无返回类型。若对象在调用过程中用 动态分配了内存，可以在析构函数中写 语句统一释放内存。...函数调用过程 每一个函数调用都分配一个函数栈，先将返回地址入栈，在将当前函数的栈指针入栈，然后在栈内执行函数。...内存使用 是顺序内存 不是顺序内存 内存分配 一次性分配好，不够时扩容 每次插入节点都需要进行内存申请 性能 访问性能好，插入删除性能差 插入删除性能好，访问性能差 适用场景 经常随机访问，不在乎插入和删除效率...使用双引号的查找顺序 当前头文件目录 编译器设置的头文件路径 系统变量指定的头文件路径 使用尖括号的查找顺序 编译器设置的头文件路径 系统变量指定的头文件路径 内存泄漏 image.png 内存溢出

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    虚拟机性能监控与故障处理工具

    -gccapacity 监视内容与 -gc 基本相同，但输出主要关注 Java 堆各个区域使用到的最大、最小空间 -gcutil 监视内容与 -gc 基本相同，但输出主要关注已使用的空间占总空间的百分比...dump 文件，通过 -XX:+HeapDumpOnCtrlBreak 参数则可以使用 [Ctrl]+[Break] 键让虚拟机生成 dump 文件，又或者在 Linux 系统下通过 Kill-3 命令发送进程退出信号...jhat 内置了一个微型的 HTTP/HTML 服务器，生成 dump 文件的分析结果后，可以在浏览器中查看。...其他plugins的无限的可能性…… image.png 2.2.2 生成、浏览堆转储快照 在 VisualVM 中生成 dump 文件有两种方式，可以执行下列任一操作： 在“应用程序”窗口中右键单击应用程序节点...生成了 dump 文件之后，应用程序页签将在该堆的应用程序下增加一个以[heapdump] 开头的子节点，并且在主页签中打开了该转储快照。

    43010

    php内存泄漏，内存溢出，垃圾回收

    内存溢出 out of memory，是指程序在申请内存时，没有足够的内存空间供其使用，出现out of memory；比如申请了一个integer,但给它存了long才能存下的数，那就是内存溢出。...在请求初始化（RINIT）-> 请求处理 -> 请求结束（RSHUTDOWN）这个“请求处理”过程是： php 读取相应的 php 文件，对其进行词法分析，生成 opcode ， zend 虚拟机执行...php 在每次请求结束后自动释放内存，有效避免了常见场景下内存泄露的问题，然而实际环境中因某些扩展的内存管理没有做好或者 php 代码中出现循环引用导致未能正常释放不用的资源。...php5.3开始，使用了新的垃圾回收机制，在引用计数基础上，实现了一种复杂的算法，来检测内存对象中引用环的存在，以避免内存泄露。...2、随着PHP的发展，PHP开发者的增加以及其所承载的业务范围的扩大，在PHP5.3中引入了更加完善的垃圾回收机制，新的垃圾回收机制解决了无法处理循环的引用内存泄漏问题。 ?

    3.3K20

    WindowsXamlHost：在 WPF 中使用 UWP 控件库中的控件

    在 WindowsXamlHost：在 WPF 中使用 UWP 的控件（Windows Community Toolkit） 一文中，我们说到了在 WPF 中引入简单的 UWP 控件以及相关的注意事项...image.png ▲ 生成的文件已复制到 WPF 目录下 在 WPF 项目中间接引用 UWP 控件库 现在，在 WPF 项目中开启所有文件夹的显示，然后将 UWP 项目中生成的文件添加到 WPF...项目中： image.png ▲ 在 WPF 的项目中添加 UWP 的控件库 为了能够在每次编译 WPF 项目的时候确保 UWP 项目先编译，需要为 WPF 项目设置项目依赖。...方法是在 WPF 项目内生成的 UWP 文件夹下添加一个 .gitignore 文件，填写所有内容忽略： *.* image.png 但记得需要额外通过 git add ....在 WPF 项目中使用 UWP 控件库中的控件 这时，在 WindowsXamlHost 中就可以添加 UWP 控件库中的 MainPage 了。

    5.9K20

    flutter中的包管理与资源管理

    如果应用程序正在运行，请使用热重载按钮（⚡️图标） 更新正在运行的应用程序。每次单击热重载或保存项目时，都会在正在运行的应用程序中随机选择不同的单词对。这是因为单词对是在 build 方法内部生成的。...都通过相对于pubspec.yaml文件所在的文件系统路径来标识自身的路径。...asset的声明顺序是无关紧要的，asset的实际目录可以是任意文件夹（在本示例中是assets文件夹）。...在pubspec.yaml的assets部分中指定asset路径时，构建过程中，会在相邻子目录中查找具有相同名称的任何文件。这些文件随后会与指定的asset一起被包含在asset bundle中。...pubspec.yaml中asset部分中的每一项都应与实际文件相对应，但主资源项除外。

    2.5K10

    用is探索python的隐藏机制

    3. 256不只比257少个1 image.png 这下不得了，不仅数值有差异，连赋值方式都影响判断结果 这是Python的另一个优化机制，在解释器开始处理的时候，会初始化常用的-5到256这些数字。...image.png 我擦，每个都变了，这是因为[a] * 3这个操作实际上没有复制a，而只是创建了三个object reference，也就是b[0] b[1] b[2]这三个元素其实指向了同一个列表a...5.字典里的javaScript被吃了？ image.png 这称之为哈希冲突， Python字典检查相等性并比较哈希值以确定两个键是否相同。...具有相同值的不可变对象在Python中始终具有相同的哈希值。...这在c中的写法是写可以的， 但是python的for 每次都会给i一个赋值，是由range给出的列表中取，因此即使后面修改了他的数值，也不会改变循环。 7.

    46910

    日拱一卒，元编程不是元宇宙，麻省理工教你makefile、依赖管理和CI

    有意思的是，我们有创建plot-data.png的规则，但这是一条模式规则。因为创建plot-data.png的依赖文件data.dat不存在，所以make告诉我们，它无法创建。...但这看起来不够理想，比如当我想要修改一个安全问题的时候，它不会影响任何接口（API），但所有使用这个旧版本的都需要升级，怎么样能确保这点呢？ 这也是版本号包含多个部分的原因。...，只要使用的主版本号是相同的就没有问题。...例如，您可能会“模拟网络连接” 或 “模拟硬盘” 练习 大多数的 makefiles 都提供了 一个名为 clean 的构建目标，这并不是说我们会生成一个名为clean的文件，而是我们可以使用它清理可以被...或 write-good，在您的仓库中开启这一功能，提交一个包含错误的文件看看该功能是否生效。

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    前端接口防止重复请求实现方案

    下面就来总结一下这次的防重复请求的实现方案： 方案一 这个方案是最容易想到也是最朴实无华的一个方案：通过使用axios拦截器，在请求拦截器中开启全屏Loading，然后在响应拦截器中将Loading关闭...，我们就可以在请求拦截器中把每次发起的请求给收集起来，后续如果有相同请求进来，那都去这个集合中去比对，如果已经存在了，说明就是一个重复的请求，我们就给拦截掉。...image.png 思路我们已经明确了，但这里有几个需要注意的点： 我们在拿到响应结果后，返回给之前我们挂起的请求时，我们要用到发布订阅模式（日常在面试题中看到，这次终于让我给用上了(^▽^)） 对于挂起的请求...而其中一个比较特殊的情况就是文件上传。 image.png 可以看到，我在这里是上传了两个不同的文件的，但只调用了一次上传接口。按理说是两个不同的请求，可为什么会被我们前面写的逻辑给拦截掉一个呢？...所以，对于文件上传，尽管我们上传了不同的文件，但它们所发出的请求生成的key都是一样的，这么一来就触发了我们前面的拦截机制。

    25110

    TensorFlow从1到2（十一）变分自动编码器和图片自动生成

    在本例的程序中（本例中的代码来自TensorFlow官方文档），使用了平均值和对数方差，从数学性能上，对数方差数值会更稳定。基本原理是相同的。 这样一个改变，使得编码结果有了很多有趣的新特征。...，这样每次生成的图片是相同的一组数字，从而，能观察到从最初生成的一组白噪声，一点点清晰，到第100次迭代的时候较为可以辨别的手写数字。...此外注意这里每次生成的100个随机编码，同训练集定义的每个批次100个样本的数量，是必须吻合的。这样生成的图片才是相同的数量，从而同相同数量的样本集对比计算代价值。...程序在训练的每次迭代中都生成一张相同编码值、相同模型、不同阶段（不同模型权重）得出的解码样本图片，保存为文件： # 产生一幅图片，输出的时候文件名加上迭代次数 def generate_and_save_images...= 16 # 随机生成16个编码向量，在整个程序过程中保持不变，从而可以看到 # 每次迭代，所生成的图片的效果在逐次都在优化。

    80430

    RDKit | 化学信息学与AI(专辑)

    1 RDKit简介 开源化学信息学与机器学习工具包 RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用，用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。...2006年6月Rational Discovery被关闭，但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。 目前，RDKit的开源开发由诺华积极贡献，其中包括诺华捐赠的源代码。 ?...2 RDKit特点 商业友好型BSD许可证 核心数据结构和算法由C ++编写 使用Boost.Python生成的Python 3.x包装器 用SWIG生成的Java和C＃包装器 2D和3D分子操作 机器学习与深度学习的分子指纹和分子描述符生成...基于RDKit的分子读写及入门 RDKit：基于分子文件输出分子结构 https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/82318084 RDKit |.../102593918 RDKit | RDKit 中的RECAP进行分子裂解 https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/102524938 基于RDKit

    2.3K61

    【目标检测】Labelme的改进——海量图片的自动标注「建议收藏」

    这是为了最后生成的json文件和Labelme软件生成的json文件相同的必须工作。...（程序中已加入了详细的中文注释。）自动生成的json文件其实在内容上和“二”中介绍的json内部数据相同。...[文件名] #比如 python labelme_json_to_dataset D:\Practice\fusion_json.josn 但这样每次只能解析一个文件，为了能够批量解析，我写了一个批量解析的程序...（程序中已加入了详细的中文注释。）解析后会在当前json文件路径下生成一个对应的json文件夹。如下图： 以“1_json”文件为例，其中包含了五个文件。...（uint8的取值范围是0~255，在MATLAB显示label.png图片虽然看起来一片黑，但目标位置其实都加上了标签1,2,3,4,5,6，以上图为例，乘以40后，目标位置的像素相当于变成了40,80,120,160,200,240

    6.2K40

    MySQL实战问题03 mysql如何保证主备一致

    MySQL 主备的基本原理 主备流程切换 image.png 在状态 1 中，客户端的读写都直接访问节点 A，而节点 B 是 A 的备库，只是将 A 的更新都同步过来，到本地执行。...在 mysqlbinlog 的命令中，使用了 -vv 参数是为了把内容都解析出来，所以从结果里面可以看到各个字段的值（比如，@1=4、 @2=4 这些值）。...但如果用 row 格式的 binlog，就要把这 10 万条记录都写到 binlog 中。这样做，不仅会占用更大的空间，同时写 binlog 也要耗费 IO 资源，影响执行速度。...如何解决双M结构的循环复制问题 解决两个节点间的循环复制的问题的逻辑 规定两个库的 server id 必须不同，如果相同，则它们之间不能设定为主备关系； 一个备库接到 binlog 并在重放的过程中，...生成与原 binlog 的 server id 相同的新的 binlog； 每个库在收到从自己的主库发过来的日志后，先判断 server id，如果跟自己的相同，表示这个日志是自己生成的，就直接丢弃这个日志

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    iOS 覆盖率检测原理与增量代码测试覆盖率工具实现

    覆盖率检测原理 生成覆盖率报告，首先需要在 Xcode 中配置编译选项，编译后会为每个可执行文件生成对应的 .gcno 文件；之后在代码中调用覆盖率分发函数，会生成对应的 .gcda 文件。...只要基本块中第一条指令被执行，那么基本块内所有指令都会顺序执行一次。 覆盖率计数指令的插入会进行两次循环，外层循环遍历编译单元中的函数，内层循环遍历函数的基本块。...GCOVPass 在通过两层循环插入计数指令的同时，会将文件及 BB 的信息写入 .gcno 文件。...w=183&h=174&f=png&s=6139) 图4 计数桩输出结构 ### 覆盖率解析 在了解了如上所述 .gcno ，.gcda 生成逻辑与文件结构之后，我们以例 1 中的代码为例，来阐述解析算法的实现...w=569&h=240&f=png&s=33132) 图11 pre-push 分发流程 ### 覆盖率累计 在实现了覆盖率的过滤后，我们在实际开发中遇到了另外一个问题：**修改分支/循环结构后生成的

    1.6K20

    故障分析 | 手动 rm 掉 binlog 导致主从报错

    3.故障复现 3.1.复现 index 索引文件记录相同 binlog 文件名 首先根据故障分析的结果，我们先复现出 binlog 索引文件中 binlog 文件名重复场景。...flush logs ，还会按顺序在最大 binlog.00000 5生成第二个 binlog.000006 ，binlog.index 中也出现两个 binlog.000006 。...这时也还没有刷新生成，但 index 里面是有记录 binlog.000007 的。...[chenwei0509-19.png] 主从复制故障后，主库这时其实还在使用着已经删除的 binlog 文件，直到触发flush logs ，这时mysql-bin.index就会出现3.1场景。...直到主库binlog文件在重新刷新（flush log、binlog文件写满等）生成新的binlog.yyy后，从库的gtid这时就不在更新，从库很快报错1236。

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    GitHub Actions + 腾讯云COS + SCF云函数 + 自动刷新CDN 完美自动化部署静态网站

    文章略长,但完成整个部署仅需不到半小时. ---- 方案简介 业务需求 博主有一个简单的纯静态文档站点 docs.ioiox.com,使用的的是 docsify 项目的Markdown渲染程序.平时通过本地...GitHub Action - 配置每次Push代码后自动上传到COS 腾讯云 SCF云函数 - 检测到COS内文件变动后自动刷新对应的CDN链接 方案流程图 image.png ---- 第一阶段...COS,同时忽略掉.git文件夹.其中upload -rfs命令会使用md5比对存储桶中已存在的文件,相同文件将会跳过上传.当本地即仓库中文件删除时--delete参数将同步删除存储桶中对应的文件,保持完全同步...- 开启静态网站 image.png 域名管理 添加自定义加速域名,并设置域名指向生成的CNAME地址,源站类型改为静态网站源站....********************************** * 将 请求方法, URI地址,及排序好的请求参数 按照下面格式 拼接在一起, 生成签名原文，此请求中的原文为

    1.5K20

    「译」JavaScript 究竟是如何工作的？（第一部分）

    在开始讲解 JavaScript 之前，我们首先要理解任意一门编程语言的基本工作方式。电脑是由微处理器构成的，我们通过书写代码来命令这台小巧但功能强大的机器。但是微处理器能理解什么语言？...image.png 编译器在语义分析中验证语言元素和关键词的正确用法，而 ASTs 在这个过程中扮演着重要的角色。之后，ASTs 被用于生成实际的字节码或者机器码。...首先，前面步骤生成的 ASTs 传递给解释器，该解释器迅速生成未经过优化的机器码，并且其执行是无延迟的。 Profiler 在代码运行时进行观察，找出可以进行优化的地方。...例如，一个‘for’循环跑了 100 次，但是每次迭代产生的结果都是一样的。...使用这个分析器后，任何未优化的代码都将传递给编译器以进行优化，同时生成机器码，它最终会替换掉之前由解释器生成的未优化代码中的对应部分。

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    基于TensorFlow的循环神经网络生成矢量格式的伪造汉字

    在这篇博客文章中，我将介绍如何训练一个循环神经网络，生成伪造的、但似是而非的svg格式的矢量中文汉字。...栅格化的位图汉字数据相当于在东京发行两年后以低质量的RealMedia流文件格式观看热门动漫的英语配音。因此，我们希望我们的生成循环神经网络学习书写汉字，并尊重正确的笔顺。...背景 我们的生成预测模型将使用和Graves的论文中描述的相同的框架，Graves在论文中展示了生成文本和生成手写体。...[生成序列模型框架] 在文本生成这个例子中，假设我们已经有一个预先训练好的模型，我们将一个初始的随机字符输入到初始状态为空的模型中。模型将使用状态信息和当前输入，为下一个字符生成一个概率分布。...在N-GRAM中，我们所做的只是记录前N个字符的频率，并使用前边字符的频率表作为生成下一个字符的概率分布。

    2.7K80

    iOS开发(1)iOS签名机制

    密文的对称密码算法，密钥长度是56bit 规格上来说，密钥长度是64bit，但每隔7bit会设置一个用于错误检查的bit，因此密钥长度实质上是56bit 由于DES每次只能加密64bit的数据，遇到比较大的数据...，需要对DES加密进行迭代（反复） 目前已经可以在短时间内被破解，所以不建议使用 8.png 9.png 2、3DES 3DES，将DES重复3次所得到的一种密码算法，也叫做3重DES 目前还被一些银行等机构使用...，但处理速度不高，安全性逐渐暴露出问题 3个密钥都是不同的，也称为DES-EDE3 10.png 11.png 如果所有密钥都使用同一个，则结果与普通的DES是等价的 12.png 如果密钥1、密钥3...15.png 解决密钥配送问题 由消息的接收者，生成一对公钥、私钥 将公钥发给消息的发送者 消息的发送者使用公钥加密消息 16.png RSA 目前使用最广泛的公钥密码算法是RSA RSA...文件夹，拓展名是appex）、WatchApp（Watch文件夹）都需要重新签名 重签名打包后，安装到设备的过程中，可能需要经常查看设备的日志信息 程序运行过程中：Window -> Devices

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