在Rmarkdown中运行后，绘图不显示在HTML文件中

可能是由于以下几个原因导致的：

1. 代码块未正确设置输出选项：在Rmarkdown中，可以使用代码块来运行R代码并生成图形。确保你的代码块中设置了正确的输出选项，例如fig.cap = "图标题"和fig.show = "hold"。这样可以确保图形在HTML文件中正确显示。
2. 图形未保存或保存路径错误：在生成图形后，需要将图形保存到指定的路径。确保你的代码中包含了保存图形的语句，例如png("path/to/save/figure.png")或pdf("path/to/save/figure.pdf")。同时，确保保存路径是正确的，可以尝试使用绝对路径或相对路径。
3. 图形尺寸设置不当：有时候图形可能因为尺寸太小而无法在HTML文件中显示。可以尝试调整图形的尺寸，例如使用fig.width和fig.height选项来设置图形的宽度和高度。
4. 缺少必要的R包：如果你使用了一些特定的R包来生成图形，确保这些包已经正确安装并加载。可以在代码块中使用library(package_name)来加载所需的包。
5. 缺少必要的HTML输出选项：在Rmarkdown中，可以使用一些特定的HTML输出选项来控制图形的显示方式。例如，可以在代码块中使用out.width和out.height选项来设置图形在HTML中的显示尺寸。

如果以上方法都无法解决问题，可能需要进一步检查Rmarkdown的版本和相关依赖项是否正确安装。此外，也可以尝试重新生成HTML文件或在其他浏览器中查看HTML文件，以确定是否存在浏览器兼容性问题。

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