R中的相关矩阵和热图：correlationData= cor(data)在此之后，我想使用类人猿文库的bionj功能来创建一个系统</e
浏览 9提问于2019-10-25得票数 1
回答已采纳
我正在尝试根据在系统发生树中找到的提示标签对数据帧的行进行排序。我打算这样做的方法是使用类似于的答案的match函数，但是我被卡住了，因为如果使用ladderize函数对节点进行重新排序，ape phylo对象的tip.label属性不会改变。library
浏览 1提问于2015-12-19得票数 12
我有几个系统发育树从Newick格式导入到R中。我使用ape包用plot.phylo命令绘制树。我希望能够将提示标签的字体系列(不仅是大小(我可以使用cex，或者用col)更改为单空间。plot命令确实使用了family参数，但是当我传递family="mono"时什么都不会发生。我试着把它
浏览 2提问于2012-03-01得票数 2
回答已采纳
1回答
我想从输入的单倍型数据中生成无根邻居加入树，然后根据变量对树的分支进行着色。我正在使用软件包Ape和ggtree。单变量和协变量(元数据)位于两个具有匹配样本名称的单独文件中。我已经能够通过变量生成树和给树的顶端着色，但不能通过树枝。Ape中</em
浏览 9提问于2020-02-19得票数 2
1回答
我有一个系统发育树，我画了R，我想根据我的物种的顺序给我的尖端边缘着色。我怎样才能单独选择每一个小费标签的颜色？我先试过：EdgeCols[which.edge(tree, tree$edge[1]) ] <- "red&quo
浏览 0提问于2015-12-04得票数 1
我一直在使用R中的ape软件包对猫系统发育的几个生态变量进行系统独立的对比，我想知道如何使用分类值来实现这一点。下面是它使用数值的工作方式：library(ape)
set.seed
浏览 2提问于2016-03-03得票数 2
我试图基于一个树文件和一个数据文件定制一个系统发育树。树文件在ID方面有相同的数据，例如，GCA_021406745.1_ASM2140674v1在这个文件中和数据帧中。这个值很重要，因为我想使用这个值来自定义系统发育树的标签，例如，"1“= red，"2”= green，等等。为此，我<e
浏览 3提问于2022-06-23得票数 0
回答已采纳
2回答
我想用ape软件包在R中绘制两个相互对立的系统发育图。一棵树有40个节点，另一个树有26个节点：tree1 <- rtree(40)cophyloplot函数用指定的链接面对面地绘制这些链接我很难指定链接。
请注意，在我的实际nexus树文件
浏览 0提问于2015-07-08得票数 5
回答已采纳
1回答
我使用R中的ape包来生成系统发育树。我想打印出生成的树以png格式，以便我可以管道的图像到一个网站。我似乎找不到打印生成树的命令(如果可能的话)。如有一些建议/见解，将不胜感激。
浏览 1提问于2018-04-09得票数 0
回答已采纳
2回答
系统发生树着色
、、
我已经根据我的酶序列建立了一棵系统发育树。我有一个简单的格式，只有分数显示，没有着色。现在我得到的序列是限制性内切酶，每个酶都有一个motif。我想给具有类似motifs的酶分支涂上颜色。昨天的大部分时间里，我都在研究不同的软件，这些软件可以帮助我做到这一点，但最终我感到困惑。我想知道一个很好的</em
浏览 3提问于2014-10-15得票数 2
我正在试图上传一个名为Symonds.tre的系统发育树，它位于我的工作目录中，是.tre。library(ape)错误消息是：
我是否必须对<e
浏览 3提问于2020-05-29得票数 2
1回答
我从hclust函数在R中创建了一个树状图，然后使用ape包创建了无根系统树(纯粹是为了可视化)，并使用basic R plot绘制了它。这看起来就是我想要的，除了我在4个类中有166个观察值。这意味着标签叠加在一起，看起来就像一团乱麻。
我的问题是，我如何</em
浏览 1提问于2017-04-28得票数 1
1回答
进化树类人猿太小
、、
我正在使用来自NCBI分类法的数据构建一个系统树。这棵树很简单，它的目的是展示几个节肢动物之间的关系。问题是这棵树看起来很小，我似乎不能让它的树枝更长。我也想给一些节点上色(例如: Pancrustaceans)，但我不知道如何使用ape完成此操作。谢谢你的帮助！library(treeio)
浏览 38提问于2019-12-18得票数 1
回答已采纳
我已经为一个蛋白质家族建立了一个系统发育树，它可以被分成不同的组，根据其受体类型或响应类型来分类。树中的节点被标记为受体的类型。在系统发育树中，我可以看到，属于同一组或同一类型受体的蛋白质聚集在同一分支中。因此，我想折叠这些具有共同标签的分支，将它们按给定<
浏览 5提问于2015-12-21得票数 6
回答已采纳
1回答
你好，我有系统发育树的深层测序数据。问题是，很多序列是相同的，所以我想让那些有x个相同序列的节点用一个大小为x的圆来表示，这在R中很容易用APE软件包来表示。问题是，我有两组序列，我想要不同的颜色。例如，在节点1，30%的相同序列来自第1组，70%来自第2组。理想情况下，节点上的</e
浏览 3提问于2014-04-02得票数 0
回答已采纳
下面的例子是使用ggtree，在其中我可以浏览系统发育中的提示，并添加一个注释标签("clade")。启动应用程序的步骤-
vert.treebrush 加载名为 over的树(突出显示)提示(用人工和狐猴进行测试)，并按“注释树”按钮添加红色的标签.。我想要做的是在树上添加另一个注释，同时
浏览 3提问于2020-04-10得票数 1
1回答
下面的代码将绘制一个系统发育树，顶端标签用斜体和下划线替换为空格。library(ape)plot(tr)
如何将常规文本与系统发育中的贴图标签中的</e
浏览 1提问于2017-04-12得票数 4
回答已采纳
1回答
我在R中有一个系统树，目前的变量是taxa_names。我想从data.frame中分配taxa_names (树是基于所说的data.frame)。bb ccbb 1 1 1h.matrix <- hclust(d.matrix) %>% ape这些信件来自data.fr
浏览 24提问于2020-08-05得票数 0
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
云直播
对象存储
腾讯会议活动推荐
腾讯云开发者
