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R包神器 | 系统发育和进化分析 - ape (一)

来看看能被我称为"神器"的,到底是什么? APE:在R语言中分析系统发育和进化 (e.g....APE是首次在系统发育和进化数据的分析中发挥R的优势。APE专注于使用系统发育和系谱(Genealogical)树作为输入的统计分析。...例如,APE中的系统发育绘图功能处理颜色、线的粗细、字体、标签的间距,这些可为每个分枝(Branch)单独定义,因此可在单个系统发育图上表示3个不同的变量。...在R中使用APE的任何会话(Session)都从此命令开始(当然,需要提前安装): library(ape) 这使得APE的函数(执行特定的统计、绘图等功能)在R环境中可用。...除了这些简单的示例之外,在面向对象的结构中表示系统发育树可以直接操作进化分析中使用的各种计算(方法)的系统发育数据。

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    生信教程:使用拓扑加权探索基因组进化(2)

    在本次实践中,我们将使用模拟数据来探索拓扑权重如何提供谱系历史。然后,我们将尝试使用针对窄窗口推断的邻居连接树来推断整个模拟染色体的拓扑权重。...工作流程 在真实情况中,我们不知道真正的家谱历史,但我们有一组序列,我们希望从中推断家谱。我们将使用一种简单的方法来做到这一点:使用标准的系统发育工具为整个基因组的窗口进行系统发育。...通过将我们推断的历史与 R 中的事实进行比较,我们将深入了解谱系推断中功率和分辨率之间的权衡。 从序列数据推断权重 上面我们使用了模拟的“真实”家谱。...我们将使用一种相当简单的方法,在沿着基因组的窗口中推断家谱。然后我们将对这些进行扭曲,看看我们是否可以恢复一些接近基本事实的东西。...Phyml 能够进行最大似然推断,但这里我们不会使用优化,因此树输出将是邻接树,使用 BIONJ 算法推断。通过模拟,我们发现邻接算法对于短序列的性能优于最大似然推理。

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    提示词(prompt)工程指南(三):高级提示

    根据Min et al. (2022)的研究结果,这里有一些关于执行小样本任务的示范/样例的建议: “标签空间和演示文本指定的输入分布都很重要(无论标签是否适用于单个输入)” 即使您只是使用随机标签,所使用的格式也对性能起重要作用...-- Output: Negative 上述格式不一致,但模型仍然预测了正确的标签。我们需要进行更彻底的分析,以确认是否对不同和更复杂的任务,包括提示的不同变体,都适用。...您可以将其与少量提示结合使用,以获得更好的结果,因为有一些复杂的任务需要在回答之前进行推理。 提示: 在这个群组中,奇数相加得到偶数:4、8、9、15、12、2、1。...我们该如何通过自一致性来改进结果?我们来尝试一下。我们将使用Wang等人(2022年)的少量样本实例(表17): 提示: Q: 树林里有15棵树。林务工人将在今天种树。种完后,树林里就有21棵树了。...问题:高尔夫的部分内容是尝试比其他人获得更高的分数。对或错? 知识:高尔夫是一项精密的球杆运动,竞技选手(或高尔夫球手)使用多种类型的球杆,用最少的杆数将球打进球场上的一系列洞中。

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    0微调搞定160个测试集!最强多模态分割一切大模型来了,架构参数全开源

    只需输入想分割的对象如“擎天柱”,单个目标立刻就能被精准识别、快速切割: 多个物体也是手到擒来,像是指定天空、水、树、草、女孩、龙猫(Chinchilla),同样能火速分割: 表情包也没问题: 这是来自厦门大学等机构的最新多模态基础感知大模型...此前,视觉基础模型(Vision Foundation Models)方向一直在探索建立一个通用的视觉感知系统。...为此,论文对每种类别名或者描述的短语都进行独立建模:[“Girl”, “Sky”, “Little child with hat on branch”, “The big chinchilla”, ....6、数据配比 论文使用了10中常见的开源数据集进行训练,包括: 通用检测分割数据(COCO、Objects365),长尾检测分割数据(LVIS),联邦标注的数据(OpenImages),指向性检测分割数据...APE (B):APE (A)的基础上加入Visual Genome和COCO的指向性检测和分割数据进行训练。 APE (C):进一步加入大规模SA-1B数据集进行训练。

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    把fasta序列读入到R里面去

    原贴来自于生信技能树论坛: http://www.biotrainee.com/thread-806-1-1.html把fasta序列读入到R里面去~ fasta是什么,我就不多说了! ?...本地读取 我这里先给几个本地读取的方法: library(Biostrings) ; s = readDNAStringSet("nm.fasta") readBStringSet(filepath,...::read.dna(all_recs, temp) 还是我前面说的, http://www.biotrainee.com/thread-778-1-1.html R语言初学笔记之吾日三省吾身!...其实你看到这一个简单的帖子,是因为我懒,但是对初学者来说,这里面的内容非常之多,值得学习的地方更是数不胜数,希望大家勇敢的学习这些技巧,然后在下面回帖写出自己的感悟!...其它推荐:http://www.biotrainee.com/thread-805-1-1.html ,R语言的protr包计算多条蛋白序列相似度 里面说到了用这个包的readFASTA函数也可以直接读取

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    APE+SELF=自动化指令集构建代码实现

    于是我把这两个方法强行组了CP,用APE把原始任务转化成种子指令,再用SELF去扩充,在医学和金融NLP任务上进行了尝试。...最初我对这种机器生成指令的方式是不太感冒的,但是在医学术语标准化这个任务上,我对比了APE得到的最优指令,和我人工写的指令,在单测时确实是模型指令,得到正确答案的概率更高。...里面使用的24个指令任务,每类任务挑选5对样本,使用以上的方案得到最优的指令,再在剩余样本上,和人工指令以及REF1论文中使用的方案(没有搜索和打分排序的APE)以下称为greedy,进行效果对比。...医疗文献QA生成 训练一个问答系统,给定一些医学文本,能够回答用户提问关于该文本内容的问题。每个输入-输出对是一组文本和对应的问题及答案。...Bootstrap对种子指令集进行不定向扩充 图片 上一步我们依赖APE得到了种子指令集,但是丰富度和多样性是远远不够的。

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    R语言进化树分析及可视化

    可以用树中的各个分支点代表一类生物起源的相对时间,两个分支点靠得越近,则对应的两群生物进化关系越密切。...接下来我们看下进化树中的术语: ? 我看了一些对单系类群,并系类群以及多系(复系)类群的解释,都快看晕了。我还是用我的语言总结一下吧。...还有其他的内类群、外类群、姐妹群,我们就不再去赘述了。 以上这些都可以反映在进化树中,进化树又分为无根树和有根树(外群可以用来确定树根)。其拓扑数目的计算如下: ? 图中的m指的类群的数目。...我们今天利用R语言自带的聚类函数进行进化树的构建,同时利用R包ape实现进化树的可视化展示。...我们截取进化树的前五代进行一个彩色的实例演示如下: clus5 = cutree(hc, 5) mypal = c("#556270","#4ECDC4", "#1B676B", "#FF6B6B","

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    phangorn 构建系统发育树

    最近小编在探索系统发育树的构建过程,今天也给大家介绍一个R包phanorn 。...小编之前对树的构建知之甚少,如果你对系统发育树有更好的理解欢迎给我留言,有理解不对的地方也请批评指正~ phanorn 是一个用 R 语言进行系统发育重建和分析的软件包。...基于距离的方法 ape 包中的 dist.dna 函数可用于计算许多 DNA 替换模型的距离。要使用函数 dist.dna,我们必须将数据转换为 DNAbin 类。...在构造距离矩阵之后,我们使用 UPGMA 重建有根树,或者使用邻接法(NJ)重建无根树。...从原始数据集中构建 bootstrap 数据集Db 选择当前最好的树,并在Db上对树进行重排,将 bootstrap 树保存为Tb 使用Tb树在原始数据集上进行树的重排,如果这棵树的简约分数低于当前最好的那棵树

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    Web H5视频滤镜的“百搭”解决方案——WebGL着色器

    使用WebGL提供的api,在像素操作级别,定制只属于你的一款滤镜。 先睹为快的示例 (示例中的视频均来自QQ-AR项目合作商的线上素材) 为了探索合适的方案,我们需要从问题的本质入手分析。...2、对这个材质指定顶点着色器和片元着色器。 3、将物体置入场景,在屏幕中的canvas对象中渲染出来。...我们对QQ-AR透明Webview中的示例进行帧率考察 image.png 可以看出,在使用gpu并行计算时,滤镜几乎不会引发掉帧。...下面则是我们使用上报的方式,对移动设备进行考察,得到的结果。 image.png 在移动端大部分设备都越来越先进的今天,为了duang出更好更酷炫的效果,在必要的场合使用WebGL方案是可取的。...我对二者都应用了自定义的滤镜,并且开放了一部分参数由用户控制。 从例子中可以看出。

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    群体遗传三剑客:PCA、Admixture、进化树

    大家好,我是邓飞 群体遗传学中常用的三大分析工具:主成分分析(PCA)、Admixture分析和进化树(Phylogenetic Tree),它们在分析基因型数据时各有侧重,互为补充。...原理: 输入数据:通常是基因型矩阵(行是样本,列是SNP位点,值是0/1/2表示基因型的等位基因计数)。 计算过程: 对基因型矩阵进行标准化(去除均值,避免频率差异的影响)。...Admixture分析 作用: Admixture分析用于估计个体基因组中来自不同祖先群体的比例,帮助理解群体的混合历史。...进化树:提供群体间的系统发育关系,但对数据质量和模型假设要求较高。 通常,这三者结合使用: 先用PCA可视化群体结构,确认分化模式。 用Admixture分析祖先成分,量化混合程度。...进化树:用PLINK计算Fst,导入MEGA或TreeMix建树。 结果可视化: PCA和Admixture用R(ggplot2)绘图。 进化树用FigTree或R包ape展示。

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    文心一言 VS 讯飞星火 VS chatgpt (162)-- 算法导论13.1 2题

    二、用go语言,对图13-1中的红黑树,画出对其调用TREE-INSERT 操作插人关键字 36 后的结果。如果插人的结点被标为红色,所得的树是否还是一棵红黑树?如果该结点被标为黑色呢?...文心一言,代码不能运行: 在Go语言中,对红黑树进行插入操作后,需要重新调整树的结构以保持其红黑性质。下面是一个示例代码,展示了如何对红黑树进行插入操作,并判断插入后的树是否仍然是红黑树。...在Go语言中实现红黑树并进行插入操作,需要遵循这些性质。下面是一个简化的Go语言示例,展示了如何在红黑树中插入一个关键字,并保持树的平衡。...图13-1中的具体红黑树结构我没有访问到,所以我将假设一个简单的初始红黑树如下: 20(B) / \ 8(R) 30(B) / / \ 3(R) 25(B)...chatgpt: 为了绘制图13-1中的红黑树,并在插入关键字36后展示结果,我们可以使用 Go 语言的图形库。在本平台无法直接进行图形绘制,但我可以为你提供一个伪代码示例,以描述这个过程。

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    R包终极解决方案

    写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。...文章目录如下: 查看已经安装了和可以安装哪些R包 如何安装旧版本的包 如何切换镜像以及为什么要切换 4种常见的R包安装方式 说明: 该文首发于我的个人博客以及生信技能树论坛,请点击文末的阅读原文前往查看详细资料...广而告之: 这里强力推荐我和公众号另一位编辑:思考问题的熊 两人共同完成的如何使用google系列文章,值得大家学习应用。...如何通过Google来使用ggplot2可视化 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化(下) 如何切换镜像 这个技巧很重要,一般来说,R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时,都是用的默认的镜像...对普通的R包,直接 install.packages()即可,一般下载不了都是包的名字打错了,或者是R的版本不够。

    2.6K82

    用Hardhat和Ethers引入并测试知名NFT智能合约

    Hardhat 开发环境 如何编译合约并为其编写测试功能 本教程不涉及任何前端开发,但如果你有兴趣了解如何开始 Web3 dapp 开发,请随时在 dev.to 上查看教程: 在 React 中构建...因为我知道 Bored Ape Yacht Club 使用符号 BAYC,所以我可以使用 Etherscan 搜索该符号: 可以看到这是一个经过验证的 ERC-721 代币合约,其名称是我们正在寻找的...但是现在让我们以手动方式进行,如何使用代码来更有效的获取合约代码,可以作为一个练习题 :) 就要完成了第 1 步 - 复制合约代码并将其保存在文件中 - 现在你可以将其放在记事本中或将其保存在某个文件中...TypeScript,在“beforeEach”中为我们的变量导入了类型,并添加了一个“owner”和“address1”变量,可以在需要地址的测试用例中使用。...: 如何找到特定项目的智能合约代码 如何将该代码添加到本地开发环境 如何安装和设置一个简单的安全帽开发环境 如何编译合约并为其编写测试 希望这能让你对使用 Hardhat、Ethers、Chai 和 Mocha

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    通用代码高亮插件(SyntaxHighlighter)

    首先,我要说SyntaxHighlighter插件的实现方式及应用示例,然后再说明如何将其应用到自己的博客,使博客的代码着色更加美观。...c) 原版可在官网下载,请进入…… Syntaxhighlighter插件简介 SyntaxHighlighter(原名:dp.SyntaxHighlighter)是一套在浏览器上支持对各种代码进行语法着色的独立...(具体着色由Styles文件夹中的css主题控制,或自定义主题) shAutoloader.js 提供一种简单的参数方式,实现根据待着色代码块中使用的 brush 来自动根据autoloader对象配置中的隐射加载...,XRegExp在官方下载的源码中找不到,可能官方漏了,我这边将博客园中的 XRegExp 对象代码拷贝到了 shCore.js 文件中)。...,可接受默认参数选项,对所有匹配元素进行着色。

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    WebGL简易教程(一):第一个简单示例

    在学习OpenGL/WebGL的时候,我还感觉到很多资料举得例子往往都太简单了,确实是一看就懂,但是在实际遇到的问题的时候却往往解决不了。我还是认为在实际中解决问题,更能加深对知识的理解。...正好最近我在研究GIS中地形的绘制,那么我就通过一步一步绘制地形的示例,来总结WebGL的相关知识。...是HTML5引入的的一个绘制标签,可以在画布中绘制任意图形。WebGL正是通过元素进行绘制的。 除此之外,这段代码还通过标签引入了几个外部JS文件。...在启动JS程序后,绘制工作首先进入的是顶点着色器,在顶点着色器中描述顶点特性(如位置、颜色等),顶点就是三维空间的点,比如三角形的三个顶点;然后进入到片元着色器,在片元着色器中逐片元处理像素(如光照、阴影...需要说明是,着色器程序是以字符串的形式嵌入到JS文件中运行的。这个函数同样是cuon-utils组件提供的,调用之后就告诉WebGL系统着色器已经建立好了并可以随时使用。

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    针对计算机视觉一些问题的分析

    在这篇博客文章中,我将简要地解释其中的一些问题,并尝试从人类如何解读图像的角度比较这些技术。我还将把这篇文章引导到 AGI(人工智能)领域并加入我的一些想法。...动机 在我们深入研究之前,让我们从一些公司如何创造性地使用计算机视觉技术的例子中获得一些动力。据我所知,其中一个最酷的初创公司是 clarifai.com(http://clarifai.com/)。...它使用一种名为候选区域网络(Region Proposal Network)的技术,该技术负责从根本上对图像中需要分类和处理的区域进行局部化。...图像分割 图像分割涉及基于现有对象对图像进行分割,具有精确的边界。 图像分割有两种类型,语义分割和实例分割。在语义分割中,您必须通过类对象标记每个像素。...在 RL 中,agent 通过试探行为对环境的影响来发现采取行动的最佳方式。这似乎也类似于人类学习东西的方式。人类通过了解他们的行为是否正确来学习做事。

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