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所以我有一个目录，里面有~162 K文件。其中一半文件的文件名为"uniquenumber.fasta“，另一半文件的文件名为"uniquenumber.fasta letters”。例如：12345.fasta Somebacterialtaxaname67890.fasta Someotherbacterialtaxanam
浏览 1提问于2015-01-19得票数 1
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我在不同的子文件夹中有大量的fasta文件(这些只是文本文件)。我需要的是一种方法来搜索目录中具有相同名称的文件，并将这些文件连接到一个与输入文件同名的文件中。到目前为止，我有以下Python代码，它先查找其中一个目录，然后使用这些文件名搜索其他目录。这将返回一个列表，其中包含每个文件的完整路径。.fasta
浏览 2提问于2013-03-13得票数 1
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我有两个数据文件(FASTA)，每个文件代表一个基因，序列由物种和局部识别。另外，我还有另一个问题:有些物种并没有同时出现在两个文件中。但是对于其他序列，代码只打印一个文件中的文件，但它们都在两个文件中。我的代码出了什么问题？，而不是打印，也不是连接只出现在一个文件中的物种。我希望脚本能够识别这一点，并将该序列
浏览 4提问于2019-03-08得票数 0
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我有两个FASTA文件包含编码两种不同蛋白质的DNA序列。我想将不同蛋白质和同一物种的序列连接成一个长序列。actProtein 1+2AGTAGATGACAGCTGCTACGATCGACTGCTAGCTAGCTTACGATCAGCTA
可能有一点问题是，物种在两个文件中出现的顺序不同，其中一个文件中有一些序列，但另一个文件中没有(文件
浏览 30提问于2019-08-15得票数 0
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我有两个非常大的fasta文件，都在2 2GB左右。它们有一些序列具有相同的名称，因此如下所示：">ABC001 ACTGTGTCGTG">ABC005 ACTGTGTCGTG在R2.fast中">ABC003 ACTGTG
浏览 2提问于2013-05-02得票数 1
我正在尝试运行具有两个输入的Python脚本，如下所示。我得到了这两个输入中的大约300个，所以我想知道是否有人可以建议如何在并行中运行它们。单次运行如下所示：我的并行测试不起作用：
ls *.fan; ls *.fasta | parallelpython stable.py {} {} > {.}.stable
浏览 4提问于2016-02-05得票数 3
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我有许多同名的文件，分布在许多具有不同名称的子目录中(尽管它们都在同一个级别上)。我想用这个名字把所有相同的文件连接到一个新文件中。我希望这个新文件在父目录中。我已经尝试过一些在SE：如何移动同名文件并进行连接上发布的答案find */*/*/seq/in/ -type f -n
浏览 0提问于2018-04-05得票数 1
我不太懂编程，但我正在学习Linux和Python。我有一个序列文件，里面有13500个序列。并且序列的名称采用一种形式我想要计算每个序列中的核苷酸数量，并想将其名称更改为
>MP_scaffold_001_1 <TAB> <Number_of_nucleotides
浏览 1提问于2014-11-03得票数 0
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我正在尝试将成百上千个.fasta文件连接成一个包含所有序列的大型fasta文件。我还没有在论坛中找到一个具体的方法来实现这一点。我确实遇到了来自的这段代码，我对它进行了一些调整。(aninstance)下面是用于连接.fasta文件的改编脚本：import glob
#obtain directory文件，但新
浏览 2提问于2012-07-31得票数 2
我有一个python脚本如下：from Bio import SeqIO
wanted_file = "A_ids.txt([seq], f, "fasta")
我想为相同的输入文件运行上面的脚本，但是对于40个不同的wanted_files --具有不同的名称-- A_ids.txt
浏览 4提问于2016-11-11得票数 0
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我尝试在Python提示符下运行qblast，在导入所有需要的库后，Python找不到我的文件：Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
浏览 0提问于2012-09-17得票数 0
我正在开发一个用于生物信息学分析的python脚本。首先，该脚本读取整个文件(.fasta -基本上是一个非常长的字符串)来查找所有的scaffold(以‘>’开头的行)，然后打印出找到的scaffold的数量。我有两个类似的输入文件.fasta，一个超过1.5 31，运行时间不到一分钟，第二个85MB，需要超过31个小时。import sys
sequencia = []file_open = open('C
浏览 0提问于2019-08-06得票数 0
我有两个文件:一个是包含一系列in的文本文件，另一个是包含与第一个文件中的in对应的fasta序列的多线程文件。我有一个python脚本，它可以从两个文件中选择匹配的ID。看起来是这样的：
fasta=SeqIO.parse("fasta1.fasta","fasta&q
浏览 0提问于2019-01-02得票数 0
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我使用的python脚本接受两个输入文件(goodProteins.fasta和list.txt)，并将结果保存到gene.fasta输出文件中。fasta_file = "goodProteins.fasta" # First input result_file= "":
浏览 0提问于2013-06-14得票数 0
在我合作的一个python项目中，我们最初打算将输入fasta文件中的信息解析到字典中。解析方法已经实现了(和)，问题是:代码在Python3中运行时运行良好(fasta文件被加载，其信息被解析为FDB数据结构，然后将其保存在新的fdb文件中)，但当它在Python2中运行时，生成的字典不包含读取fasta<e
浏览 8提问于2016-07-18得票数 0
我正在创建一个程序来读取一个FASTA文件，并拆分一些特定的字符，如'>‘等。但我面临一个问题。程序部分是：...with open(seq_fasta.txt) as file: Traceback (most recent call last):Name
浏览 0提问于2011-05-06得票数 0
在windows cmd中，我运行一个exe命令，如下所示：在这里，假设在当前文件夹中，有三个输入文件如下：y.faz.fahi
自动生成的x.fasta
浏览 5提问于2016-10-17得票数 0
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我对python相当陌生，而且我的python脚本(split_fasta.py)也有问题。我的问题是，当我以与我的fasta123文件相同的属性运行这个程序时，它工作得很好：
但是，如果我在一个不同的目录，我希望程序输出新的文件( 1.fasta_chromsome.fasta)到我当前的directory...
浏览 2提问于2016-09-15得票数 1
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我有一个多fasta序列文件: test.fastaMGIKGLTKLLADNAPSCMKEQKFESYFGRKIAVDASMSIYQFLIVVGRTGTEMLTNEAGELTVDCYARFVFDGEPPDLKKRELAKRSLRRDDASEDLNRAIEVGDEDSIEKF
浏览 16提问于2022-08-08得票数 0
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