我正在使用snakemake来编写我的工作流程。为了重用代码，最简单的方法是使用语句include: "path/to/other/Snakefile" 这在大多数情况下都可以正常工作，但在通过report()函数创建报告时会失败。问题是它找不到为标题指定的.rst文件。 因此，report()似乎具有其他Snakefile所在<e
浏览 26提问于2019-10-04得票数 2
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---date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`" rmd: "report.Rmd"这个特定的示例无法工作，因为Snakemake将.rmd文件移动到一个
浏览 10提问于2021-08-03得票数 1
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我尝试使用子目录作为通配符，但是snakemake将通配符扩展到子目录中。我试着想出一个最小的例子，但要做到这一点并不容易。如果这个例子不是那么清楚的话，我很抱歉。不过，它应该能开箱即用。在子目录中，生成任意数量的文件。projects在子目录为projects通配符的不同目录中创建一个文件。aggregate使用</e
浏览 3提问于2021-03-18得票数 1
在snakemake中运行工作流之后，我想自动生成报表和DAG映像。另外，我希望创建具有给定名称的报告，例如在config.yaml中指定的名称。我不能在Snakefile中使用snakemake shell命令，我通常会使用这个命令来手动创建报告。我将用于手动创建报告的代码：手动创建DAG映像的代码：
snakem
浏览 6提问于2019-10-02得票数 1
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管道运行良好，错误由--report参数引发：snakemake -s /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/Snakefile --profile /mnt/beegfs/pipelines/rna-count-salmon/.igr/profile/slurm --cache salmon_index tr2gen
浏览 8提问于2020-12-09得票数 0
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我正在使用Snakemake来运行defense-finder程序。此程序创建并覆盖/tmp/defense-finder中的通用临时文件，即文件名不包含唯一标识符。当在不同输入文件的不同内核上运行我的规则时，由于/tmp/defense-finder中的冲突，Snakemake崩溃。当不同的作业写入工作目录</em
浏览 44提问于2021-11-16得票数 2
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作为我正在构建的Snakemake管道的一部分，我必须使用不允许我指定输出文件的文件路径或名称的程序。例如，当在工作目录workdir/中运行程序时，它会产生以下输出：workdir/output.txtrule NAME:
input: "path/tosnakema
浏览 10提问于2021-08-25得票数 1
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我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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每当我以奇异的方式使用snakemake并希望创建一个目录或文件时，如果我尝试在snakemake目录之外编写，就会遇到只读错误。hello.txt在snakemake目录中创建。但是，如果我的touch命令试图在snakemake目录之外创建一个文件： docker:/
浏览 4提问于2022-06-21得票数 0
在下面的示例中，将在与输入文件相同的位置创建输出文件。有没有办法在输出部分获得通配符值的基名，这样我就可以使用输入文件的基名来命名输出文件，但把它写到不同的位置？
浏览 5提问于2017-03-08得票数 6
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我目前在使用Snakemake的conda环境中使用TinyTeX时遇到了一些问题。在运行管道之前，我必须使用命令tinytex::install_tinytex()安装TinyTeX安装文件。这会在创建的环境之外安装TinyTeX (这不是什么大问题……但也不是首选的)。主要的问题是，每次我执行我的Snakemake流水线时，它都会尝试重新安装我不想要的
浏览 5提问于2020-12-07得票数 2
我一直有一个奇怪的错误，我无法纠正。我正在Ubuntu20.04机器上的conda环境中使用snakemake 7.8.2 (也尝试在我们的集群上运行这个程序，并发生了相同的错误)。由于一些奇怪的原因，我的一个具有通配符的规则不能用作以下规则的扩展输入，并且不断地给我一个错误，当输入文件在前面的规则中非常清楚地创建时，它们就丢失
浏览 12提问于2022-06-21得票数 0
我使用一系列R标记脚本在Snakemake管道的末尾生成报告。如果其中一个标记文件出现错误并失败，则错误不会保存到日志文件中，因此以后不可能进行调查。根据我的研究，我还没有找到一种方法来做到这一点，但是:在管道中运行减价文件时，是否有一种将R标记中的错误重定向到日志文件的方法？(我的管道使用SnakeMake作为管道，但我假设这
浏览 4提问于2021-01-22得票数 1
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我有一个snakemake文件，其中一条规则生成一个来自女巫的文件，我想提取标题并在我的规则中作为通配符使用。Snakemake指南提供了一个示例，在这个示例中，它创建了类似通配符的新文件夹，但是如果我能够避免这种情况，那将是很好的，因为在某些情况下，它需要创建100-200个文件夹。链接到snakemake指南：
rul
浏览 4提问于2021-11-24得票数 1
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在一个有几个步骤的数据处理项目中，使用Snakemake，子目录中有一个Python木星笔记本，它处理一些数据：with open工作目录被设置为笔记本的目录，输入文件可以用一个相对路径找到。'input.csv'
这是因为笔记本是在不同的目录中复制和执行<
浏览 7提问于2022-06-23得票数 1
我正在编写一个snakemake文件，它的输入文件位于特定的位置，具有特定的文件夹名(在本例中为barcode9[456])。我需要更改这些目录中的命名约定，因此我现在想要向我的snakemake添加第一个规则，它将把原始位置(FASTQ_PATH)中的文件夹链接到snakemake工作目录<
浏览 50提问于2021-06-22得票数 1
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我有一个Snakefile，我想使用来自另一个Snakefile的规则作为一个模块。问题是，第一条规则没有修改输入，Snakemake抛出一个MissingInputExceptionfrom snakemake.utils import min_version
container: "docker://condaforge/mambaforge:4.
浏览 7提问于2022-05-19得票数 1
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该工作流由以下部分组成：
子工作流"convert_bcl_to_fastq"它从BCL文件中在名为FASTQ的目录中创建Fastq文件。它必须在主工作流之前执行，这就是为什么我选择使用子工作流，因为我的第二条规则取决于这些FASTQ文件的生成，而我事先不知道这些文件的名称。规则"generat
浏览 0提问于2020-03-12得票数 1
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我有一个主Snakefile和几个运行在独立子目录中的子工作流(路径相对于它们自己的目录)。我注意到，如果我修改子工作流的一个输入，它将正确地重新运行，但后面的所有规则都不会重新运行。使用include是可行的，但是非常烦人，因为我必须修改所有的路径，使其相对于主目录(因此我不能再在一个子目录中独立运行snakemake
浏览 1提问于2021-03-25得票数 0
我有一个用Snakemake编写的工作流，用于分析生物测序数据。工作流程要求组织所有数据文件，以便每个原始读取文件都以分析类型(RNASeq、DNaseSeq等)开头。我在设置这些规则时遇到了麻烦，这样snakemake才能知道对哪些文件使用哪些规则。在RNASeq规则中，我有以下内容：
wildcard_constraints: library='RN
浏览 5提问于2017-10-21得票数 1
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