这个教程是asreml在基因组选择和分子育种中的应用, 下面是我的读书笔记....在本文档中, 不对统计和模型做过多的介绍.
1, 单标记分析
示例数据:
ID,effect,SNP_1,SNP_100,SNP_1000,SNP_101,SNP_102,SNP_103,SNP_104...Bayes B的方法在asreml中实现:
?
marker文件格式:
文件命名为*.mkr
第一列为基因型ID
第一行为SNP ID
mkr中不能有缺失值
?...标记文件的命令参数, 这些参数都需要和标记文件放在同一行才可以起作用
filename.mkr
!markers m # 标记的个数(可以省略)
!IDS n # 个体的个数(可以省略)
!...PEV会给出标记的标准误, 结果不可靠
基因型的GBLUP在.sln中, mark的效应在.mef中, 标记的权重(weight)在.mef中, 大效应的标记在.res文件中.
6, asreml基因组选择考虑