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创建具有平均丰度的堆叠条形图
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我正在尝试创建一个堆叠的条形图，它将在y轴上具有平均丰度，在x轴上具有主要营养组，并且每个条形将由特定的营养组填充(主要的营养组被进一步细分) 我已经为我的数据创建了一个示例，您应该能够直接将其放入R(), class = c("collector_guess",
"collector")), skip = 1),
浏览 12提问于2020-01-20得票数 1
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尝试创建一个堆叠条形图，在y轴上具有深度(以米为单位)，在x轴上具有不同的类别，然后填充丰度值。但是，ggplot2会不断对所有深度值(a+b+c)求和，因此y轴是不正确的。我知道我需要指定geom_bar(stat = "identity")，但这似乎会扰乱y轴，因为所有组都具有相同的值，但丰度不同。data, aes(x = Phylum,
浏览 7提问于2019-10-30得票数 0
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我在这里查看每个大小类的丰富的序列。此外，我想要可视化特定序列在其大小类中表示的丰度比例。目前，我可以制作一个堆叠的条形图，如下所示： + geom_bar(stat='identity')
对于像这样的
浏览 5提问于2012-02-10得票数 14
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Teat canal Apicomplexa 0.005我想要(1)计算每个门在每个位置上的平均丰度；(2)将平均丰度小于0.01的门重新命名+级联成一个单独的类别，称为其他类别。)) %>%
mutate(Phylum = ifelse(MeanAbundance < 0.01, "Other&qu
浏览 4提问于2020-06-10得票数 0
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我有152个样本(行)的相对细菌丰度的数据框架。我想画一个堆叠的条形图，显示所有样本中每个细菌组的总体丰度(例如，放线菌vs.杆菌vs. Firmicutes等)。我想要它的颜色编码，以及这方面的图例。有没有人能建议一下怎么做？我的问题是，我不确定如何在R中获得用于绘图的列总数。谢谢。
浏览 0提问于2016-07-19得票数 1
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我有很多样本，每个样本都有一个相应的丰度矩阵。从这些丰度矩阵中，我想创建一个大矩阵，其中包含行中每个样本的丰度信息。例如，单个丰度矩阵将如下所示： A B C D
sample1 1 3 4 2 其中A、B、C和D表示列名称，而丰度是行值。我想通过匹配colname值来填充我的更大的矩阵
浏览 29提问于2019-09-22得票数 4
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我对ggplot非常陌生，我正在尝试创建多方面的堆叠条形图。我在观察不同菌株在几个时间点上的相对丰度。ID只是样本的任意标签，B1中的值代表了细菌B1 ( B2和B3)覆盖的菜肴的百分比。我想要制作分面堆叠的条形图(按rep划分)，其中每个堆叠条形图每个时间点有一个条形图(因此在本例中，将有2个面，每个面有3条
浏览 0提问于2013-07-23得票数 2
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我正在运行NMDS，并对包中的函数有几个问题。我已经阅读了这个函数的文档，以及关于素食者、envfit()和一般物种分数的许多帖子。我见过envfit()和wascore()都用来计算排序技术的物种分数。默认情况下，metaMDS()使用wascore()。这使用加权平均，我理解。我很难理解envfit()。<- as.data.frame(scores(ord, "species"))wascore()对我来说是有意义的，它使用
浏览 4提问于2020-03-30得票数 0
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我有一个带有分类x轴的数据框，称为Category，yaxis是丰度，按顺序着色。对于每个类别，我尝试按丰度对堆栈进行重新排序，以便很容易可视化哪个序列在底部具有最高的比例，在顶部具有最低的比例。目前，我可以制作这样的条形图：CAGTG 0.8 ACAGTG 0.6 C
CAGTG 0.3 D
浏览 4提问于2017-08-14得票数 4
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我有一个(堆叠的)条形图，我想在我的图表上画一条平均线。Plotly.newPlot('myDiv', data, layout, {showSendToCloud:true});预期产出：
我已经找到了一个，但是在这种情况下，添加一个“固定”值的行非常容易在本例中，我有一个堆叠的条形图，这样用户就可以轻松地拖放列。这使得平均计算变得更加困难。我可以循环所有结果并计算
浏览 0提问于2019-08-28得票数 0
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如何计算R中每个样本的每个变量的相对丰度？然后，我想在每一列中创建一个具有相对丰度的新数据框？我有1000个变量(列)和500个样本(行)。我也有每个样本的总数。
浏览 0提问于2019-07-06得票数 0
我的数据是关于物种相对丰富的时间，我删除了稀有物种，所以它不再加到100 %，但这是很好的，它大约是98 %的日期。然而，我得到这些奇怪的自由多边形和三角形，这是我从不正确的分组中识别出来的，但是group参数在这里没有改变任何东西。我还尝试了几个position和stat参数，但都没有帮助。也许是关于因素的顺序还是什么的？
我要找的是一个堆积如山的累积订单数量图，其中没有空位。。(属而不是秩序)时
浏览 0提问于2019-05-17得票数 0
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我试图计算MPD (平均成对距离)，不对丰度进行加权，有一个群落物种列表和一个具有分支长度的newick格式的系统发育树。 MPD1=mpd(列表，复制(树))错误: dissppInSample中的错误，sppInSample :下标超出界限谢谢您的帮助。
浏览 0提问于2021-11-01得票数 0
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我正在尝试为我的BSc荣誉项目解决数据的自相关问题，但这是我第一次，我真的需要一些建议。我正在尝试模拟12年期间的每月平均物种丰度和每月平均海表面温度(SST)，使用； data=dat, na.action=na.excludeform=~SPECIES), summary(modelw2)
这没有起作用
浏览 11提问于2018-01-27得票数 0
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我有两个矩阵(样本x丰度)(见下文数据)：
备选方案1，对复制的鱼类和大型无脊椎动物的丰<e
浏览 0提问于2014-01-24得票数 6
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有一些工具可用于测试文本的颜色对比度。但是，是否有任何准则/工具来测试颜色区域的颜色对比度，例如堆叠条形图中的条形图。
浏览 0提问于2012-03-23得票数 1
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我试图使用Phyloseq包的merge_sample选项获得相对丰富度。当我用所有样本计算每个门的平均值时(我将以GlobalPatterns为例)；我的意思是，Globalpaters有26个样本，所以我做了一些类似的事情library我觉得没事的！，但平均一栏中的百分比不同：
Phylum Feces Freshwater Freshwater Mock Ocean Sediment Skin Soil
浏览 6提问于2019-11-27得票数 1
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我有一个化学元素的片段数据集，如下所示 ? 我想创建一个名为"abundance_rank“的新字段，其中等级为1的字段表示最高的丰度值(表示”地壳中的丰度“列)。例如，具有行(A，100)、(B，100)、(C，100)、(D，50)的(symbol，abundance_in_earth_crust)，(symbol，abundance_in_earth_cru
浏览 16提问于2021-11-14得票数 2
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我正在使用基于d3和crossfilter的维度图表javascript库dc.js制作堆叠的平均条形图。我是dc.js库的新手..我有显示数据加载时的行图，饼图和数据table.Initially，所有的堆叠条形图平均值显示correctly.when我点击一个值的行图堆叠条形图的平均值不能正确显示。我无法理解如何按照csv格
浏览 6提问于2016-08-08得票数 1
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