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Briefings in Bioinformatics:具有不同杂合性水平基因组的实用组装指南

虽然已开发了具有不同视角的各种组装程序,但尚未对具有不同杂合性的二倍体基因组的长读长组装程序进行系统评估。...研究团队使用六个具有不同杂合性水平的基因组,根据计算机资源使用情况(执行时间和内存使用情况)、连续性和完整性来评估组装程序(5个长读长组装程序Canu、Flye、miniasm、NextDenovo、Redbean...输入数据集概要 具有不同杂合性水平基因组的实用组装指南 首先,为了了解样本的特性,如基因组大小,使用GenomeScope等工具评估杂合性和重复率。...对于任何杂合性的基因组,首先推荐的组装程序是Redbean,这是一个轻量级工具,无论杂合性如何,它在连续性和BUSCO完整性方面都具有稳定的性能。...基因组的杂合性≥1,MaSuRCA_C应该作为第二个试验组装器的备选方案,因为它是一个重量级的工具,在连续性和BUSCO完整性方面都被归类为“高”,并且在任何杂合性的基因组中都具有稳定的性能。

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    . | 具有深度交互组学习的未来全新药物设计

    今天为大家介绍的是来自Gisbert Schneider团队的一篇论文。从头设计药物旨在从零开始生成具有特定化学和药理性质的分子。...它能够实现“零样本”构建定制的化合物库,这些化合物库具有特定的生物活性、可合成性和结构新颖性。...模型部分 图 1 为了全面研究药物-靶标互作组,作者提出了一种将化学语言模型(CLM)与基于互作组的深度学习结合的方法(图1a, b)。...这种方法得到的深度学习模型被命名为DRAGONFLY(基于药物-靶标互作组的新生物活性分子生成)。...本研究介绍了DRAGONFLY在基于结构的从头设计中的潜在应用,特别是用于生成具有针对一个或多个特定的大分子靶标所需生物活性特性的配体(图1f)。

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    PG中的查询:2.统计--(2)

    每个桶的宽度以这样一种方式选择,即在他们之间均匀分布值(如图上具有大致相同面积的矩形表示)。这种表示使系统能够只存储直方图边界,而不是浪费空间来存储每个桶的频率。直方图不包括MCV列表中的值。...其中N是具有匹配值的桶数(在截止点右侧)。请记住,直方图没有考虑最常见的值和未定义的值。...这是一个具有2个条件的示例: SELECT count(*) FROM flights WHERE flight_no = 'PG0007' AND departure_airport = 'VKO';...规划器期望谓词独立,并计算得到的选择性集合AND作为条件选择性的乘积。...应用bitmap heap scan中的departure_airport条件后,为计算flight_no条件的Bitmap索引扫描评估值显著下降。

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    VQAMix:基于带条件三元组混合的医学图像问答

    在MixUp中,按随机权重缩放的两幅图像被线性组合,它们对应的标签用相同的权重进行融合。在VQAMix中,两个图像-问题对进行线性组合。 一、研究方法 1. 三元组混合 图片 2....带条件的三元组混合 2.1学习缺失标签 为了处理标签缺失问题,本文提出了一种简单直接的策略Learning with missing Labels (LML),直接丢弃这些标签,表示为: 使用这种策略...具体来说,有三种方法可以实现条件混合:(1)只混合具有相同成像模型的(v, q, a)元组;(2)只混淆相同问题类别的(v, q, a)元组;(3)将(v, q, a)元组与相同的图像模型和问题类别混合...,使标记具有意义。...作为一种通用的解决方案,VQAMix可以进一步运用于各类多模态数据的增强与正则化(例如:分子/蛋白质数据,病理图像/基因组数据),具有很高的现实意义。

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    问与答81: 如何求一组数据中满足多个条件的最大值?

    Q:在工作表中有一些数据,如下图1所示,我想要获取“参数3”等于“A”、”参数4“等于”C1“对应的”参数5”中的最大值,能够使用公式解决吗? ? 图1 A:这种情况用公式很容易解决。...我们看看公式中的: (参数3=D13)*(参数4=E13) 将D2:D12中的值与D13中的值比较: {"A";"B";"A";"B";"A";"A";"B";"A";"B";"A";"A"}=”A”...代表同一行的列D和列E中包含“A”和“C1”。...D和列E中包含“A”和“C1”对应的列F中的值和0组成的数组,取其最大值就是想要的结果: 0.545 本例可以扩展到更多的条件。...例如,在上述条件基础上,要求“参数1”为“M-I”、”参数2”为 M-IA”,可以使用数组公式: =MAX(IF((参数1=B13)*(参数2=C13)*(参数3=D13)*(参数4=E13),参数5,0

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    PostgreSQL 如果想知道表中某个条件查询条件在索引中效率 ?

    能力是什么,拥有985,211的学历证明,还是钻研各种技术,艺术后,获得的技术专家,或艺术家的title, 或许都不是,能力是变化的,能力是指你能满足他人需求,能提供的一种实力,而我们在这个社会,往往把这样的能力和金钱挂钩...pg_stats 里面的数据就要相对来说更适合我们,下面是pg_stats 里面的字段列表,我们需要关注几个部分 1 n_distinct 2 most_common_vals 3 most_common_freqs...| real | | | avg_width | integer | | | n_distinct...1 n_distinct 2 most_common_vals 3 most_common_freqs 这里根据相关的表信息的描述,n_disinct的值,在不等于1的情况下,都可以考虑来讲这个字段作为建立索引的可选项...同时我们针对 most_common_vals 对应 most_comon_freqs 两个字段的值来判定所选的索引,在查询的时候被作为条件时,可能会产生的影响。

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    PG中的查询:2.统计--(1)

    relallvisible −−−−−−−−−−−+−−−−−−−−−−+−−−−−−−−−−−−−−− 214867 | 2624 | 2624 (1 row) 对于没有过滤条件的查询...无论如何,我们不需要统计数据那么精确:高达一个数量级的变化仍然足够准确以产生适当的计划。让我们创建一个禁用自动vacuum的表的副本flights,以便我们可以控制何时进行分析。...Distinct值 一列中distinct值个数存储在pg_stats的n_distinct字段。如果n_distinct为负值,则其绝对值表示不同值的比例。例如,对于-1值,表示这列的值都是唯一的。...如果不同值的数量计算不准确(因为样本恰好不具有代表性),您可以手动设置此值: ALTER TABLE ... ALTER COLUMN ......SET (n_distinct = ...); 在数据均匀分布下,不同值的数量很有用。考虑“column = expression”子句的基数估计。

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    3.11 PowerBI报告可视化-矩阵:使用计算组改变列小计的计算逻辑及条件格式设置

    推荐使用计算组,把汇总列放在列小计上,相对简单还可以复用给别的度量值,而且支持给小计列设置不同的条件格式。举例按上图做一个矩阵,小计列带不同的条件格式。...模型 度量值销量 = SUM(Sheet2[销量])操作步骤 STEP 1点击左侧边栏的模型视图,在菜单栏主页下点击计算组,新建计算组,此时可以在数据窗格的模型下可以看到计算组,命名为Dim_YTD,列命名为...STEP 4 在画布中添加矩阵视觉对象并拖入字段,把省份放入行,把计算组的YTD字段和年月字段放入列,把销量度量值放入值,双击列中的YTD,重命名为“.”...STEP 7 如果给这种矩阵的小计添加不同的条件格式,需要写专门的度量值,比如用于今年YTD的度量值,遇到今年YTD的表头时才返回今年YTD的值,否则返回空。...然后在销量字段的条件格式中,格式样式选择规则,应用于选择仅合计,基于哪个字段选择写好的度量值,其他按需设置。

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    Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS30CONDEM该数据集的分辨率为30弧秒。30弧秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。

    HydroSHEDS是一个制图产品,以一致的格式为区域和全球范围的应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度的地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于2000年NASA的航天飞机雷达地形任务(SRTM)获得的高程数据。 这个水文条件下的高程数据集是一个反复调节和校正过程的结果。...请注意,调节过程改变了原始DEM,可能会使其在推导排水方向以外的应用中变得不正确。内流盆地(内陆汇)在其最低点用无数据单元进行 "播种",以终止流动。...基础数字高程模型的全部细节可在HydroSHEDS网站和文件中找到。 该数据集的分辨率为30弧秒。30弧秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上的地区,HydroSHEDS数据的质量要低得多,因为没有底层的SRTM高程数据可用,因此要用更粗的分辨率DEM(美国地质调查局提供的HYDRO1k)。

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    Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS15CONDEM该数据集的分辨率为15弧秒。15角秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。

    HydroSHEDS是一个制图产品,以一致的格式为区域和全球范围的应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度的地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于2000年NASA的航天飞机雷达地形任务(SRTM)获得的高程数据。 这个水文条件下的高程数据集是一个反复调节和校正过程的结果。...请注意,调节过程改变了原始DEM,可能会使其在推导排水方向以外的应用中变得不正确。内流盆地(内陆汇)在其最低点用无数据单元进行 "播种",以终止流动。...基础数字高程模型的全部细节可在HydroSHEDS网站和文件中找到。 该数据集的分辨率为15弧秒。15角秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上的地区,HydroSHEDS数据的质量要低得多,因为没有底层的SRTM高程数据可用,因此要用更粗的分辨率DEM(美国地质调查局提供的HYDRO1k)。

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    Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS30ACC该数据集的分辨率为30弧秒。30角秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。

    HydroSHEDS是一个制图产品,以一致的格式为区域和全球范围的应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度的地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于2000年NASA的航天飞机雷达地形任务(SRTM)获得的高程数据。 这个流量累积数据集定义了排入每个单元的上游区域的数量(以单元数计)。...累积单元的数量本质上是对上游集水区的测量。然而,由于HydroSHEDS数据集的单元大小取决于纬度,单元累积值不能直接转化为以平方公里为单位的排水面积。...数值范围从地形高点(河流源头)的1到大河入海口的非常大的数字(数以百万计的单元)。 该数据集的分辨率为30弧秒。30角秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上的地区,HydroSHEDS数据的质量要低得多,因为没有底层的SRTM高程数据可用,因此要用更粗的分辨率DEM(美国地质调查局提供的HYDRO1k)。

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    Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS15DIR该数据集的分辨率为15弧秒。15角秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。

    HydroSHEDS是一个制图产品,以一致的格式为区域和全球范围的应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度的地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于NASA的航天飞机雷达地形任务(SRTM)在2000年获得的高程数据。 这个排水方向数据集定义了从条件DEM中的每个单元到其最陡峭的下坡邻居的流动方向。...排水方向的值从1到128不等。所有通向海洋的最终出口单元都标记为0,所有标志着内流盆地(内陆水槽)最低点的单元都标记为-1。 排水方向值遵循ESRI的流向实施惯例。...该数据集的分辨率为15弧秒。15角秒的数据集是水文条件下的DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上的地区,HydroSHEDS数据的质量要低得多,因为没有底层的SRTM高程数据可用,因此要用更粗的分辨率DEM(美国地质调查局提供的HYDRO1k)。

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