我的目标是索引基因组(使用bowtie2)，但我需要一些替代步骤，具体取决于可用的文件 1> check if index already exist in storage (/storage/indexcreate index in local (/index)
4> then copy new index in storage (/storage/index) 我设法设置了一个bash脚本来检查现有文件和替代工作流但我希望使用snakemake</e
浏览 19提问于2019-01-02得票数 0
我正在与SLURM调度程序在共享计算空间上使用snakemake。我的大多数规则只需要很少的资源/CPU，而有几个规则需要很多资源。我想设置snakemake为每个规则使用最少的资源，除了需要大量资源的规则。根据我的测试，在集群模式下提交每个规则作为子作业时，snakemake将始终使用config.yaml中的核心计数和内存请求。当我在每个规则中定义线
浏览 25提问于2021-09-18得票数 0
我知道在Snakefile中定义基于包装的规则的三种工作方法： wrapper:请注意，对于我来
浏览 1提问于2019-02-19得票数 2
在Snakefile中，可以在规则中指定关键字线程、优先级、资源。这些也可以指定为params关键字中的子关键字。在一些应用程序中，它们也可以作为参数或选项放在shell命令中。
浏览 2提问于2019-05-13得票数 2
我正在使用，它非常有趣，但是如果VSCode不再抱怨Undefined variable: 'snakemake'，我会很高兴的。问题是，Snakemake以这样的方式运行作业，从而将此全局注入您的python范围，但是idea不知道它是真正定义的。我想知道是否有办法让它做两件事：
Snakemake的
浏览 3提问于2020-06-10得票数 2
背景：我必须将我的Snakemake管道从一个节点的使用调整到一个具有资源管理的集群。使用特定于SLURM的Snakemake配置文件，我的规则成功地作为SLURM作业提交，因此我继续将Snakemake指令resources添加到每个非本地规则中，以优化队列调度。问题：我的管道有许多小的单CPU作业，我用Snakemake规则指令group绑定了这些作业。以下是错误：Failed to group j
浏览 5提问于2021-11-12得票数 0
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在snakemake中，是否可以限制特定规则运行的作业数量？--jobs可以全局地控制一次允许运行的作业数量，但我想通过特定的规则来限制。
这是因为，我有一个特殊的规则，最多只能用于两个并行作业。但是，如果我将--jobs设置为20，则会导致该特定规则中工具崩溃。我在LSF集群中使用的是snakemake v5.2.0。
浏览 2提问于2018-08-23得票数 6
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我对snakemake非常陌生，我从github下载了一个利用snakemake的包，我成功地运行了它一次，但是由于我的数据太大，完成整个过程花费了27个小时，但是大约99%的时间花在执行1条规则上，所以我想跳过这个特定的规则，因为这个规则的输出文件已经存在了。如果规则所有部分中列出了该规则的输出文件，snakemake会自动跳过该规则吗？不然，我该怎么办才能跳过呢？
浏览 5提问于2021-07-09得票数 2
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是否可以将snakemake文件和/或规则文件配置为仅在某些情况下使用命令行开关执行某些规则。为了详细说明，让我们假设我在rules文件夹中有以下规则：
调用snakemake --user_option 2a将导致调用规则1、规则2a、规
浏览 0提问于2019-05-17得票数 1
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在snakemake规则中有没有完整描述配置数据使用的地方？在输出规则中使用配置数据的正确方式是什么，例如，帮助形成输出文件名？此表单不起作用：如果我在yaml文件中定义复杂的结构化数据，我正在寻找语法指导-我如何在snake规则中使用它？什么时候使用Python语法，什么时候使用
浏览 0提问于2017-08-04得票数 1
编辑我现在已经将这个问题作为一个问题发布在Snakemake 上，因为这似乎是一种未知的行为。
singularity: mycontainer
input: shell:由于但是，当我需要在规则的运行部分中使用一些python代码时，就找不到命令了。我要么遗漏了
浏览 1提问于2019-07-17得票数 3
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可以使用来自同一个工作目录的两个不同的信任来运行snakemake管道吗？
这里的配置文件将有一个“项目名称”参数，该参数将定义管道的输入和输出路径。由于snakemake锁定了工作目录，所以我想知道在同一个工作目录中使用不同配置文件运行相同的管道是否会导致一些冲突。如果是，对这种情况是否有可行的替代战略？
浏览 1提问于2018-04-23得票数 1
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我有一个简单的Snakefile，我有一个使用YAML配置文件中定义的Conda环境的规则。Look above for error message
我尝试通过同时使用SnakeMake和source activate 805d8d2a来手动激活Conda环境(由source activate805d8d2a创建)，但没有成功(错误消息意味着没有使用所述名称的环境，但是conda info --envs将其列为现有环境)。为了进一步测试Conda功能，我手动创建了Conda环境，并能够<
浏览 0提问于2018-09-11得票数 0
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最近版本的snakemake允许(并鼓励)规则访问其他规则的输出，如rules.rule_A.output.ouput_1。这就大大减少了重复和错误。但是，这种方法不适用于all规则，因为它必须首先存在于Snakefile中，因此不能访问尚未定义的规则。作为一种解决方法，我找到了一个解决方案，其中all规则只有一个输入，checkpoint和checkpoint规则，它们位于Snakefile的末尾，并枚举所需的最终输出rules.rule_X.out
浏览 2提问于2018-01-11得票数 2
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假设我创建了下面的snakemake设置： input: 'output.txt'
input'output.txt'
input: output:如果我尝试运行snakemakeall_a，我会得到一个不明确的
浏览 0提问于2018-01-19得票数 1
在执行shell命令之前，是否有可能避免删除snakemake规则中定义的输出文件？我在这里找到了对这种行为的描述：
我要做的是为输入列表和输出文件列表(N:M关系)定义一个规则。我希望下面这样的规则能够解决这个问题，但是由于output.jsons在运行python脚本之前被删除了，所以所有的output.jsons都将使用一个新的时间戳来创建，而不仅仅是那些已经更改的。中的输出文件，那么有没有人知道如何在不更新所有输出文件的情况下将此工作流映射到snakem
浏览 0提问于2018-03-08得票数 2
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我有一个Snakefile，我想使用来自另一个Snakefile的规则作为一个模块。问题是，第一条规则没有修改输入，Snakemake抛出一个MissingInputExceptionfrom snakemake.utils import min_version
min_version
浏览 7提问于2022-05-19得票数 1
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我已经在snakemake中创建了一个工作流，当我只想运行一个规则时，我遇到了一个问题。实际上，它为我运行规则，其中的输出是我的规则的输入，即使这些规则之前已经创建过。input A input b = output A input c = output b我怎么能只运行规则
浏览 6提问于2019-04-24得票数 6
我在snakemake管道中得到以下错误： Building DAG of jobs...F19FTSEUHT1027.PSU4_ISF1A_long.fastq.gz
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemakewildcards.sample}_shist.csv > assembly-stats/{wildcards.sample}/{wildcards.sample}_stats.txt" 据我所知，
浏览 49提问于2020-01-15得票数 0
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我正在寻找一种在Snakemake中定义目标模式规则(没有输入模式)的方法。.PHONY: all echo x > $@rule test: filename = "[abc]"
浏览 4提问于2017-09-13得票数 1
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