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我不是XML专家。我在使用rentrez解析XML文件时遇到问题。我正在尝试通过每个pmid ( PubMed数据库中的文章id )作为输出的作者和从属关系。当author具有多个从属关系时，列first_names、last_names和affiliation的长度会不同，并返回错误。我真的没有xml解析方面的专业知识来处理这个问题。返回的样例XML</
浏览 6提问于2017-03-04得票数 1
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我已经为一个R包构建了一个rmarkdown教程，并且希望在包构建时包含编译的文件。尽管该文件编译非常愉快(包括使用R CMD Sweave进行编译时)，但我似乎无法将其包含在二进制文件中。‘rentrez/vignettes’但是在安装了这个二进制文件并运行了vignette(package="ren
浏览 1提问于2014-06-26得票数 6
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我正在为PubMed中的搜索词收集作者信息和文章信息。我正在使用rentrez包中的entrez_fetch成功地获取作者姓名、出版年份和其他信息。以下是我的示例代码：library(XML)
pubmedSearch <- entrez_search("pubmed", term = "flexible ureteroscope", retmax =
浏览 22提问于2017-02-24得票数 1
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我使用R中的rentrez包搜索PubMed，并希望得到按相关性排序的结果。目前，它们是按发布日期排序的。library(rentrez)
entrez_search = entrez_search(db="pubmed", term
浏览 8提问于2016-07-04得票数 4
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我试图从NCBI文件中解析某些子节点的xmlValue。最后，使用两个对应于它们的PMID的值创建一个dataframe。xml version="1.0"?> </PubmedArticle>我的代码在下面
library(XML</em
浏览 2提问于2015-11-02得票数 0
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我正在尝试创建一个与pubmed api交互的函数，以检索与100个出版物相关的xml文件。然后，我想逐个解析xml文件，以检索每个出版物的标题和摘要。我正在使用Rentrez包与api进行交互，并且已经成功地检索到了必要的xml文件。我正在使用xml包解析xml文件，并且已
浏览 0提问于2016-12-03得票数 0
我正在尝试提取PMID值，这些值是发布的日志标识符。</PMID>", simplify = c) 我之所以使用strapplyc，是因为xml字符串中可能有几个这样的PMID值。然而，其中一些我不想要的，特别是那些包装在注释/更正标签中的(示例)： <CommentsCorrectionsList> <CommentsCorrections RefType<&#x
浏览 14提问于2019-09-18得票数 0
我不熟悉R和闪亮。到目前为止，我已经能够制作一个脚本，该脚本可以使用rentrez包从ncbi中获取蛋白质序列。然而，我无法使它在一个闪亮的应用程序中工作。ui中有以下输入 uiOutput("maps.protein.input")在应用程序文件中现在，我想使用rentrez下载蛋白
浏览 0提问于2018-09-23得票数 0
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我试图使用这个R脚本从NCBI获取一些信息：require(magrittr)rss = c("rs16891982", "rs12203592::entrez_search(db = "snp", term = rs) %>% "[["("ids")
x = rentrez::entrez_fetch(db = "snp&q
浏览 2提问于2015-04-08得票数 1
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我试图使用他们的API通过R访问Pubmed结果，但我得到的结果总是比使用web界面时相同的查询所获得的结果要少。通过深入研究输出，我注意到问题出在两种访问方法之间的不同查询转换上。我使用的是rentrez包，但我得到的结果与其他相关的r包也是一样的，所以我猜这与API本身有关。下面是重现结果的代码： inst
浏览 17提问于2021-01-21得票数 0
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我想刮掉所有出现在600个pages.One页面中的fasta序列，与代码中使用的链接相关联，包含20个fasta序列，600个页面包含600*20=12000，我希望fasta序列所有这些12000
浏览 1提问于2022-03-19得票数 -2
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我有一个XML文件，我想用R来解析它。我运行了下面的代码，把它解析成一个数据帧，并得到下面的输出。在数据框中，我无法获得datetime="2016-12-15T22:45:40.000Z“。我能够在数据框中获得累计运行小时数1059.64。我想将这个日期时间字段从XML文档解析为一个数据帧。你有什么建议吗？datetime="2016-12-15T22:45:40.000Z">
<H
浏览 56提问于2018-05-31得票数 -1
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我正在解析从ClinicalTrials.gov下载的xml文件目录，但在提取数据时遇到了问题。我可以对单个文件(如下所示的NCT00006435.xml)执行此操作，但不知道如何对多个文件执行此操作。library(XML)ct<-tempfile()ur
浏览 0提问于2016-03-03得票数 0
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我正在尝试编写一个函数，解析一个目录中的多个.xml文件并返回.txt文件。当我在一个文件上运行这段代码时，一切都很好： doc <- xmlTreeParse("/directory/file.xml", useInternalNodes = T)
rootnode <- xmlRoot，我得到错误"XML内容似乎不是XML“。下面是我尝试过的<
浏览 7提问于2021-07-17得票数 0
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我的总体目标是建立一个共同作者网络图。我有一个PubMed ID的列表，这些是我唯一感兴趣的出版物，用于绘制联合作者网络的图表。我不知道如何在我的查询中使用rentrez同时获得作者姓名和各自的从属关系。我可以得到这两个信息，但我的从属关系列表比我的作者列表少了大约300人，所以很明显，有些人没有提供从属关系，但我不知道是谁。当我在我的entrez_fetch中做这两件事时，它只给
浏览 5提问于2017-02-23得票数 3
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我目前正在尝试用R解析气象xml文件，我在网上找到了很多答案，但我的文件似乎有点特别：
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?然而，在我的例子中，我在解析树时遇到了一些困难。我特别希望有以下信息:温度值，云层值和湿度值。到目前为止，我只是设法得到了一个包含头的表，而没有任何值。我在互联网上寻找解决方案，但我没有发现任何
浏览 3提问于2015-02-09得票数 1
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我有个奇怪的情况。我正在使用PubMed挖掘rentrez数据。使用不同的retmax值运行我的代码时
设置retmax_set >= 62将给
浏览 1提问于2018-07-16得票数 0
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我想从XML文件中加载数据，并将该数据赋给我的Android应用程序中的变量。
在对Android可用的各种XML解析器进行了一些研究之后，我认为可以使用的最好的解析器方法是SAX。我已经阅读了一大堆关于从Android读取XML的文章，但是我在'res‘文件夹中找不到使用本地<em
浏览 3提问于2011-12-20得票数 2
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下面是需要解析并最终转换为dataframe的文件：<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?09:01.362058" report_name="HTTP Logging to RSP" device_type="ACS 800" sw_appl="ASARF012" sw_type="AS7R732203T00:08:00.485"
浏览 1提问于2017-11-08得票数 0
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