使用geom_smooth和ggplot显示标准偏差 - 腾讯云开发者社区

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R for data science （第一章） ②

使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量的一种方法是aesthetics。另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图，每个子图显示一个数据子集。...geom_smooth。许多geom，如geom_smooth（），使用单个几何对象来显示多行数据。对于这些geoms，您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。...要在同一个图中显示多个geom，请向ggplot（）添加多个geom函数： ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x = displ, y =...image.png 如果将映射放在geom函数中，ggplot2会将它们视为图层的本地映射。它将使用这些映射来仅扩展或覆盖该层的全局映射。这使得可以在不同层中显示不同的aesthetics。...您可以使用相同的想法为每个图层指定不同的数据。在这里，我们的平滑线仅显示mpg数据集的子集，即小型汽车。 geom_smooth（）中的本地数据参数仅覆盖该层的ggplot（）中的全局数据参数。

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超简单的置信区间拟合散点图绘制方法推荐~~

今天这篇推文小编写一些基础的内容：如何绘制在散点图上显示其线性模型线性模型的拟合结果及其置信区间。...这里小编使用R和Python分别绘制，主要内容如下： R-ggplot2::geom_smooth()函数绘制 Python-seaborn::lmplot()函数绘制 R-ggplot2::geom_smooth...::geom_smooth(method = 'loess') 注意：这里使用的是method = 'loess' 参数设置，还可以设置method = 'l' ，结果(这里我们同时设置使用ggpubr...::geom_smooth(method = 'lm') 可以看出：使用ggpubr::stat_regline_equation() 和ggpubr::stat_cor() 分别添加了拟合公式和R和P...以上就是简单的介绍如何使用R和Python绘制带有拟合区间的散点图，更多详细资料可参考：ggplot2::geom_smooth()[1]seaborn.lmplot()[2] 总结本期推文小编简单介绍了如何绘制在散点图上显示其线性模型线性模型的拟合结果及其置信区间

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生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

mpg（4）使用hwy和cyl绘制一张散点图。...图形属性映射1.3.1 基本定义将数据集中的变量（列）映射为图形的属性（图中对象的可视化属性：数据点的大小、形状和颜色）将图中点的颜色映射为变量class，来显示每辆汽车的类型：ggplot(data...glimpse(mpg)显示为chr的是分类变量，为int的是连续变量。将一个连续变量映射为color、size和shape。对分类变量和连续变量来说，这些图形属性的表现有什么不同？...,mapping = aes(x=displ,y=hwy))+ geom_point()+ geom_smooth()这里x、y传递给了ggplot()函数作为全局映射可以在不同的图层中显示不同的图形属性...为什么要在本章前面的示例中使用这句代码？不显示图例（4）geom_smooth()函数中的se参数的作用是什么？

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camcorder优雅生成GIF动态图

❝本节来介绍如何使用「camcorder」包来将「ggplot2图形转换为GIF动画文件」，下面小编就来通过几个案例做演示，希望各位观众老爷能够喜欢。...() ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = hp)) + geom_point(aes(color = disp)) + geom_smooth() ggplot(...mtcars, aes(x = mpg, y = hp)) + geom_smooth() + geom_point(aes(color = disp)) ggplot(mtcars, aes...theme_light() ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = hp)) + geom_smooth() + geom_point(aes(color =...在这里设置为15秒 ❞ ❝frame_duration: 除了第一帧和最后一帧之外，其他所有帧的显示时间，单位是秒。

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R语言ggplot2散点图添加拟合曲线和回归方程的简单小例子

本篇推文来自于公众号读者的投稿最近在画散点图的时候使用lm函数进行线性回归拟合之后，想将拟合的方程与R2加入到绘制的图片中。在百度中翻了半天，终于在一个外国网站上找到了方法。...基本的散点图并添加拟合曲线 library(ggplot2) p ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_smooth(method = "lm...题外话：有读者在公众号留言说R语言做出来的图有锯齿，应该是在Rstudio那个图形显示界面就是这个，如果导出图片后就会变得清楚了，这里为什么在Rstudio的图形显示界面会不清楚我也不知道如果要显示...95%置信区间，可以将se参数的FALSE改为TRUE p ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_smooth(method = "lm",...最后是调整细节进行美化点的大小与颜色，透明度拟合曲线相关颜色，粗细与填充去掉背景网格线代码 ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_smooth

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R语言之可视化（31）扫地僧easystats（2）相关性分析

它轻巧，易于使用，并允许计算许多不同类型的相关性，例如偏相关性，贝叶斯相关性，多级相关性，或Sheperd的Pi相关性（鲁棒相关性的类型），距离相关（一种非线性相关性）等等，还允许它们之间进行组合（例如...不同的相关方法 Pearson’s correlation：两个变量的协方差除以其标准偏差的乘积。...Distance correlation距离相关：距离相关可测量两个随机变量或随机矢量之间的线性和非线性关联。这与Pearson的相关性相反，后者只能检测两个随机变量之间的线性关联。...) > > ggplot(data, aes(x=V1, y=V2)) + + geom_point() + + geom_smooth(colour="black", method="lm...发现数据总的趋势是负相关 library(ggplot2) ggplot(data, aes(x=V1, y=V2)) + geom_point(aes(colour=Group)) + geom_smooth

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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数，并将其延伸为图形语法，即独立指定绘图组件，并将它们组合起来，以构建我们想要的任何图形显示。...在本例中，我们通过aes()函数实现美学映射：分别指定x和y变量。但是，只绘制了一个空白的GGPlot。因为到目前为止，我们只告诉gglot()应该使用什么数据集，以及应该为x、y轴和颜色使用哪些列。...geom_point()添加点，画一个散点图p 使用数据、几何映射和几何图形实现了ggplot2中的基本绘图。...输出显示，在plot对象中添加了一个附加层，该层使用线性模型进行拟合。曲线也有置信带，我们可以设置se=FALSE来关闭置信带。...我们可以使用这些函数及其相应的参数来调整要在绘图中显示的属性。这里我们说明如何使用coord_cartesian()的参数xlim和ylim分别调整X轴和Y轴的极限。

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day4-R语言基础

显示文件列表dir()3.加减乘除可以直接运算> 1+2[1] 3> 3-2[1] 1> 2*3[1] 6> 6/3[1] 24. 赋值符号用 X X[1] 35....仅显示非重复值，不显示重复次数。...count(p,manufacturer) #显示出现次数# 基础组图ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x = displ, y...= mpg) + geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy, group = drv)) #隐式分组-线型ggplot(data = mpg) +...geom_smooth( mapping = aes(x = displ, y = hwy, linetype = drv), )#隐式分组-颜色ggplot(data = mpg) + geom_smooth

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R可视乎 | 散点图系列（1）

1.前言散点图（scatter graph、point graph、X-Y plot、scatter chart ）是科研绘图中最常见的图表类型之一，通常用于显示和比较数值。...该书第四章——数据关系型图表中展示的散点图系列包括以下四个方面：趋势显示的二维散点图分布显示的二维散点图气泡图三维散点图本文主要对第一部分进行介绍，并加上小编自己的理解。...ggplot2绘制时，使用geom_point绘制散点图，geom_smooth加入拟合曲线，method选择为loess,se=TRUE表示加入置信带，span控制loess平滑的平滑量，较小的数字产生波动线...ggplot(data = mydata, aes(x,y)) + geom_point(fill="black",colour="black",size=3,shape=21) + geom_smooth...geom_smooth()给数据加入拟合曲线，这里使用lm()方法，置信带不展示，颜色为"lightgrey"。这时候的图形如下： ?

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R4DS学习记录_ggplot2 - CG

数据和作图要求描绘出企鹅不同族群的脚蹼长度和身体重量之间的关系，复现下图2....fit based on a linear model with method = "lm"4.2.5不同族群如何共享同一趋势线理解ggplot2作图整体和局部的概念和区分ggplot( data...= species,shape = species))+ geom_smooth(method = "lm")##错误方式 5.4 报错解决> ggplot(data = penguins) +..., y = body_mass_g, color = island)) + geom_point() + geom_smooth(se = FALSE)5.9ggplot( data = penguins..., mapping = aes(x = flipper_length_mm, y = body_mass_g)) + geom_point() + geom_smooth()ggplot() +

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day4 呦呦鹿鸣——R for data science阅读笔记之ggplot（）

使用 ggplot2 可视化单个变量的分布&两个或多个变量之间的关系。...ggplot()第一个参数：在图形中使用的数据集第二个参数：mapping:如何将数据集中的变量映射到绘图的视觉属性，在aes()中定义使用geom_形状（）定义一个几何图形,表示数据的几何对象形状：bar...显示体重和鳍状肢长度之间关系的平滑曲线geom_smooth(method = "lm")注意添加位置是给每个企鹅种群单独拟合曲线？还是给整个企鹅群体拟合曲线？给图加上标题吧！...的前两个参数是 data 和 mapping,在简洁代码表达式中会省略，Visualizing distributions分类变量#绘制条形图检测某一分类变量分布ggplot(penguins, aes...)平滑曲线geom_smooth()三个或更多变量用不同的颜色和形状代表不同观测值将绘图拆分为不同的子图按单个变量对绘图进行分面facet_wrap() 参数1：公式?

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R语言之可视化①③散点图+拟合曲线目录

0.01334 95 percent confidence interval: 0.02600102 0.21984192 cor 0.1241053 实例：通过以下代码计算两个基因的相关性 ①使用...ggplot2绘制 p1 ggplot(data = data, mapping = aes(x = gene1, y =...②使用ggscatter绘制 ggscatter(data, x = "gene1", y = "gene2", color = "#426671", size =2, # Points...) 绘制最基本的线性回归图 ggplot(dat, aes(x=xvar, y=yvar)) + geom_point(shape=1) # Use hollow circles ggplot...可以自定义设置点的颜色和大小 # Set color by cond ggplot(dat, aes(x=xvar, y=yvar, color=cond)) + geom_point(shape=1)

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「R」使用 ggplot2 进行曲线拟合

这里我们构造一组数据来看看如何使用 ggplot2 来拟合数据。...ggplot2 绘制散点图： library(ggplot2) p ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point() p 我们先直接利用 geom_smooth...p + geom_smooth() #> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x' img 修改方法使用线性回归。...p + geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ I(x^3)) 除了直接 geom_smooth() 进行拟合，还可以先使用 lm() 建立模型，生成对应的值...，然后使用线条添加在图上也是可以的。

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R语言可视化——折线图、平滑曲线及路径图

这里涉及到三个设计线条的特殊图层函数： geom_smooth()、geom_path()、geom_line() 下面分别讲解：关于geom_smooth():平滑曲线 ggplot(mpg,aes...本例所用到mpg数据集只有234个记录,使用geom_smooth参数应该默认使用的方法参数就是loess,这里我们可以检验一下： ggplot(mpg,aes(cty,hwy))+geom_point...ggplot(mpg,aes(cty,hwy))+geom_point()+geom_smooth(method="glm",se=FALSE) ?...ggplot(mpg,aes(cty,hwy))+geom_point()+geom_path() ? 可以同时添加点函数和路径函数,制作出带有点标记的路径图。...默认的折线线条位置参数应该position=identity，我们也可以尝试使用其他几个参数 ggplot(iris,aes(Sepal.Length,Sepal.Width,colour=Species

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「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

patchwork是基于ggplot2的拼图包，因为ggplot2本身没有强大的拼图语法，而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。...安装 # 需要提取安装好devtools包， # 如果你解决安装和载入包很麻烦，可以试试pacman包，我在简书写了介绍和简单使用 devtools::install_github("thomasp85...我们不用创建对象，也可以像ggplot2本身使用一样相加。...增加花括号的使用进行嵌套可以布置更复杂的图形： p3 ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec)) p4 ggplot(mtcars) + geom_bar...image.png 括号也是可以的： p3 ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec)) p4 ggplot(mtcars) + geom_bar

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1.6几何对象

练习 (1) 在绘制折线图、箱线图、直方图和分区图时，应该分别使用哪种几何对象？...ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy, color = drv)) + geom_point() + geom_smooth...由于两个集合对象都没有对mapping进行设置，所以会使用原始涂层的aes(x = displ, y = hwy, color = drv))。所以出来的结果，散点图和拟合曲线都是三种颜色。...#第一幅图 ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) + geom_point() + geom_smooth() #第二幅图 ggplot...画了散点图（geom_point）并绘制了拟合曲线（geom_smooth），没加置信区间（se =FALSE） ggplot(data = mpg,aes(x = displ,y = hwy))+

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ggplot2_散点图

# 更改点颜色和大小形状 p + geom_point(color = "#00AFBB", size = 2, shape = 23)# shape的数字有特殊只带 ?...# 更改颜色设置 p + geom_point(aes(color = cyl, shape=cyl)) + # 曲线的颜色和fill用于区分组 geom_smooth(aes(color =...cyl, fill = cyl), method = lm) + #scale_color_manual和scale_fill_manual用于自定义配色方案设置 scale_color_manual...添加点的文本函数：geom_text() and geom_label():添加文本和标签 geom_text_repel() and geom_label_repel()：文本注释，在ggrepel...# 使用geom_label_repel添加文本 #这个函数给出的文本带有方框 p + geom_point(aes(color = cyl)) + geom_label_repel(aes(label

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跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分组添加拟合曲线

这篇论文的数据和代码是公开的，链接是 https://github.com/CPop-SDU/sex-gap-e0-pnas，我们按照他提供的代码和数据试着复原一下论文里的图。...%>% ggplot(aes(age,y=m/f,color=country))+ geom_smooth(se=F,size=1,color="#ffffff",span=0.25)+...我这里就跳过了，因为我的电脑没有这个字体接下来做细节调整添加一条水平辅助线 dftemp %>% ggplot(aes(age,y=m/f,color=country))+ geom_smooth...labs( y = "Sex ratio, log scale", x = "Age" ) image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本今天推文的示例数据和代码可以在公众号后台留言...后记今天发现视频号和公众号现在可以带货了，京东和拼多多平台的商品可以生成我自己的链接，如果有人通过这个链接购买商品我就可以得到相应比例的佣金。

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跟着Nature Communications 学画图~ggplot2散点图分组添加拟合曲线

学习R语言ggplot2包画散点图，然后分组添加拟合曲线。对应的是论文中的Figure2 ?...can explain antibiotic resistance gene abundances in anthropogenically impacted environments 这篇论文数据分析和可视化的部分用到的数据和代码全部放到了...),size=5)+ scale_color_manual(values = cols)+ geom_smooth(method = 'lm') ?...分别对x和y取log10进行转换 ggplot(crass_impact,aes(x=rel_crAss,y=rel_res,color=country))+ geom_point(aes(shape...=crAss_detection),size=5)+ scale_color_manual(values = cols)+ geom_smooth(method = 'lm')+ scale_x_log10

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Top50ggplot2Visualizations_第一幅：散点图

中用来画散点图的函数是geom_point()，同时可以用geom_smooth()函数添加拟合曲线。...如果第一次使用需要通过 install.packages("ggplot2") 来安装；执行命令就可以自动下载安装；以后每次使用需要通过library(ggplot2)来加载。...midwest,aes(x=area,y=poptotal))+ geom_point()+ geom_smooth() ?...然后是加一些函数和参数对图的细节进行修改 ggplot(midwest, aes(x=area, y=poptotal)) + geom_point(aes(col=state, size=popdensity...)) + geom_smooth(method="loess", se=F) + xlim(c(0, 0.1)) + ylim(c(0, 500000)) + labs(subtitle

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R for data science （第一章） ②

超简单的置信区间拟合散点图绘制方法推荐~~

生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

camcorder优雅生成GIF动态图

R语言ggplot2散点图添加拟合曲线和回归方程的简单小例子

R语言之可视化（31）扫地僧easystats（2）相关性分析

ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

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R可视乎 | 散点图系列（1）

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day4 呦呦鹿鸣——R for data science阅读笔记之ggplot（）

R语言之可视化①③散点图+拟合曲线目录

「R」使用 ggplot2 进行曲线拟合

R语言可视化——折线图、平滑曲线及路径图

「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

1.6几何对象

ggplot2_散点图

跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分组添加拟合曲线

跟着Nature Communications 学画图~ggplot2散点图分组添加拟合曲线

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