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Templatepdb:-----------------ISFSASHR------FSHAQADFAG 原始pdb新的pdb : RES ID = 18 18 18 19 19 19 20 20 20 21 22 23 24 25 31 31 31 32 32 33 34 35 36 ...仅计算间隙(“”-
浏览 44提问于2017-06-15得票数 0
我确信我已经在Biopython的PDB模块中发现了一个可能的错误。简而言之，我一直在从PDB的2r09结构中寻找配体。这个结构包含两个相同的"4IP“杂残基的拷贝，它们都与蛋白质分子紧密相连。我已经手动比较了pdb文件中的坐标和我使用biopython获得的坐标，而且它们确实不匹配
浏览 23提问于2022-08-25得票数 0
我正在编写一个脚本，重新命名蛋白质结构(CIF文件)，然后保存它们(PDB文件: Biopython没有CIF保存功能)。
对于我使用的大多数文件，它都能工作。但是对于6ek0.pdb、5t2c.pdb和4v6x.pdb这样的文件，我总是为io.save函数的同一行获取相同的TypeError。当我不对文件<e
浏览 1提问于2018-05-29得票数 1
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我目前正在使用pymol的iterate来获得所有的残基数字，然后我使用这些数字来检索残基名称。我不认为这是最好的方法。我试图在biopython中寻找一种方法，但无济于事。我将非常感谢您的意见和建议。
一个次要问题，有时甚至连chaini.resname都会给我一个带有一定残差的KeyError：(‘'，'number'，’')，这让我使用了try和exce
浏览 37提问于2017-03-17得票数 2
作为我们在公共服务器(例如genbank)上管理所有已知文件的努力的一部分，我遇到的一个问题是许多(~50%)所有已解决的结构没有根据蛋白质进行编号。也就是说，一个亚域是结晶的(氨基酸310-450)，然而结晶学家将其存放为残基1-140。我想知道有没有人知道给整个pdb文件重新编号的方法。我已经找到了重新编号
浏览 0提问于2011-05-13得票数 5
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我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后，我想向由Biopython生成的Biopython结构对象添加一些新原子。在Python中有没有好的/推荐的方法来做这件事。Biopython似乎只提供了写出pdb文件的现有元素的选项，而不是创建新的元素。
浏览 5提问于2019-11-10得票数 0
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我试图浏览一个.pdb文件，计算蛋白质复合体A和B链上不同残基的α碳原子之间的距离，然后将距离与链标识符和残基编号一起存储在字典中。例如，如果在链A上的残基100上发现了第一个α碳("CA")，而它所结合的那个在链B上的残基123上，我希望我的字典看起来像d={(A，100):B，123，distance_between_at
浏览 4提问于2016-11-22得票数 0
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我想知道Bio.PDB如何将残基识别为杂残基。我知道residue.id方法返回一个元组，其中第一项是异种标志，第二项是残基标识符(number)，第三项是插入代码。但是，内部代码如何决定将什么放入hetero标志字段中呢？它是否检查残留物中的原子是HETATM记录还是ATOM记录？
或者它会检查每个残基中的原子名称，并将其与一些杂原子进行比较？我问的原因是因为在4MDH链B<em
浏览 4提问于2018-05-09得票数 3
我有一个充满氨基酸的文本文件(CA-Final.txt)以及其他一些数据。下面是文本文件的一个片段ATOM到目前为止，以下是我的代码 i = open('CA-final.txt', 'w')
j = open(txtFileName,
浏览 2提问于2018-11-02得票数 1
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使用典型的pdb文件，我可以使用类似于Biopython文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：parser = PDB.PDBParser()
structure = parser.get_structure= resi
浏览 5提问于2016-05-06得票数 2
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我想通过两个残基的侧链在两个残基之间创建一个内酰胺桥(肽键)，从原始的肽序列(pdb文件)开始。我使用了PYMOL中的两个函数" bond“和"fuse”来形成这个绑定。"bond“运行良好，但一旦我重新打开文件(这就是我所说的”稳定“)，该键就不再存在了。"Fuse“根本没有显示出这种联系。
浏览 4提问于2014-09-18得票数 0
我想在Pymol中得到蛋白质的所有二面角( phi，psi，chi1，chi2，chi3，chi4)，但我只能设法找到一个能显示phi和psi的函数。
浏览 9提问于2014-08-18得票数 2
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我有一份PDB文件列表。我想通过使用BioPython中的Bio.PDB模块提取所有文件(即杂原子)的配体，并将每个文件分别保存到PDB文件中。我尝试了一些解决方案，就像这个：Remove heteroatoms from PDB，我试图调整它来保持杂原子。但我得到的是所有配基都在同一个文件中
浏览 53提问于2020-04-23得票数 3
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使用Biopython的Bio.PDB.PDBList从PDB下载一些蛋白质数据所需的行为是将PDB文件下载到工作目录。可能有用的信息：
使用代理，但我不认为这是问题，因为Biopython
浏览 12提问于2020-07-09得票数 0
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我正在尝试识别3D蛋白质结构中接触的氨基酸残基。我是BioPython新手，但我发现这个网站很有帮助import Bio.PDBpdb_filename = "1qhw.pdb"
def
浏览 1提问于2017-06-08得票数 1
我试图使用Biopython拆分大量pdb文件，然后将它们保存为名为pdbid_chain.pdb的单独文件。到目前为止，我没有成功。此外，我对python非常陌生。#pdb_list contains a list of 208 pdb structures
f
浏览 14提问于2022-03-05得票数 0
我想使用PyMol脚本选择蛋白质中某些高度保守的残基(通过评分机制计算，并在文本文件中列出-每个残基在一行中)。下面我正在使用的PyMol脚本不起作用。如果有人能帮助我，我将不胜感激。脚本的某些部分在单独运行时工作得很好-当脚本中提到残留数时，Pymol脚本不需要从文本文件导入列表，而只有将数字从文件加载到数组中的python脚
浏览 0提问于2012-12-08得票数 1
我正在尝试使用biopython和python3自动下载pdbs。然而，对于一些pdbs，我有一个问题，我得到了一个404错误。urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Foundimport Bio
from Bio.PDB
浏览 18提问于2017-03-16得票数 1
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我的问题是，我想提取某些原子的坐标，这些原子只对应于PDB文件中的一些残基。例如，我想提取PDB文件中存在的所有丙氨酸的CA原子的坐标。我尝试使用find(strcmp(atom，' CA '))，但它给了我所有的CA原子，而不是只给出了丙氨酸的CA。如何在MATLAB中解决这个问题？请帮帮
浏览 0提问于2015-09-06得票数 1
我正在使用Biopython将结构加载到我的代码中。然后，我通过PyRosetta将它们转换为姿势，因为我想将我的theo结构与PDB网站结构对齐。这是我的代码： pdbl = PDBList()
native_pdb = pdbl.retrieve_pdb_file('%s' %protein, pdir='/my/directory/path/test_nati
浏览 82提问于2021-06-21得票数 0
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