使用biopython对PDB文件中的残基进行重新编号 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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BioPython-PDB-1

使用：最近有很多蛋白结构要分析就找到了这个简单看下，使用的ide还是jupyter notebook 官网链接： https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN.../latest/ 好吧有中文教程简介（从官网扒下来的）： Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。...Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或者FORTRAN编写的模块实现扩展。...实例：直接用它来处理结构文件 #读取结构文件 #(1)读取mmcif文件 #创建一个mmcif解析器 from Bio.PDB.MMCIFParser import MMCIFParser parser.../Atom，结构/模型/链/残基/原子）的体系架构： #结构由模型组成 #模型由多条链组成 #链由残基组成 #多个原子构成残基 #上一副UML图，官方的。。。

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寻找蛋白结构中的紊乱残基

紊乱残基，分析蛋白结构的时候，经常遇见的一个点，以前的，我觉得蛋白结构就是结构，唯一的稳定的，直到我亲眼遇到了几个坑。...好吧开始用的biopython，编程语言还是python 直接代码：我懒得排版，你们就简单看拿个蛋白：1h10 ?...大致看来没什么区别，在cartoon显示中，假如出现什么值得注意的地方，那事情就有点难办了 #建造一个mmcif解析器 from Bio.PDB.MMCIFParser import MMCIFParser...357个 #（水，ligand也算残基（biopython说法应该是异质残基）） len(structure[0]['A']) #判断一个残基是否位为紊乱残基 for i in structure[0]...MSE het=H_MSE resseq=63 icode= > 1 1 #查看一些细节，pymol也可以，更加直观 #基本到残基这个级别剩下的足够自己操作以及解决了

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PDB文件说明

PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即PDBID，文件的扩展名为.pdb。...PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即PDBID，文件的扩展名为.pdb。...实际分子模拟中往往重新定义电荷, 故此列往往不用. VMD写出的PDB文件中无此列....根据PDB标准, TER记录标识了分子链的结束. 文件中如果缺失了TER记录, 应该插入它们. 或者, 作为替代方法, 对每条链使用不同的链标识符....由于蛋白质分子表面残基的运动性比较大, B因子相对较高, 所以在统计中除去了这部分残基, 具体方法是将数据中B因子高的残基去掉10%, 对剩下的残基进行统计, 计算平均值.

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linux中对.jar文件的配置文件进行修改

第一步，进入你的.jar的当前文件夹 cd xxx 第二步，编辑你指定的 .jar 文件编辑之前请先备份 cp xxx.jar xxx-1.2.jar 输入编辑命令 vim xxx.jar...第三步，找到你要编辑的文件输入命令进入vi模式（esc :） ..../xxxx(搜索你指定的文件) 直接回车找到你的文件找到之后再次回车进入编辑的文件编辑完 wq 退出第四步重新启动项目 java -jar xxx.jar

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分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

导入刚才下载的复合物PDB文件（1e8y.pdb）。注意：有两种方法导入文件，一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…，另一种是通过命令行。...如果是从PDB网站上下载蛋白，如 1e8y.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白，点击菜单栏中的 File->Get PDB，或者通过fetch 命令下载，这在前面有介绍。...sphere surface mesh dots ribbon 等模式 H：Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏 L：Label 显示object中残基、原子等名称或者属性 C：Color...对Object 进行着色知道这些，里面的内容多试试几次就知道怎么回事啦。...然后鼠标选中对接的残基 ? 同样将残基改一个名字，我这里是rr。在p中的H点击sticks，将蛋白的棍状结构隐藏起来。 ? 然后是在rr中选择S里面的sticks，单独显示残基的棍状结构。 ?

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Linux下如何对目录中的文件进行统计

统计目录中的文件数量统计目录中文件的最简单方法是使用ls每行列出一个文件，并将输出通过管道符传递给wc计算数量： [root@localhost ~]# ls -1U /etc |wc -l 执行上面的...-1选项表示每行列出一个文件， -U告诉ls不对输出进行排序，这使的执行速度更快。ls -1U命令不计算隐藏文件。...为了更好地控制列出的文件，使用 find命令而不是 ls: [root@localhost ~]# find /etc -maxdepth 1 -type f |wc -l -type f选项告诉find...递归统计目录中的文件如果想要统计目录中的文件数量，并包括子目录中的，可以使用 find命令： [root@localhost ~]# find /etc -type f|wc -l 用来统计文件的另一个命令是...总结在本文中，将展示几种查找Linux目录中的文件数量的不同方法。

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用Python学生信

intersection 先对triple_set中的、b进行操作， #得到的结果再与c用 intersection 函数运算，最后得到一个结果。...：文件打不开 SyntaxError：语法错误 NameError：名称无法识别 10第13章使用外部模块：R语言的Python调用接口本章主要介绍了一下rpy2的使用方法，因为版本原因，我没安装上这个包...https://biopython.org/wiki/Documentation 14第19章使用序列数据 19.2 将一条DNA编码序列翻译成对应的蛋白质序列，并把它写入FASTA文件 #代码有所改变...Bio import ExPASy from Bio import SeqIO #下述代码只能同时对一个SwissProt的AC进行处理， handle = ExPASy.get_sprot_raw...21.2 从PDB文件中提取原子名及其三维坐标 #Bio.PDB包可用来从网络上检索大分子结构，读写PDB文件，计算原子间的距离和角度，叠加结构。

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蛋白组学—两个蛋白质之间的分子对接

，点击Entry编号，uniprot中可以直接跳转PDB数据库https://www.rcsb.org/（也可以复制编号，直接去PDB数据库中去检索），同理下载SLPI的最佳蛋白质结构。...链B和链D：在PDB结构文件4DOQ中，SLPI蛋白有两个链，分别标记为链B和链D。每个链也包含了SLPI的部分序列，从第85到131位氨基酸。...3 使用HDOCK进行蛋白质之间的分子对接使用HDOCK（http://hdock.phys.hust.edu.cn/）进行分子对接，作业提交后等待，页面会10秒刷新一次，可以收藏页面，作业完成后直接进入相同页面查看结果即可...问2:把model的pdb文件导入pymol中，可以在pymol中显示结合能吗？在PyMOL中，无法直接显示结合能。...4 PYMOL中的可视化操作将model1的pdb文件导入PYMOL中进行可视化操作参考教程：https://www.bilibili.com/video/BV1FZyMYGEMF/?

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蛋白质基础组成结构

Xponge的安装和使用 Xponge是一款基于python开发的可以用于蛋白质建模的软件，可以用pip进行安装和管理： $ python3 -m pip install xponge --upgrade...(ACE+ALA*10+NME,'multi_ALA.pdb') 生成的pdb文件，用vmd打开之后显示如下：使用还是非常的方便。...实际分子模拟中往往重新定义电荷, 故此列往往不用. VMD写出的PDB文件中无此列. 这个格式里面有一个比较坑的点是，atom_name占位符长度会影响对齐位置。...（原子名称），res_names（残基/氨基酸名称），res_ids（残基位置编号）这几个参数，就可以生成一个符合格式要求的pdb文件。...总结概要本文通过对Xponge+VMD的工具对蛋白质进行建模，然后总结了20种氨基酸的具体信息，也就是蛋白质的基本组成单元。通过对这些氨基酸的组合，就可以得到一个具有生物活性的蛋白质。

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使用 Python 对波形中的数组进行排序

在本文中，我们将学习一个 python 程序来对波形中的数组进行排序。假设我们采用了一个未排序的输入数组。我们现在将对波形中的输入数组进行排序。...− 创建一个函数，通过接受输入数组和数组长度作为参数来对波形中的数组进行排序。使用 sort（）函数（按升序/降序对列表进行排序）按升序对输入数组进行排序。...使用 for 循环遍历直到数组长度（步骤=2）使用“，”运算符交换相邻元素，即当前元素及其下一个元素。创建一个变量来存储输入数组。使用 len（）函数（返回对象中的项数）获取输入数组的长度。...例以下程序使用 python 内置 sort（）函数对波形中的输入数组进行排序 − # creating a function to sort the array in waveform by accepting...结论在本文中，我们学习了如何使用两种不同的方法对给定的波形阵列进行排序。与第一种方法相比，O（log N）时间复杂度降低的新逻辑是我们用来降低时间复杂度的逻辑。

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Spring Boot使用 jasypt 对配置文件中敏感信息进行加密

日常使用中，数据库、redis、kafka等信息一般会配在配置文件中，而且以明文的方式，这样就很不安全，容易造成重要信息的泄露。正好之前我们做新加坡的时候用到 jasypt 进行加密存储。...input：要加密的信息如图所示，私钥为123456，lixj 加密后的密文为：resHmHRaVO6d7CcyJLHv8Q== 如果不喜欢可以执行多次，每次生成的密文都不一样。...3、配置将加密后的信息配置在配置文件，使用 ENC 关键字。...System.out.println(decrypt("9HhTbI9i6bh7D2tAVDYblA==", "123456")); } } Copyright: 采用知识共享署名4.0 国际许可协议进行许可...Links: https://lixj.fun/archives/springboot使用jasypt对配置文件中敏感信息进行加密

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Biopython | 介绍和安装

基本上，Biopython是python模块的集合，这些模块提供处理DNA，RNA和蛋白质序列操作的功能，例如DNA字符串的反向互补，寻找蛋白质序列中的基序等。...高质量，可重用的模块和脚本。可在集群代码，PDB，NaiveBayes和Markov模型中使用的快速数组操作。基因组数据分析。 (3)....好处 Biopython只需很少的代码，并具有以下优点 - 提供用于聚类的微阵列数据类型。读取和写入Tree-View类型的文件。支持用于PDB解析，表示和分析的结构数据。...支持在Medline应用程序中使用的日记数据。支持BioSQL数据库，该数据库是所有生物信息学项目中广泛使用的标准数据库。...样本案例研究让我们来看看一些用例(种群遗传学，RNA结构等)，并尝试了解Biopython在该领域如何发挥重要作用：人口遗传学种群遗传学是对种群内遗传变异的研究，涉及对种群中基因和等位基因频率随时间和空间变化的检查和建模

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biopython简介

对常用的文件格式，比如fasta, blast等，进行读写 2. 对blast, clustalw等常用软件的集成 3....对NCBI, SwissPort, PDB等常用生物信息学数据库的检索和解析 4. 进化树的构建 5....基因组数据的可视化 biopython采用了面向对象的开发模式，将各个功能封装成了不同的class。学习biopython, 就是对不同class及其方法的学习过程。...Bio.SeqRecord, 提供了SeqRecord类，包含了序列的注释信息，比如fasta文件中的序列标识符 3....Bio.PDB, 提供了PDB数据库的接口，可以查询，检索，下载，解析数据库中的内容 9. Bio.Phylo, 提供了查看系统发育树和可视化的各种方法 10.

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氨基酸分子结构和原子命名

PDB文件时，我们会发现其中每一个原子在所处的残基内的命名都是唯一的。...那么这就是丙氨酸的所有重原子在PDB文件中的命名，如下图是一个含有丙氨酸的蛋白质的PDB文件。...并且，这种加数字编号的方法对于重原子也是同样适用的，比如下图所示的色氨酸：同样的方法我们可以找到氮基碳原子和位的氧基碳原子，这样我们就可以按照连接的远近关系对其中的重原子进行命名。...那么综合下来，我们将会得到的重原子的命名就是："C,N,O,CA,CB,CG,CD1,CD2,NE1,CE2,CE3,CZ2,CZ3,CH2"，下图是一个真实蛋白质PDB文件中的色氨酸的命名：总结概要...PDB格式的文件是最常用于存储蛋白质构象的一种，其中也是以各个氨基酸(残基)为基本单位，在氨基酸内部对原子进行唯一性的命名。

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. | 用于查找和注释蛋白质结构以进行计算分析

PDBminer为用户提供信息，如目标蛋白质结构所覆盖的氨基酸范围（不论PDB文件中的编号如何）、蛋白质结构本身的质量信息、与其他蛋白、核酸链和配体的复合物细节等信息。...对于配置文件或命令行中的每个UniProt访问号，PDBminer使用3D-Beacons数据库或PDBe来识别与特定蛋白质相关的所有PDB结构，并访问其元数据。...图 2 PDBminer根据元数据对可用的PDB或AlphaFold结构进行排名。AlphaFold模型始终排在第一位，以便与实验结构进行容易的比较。其余结构随后根据以前发布的最佳结果进行排名。...排名使用的实验方法按以下顺序：X射线晶体学、Cryo-EM、NMR，然后是其他较少使用的方法，如中子衍射和纤维衍射。这些信息都可在输出文件中找到，允许用户根据需要进行筛选。...此外，PDB文件中编码的蛋白质序列与UniProt序列的任何差异都以红色突出显示，便于检查突变的存在。

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autodock分子对接结果分析_分子对接公司

、34p、19a、34a，PDB编号是5T4H、5T4F、5T4E、5T4B。...使用VMD中的File->Save Coordinates中的“resname 小分子名称”，将ligand小分子分别拆出来，生成75N.pdb、75L.pdb、75M.pdb、75J.pdb文件，由于蛋白质是由对称的两条链...二、预处理：准备配体分子使用Ligand下拉菜单中的Torsion Tree一系列工具，设置配体分子的可扭转键，保存配体分子。...三、预处理：准备柔性残基文件首先，在PDB中找到配体结合位点附近的氨基酸，点击Binding Pocket(JSmol)即可查看图表 2 Binding Pocket(JSmol)...PDBQT保存刚性残基文件。

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读懂蛋白质PDB文件

这里，我转载一篇网上看到的关于PDB文件内记号说明的文章，希望对大家有用！教你读懂蛋白质的PDB文件 HETATM 非标准基团原子坐标，这个是PDB数据库原子坐标的一种记录格式。...CONECT(原子间的连通性有关记录) 九簿记 1 MASTER (版权拥有者) 2 END(文件结束) PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的意义很多人并不是很了解...从网上搜集了一些文章，结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释： REMARK 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。...如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。...由于蛋白质分子表面残基的运动性比较大, B 因子相对较高, 所以在统计中除去了这部分残基，具体方法是将数据中B 因子高的残基去掉10 % ,对剩下的残基进行统计,计算平均值。

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蛋白质数据库及其结构预测攻略

PDB文件是一堆数字字母，那是每个原子的坐标，一般用用可视化软件VMD打开，免费的，这里不作具体说明。 2....根据PDB编号搜索，可以获得各层次具体的结构分类信息以及各种结构相关分析信息、聚类分析。 ?...2.3结构分类数据库SCOP2 在搜集、整理、分析PDB数据中已知的蛋白质三维结构的基础上，详细描述了一直结构的蛋白质在结构、进化事件与功能类型三个方面的关系，主要依赖人工验证。 ?...结果页面：（1）预测的二级结构（2）预测的残基可溶性（高度暴露的表面残基：9，深埋的内部残基0）（3）建模使用的模版及多序列比对。...五、三级结构模型质量评估模型预测出来后需要有3个评估软件认为合格才能用，下载PDB文件，提交到测评软件。

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Python每日一谈｜No.15.模块(包)的安装

上一谈中我们使用了Python自带的包进行使用来阐述这一部分，我们来看看第三方python包，如何安装，如何使用以BioPython为例，难度低，用途比较广 biopython网站：https:...下面来看下离线状态下如何安装python的第三方包首先，我们要找到软件的官网然后下载其文件：http://biopython.org/DIST/biopython-1.78.zip 下载完成后...使用详细使用的话需要查看其原文档以及手册 http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec3 我们这里的使用以3D模块为例：http...://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec178 我们需要下载这个文件1fat.cif：http://files.rcsb.org/download...下面是biopython中对于结构的解析 ?

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不是原配也可以-对接非原生配体

重复上述步骤执行docking 获取nelfinavir.pdb：为教程提供的pdb文件(可从1OHR.pdb获得) 按照上述步骤对配体文件进行预处理获得pdbqt格式文件。...评估docking结果对这个例子来讲，PDB中存在nelfinavir与HIV-1蛋白酶的晶体结构(1OHR)，可以作为金标准来检测docking的准确性。...展示PDB文件中的蛋白结合的化合物提取1OHR中的nelfinavir (残基为1UN)，运行PyMOL> select nelfinavir, 1OHR and resn 1UN；在对象面板更改其展示方式...前面提到，PDB结构中不包含原子的局部电荷信息，而这对静电力场的计算是很重要的。因此我们需要给PDB文件中增加这一数据。...在Windows下，APBS直接下载使用默认的安装目录安装即可；pdb2pqr解压缩到C:\pdb2pqr; 路径中不能有空格。

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