使用auto_alt_ref将Alpha格式的.mov转换为alpha格式的.webm格式时，出现“透明编码不起作用”错误

是由于WebM编码器在处理Alpha通道时遇到了问题。WebM是一种开放的多媒体容器格式，支持音频、视频和图像，并且可以包含Alpha通道，用于实现透明效果。

在这种情况下，建议尝试以下解决方案：

1. 检查编码器版本：确保使用的WebM编码器是最新版本，以确保修复了可能存在的问题。可以参考相关厂商的官方网站或开源社区获取最新版本的编码器。
2. 检查输入文件格式：确保输入的.mov文件是正确的Alpha格式，并且Alpha通道已正确设置。可以使用专业的视频编辑软件或转码工具来验证和调整输入文件的Alpha通道设置。
3. 调整编码参数：尝试调整编码器的参数，特别是与Alpha通道相关的参数。可以尝试不同的编码模式、压缩比特率、帧率等参数来解决问题。
4. 使用其他编码器：如果问题仍然存在，可以尝试使用其他的WebM编码器或转码工具来处理.mov文件。不同的编码器可能具有不同的实现方式，可能会避免或解决这个错误。

总之，解决“透明编码不起作用”错误需要综合考虑编码器版本、输入文件格式和编码参数等因素。根据具体情况，可以尝试不同的解决方案来解决这个问题。