我需要在一个单独的文件夹中编写字典的每个元素，稍后将由snakemake中的其他规则集使用。我写的代码如下，但它不能工作！} > {output.RNAGeneParams} """InputFunctionException in line 14 of /$/
浏览 4提问于2018-02-10得票数 1
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我正在尝试运行snakemake规则，如下所示，但是我得到了InputFunctionException和KeyError。在使用lambda通配符时，是什么导致了这样的错误？
浏览 8提问于2022-09-27得票数 0
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}.bam的文件
vcf-concat file1.vcfinput.bam} -reference && \并使用相同的</em
浏览 3提问于2018-03-30得票数 2
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在我的例子中，输入和输出文件的名称没有模式，所以我使用了一个dict将输出映射到输入文件，然后在函数中使用这个dict作为输入。下面是Snakemake文件的代码： in_files = ['in_a', 'in_b'] shell:
'&#x
浏览 65提问于2019-10-02得票数 2
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我创建了这样的规则： input:我在另一条规则中发现了这个奇怪的结果：
snakemake --configfile exome.
浏览 0提问于2017-09-19得票数 0
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在检查演练时，我遇到了foloowing错误 InputFunctionException in line 172 of /home/Snakefile_ChIPseq_pe:Wildcards:
library=130241_1 这是snakemake代码的一部分。此外，库的名称类似于12345_1,12345_2等，以前从未遇到过这个问题，但是我第一次有了名称中带有“下划线”的库。Snakemake将首先尝试将给定值解
浏览 15提问于2019-05-19得票数 0
在展开规则中的变量之后添加.g.vcf而不是.vcf，就是将.g添加到另一个模块中的通配符中。stuff}.g.vcf {stuff}_var"+".g.vcf"全部失败，但{ but }.gvcf或{but}.vcf工作InputFunctionException: KeyError：'Mother.g‘通配符: lane=Mother.gLANES = conf
浏览 3提问于2019-07-01得票数 2
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我想使用gatk重新校准使用配对样本(肿瘤和正常)。我需要用熊猫来分析数据。这就是我所扭曲的。wildcard.tumor} -I {wildcard.normal} -known {params.ph1_indels} "我有一个错误：
InputFunctionExceptionin line 17 of /home/maurizio/Desktop/TEST_exome
浏览 4提问于2017-09-19得票数 0
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我一直在使用函数为我的第一个Snakemake规则定义输入文件，从一个样本数据中识别成对的fastq文件。这个效果很好。scripts_dir]}trim_reads.sh {input.p1} {input.p2} {output.trim1} {output.trim2} &>> {log}'
但是，当我在新规则中使用相同的输入函数时}reads_output.sh {input.p1} {input.p2} {input.kr1} {output.reads_stats
浏览 12提问于2022-03-18得票数 0
我正在创建一个管道，使用snakemake在纳米孔测序数据中调用甲基化。我已经使用--dryrun选项运行了snakenake，并且成功地构建了dag。Job counts: 1 combine_tech_repsInputFunctionException in line 32 of /home中的规则combine_tech_reps。(我在这里只展示了我的snakefile的第一部分) from snakemak
浏览 34提问于2020-09-09得票数 0
主编辑：由于评论和编写了一个最小的可重复示例来帮助我的助手修复了几个问题，我将问题缩小到本地执行和使用DRMAA之间的区别。当我使用DRMAA运行管道时，我得到以下错误：注意:我使用snakemake版本5.19.2
提前感谢！使用--verbose选项编辑，Snakemake似乎被定义在“drmaa”配置文件中的'default-resour
浏览 3提问于2020-06-11得票数 1
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尝试正确地使用展开和压缩来展开两个用于定义输出规则的列表会导致新的通配符，我认为这些通配符是不会被定义的 BASES = ['wt_base', 'wt', 'wt_base_ars', 'F210i_baseInputFunctionException in line 81 of /SAN/vyplab/alb_projects/pipelines/splicing/rule
浏览 21提问于2019-09-02得票数 0
我正在尝试处理我的新闻提要程序中的KeyError/AttributeError，它解析了Yahoo！资助RSS并在Tkinter中输出关键数据。但是，我知道它排除了错误，因为我编写了一条简单的打印消息.任何对我做错事的建议或批评都是很棒的。谢谢你抽出时间，这是我的代码：
def parse_company_feed(news_feed_messag
浏览 1提问于2016-07-25得票数 0
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an example: %s" % repr(test_string))但KeyError: This is an example: 'this is a \\\\test'
(注意四个反斜杠
浏览 0提问于2015-12-02得票数 4
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lizards/test_data/sandbox/snake/logs/test_10l_boot1_maker.log wildcards: run=boot1
KeyError</
浏览 3提问于2017-11-07得票数 0
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如果返回值为None，我想引发一个KeyError异常，但下面抛出一个SyntaxError: invalid syntax异常。try:except KeyError:让它工作的简单方法是什么？
浏览 1提问于2010-12-23得票数 8
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我尝试使用pandas来读取每个测试文件夹中的"Data.csv“文件。有多个名为"Test“的文件夹(Test1、Test2、Test3等)。这些测试文件夹中有一个名为"ArchivedFiles.zip“的压缩文件，其中包含Data.csv。但是，如果其中一个测试文件夹没有"Data.csv“文件，我就无法运行此代码。以下是我尝试处理它的方式： for x in Test: zf = zipfil
浏览 15提问于2020-11-02得票数 1
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我正在尝试编写一个单元测试，用于验证在向字典传递错误键时是否创建了KeyError。%s does not exist, exiting." % conn_name) raise
我已经寻找并发现了使用lambda的KeyError测试，但我没有太多的运气。这是我到目前为止所做的测试，但它与实际的KeyError有错误。BadConnection")
浏览 1提问于2014-06-20得票数 16
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我正在通过空闲使用Python3.3。在运行如下代码时：它的产出如下： File"test.py", line 4, in <module>KeyError: 'This i
浏览 0提问于2017-10-23得票数 10
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codeparse = parse["code"]except KeyError:
getcode = parse["code"] 我知道的都试过了。
浏览 38提问于2021-06-27得票数 1
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