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bioRxiv | 生物学见解知识图谱(BIKG）助力药物开发

本文描述的Biological Insights Knowledge Graph (BIKG)：阿斯利康的一个项目。其旨在构建一个结合公共和内部数据的知识图谱，以推进使用机器学习来进行知识发现的研究。...BIKG整合了来自多种数据源的数据，包括ChEMBL或Ensembl等公共数据库、使用自然语言处理 (NLP) 技术从全文出版物中提取的信息，以及作为阿斯利康药物开发过程和生物实验的一部分收集的各种专有数据集...使用NLP技术从自由文本来源（如PubMed中的科学文献）中提取的大规模关系丰富了图的内容。就数量而言，NLP提取的数据构成了图的最大组成部分（约80%的图的边）。 用户贡献的数据。...其后端由一个定制的Elasticsearch索引提供支持，该索引将BIKG节点捕获为一组多字段文档，支持分面模糊关键字检索。浏览器索引提供了一个GraphQL API，支持对节点和边进行描述性查询。...这个GraphQL API既为web UI服务，也让终端用户能够直接从脚本中检索数据。 图4.

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GCC图神经网络预训练概述

Steps Ideally, given a (diverse) set of input graphs, such as the Facebook social graph and the DBLP...主要思想: 预训练的想法是使用预训练的模型作为一个良好的初始化，对未见数据集上的(不同的)任务进行微调。对比学习是另一种观点。这里有三个关键步骤。...将预训练作为实例识别，从多个输入图中获取通用的、可转移的结构模式 3.GCC框架的提出 4. 实验 要求: (1)结构相似性，它将具有相似局部网络拓扑的顶点映射到向量空间中。...,如在美国机场节点分类图。...算法相比: RolX Panther++ GraphWave 一些想法: 结合属性 BERT-GRAPH 去除带有噪声的节点 将节点聚合为一个新实例 更多关于预培训的论文: Strategies

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    还原Facebook数据泄漏事件始末，用户信息到底是如何被第三方获取的？

    这里有一份官方指南，本指南演示了从 Facebook 获取信息，并使用 Graph API 将信息发布到 Facebook 平台上的相关知识。...先决条件 登录 Facebook 账户 在单独的窗口中打开 Graph API Explorer 概述 Graph API Explorer 是一款应用程序，能够让你探索 Facebook 的社交图谱。...访问行为概述 你的所有访问请求都必须包括如下三个操作： 访问行为：POST，GET，DELETE 包含 Graph AP version ，节点，字段，边等的路径 具有所需权限的访问令牌 从 Facebook...添加新字段：如果你是 Graph API 的新手，那么可能对一些用户节点字段不太熟悉。 你可以在节点面板中单击 Search for a field 的+按钮来查看并选择新的字段。...在请求路径中从GET切换到POST。 将你的请求设置为：POST / me / feed 点击查询框下方的添加字段链接。 从Graph API Explorer中添加内容为Hello的消息字段！

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    构造、读取、调试，带你系统探究 ONNX 模型

    ，选择性包含 email字段。...而 graph 包含一个乘法节点、一个加法节点、三个输入张量 a, x, b 以及一个输出张量 output。在下一节里，我们会用 API 构造出这个模型，并输出这段结果。...如果我们把 a, x, b 中的某个输入节点从计算图中拿出（这个操作会在之后的代码中介绍），或者把 Mul 的输出从 c 改成 d，则最终的 ONNX 模型都是不满足标准的。...直观地来看，子模型提取就是把输入边到输出边之间的全部节点都取出来。那么，这个功能在使用上有什么限制呢？基于 whole_model.onnx, 我们来看一看三个子模型提取的示例。...之后把图的所有有向边反向，从输出边开始遍历节点，碰到输入边则停止，把这样遍历得到的节点做为子模型的节点。

    5.1K11

    Facebook社交网络R语言分析

    本文将基于facebook的好友关系数据，研究用户分布规律，并提供简单的好友推荐算法。...每行一组数据，共四个字段 第一字段：用户ID1 第二字段：用户ID2 第三字段：用途不明 第四字段：好友关系建立时间，多数为0，数据缺失 % sym unweighted...数据清洗 需要从原始数据中清除这些： 以%开头的注释行 不明用途的第三字段 数据缺失的第四字段 # 利用linux命令sed，awk完成数据清洗cat facebook-wosn-links.txt...(friends.graph, steps=10)# 返回每个节点的分组结果V(friends.graph)$sg = friends.com$membership# 按照分组结果赋予节点不同的颜色V(...从图上看出，有3个节点的betweenness值明显高于其他节点，因此我们可以选取betweenness值500为阙值将这3个节点在图上标明出来 V(friends.graph)$size = 5V(friends.graph

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    SNA社交网络R语言分析

    每行一组数据，共四个字段 第一字段：用户ID1 第二字段：用户ID2 第三字段：用途不明 第四字段：好友关系建立时间，多数为0，数据缺失 % sym unweighted...数据清洗 需要从原始数据中清除这些： 以%开头的注释行 不明用途的第三字段 数据缺失的第四字段 # 利用linux命令sed，awk完成数据清洗 cat facebook-wosn-links.txt...(friends.graph, steps=10) # 返回每个节点的分组结果 V(friends.graph)$sg = friends.com$membership # 按照分组结果赋予节点不同的颜色...，该值越高，则表明该节点作为中间节点的作用越强 ?...从图上看出，有3个节点的betweenness值明显高于其他节点，因此我们可以选取betweenness值500为阙值将这3个节点在图上标明出来 V(friends.graph)$size = 5 V(

    1.4K30

    干货 | 万字长文全面解析GraphQL，携程微服务背景下的前后端数据交互方案

    而 JSON 是一个 key-value pair 风格的数据表示，因此可以从结果倒推出查询语句。 ? 上图是一个查询结果。很显然，它的查询语句不可能包含 value 部分。...下图是一个 Graph 的结构示意图。 ? 而 Graph 里的节点之间，可能存在不只一种连接路径，可能存在循环，可能存在递归引用，可能没有 Root 节点。它们组成了一个网络结构。...Query 里返回跟字段名一样的字母，任何子节点的数据，都是拼接父节点的字母串。如此我们可以从查询结果看出数据流动的层次。 查询结果如下： ?...放到 Facebook 的社交网络场景下，其必要性和价值就凸显了。 假设我们要一次性获取用户的好友的好友的好友的好友的好友，基于 RESTful API 我们有什么特别好的方法吗？很难说。...如你所见，只要构建出了 Graph 结构的数据网络，它不像 Tree 那样有唯一的 Root 节点。从任意入口出发，它都可以通过关联路径，不断的衍生出数据，得到 JSON 结果。

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    GraphQL-BFF：微服务背景下的前后端数据交互方案

    而 JSON 是一个 key-value pair 风格的数据表示，因此可以从结果倒推出查询语句。 ? 上图是一个查询结果。很显然，它的查询语句不可能包含 value 部分。...下图是一个 Graph 的结构示意图。 ? 而 Graph 里的节点之间，可能存在不只一种连接路径，可能存在循环，可能存在递归引用，可能没有 Root 节点。它们组成了一个网络结构。...Query 里返回跟字段名一样的字母，任何子节点的数据，都是拼接父节点的字母串。如此我们可以从查询结果看出数据流动的层次。 查询结果如下： ?...放到 Facebook 的社交网络场景下，其必要性和价值就凸显了。 假设我们要一次性获取用户的好友的好友的好友的好友的好友，基于 RESTful API 我们有什么特别好的方法吗？很难说。...如你所见，只要构建出了 Graph 结构的数据网络，它不像 Tree 那样有唯一的 Root 节点。从任意入口出发，它都可以通过关联路径，不断的衍生出数据，得到 JSON 结果。

    1.8K20

    GraphQL-BFF：微服务背景下的前后端数据交互方案

    而 JSON 是一个 key-value pair 风格的数据表示，因此可以从结果倒推出查询语句。 ? 上图是一个查询结果。很显然，它的查询语句不可能包含 value 部分。...下图是一个 Graph 的结构示意图。 ? 而 Graph 里的节点之间，可能存在不只一种连接路径，可能存在循环，可能存在递归引用，可能没有 Root 节点。它们组成了一个网络结构。...Query 里返回跟字段名一样的字母，任何子节点的数据，都是拼接父节点的字母串。如此我们可以从查询结果看出数据流动的层次。 查询结果如下： ?...放到 Facebook 的社交网络场景下，其必要性和价值就凸显了。 假设我们要一次性获取用户的好友的好友的好友的好友的好友，基于 RESTful API 我们有什么特别好的方法吗？很难说。...如你所见，只要构建出了 Graph 结构的数据网络，它不像 Tree 那样有唯一的 Root 节点。从任意入口出发，它都可以通过关联路径，不断的衍生出数据，得到 JSON 结果。

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    利用graph.facebook.com中的反射型XSS实现Facebook账户劫持

    本文分享的是graph.facebook.com中存在的反射型XSS漏洞，攻击者利用该漏洞可以构造恶意链接引诱受害者访问，添加账户绑定邮箱或手机号，从而实现对受害者Facebook账户的劫持。...漏洞情况 该漏洞只在IE和Edge浏览器中有效，漏洞原因在于graph.facebook.com中的某些API端点，在处理HTML代码响应时未实施完善安全的转义措施。...响应消息存在于JSON格式中，HTML代码被当做其中一个字段的值也包含在内，而且响应消息不附带Content-Type 或 X-Content-Type-Options头，这样我就能有机会在IE/Edge...漏洞复现 1、首先，我们发送以下上传方式的POST请求： POST /app/uploads Host: graph.facebook.com access_token=ACCESS_TOKEN&file_length.../api/graphql/发送一个添加手机号或邮箱地址的绑定请求，实现间接的受害者账户劫持。

    1.2K20

    数据血缘分析-Python代码的智能解析

    从而帮助开发人员更好地认识和理解业务系统业务与底层表关系、底层表的表间关系，理清当前数据（字段、关键指标或者数据标签）从哪里来、到哪里去，搞清楚哪些下游系统在使用这些数据。...因此我们就可以利用这个原理，通过代码解析自动提取代码中的关键信息，例如代码 引用了哪些外部函数，进一步调用了哪些数据脚本 SQL语句使用了哪个数据源，查询了哪些表，更新了哪些字段 处理逻辑中对字段做了哪些衍生操作.../article/details/110831176 一般来说pyFlakes是用cmd命令来执行，但是我们这里为了了解其运行机制，使用python的方式来调用其API函数，方便使用debug的方式跟踪程序...= sys.exc_info()[1] msg = value.args[0] (lineno, offset, text) = value.lineno, value.offset...这里我们自定义一个解析sql代码的函数，能够自动提取其用到的表名和字段名。

    2.3K41

    开源项目赋能利器 | 衡量社区指标

    Value工作组创建度量标准，用于确定项目在软件项目之外改善人们生活的程度、项目对用户或献者的价值程度以及项目从组织角度来看具有货币价值的程度看法。...此外，Kubernetes 和 TARS等一众开源项目都在使用LFX Insights工具来分析他们的社区。...此外，在LFX Insights中，开源项目可以提取各种指标。从源代码存储库中可以看到诸如commits总数和贡献者的数量、贡献者的数量、commit的最多的贡献者以及对项目做出主要贡献的公司等指标。...Pull request (PR) 则可以从 Gerrit 和 GitHub 等许多工具中提取。与commits类似，PR 的数据可按贡献者和公司来计算。...除此之外，LFX Insights 允许项目从不同的通信渠道（如邮件列表、Slack 和 Twitter）收集通信和协作信息。 使用 LFX Insights 时，项目也会有不同的目标。

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    深度学习——你需要了解的八大开源框架

    导读：深度学习（Deep Learning）是机器学习中一种基于对数据进行表征学习的方法，深度学习的好处是用非监督式或半监督式的特征学习、分层特征提取高效算法来替代手工获取特征（feature）。...TensorFlow灵活的架构可以部署在一个或多个CPU、GPU的台式以及服务器中，或者使用单一的API应用在移动设备中。...Data Flow Graph: 使用有向图的节点和边共同描述数学计算。graph中的nodes代表数学操作，也可以表示数据输入输出的端点。...边表示节点之间的关系，传递操作之间互相使用的多位数组（tensors），tensor在graph中流动——这也就是TensorFlow名字的由来。...一旦节点相连的边传来了数据流，节点就被分配到计算设备上异步的（节点间）、并行的（节点内）执行。 ?

    1.7K61

    高级技术文章：使用 Kotlin 和 Unirest 构建高效的 Facebook 图像爬虫

    Facebook 作为全球最大的社交平台之一，拥有海量的用户生成内容。本文旨在指导开发者如何通过编程手段，合法合规地从 Facebook 获取图像数据，以支持研究和商业分析。...Facebook API 请求我们将使用 Facebook 的 Graph API 来搜索和获取图像。首先，构建一个 GET 请求，包括必要的搜索参数和 access_token：3....Facebook的官方API获取图像 val apiUrl = "https://graph.facebook.com/v13.0/search?...API 限制：遵守 Facebook API 的使用限制，避免频繁请求导致服务拒绝。错误处理：在实际应用中，应增加更全面的错误处理和日志记录机制。...数据合规性：确保数据的使用符合 Facebook 的政策和相关法律法规。结论本文详细介绍了如何使用 Kotlin 和 Unirest 构建一个高效的 Facebook 图像爬虫。

    40000

    复杂性思维第二版 四、无标度网络

    在本节中，我们将使用不同的数据集，Facebook 用户及其朋友的数据集，来进行相同的分析。...具体来说，我将使用他们的 Facebook 数据集 [1]，其中包括 4039 个用户和 88,234 个朋友关系。该数据集位于本书的仓库中，但也可以从 SNAP 网站上获取。 [1] J....我们将首先使用它；然后我会告诉你它的工作原理。 ba = nx.barabasi_albert_graph(n=4039, k=22) 参数是n要生成的节点数量，k是每个节点添加到图形时的起始边数。...度的标准差为 40.9，略低于数据集 52.4，但比我们从 WS 图得到的数值好 1.5 倍。 图（？）以双对数刻度展示了 Facebook 网络和 BA 模型的度的分布。...阅读该函数的文档，看看是否可以使用它来生成一个图，节点数、度的均值和群聚系数与 Facebook 数据集相同。与实际分布相比较，模型中的度的分布如何？

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    ONNX 模型分析与使用

    1.1 为什么使用通用 IR 现在很多的深度学习框架提供的功能都是类似的，但是在 API、计算图和 runtime 方面却是独立的，这就给 AI 开发者在不同平台部署不同模型带来了很多困难和挑战，ONNX...2.4 ONNX Graph 序列化图由一组元数据字段(metadata)，模型参数列表(a list of model parameters,)和计算节点列表组成(a list of computation...每个计算数据流图被构造为拓扑排序的节点列表，这些节点形成图形，其必须没有周期。每个节点代表对运营商的呼叫。每个节点具有零个或多个输入以及一个或多个输出。 图表(Graph)对象具有以下属性： ?...03 Python API 使用 3.1 加载模型 1....3.6 实用功能函数 函数 extract_model() 可以从 ONNX 模型中提取子模型，子模型由输入和输出张量的名称定义。

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