我只是在命令行上运行了psiblast，并将结果保存在my_output.xml中。我现在正在尝试使用Biopython解析xml文件，以便迭代每一轮psiblast生成的结果，但这给我带来了问题。blast_records:我得到的错误是： File "parse_psiblast_output.pyblast_record.rounds
A
浏览 15提问于2020-03-12得票数 1
我正在尝试创建一个python脚本，用户可以在其中键入他们的FASTA文件，然后该文件将使用Biopython进行解析。我正在努力让它工作。到目前为止，我的脚本是这样的：我希望提示用户键入他们的文件和它的扩展名，该文件应该用于与Biopython解析，以便打印输出。我还希望将打印输出发送到日志文件。任何帮
浏览 1提问于2018-12-03得票数 0
我有一个程序，在这个程序中，我获取一对非常大的多序列文件(>77,000个序列，每个序列平均长度约为1000 bp )，计算每个配对的单个元素之间的比对分数，并将该数字写入输出文件(稍后我将加载到excelTraceback (most recent call last): cycle(
浏览 2提问于2012-06-01得票数 0
我刚读过python/biopython，并尝试过使用以下的biopython进行爆炸： fasta_string = open("Cresult_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "nr", fasta_string)我想知道是否可以使用biopython运行。
浏览 1提问于2018-11-03得票数 0
回答已采纳
我正在研究一组生物序列，其中涉及ncbi-blast的使用。在使用python regex处理输出文件时，我需要一些帮助。包含多个输出(序列分析结果)的文本结果如下所示，
Length=1394评分E序列产生显着的对齐：sp|Q9S775|Sbjct 1Lambda K aα0.317 0.134 0.389 0.792 4.96<
浏览 0提问于2018-03-21得票数 1
回答已采纳
这个脚本解析fasta文件，它与ID一起工作，开头是一个>或不是。它还计算N50和L50等基因组指标，最后返回一个包含seq及其长度的dict。
非常感谢!
浏览 14提问于2022-06-21得票数 1
如何使用Python运行这些BLAT查询？
我知道有一种使用BLAT的方法，但我不确定BLAT。
浏览 1提问于2014-08-13得票数 0
可以为CDS特征输出基因位置吗?或者我需要自己解析' location‘或'complement’字段吗？else:将输出此功能在BioPython (请参阅)中是可能的，我可以在其中输出已经解析的位置(例如。开始= 687，结束= 3158)。
谢谢!
浏览 0提问于2015-09-23得票数 0
我刚刚开始使用Biopython，并且我正在尝试使用函数执行远程BLAST操作。一切似乎都在正常运行，但我无法检索到必要的输出结果。但是，在解析来自qblast的输出XML文件时，我看不到与此相对应的字段。我已经直接从BLAST输出中导出了XML文件，但它在那里也丢失了。
有没有可能在这个输出文件中完全丢失了如此重要的一段信息？有没有其他方法可以访问这些信息，或者我只能通过解析文本形式的输出文件来访问它？
浏览 10提问于2014-03-29得票数 1
2回答
文件：ATTTTttttGGGGgggggttttTTTTTTTTTATcggGGGGGGAATCGGGGGGATTT我正在构造一个函数来读取这种格式的文件。格式中嵌入了多个文件，用‘>’+名称分隔(例如'>1'，'>2')所以这看起来就像
name_list = ['>1','>2','>3&#
浏览 0提问于2013-02-13得票数 1
回答已采纳
我正在尝试解析数据库中的文件。
这些文件应该是EMBL格式的，但是有一些小的差异破坏了SeqIO.parse('foo.dat', 'embl')。是否有人成功地使用Biopython或其他Python库解析了这些文件？
浏览 1提问于2017-03-16得票数 0
回答已采纳
我正在尝试用Biopython解析一个fasta文件，使用下面的code.How我能解决这个错误吗？我使用的是windows7 OS，Python2.7和Biopython1.57。有什么建议请提出来。
浏览 0提问于2011-11-05得票数 1
回答已采纳
我想使用来阅读这些对齐以供以后的分析。我使用AlignIO.read(open('alignment.needle'),'emboss')，遵循中的说明，但我始终得到一个AssertionError。= ""示例对齐文件：
版本：
我怀疑这可能与我在实际进行对齐时一直收到的警告信
浏览 5提问于2013-11-23得票数 0
回答已采纳
1回答
我有一个fasta文件，我只想打印序列for line in f:它只打印第一行> NC_007970> NC_007970
GTTATTGTAGCTTACACTAAAGCATGGCACTGAAGTTGCCAAGATGGGTAATCAAAATACCCCAAAAACACAAAGATTTGGTCCTAACCTTACTGTTA
浏览 0提问于2013-12-12得票数 0
谁知道如何使用BIopython或BioJAVA从FTP ncbi中自动搜索和解析gbk文件。我在BIojava中搜索了实用程序，但没有找到任何实用程序。我也尝试过BioPython，下面是我的代码：Entrez.email = "test@yahoo.com"谢谢。
浏览 22提问于2014-03-14得票数 1
我可以成功地使用BioPython的AlignIO模块读取Nexus文件并生成序列和ID的列表。Biopython是否提供了一种从结点文件解析exset的方法？(理想情况下为整数列表)。我在文档中找不到一个提法。
浏览 2提问于2014-04-02得票数 0
2回答
验证蛋白质序列
、、
在某些情况下，我有一些字符不对应于蛋白质的序列。MRKSRFTEEQIAHALRQVDAGVPAAELCRKLGISEQTFYAWKKKYAGMGIAEMRRVKQLEDENRRLKTLVADLTLDKHMLQEVLRKKFUGAAGAGCUGGCUAUCCUCCAAAAGGCCGCGACAUACUUCGCGAAGCGCC..............................(((((((((((......[[[UGAAAUGAAGUAUGUCUUUAUUGAAAAA
浏览 1提问于2018-08-22得票数 2
回答已采纳
1回答
我需要使用biopython解析PDB文件，以便提取与α碳(CA)相关的每一行。下面是我使用的代码io = PDBIO()
structure_2 = parser.get_structure(
浏览 2提问于2018-11-01得票数 2
1回答
相关距离度量与平方误差和
、、、、
我找不到一种方法--学习，在K均值上使用相关距离度量--这对我的基因表达数据集是必要的。
但当我在互联网上搜索时，我发现了一个很好的图书馆： --它能够使用K上的相关距离度量--均值。然而，与scikit学习不同的是，我无法获得惯性/平方误差之和，因此我无法使用'Elbow方法‘选择K(集群)的最佳数目(只有一个选项可以得到“距离的簇内和”，而不是平方！)：。我如何做到这两点:使用相关距离度量和获得SSE？
浏览 4提问于2020-10-01得票数 1
回答已采纳
1回答
pip卸载-什么被删除了？
、、、、
我有一条使用生物工程的管道。我安装了一个不同的软件，它也使用了biopython，它覆盖了我现有的biopython版本，给了我最新的版本。我的一些管道现在不再工作了，我怀疑这是因为它们使用了以前的biopython管道中已经过时的元素，这些元素不再可以使用。C:\Users\u03132tk&
浏览 10提问于2022-08-18得票数 0
云服务器
ICP备案
实时音视频
云直播
对象存储
腾讯云开发者
