1 #include 2 3 typedef struct node{ 4 int data;//数据域 5 struct node * pNext;//指针域...,指向跟本身一样的数据类型（struct node） 6 }NODE,*PNODE;//NODE==struct node, 7 PNODE==struct node * 8 9 int main...(){ 10 return 0; 11 } 链表的分类: 单链表 双链表： 每一个节点有两个指针域，左边指针域指向前面的，右边指针域指向后面的 循环链表： 能通过任何一个节点找到其他所有的节点...，最后一个节点的指针域指向第一个节点 非循环链表
、路径、路径长度、结点的深度、树的深度 5.1.4 树的表示 1．树形表示法 树形表示法是一种图形化的表示方法，使用节点和边来表示树的结构。...每个节点代表树中的一个元素，而边表示节点之间的关系。这种表示方法可以直观地展示树的层次结构和节点之间的连接关系。...2．嵌套集合表示法 嵌套集合表示法使用集合的嵌套结构来表示树：每个集合代表一个节点，而集合中的元素表示该节点的子节点。通过嵌套的方式，可以表示出树的层次结构。...return 0; } 3．嵌套括号表示法 嵌套括号表示法使用括号来表示树的结构：每对括号代表一个节点，而括号内的内容表示该节点的子节点。...return 0; } 4．凹入表示法 凹入表示法使用缩进来表示树的结构：每个节点都在上一级节点的下方，并且比上一级节点缩进一定的距离。
数据可视化技术的基本思想是将数据库中每一个数据项作为单个图元元素表示，大量的数据集构成数据图像， 同时将数据的各个属性值以多维数据的形式表示，可以从不同的维度观察数据，从而对数据进行更深入的观察和分析。...图表库 C3 – 以 d3 为基础构建的可重用图表库 Chart.js – 带有 canvas 标签的图表 Chartist.js – 具有强大浏览器兼容能力的响应式图表 Dimple – 适用于业务分析的面向对象的...和 d3 以及 svg.js 共同发挥作用 Cytoscape.js – 由 Cytoscape 核心开发人员维护的用于绘制图形的 JavaScript 库....的 AngularJS 指令 dc.leaflet.js – 使用了 Leaflet 地图的 dc.js 图表 ember-dc – dc.js 的 Ember Component Wrappers（...，可分享的图表的工具 Gephi – 一个用于可视化和制作大型图表的开源平台 Lightning – 一个提供以API为基础的方式获取可再生，网络为基础的交互式可视化图表的数据可视化服务 RAW – 由
除了在线工具和R代码，今天带来的是网络绘制工具Cytoscape的一个插件ClueGO，支持200多个物种，支持数据库实时更新，支持多个注释数据集，支持多集合富集结果比较和网络图展示。...上传数据 可以粘贴基因的id、symbol等或从本地上传文件 (富集分析的基因集只需要基因名字)，我们以ClueGO的示例文件“CluePediaExampleFile_Th1RelatedGenes.txt...每个节点是代表性富集通路，节点的连线表示通路之间的共有的基因数，颜色表示该节点的富集情况分类(隶属于哪个功能组，颜色也可以和表格形式的的ClueGO结果对应)。 ? 结果导出为矢量图 ?...style选项可对网络的颜色，节点，网络等进行修改 ? 4. 多个数据集比较 同时导入2组或多组基因列表，可以进行比较分析。 ?...每个节点是代表性富集通路，节点的连线表示通路之间的共有的基因数，颜色表示该节点的富集情况分类，而两组单独的，综合的，共有的富集通路等均可在ClueGO results详细看到。 ? ? 5.
以下是一些常用的统计检验方法： 超几何检验（Hypergeometric test）： 这是一种用于测试特定基因集是否在两个列表的交集中过度表示的检验。...用户可以自定义节点和边的样式、颜色、标签等，以便更好地展示网络结构和功能。 网络分析： Cytoscape提供了许多网络分析工具，用于探索网络的拓扑结构、关键节点、社区结构等。...用户可以计算节点的度中心性、介数中心性、紧密中心性等指标，以评估节点在网络中的重要性。此外，Cytoscape还支持网络布局算法，以便在图上更好地分布节点，从而更清晰地展示网络拓扑。...模块和通路分析： Cytoscape允许用户通过插件扩展功能，以进行更高级的分析，如寻找网络中的功能模块、通路分析等。这些插件可以帮助用户识别网络中的相关节点子集，从而更好地理解生物学过程。...插件支持： Cytoscape具有丰富的插件生态系统，用户可以根据需要选择和安装插件，以扩展Cytoscape的功能。这些插件可以提供各种高级分析工具、网络布局算法、数据导入导出功能等。
用户可以计算节点的度中心性、介数中心性、紧密中心性等指标，以评估节点在网络中的重要性。此外，Cytoscape还支持网络布局算法，以便在图上更好地分布节点，从而更清晰地展示网络拓扑。...数据整合： 用户可以将其他生物信息学数据集与网络数据集整合，以便在网络上显示附加信息。例如，可以将基因表达数据、蛋白质功能注释等与网络节点关联起来，从而在网络图上展示多维度的信息。...模块和通路分析： Cytoscape允许用户通过插件扩展功能，以进行更高级的分析，如寻找网络中的功能模块、通路分析等。这些插件可以帮助用户识别网络中的相关节点子集，从而更好地理解生物学过程。...插件支持： Cytoscape具有丰富的插件生态系统，用户可以根据需要选择和安装插件，以扩展Cytoscape的功能。这些插件可以提供各种高级分析工具、网络布局算法、数据导入导出功能等。...将WGCNA的模块信息导出为CSV文件，其中包括每个节点的名称和所属的模块。 在Cytoscape中导入你的基因网络数据，创建节点和边。
原文地址 ---- 直接从第三部分开始 3 命令行参数 Cytoscape可以识别很多可选的命令行参数，包括network，节点，边和会话文件等数据文件运行规范，这些文件是可以输出的（有h或help flag...也有其他和视图相关的功能控制。 Select 选择 这个功能能提供了选择节点和边的不同选择 Layout显示形式 这个菜单可以以多种形式展示network。...5.2从未格式的table files导入网络 Cytoscape支持以.TXT和Excel工作表输入网络，路径是File-import-network-file。...在输入下面这种表格的时候这个功能就很有用了 ? image.png 这个数据文件是表格限制的text文件，包含交互的网络数据，边数据，节点数据。...如果想恢复删除的点或边，edit-undo 节点组 任何数目的节点都可以被组成一组，可以以一组形式展示也可以个体节点展示。
作者：中科院微生物所 陈亮博士 本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。...打开Cytoscape 本文以Cytoscape_v3.4.0为例，不同版本操作类似，略有不同请自行按思路进行修改进行。 1. 打开cytoscape并载入一个网络。...现在你可以根据自己需要来选择Node table中要展示的数据了。Available Columns窗口展示了所有可以用于作图的数据。...点击右下角的Apply应用按钮，被选择的数据将以bar plot的形式展示在节点上。 ? 9....修改结点颜色和形状 从图上可以看出圆形的节点并不适合展示bar plot图，因此我们可以将节点的形状改为正方形，填充颜色改为白色。
导语 GUIDE ╲ 之前我们介绍了一项整合多维组学通路分析的工作ActivePathways，能够在多个数据集中识别到显著富集的通路，包括那些在单个数据集中不明显的通路。...下面这个图就是ActivePathways工作中对乳腺癌样本分析的绘图，下面就教大家怎样进行数据分析以及绘制这种节点为饼图的网络图~ R包介绍 ActivePathways的输入文件只需要两类，一个是...#是否生成cytoscape可用的文件 ) fix(result) 输出result数据： term.id:条目的id term.name:条目的全称...（1）pathways.txt：与P值显著相关的terms列表（校正富集P值后的） （2）subgroups.txt：该矩阵表示当只考虑scores的一列时，是否发现显著的通路。...该包提供的cytoscape作图文件简直太好用了，对于网络图一些其他细节的修改，比如标签、边的粗细颜色形状、节点透明度之类的，小编这里就不赘述了，大家快去试试玩玩吧
前言 在这之前，提起数据可视化，我都是能用echarts尽量用echarts，特效很棒而且用起来简单，粘贴一个option改个data就能生成很酷炫的报表，但是真正走向数据可视化领域之后，还是会发现echarts...有些不足，而且做大数据分析的企业全都依靠使用echarts的话，那么你们的系统在表现上就已经输了。...现在来看的话，大数据分析是互联网发展必然的产物，所以掌握数据可视化工具的前端工程师在未来会是最基本的要求，然而在那个时候你还仅仅会使用某chart，那么你自身的竞争力在哪。...，与此节点有关的变高亮显示 //c.neighborhood("edge")表示：跟当前节点有关系的边 }) cy.on("mouseout", "node", function (a) {})...（邻居）添加一些样式了，除了target就是neighborhood了嘛，他俩就已经可以表示全部。
下面讲描述三种和这些基因相关的输入网络数据到cytoscape的方法： A：querying相互作用数据库 B：通过文本挖掘计数建立关系网络 C：加载自己的网络数据（从text tile） 究竟选取哪一种方式基于那种是最适合你的案例的...稍等一会，cytoscape画布就会显示蛋白质（nodes）之间的相互作用网络，并且以grid形式排列，连接方式是获取的interacitons（edges）。...否则，依然遵从box3也就是14.下面详细说下这种属性文件的建立方法 为了输入属性文件和表达数据文件到cytoscape，基因或蛋白的标识符必须和cytoscape中的nodeID（或其他cytoscape...在cytoscape画布上，你会单独一些节点成黑色了（表达值低的），大多数节点都是黑色或淡绿色有一些是白色（表达值高的） 26 点击右端的下三角，也会产生一个颜色选择窗口，选择红色。...高表达值红色，中间的白色 （ii）相对淡的颜色接近中间的那些，黑色表示range的末端 （iii）你会发现当你设置颜色的时候，画布颜色会即时改变 （iv）关闭梯度编辑窗口。 ?
MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。...cytoscape 是一个功能强大的网络可视化软件，除了基本的可视化之外，通过各种插件，还可以轻松的实现各种数据分析，插件的下载地址如下 http://apps.cytoscape.org/ 众多插件中...在下载插件时，建议先打开cytoscape软件，这样可以直接在线安装，非常方便。...聚类之后会得到多个子网subnetwork, 对于每个子网，可以看到其节点数，边数，打分值等基本信息，所有子网的信息可以通过Export按钮导出到文件中，如下所示 ?...通过MCODE插件，我们可以方便的得到复杂瓦格的PPI网络中潜在的各个子网，但是后续还是要集合功能注释，比如KEGG，蛋白复合物数据库的注释等，对结果进一步解读和筛选。
——数据检查，以及 RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 大家可以 自行下载钉钉软件申请进群看录播以及下载课程配套资料，“cytoscape网络图绘制...Cytoscape 软件基本介绍2. 数据导入： 蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入 3....顺接上节RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络的构建——STRING数据库的使用，在得到目的基因的蛋白互作关系数据后，可以将数据导入Cytoscape软件进行个性化的可视化操作，本节中介绍Cytoscape...数据导入 2.1 蛋白互作节点信息导入 上节中在STRING网站中下载的sting_interactions_short.tsv文件（或者利用STINGdb包中得到的sting_link.csv文件）包含了蛋白互作节点的各项信息...---- 3.2 Analyse Network——获取节点的degree等信息 通过Cytoscape 的Analyse Network功能，可以对网络中节点的重要程度进行分析得出degree值
作者：Elise Devaux 来源：网络大数据（ID：raincent_com） 在开源世界中，某些库为数据可视化提供了许多可能性，包括图形或网络表示。其他库仅专注于网络图表示。...16 GGraph 图形可视化库，用于根据Apache 2.0许可发布的大数据。它建立在顶级D3之上，扩展了节点的概念以及与节点组的链接。...29 Java通用网络/图形框架(JUNG) 一个Java软件库，为可表示为图形或网络的数据的建模，分析和可视化提供通用语言。...32 JS Graph it 一个用于图形表示的JavaScript库，允许您使用CSS类连接HTML元素，以声明块，连接器，标签，而无需使用Javascript代码。...您可以连接到Neo4j实例以获取实时数据，指定要显示的标签和属性，指定要填充的Cypher查询。
JOJO表示不慌，下面是一些JOJO熟悉cytoscape的思路，可供参考。...首先，找个模板操作操作，就是软件安装后的自带的示例数据： 模板探索： 1.打开cytoscape，看到sample sessions,一看箭头所指网络图可以说非常符合直男审美了，打开打开打开 ?...那么这样一个图是怎么出来的呢，要想知道它是什么，就去找生成这个图的数据，打开cytoscape文件中的sampledata可以看到以galfiltered命名的一些各种格式的文件（.sif/.nnf/....14 实例分析： 通过以上，基本熟悉了cytoscape的操作，下面用GSE42872练习，使用R进行差异分析，获得差异基因，用差异基因制作string的输入数据，这个过程我们有标准代码，而且反复讲解了...1.先看数据，大致可以看出cyto.txt 中node1 node2即为节点， combined-score为节点互作关系，deg.txt为节点属性（基因表达量）。 ? 15 2.导入数据， ?
前言 知识图谱项目是一个强视觉交互性的关系图可视化分析系统，很多模块都会涉及到对节点和关系的增删改查操作，常规的列表展示类数据通过表格展示，表单新增或编辑，而图谱类项目通常需要关系图（力导向图：又叫力学图...、力导向布局图，是绘图的一种算法，关系图一般采用这种布局方式）去展示，节点和关系的新增编辑也需要前端去做一些复杂的交互设计。...除此之外还有节点和关系的各种布局算法，大量数据展示的性能优化，节点动态展开时的局部布局渲染，画布的可扩展性，样式的自定义等等诸多技术难点。...D3.js也是比较强大的图库，但是它提供的API都是偏底层的，文档也不友好，比较难上手，实现一个简单的功能也需要大量的代码，编码效率并不是很高，各个版本之间兼容性也很差，并且使用SVG渲染画布在大量节点显示的时候有性能瓶颈...cytoscape分为两种，一种叫做cytoscape desktop，是一个桌面软件，可以把数据导入然后生成可视化的网络图进行分析；另一种叫做cytoscape.js，是一个javascript库，主要给开发人员使用
接下来，以这篇文章为例，来详细说明一下这些步骤中所使用到的数据库和软件，由于篇幅有限，在这篇文章中，小编会为大家提供网络药理学常用的数据库和软件的网址，进行一个基本步骤的介绍，在后续的推文中，小编会详细为大家讲解如何使用这些数据库和软件...药物-药物靶点-疾病靶点相互关系网络图 如何筛选网络中的核心节点呢，还要用到Cytoscape，软件可以用于计算网络中所有节点的拓扑参数，一般可以选取degree，betweenness，closeness...等参数作为核心节点的筛选条件，文中选取了10个核心节点进行后续分析。...DAVID数据库内容详情可见：DAVID&Metascape：专注于基因功能注释和富集通路分析的网站 富集分析的结果还可以用Cytoscape做这样美丽的图图 ?...好啦，今天的内容就到这里啦，在今后的推文中，小编将会详细为大家介绍常用的中药化合物数据库、靶点预测数据库、疾病靶点数据库的使用，cytoscape的使用，富集分析常用的方法等。
GitHub: https://github.com/medialab/ipysigma Netwulf netulf是可以以有趣的交互式方式查看NetworkX图对象。...https://github.com/SkBlaz/py3plex Py4cytoscape Py4cytoscape是一个Python版本的Cytoscape工具。...可以帮助快速获取数据、提出问题、修改数据并看到全局。它需要graphhistry的服务器配合,所以可以处理大量的数据，并且支持gpu计算，所以计算的速度很快。...https://github.com/WestHealth/pyvis SNAP SNAP是一种用于分析和处理大型网络的通用高性能系统。图由节点和节点之间的有向/无向/多边组成。...网络是节点和/或边缘上有数据的图。 用c++编写的SNAP库是为快速工作和清晰的网络图而设计的。它处理有很多点和线的大网络，找出它们的形状，形成新的网络，并且可以在工作时改变一些东西。
p=10 (B站还有更多cytoscape教程) 示例数据可从https://gitee.com/ct5869/bic/tree/master/data下载 Cytoscape网络图 Cytoscape...教程1 Cytoscape之操作界面介绍 新出炉的Cytoscape视频教程 Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图 Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析 Cytoscape...可视化物种分类树结构 Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
基于图论(Graph theory)的网络科学认为，任何非连续事物之间的关系都可以用网络来表示，通过将互联网内的电脑、社会关系中的个人、生物的基因等不同属性的实体抽象为节点(Node)，并用连接(Link...)来展示实体之间的关系，通过量化以节点和连接为组件的网络结构指数(Index)，从而能够在统一的框架下寻找复杂系统的共性。...一个分析细胞信息的cytoscape插件：CerebralWeb: a Cytoscape.js plug-in to visualizenetworks stratified by subcellular...有向图中，则以顶点v为弧尾的弧的条数成为顶点v的出度，以顶点v为弧头的弧的条数成为顶点v的入度，而顶点v的度=出度+入度。图中各点度数之和是边（或弧）的条数的2倍。...平均度（Average degree）：表示每个节点连接边的平均数，如果络图是无向图，平均度的计算为 2*edges/nodes。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
云直播
对象存储
腾讯会议
