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单细胞分析过程中的稀疏矩阵删减

引言在单细胞转录组分析中，偶尔会出现电脑内存有限等情况，无法直接读取所有数据，这种时候可以考虑分析部分数据。...网上的教程提供了 python 和 R 两种代码1,2，但是实际操作中发现 R 代码并未提供正确的写出功能，所以本文以 python 作为示范。...print("cell_ID_len : " + str(rna_count.shape[1])) ### 获取表达矩阵细胞数# 重新写出 DataFrame 为 10X 格式的 sparse matrix...numpy==1.24.3pandas==2.0.1scipy==1.11.4结论总而言之但是读进去了，但是也是真慢啊...引用python 和 R 写出表达矩阵为稀疏矩阵 matrix.mtx.gz...的方法-CSDN 博客「单细胞转录组系列」如何从稀疏矩阵中提取部分数据进行分析_单细胞稀疏矩阵-CSDN 博客

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【学术】一篇关于机器学习中的稀疏矩阵的介绍

教程概述本教程分为5部分;分别为: 稀疏矩阵稀疏的问题机器学习中的稀疏矩阵处理稀疏矩阵在Python中稀疏矩阵稀疏矩阵稀疏矩阵是一个几乎由零值组成的矩阵。...稀疏矩阵与大多数非零值的矩阵不同，非零值的矩阵被称为稠密矩阵。如果矩阵中的许多系数都为零，那么该矩阵就是稀疏的。...矩阵的稀疏性可以用一个得分来量化，也就是矩阵中零值的个数除以矩阵中元素的总个数。...机器学习中的稀疏矩阵稀疏矩阵在应用机器学习中经常出现。在这一节中，我们将讨论一些常见的例子，以激发你对稀疏问题的认识。...矩阵的每一行存储为一个列表，每个子列表包含列索引和值。 Coordinate List。一个元组的列表存储在每个元组中，其中包含行索引、列索引和值。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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如何从列表中获取元素

有两种方法可用于从列表中获取元素，这涉及到两个命令，分别是lindex和lassign。...lassign接收至少两个变量，第一个是列表变量，第二个是其他变量，也就是将列表中的元素分配给这些变量。例如： ? 可以看到此时lassign比lindex要快捷很多。...情形1：列表元素的个数比待分配变量个数多例如，上例中只保留待分配变量x和y，可以看到lassign会返回一个值c，这个值其实就是列表中未分发的元素。而变量x和y的值与上例保持一致。 ?...情形2：列表元素的个数比待分配变量个数少例如，这里增加一个变量t，可以看到最终t的值为空字符串。 ?...综上所述，可以看到在使用lassign时要格外小心，确保变量个数与列表长度一致，或变量个数小于列表长度，否则会出现待分配变量最终被赋值为空字符串的情形。

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【知识】DGL中graph默认的稀疏矩阵格式和coo格式不对的坑

highlight=graph#dgl.graph# 创建一个简单的有向图，边由列表指定g = dgl.graph(([0, 1, 2], [1, 2, 3])) # 用 CSR 表示法和边 ID 创建相同的图...可以发现，矩阵格式实际上是从保存的npz文件里读取的：我们可以看save_npz函数的写法，可以发现确实是保存的时候就需要提供的：回到yelp，然后使用了dgl.convert.from_scipy...将矩阵转为了图g。...documentation 对于formats这个函数：如果 formats 为 None，则返回稀疏格式的使用状态；否则，可以是'coo'/'csr'/'csc'或它们的子列表，指定要使用的稀疏格式...matrix_format确实是稀疏矩阵格式的名称：但这里有个坑，通过debug可以发现，在yelp中虽然变量名叫coo_adj，但实际是csr格式的！

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【踩坑】探究PyTorch中创建稀疏矩阵的内存占用过大的问题

转载请注明出处：小锋学长生活大爆炸[xfxuezhagn.cn] 如果本文帮助到了你，欢迎[点赞、收藏、关注]哦~ 目录问题复现原因分析解决方案碎碎念问题复现创建一个COO格式的稀疏矩阵...其中，active_bytes.all.current 表示当前正在使用的所有活跃内存总量。在输出中，这个值为 8598454272 字节，约等于 8192 MB。...reserved_bytes.all.current 表示当前已保留的所有内存总量。在输出中，这个值为 14250147840 字节，约等于 13595 MB。...总的来说，保留的所有内存总量是由系统根据实时的内存使用情况和策略进行动态调整和触发的。它的目的是优化内存的分配和释放，以提高系统的性能和稳定性。...比如以下这个连续创建矩阵的，那么在创建第二个矩阵的时候，就不会再去申请新的内存，而是会放在保留内存里。

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R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

csv打开会报错，该知识点用于防止部分代码中错误应用csv套用tsv等#文件读写部分(文件位于R_02的Rproject中)#1.读取ex1.txt txt用read.table读，变量名不需要有""，...#ex2 的.变成了-，R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l 加载需要row.name# 5.保存为Rdata，再加载它save(cs,file = "cs.Rdata")# 6.加载y.Rdata(已保存在工作目录),求gene1列的平均值load(file

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JavaScript 中的稀疏数组世界

在这篇文章中，我将谈论：✅ 什么决定了数组的长度✅ 稀疏数组和稠密数组的区别✅ 如何处理稀疏数组神秘数组长度的案例还记得第一次你以为自己掌握了数组吗？我也是。我以为数组的长度是由定义的元素数量决定的。...在 JavaScript 中，arr.length = 最高索引 + 1（加 1 是因为我们从 0 开始索引）。确实，这不是你每天都会遇到的数组。这就是我们所谓的稀疏数组。...稀疏数组遇上 map( ) 函数一个惊喜那么，当你在我们的稀疏数组上运行 map() 函数时会发生什么呢？...我也是这么认为的。但事实证明，map() 函数会忽略空白位置！将稀疏数组想象成一个分成两个部分的停车场：免费停车和付费停车。免费停车位就像我们数组中的空槽位一样。...在真实应用程序中，稀疏数组是否存在？我现在还没有答案，并承诺在有答案时更新文章。但是，即使答案是明确的“不”，这也无关紧要。这并不会减少 JavaScript 数组这些古怪方面的探索的吸引力。

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Python - 从字典列表中删除字典

字典是python的一个非常常用的功能，用于根据用户需要在其中存储数据。另一个典型的过程涉及编辑或操作此数据。要成为一名高效且快速的程序员，您必须弄清楚如何从字典列表中删除字典。...有许多技术可以从词典列表中删除字典，本文将介绍这些技术。...从字典列表中删除字典的不同方法循环方式我们将指定要从字典列表中删除的字典，然后我们将使用 if（）创建一个条件来提供一个参数以从字典列表中删除字典。...在这种方法中，我们不会创建任何新列表，而是直接在原始字典列表中进行更改。...本文详细介绍了从数据源中包含的词典列表中删除词典的所有可能方法。使用此类方法时，您必须注意，因为可能会出现可能导致数据丢失的数据错误。因此，在对数据进行任何更改之前，必须备份数据。

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如何从Python函数中返回列表

在 Python 中，可以轻松地从函数中返回一个列表。可以将列表直接作为返回值，通过 return 语句将其返回。...2、解决方案问题的原因在于startNewGame函数没有正确地返回列表变量。...在该函数中，在创建列表变量MFCreatePH后，并没有使用return语句将其返回，而是直接打印了“Your PotatoHead varibles have been successfully created...) print() time.sleep(1) print("inputPHFirstToy") print() return MFCreatePH这样，就可以成功地将列表变量从...注意事项函数可以返回任意类型的数据，包括列表、字典、集合等。返回列表后可以在调用位置直接使用，例如 result[0] 访问第一个元素。

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矩阵中的路径

题目描述请设计一个函数，用来判断在一个矩阵中是否存在一条包含某字符串所有字符的路径。路径可以从矩阵中的任意一个格子开始，每一步可以在矩阵中向左，向右，向上，向下移动一个格子。...如果一条路径经过了矩阵中的某一个格子，则之后不能再次进入这个格子。...例如 a b c e s f c s a d e e 这样的3 X 4 矩阵中包含一条字符串”bcced”的路径，但是矩阵中不包含”abcb”路径，因为字符串的第一个字符b占据了矩阵中的第一行第二个格子之后...将matrix字符串映射为一个字符矩阵（index = i * cols + j） 2....遍历matrix的每个坐标，与str的首个字符对比，如果相同，用flag做标记，matrix的坐标分别上、下、左、右、移动（判断是否出界或者之前已经走过[flag的坐标为1]），再和str的下一个坐标相比

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从 R 中调用 Wolfram 语言

Wolfram 语言是一种通用的多范式编程语言，用于符号计算、函数式编程和基于规则的编程。在这些语言之间进行交流总是有用的。R 语言计算结果可以从 Wolfram 语言中调用。...该项目的目标是在 R 会话中获得 Wolfram 语言计算结果，以使双向通信成为可能。 Wolfram 语言代码使用 ZeroMQ 套接字从 R 发送到 Wolfram 语言。...然后 Wolfram 语言计算结果使用相同的套接字通信发送到 R。然后在 R 中使用结果。...目前，我们只能在 Wolfram 语言（WL）和 R 之间转换少数数据类型，但本文会有一些扩展思想的讨论。该项目使 R 程序员能够直接评估 WL 代码并在他们的 R 会话中获得输出。...目前，无法将复数、图像和绘图从 WL 转换为 R。我想在将来添加这些数据类型支持。目前我们需要在 R 会话中运行客户端脚本，但我们希望将其制作为 R-Package 以便可以轻松导入。

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矩阵中的路径

题目描述请设计一个函数，用来判断在一个矩阵中是否存在一条包含某字符串所有字符的路径。路径可以从矩阵中的任意一个格子开始，每一步可以在矩阵中向左，向右，向上，向下移动一个格子。...如果一条路径经过了矩阵中的某一个格子，则该路径不能再进入该格子。...例如 a b c e s f c s a d e e 矩阵中包含一条字符串"bcced"的路径，但是矩阵中不包含"abcb"路径，因为字符串的第一个字符b占据了矩阵中的第一行第二个格子之后，路径不能再次进入该格子...思路回溯法: 对于此题,我们需要设置一个判断是否走过的标志数组,长度和矩阵大小相等我们对于每个结点都进行一次judge判断,且每次判断失败我们应该使标志位恢复原状即回溯 judge里的一些返回false...的判断: 如果要判断的(i,j)不在矩阵里如果当前位置的字符和字符串中对应位置字符不同如果当前(i,j)位置已经走过了否则先设置当前位置走过了,然后判断其向上下左右位置走的时候有没有满足要求的.

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MATLAB中的矩阵分解技术：从基础到应用

LU分解的应用场景非常广泛 - 从解线性方程组到计算行列式、矩阵求逆等，都能用上它。这真是工程计算中的瑞士军刀啊！2....QR分解：最小二乘法的基石QR分解是另一种常用的矩阵分解方法，它将矩阵A分解为一个正交矩阵Q和一个上三角矩阵R的乘积。...在MATLAB中，QR分解也是一行代码的事：matlabA = [1 2; 3 4; 5 6];[Q, R] = qr(A);disp('正交矩阵Q:');disp(Q);disp('上三角矩阵R:')...以下是一些提高MATLAB中矩阵分解计算效率的技巧：利用矩阵的特殊结构：如果你的矩阵是对称的、稀疏的或者有其他特殊结构，使用专门的函数可以大大提高效率。...```matlab% 对于稀疏矩阵A_sparse = sparse(A);[L, U, P] = lu(A_sparse);% 对于对称正定矩阵R = chol(A); % 比lu快得多```避免显式形成某些矩阵

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python中矩阵的转置_Python中的矩阵转置

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 Python中的矩阵转置 via 需求: 你需要转置一个二维数组,将行列互换....讨论: 你需要确保该数组的行列数都是相同的.比如: arr = [[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9], [10, 11, 12]] 列表递推式提供了一个简便的矩阵转置的方法:...在列表递推式版本中,内层递推式表示选则什么(行),外层递推式表示选择者(列).这个过程完成后就实现了转置....在zip版本中,我们使用*arr语法将一维数组传递给zip做为参数,接着,zip返回一个元组做为结果.然后我们对每一个元组使用list方法,产生了列表的列表(即矩阵).因为我们没有直接将zip的结果表示为...list, 所以我们可以我们可以使用itertools.izip来稍微的提高效率(因为izip并没有将数据在内存中组织为列表). import itertools print map(list, itertools.izip

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从稀疏的表观基因组数据中快速分类脑肿瘤

Basic Information 英文标题：Rapid brain tumor classification from sparse epigenomic data 中文标题：从稀疏的表观基因组数据中快速分类脑肿瘤...在给定样本中进行肿瘤类别预测时，单个分子的稀疏二进制甲基化值——例如通过纳米孔测序获得——作为预训练伯努利朴素贝叶斯模型的输入。输出包含模型中所有肿瘤类别的后验概率排名列表。...Para_06 在这里，我们提出了 MethyLYZR，这是一个概率框架，能够直接从稀疏的 DNA 甲基化谱中对恶性转化组织进行分类，而无需专门训练。...基于上述合成数据的结果，我们预计我们的协议能够从稀疏的CpG甲基化数据中实现稳健且可靠的活体肿瘤诊断。...然而，术中获得的数据的稀疏性和随机性可能会降低高度表达的人工智能系统的有效性。

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如何从 Python 中的字符串列表中删除特殊字符？

Python 提供了多种方法来删除字符串列表中的特殊字符。本文将详细介绍在 Python 中删除字符串列表中特殊字符的几种常用方法，并提供示例代码帮助你理解和应用这些方法。...示例中列举了一些常见的特殊字符，你可以根据自己的需要进行调整。这种方法适用于删除字符串列表中的特殊字符，但不修改原始字符串列表。如果需要修改原始列表，可以将返回的新列表赋值给原始列表变量。...示例代码下面是使用正则表达式删除字符串列表中特殊字符的示例代码：import redef remove_special_characters(strings): pattern = r"[^a-zA-Z0...如果需要修改原始列表，可以将返回的新列表赋值给原始列表变量。结论本文详细介绍了在 Python 中删除字符串列表中特殊字符的几种常用方法。...希望本文对你理解如何从 Python 中的字符串列表中删除特殊字符有所帮助，并能够在实际编程中得到应用。

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从列表中或数组中随机抽取固定数量的元素组成新的数组或列表

从列表中或数组中随机抽取固定数量的元素组成新的数组或列表 1:python版本:python里面一行代码就能随机选择3个样本 >>> import random >>> mylist=list(range...(1,10)) >>> mylist [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9] >>> newlist = random.sample(mylist, 3) #从mylist中随机获取3...个元素 >>> newlist [4, 7, 2] >>> newlist = random.sample(mylist, 3) #从mylist中随机获取3个元素 >>> newlist [4, 3..., 1] >>> newlist = random.sample(mylist, 3) #从mylist中随机获取3个元素 >>> newlist [5, 9, 3] >>> 2：jQuery版本...那么jQuery中怎么随机选出固定数组数组[1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]中的三个元素，并构造成新数组的？

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python中的列表

例如，你创建一个游戏，要求玩家射杀从天而降的外星人；为此，可在开始时将一些外星人存储在列表中，然后每当有外星人被射杀时，都将其从列表中删除，而每次有新的外星人出现在屏幕上时，都将其添加到列表中。...例如，玩家将空中的一个外星人射杀后，你很可能要将其从存货的外星人列表中杉树；当用户在你创建的WEb应用中注销其账户时，你需要将该用户从活跃用户列表中删除。你可以根据位置或值来删除列表洪的元素。...2.使用方法pop删除元素有时候，你要将元素从列表中删除，并接着使用它的值。...例如，你可能需要获取刚被射杀的外星人的x和y坐标，以以便在相应的位置显示爆炸效果；在Web应用程序中，你可能要将用户从活跃成员列表中删除，并将其加入到非活跃成员列表中。...最后，值'ducati'已经从列表中删除，但它还存储在变量too_expensive中，让我们能够打印一条消息，指出将'dacati'从列表motorcycles中删除的原因:： ['honda', '

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Python中的列表

# 列表列表是一种用于保存一系列有序项目的集合，也就是说，你可以利用列表保存一串项目的序列。...想象起来也不难，你可以想象你有一张购物清单，上面列出了需要购买的商品，除开在购物清单上你可能为每件物品都单独列一行，在 Python 中你需要在它们之间多加上一个逗号。...# 代码 # 列表 # This is my shopping list ''' 在这里要注意在调用 print 函数时我们使用 end 参数，这样就能通过一个空格来结束输出工作，而不是通常的换行

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