对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。...一 载入数据集和R包 library(ggplot2) pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE) head(pathway...)))+ scale_color_gradient(low="green",high = "red") ?...三 汇总展示 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+ geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+ scale_color_gradient...四 参考资料 ggplot2：数据分析与图形艺术 好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
上次小编教大家用R语言绘制气泡矩阵图后，好多朋友都在后台留言问小编怎么给气泡矩阵图上色，今天小编就教大家怎么给气泡矩阵图上个色 ！ 不管我们做什么组学分析，分析到最后总是躲不过富集分析。...富集分析我们可以使用R包" clusterProfiler "进行（具体教程见使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析）。...准备好输入文件后，输入以下代码 ： ## 导入R包 library("ggplot2") ## 导入数据 data <- read.table("input.txt",header = T,sep="...= Description, size = Count, color=qvalue)) + geom_point() +xlab("Enrichment Factor") ## 修改气泡颜色 p + scale_color_gradient...这样我们就完成气泡图的上色过程啦！ 如果想要更改其他颜色，可以在scale_color_gradient 函数中修改。 参考资料： ggplot2|详解八大基本绘图要素
有读者在公众号后台留言问下图应该如何实现 image.png image.png 实现这个图的办法很多，今天的推文介绍使用R语言ggplot2包实现这个图的方法。...library(ggplot2) ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+ geom_point(aes(size=value,color=value))+...scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc", breaks=seq(-1,1,0.2))+...> df2 head(df2) ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+ geom_point(aes(size=value,color=value))+ scale_color_gradient...小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...("ggplot2::autoplot", "discrete_distr") } } 参考资料 [1]roxygen2: https://cran.r-project.org/package=roxygen2...]testthat: https://testthat.r-lib.org/ [7]vctrs: https://vctrs.r-lib.org/
今天继续昨天推文的内容跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画气泡图（dotplot）展示基因表达量，今天的内容介绍如何在气泡图和左侧和上方添加聚类树图，今天的内容主要参考 aplot...既然已经拿到了数据，就用ggplot2自己来画吧 读入数据做气泡图， data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T,check.names=F) head...theme(panel.grid = element_blank(), axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+ scale_color_gradient...theme(panel.grid = element_blank(), axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+ scale_color_gradient...R语言ggtree按照指定的节点旋转树 如果需要示例数据可以直接文末留言！
全世界所有的语言都有表达爱意的方式，R语言当然也有！ 特殊的日子，需要一个特殊的数据集！ggwordcloud内置数据集包含全世界147种爱你的语言，用R送给TA一份远程的爱。...一 道具 氛围 准备好R的环境，和“爱”的数据集 #install.packages("ggwordcloud") library(ggwordcloud) data("love_words") head...ggwordcloud", mustWork = TRUE )), rm_outside = TRUE ) + scale_size_area(max_size = 40) + scale_color_gradient...四 ”密码“VS”对话“ 既然是ggplot2的扩展包，那么就可以做很多事情。...ggwordcloud", mustWork = TRUE )), rm_outside = TRUE ) + scale_size_area(max_size = 40) + scale_color_gradient
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#install biocLite("edgeR") library(edgeR) library(org.Mm.eg.db...) library(clusterProfiler) library(xlsx) Mut_Wt为stringtie输入文件转化成的counts文件或者其他方式得到的要分析的data.frame,行为基因名...clusterprofiler做goterm,用循环方便一些 library(xlsx) library(ggplot2) #go term of Mut vs WT gotermlist<-list(...480) print(clusterProfiler::dotplot(goBP,showCategory=15,title=paste0(names(gotermlist)[i],"_BP"))+scale_color_gradient...480) print(clusterProfiler::dotplot(goCC,showCategory=15,title=paste0(names(gotermlist)[i],"_CC"))+scale_color_gradient
配色来源于论文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2 里面图的颜色看起来非常舒服，摘下来作为自己数据可视化作图的备选项 第一个图 image.png...八个配色 library(ggplot2) cols<-c("#88c4e8","#db6968","#982b2b","#0074b3", "#e5ce81","#f47720",
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...) source("ggstar02/geom_star.R") source("ggstar02/primitive.R") source("ggstar02/utilities.R") library...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
背景 ggplot2 包提供了一个基于全面而连贯的语法的绘图系统。它弥补了 R 中创建图形缺乏一致性的缺点，使得用户可以创建有创新性的、新颖的图形类型。...ggplot2 是 R 语言绘图一个重要特性和优势。通过 ggplot2，只需少量的代码，就可以绘制出高质量的图形，满足出版需要。ggplot2 语法简介，逻辑清晰，功能强大，可以快速上手。...在 R 语言中自成一派，目前也有越来越多的绘图包基于 ggplot2 进行二次开发，一般都是以“gg”开头，例如 ggpubr，ggtree，ggvis，ggtree，ggstatsplot 等。...传统的 R 绘图称为“画家模式”，首先布局一块画布，然后在画布上添加点线面，而 ggplot2采用图层的方式，类似于“Photoshop”模式，通过累加不同的图层元素来绘图。...，ggplot2 默认的主题是其简单设置就可以生成高质量的图片，无需进行更多修改。
需要安装包的同学请查阅往期作品 PS或者AE中我们在使用渐变工具时，会发现渐变的过渡不均匀，出现明显的波纹，也就是色带(色阶)，怎么能很好地优化这个问题呢?...关于色带，很多人都误以为是显卡问题或者显示问题，在其他设备上看就会消失，其实这是错的，色带是在渐变时由于颜色间色值差异过小而产生的一种条纹，通常颜色越接近，色相越统一，其产生的色带就越明显，如下是一组灰色渐变...，大家可以明显的观测到，颜色相近的渐变产生了较大的色带，而反之则变得很小且数量更多。 ...一、渐变工具 首先以Photoshop为例，我们在PS中使用 渐变工具 画一个渐变出来，我们会发现明显的过渡不均匀。 ...二、硬件问题 有人说此问题出现时由于显示器显示的色彩数不够导致的，所以换专业的显示器问题就会解决，其实不然，笔者用Retina 5K屏iMac测试仔细观察，依然会发现色带，只是比一般显示器效果好一些
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
云雨图的样子如下 ?...是一半的小提琴图加散点图的组合，看起来有些像云朵加雨滴的形式，所以得名云雨图，主要的作用还是用来展示数据的分布情况 之前看到过相关推文进行介绍，大部分的推文介绍的实现办法都是使用gghalves包，这个包中的函数可以将...ggplot2的常规图形只画其中的一般，比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see，这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数，画云雨图非常方便，下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 library(ggplot2...see这个包里还提供了许多新的配色方案，通过help(package="see")命令查看帮助文档，以scale开头的函数有很多 ?
随着科技的发展，我们生活中生产的数据日益增加，数据可视化变得至关重要！通过大数据的可视化，使我们更能读懂其中的奥秘！ 目前r和Python是数据分析领域最常见的两个编程语言，尤其适合于统计可视化。...它们两个编程语言的可视化体系也非常复杂，目前主流的是R的ggplot2和Python的matplotlib、seaborn，我们来分开介绍一下： ggplot2绘图体系的核心思想是将数据映射到图形属性上...ggplot2提供了多种标度函数，如scale_x_continuous、scale_color_gradient等。 坐标系（Coordinate）：坐标系定义了图形的坐标轴和网格线的样式。...那我们接下来体验一下使用R的ggplot2和Python的matplotlib绘制一张饼图吧！...R的ggplot2绘图 1.模拟数据 library(ggplot2) #模拟数据 labels=c('Normal', 'FL', 'FH', 'CS', 'DL', 'DH', 'T1', 'T2'
今天我们继续来学习绘制其中另一幅的功能富集结果展示图，是一种很新的展示方法哦，且颜值高： 含义：三组 KRAS signatures 基因做 Reactome 数据库的功能富集，并挑选 top10进行展示...KRAS signatures 基因 这个数据在文章的附件：science.adk0775_data_s4.xlsx 中 开始绘图 这里依然是使用 ggplot2 进行绘制，ggplot2拥有强大的绘图系统...dat$Description) dat$xlab <- 1 head(dat) colnames(dat) # 字体大小 max(-log10(dat$p.adjust))*1.01 3、使用 ggplot2...geom_text(size=-log10(dat$p.adjust)*0.3, aes( label = Description), hjust = 0.5) + # hjust = 0.5,居中对齐 scale_color_gradient...geom_text(size=-log10(dat$p.adjust)*3, aes( label = Description), hjust = 0.5) + # hjust = 0.5,居中对齐 scale_color_gradient
（热图标记感兴趣的基因,基础知识）ggplot2给并排条形图自定义添加P值这一篇我们继续来分享一点空间的个性化绘图内容，当然我知道了大家做了空间转录组拿到了公司的分析结果，但是都是标准化的结果，连图片什么的都是标准化的做法...，大家要注意一点，凡是好一点的文章图片都是精修的，而且没有两篇文章的图片格式是一样的。...，而且展示效果来讲不错，我们来实现一下：suppressMessages({library(Seurat)library(dplyr)library(ggplot2)})cortex_sp = readRDS...)+geom_point(aes(size=1,color=IIx,alpha = IIx,stroke = 1.2), shape=21)+guides(alpha = F,size = F) + scale_color_gradient...(low = 'white',high = 'blue') + new_scale('color') + geom_point(aes(size=1,color=IIb,alpha = IIb)) +scale_color_gradient
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。...但在真实的数据了这个阈值设置为多少就得根据自己的数据情况来了。...library(tidyverse) dat %>% filter(Corrected.P.Value dat01 dim(dat01) dim(dat) 最基本的图 library...(ggplot2) dat01$GeneRatio<-dat01$Input.number/200 ggplot(dat01,aes(x=GeneRatio,y=Term))+ geom_point
R包的github主页 https://github.com/ewenme/ghibli R包的名字是ghibli,查了下这个单词是吉普力工作室的意思，吉普力工作室和宫崎骏之间的关系我不是铁杆粉，我也搞不明白...%9B%E5%B7%A5%E4%BD%9C%E5%AE%A4/7389798 接下来是介绍代码 首先需要安装这个R包 install.packages("ghibli") 查看包的帮助文档 help...(ggplot2) ggplot(data=df1,aes(x=x,y=y,fill=x))+ geom_col(show.legend = F)+ scale_fill_ghibli_d("TotoroMedium...df2<-data.frame(x=letters[1:7], y=1:7) library(ggplot2) ggplot(data=df2,aes(x=x,y=y...PonyoMedium", direction = -1) -> p4 library(patchwork) p3+p4 image.png 应该仔细研究下这个R包的代码
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...这些如果是用ggplot2来做，都可以用代码实现，省去了手动拼图的过程。...，我这里的示例数据是每条染色体的长度多加了10M chr.lenR_4_1_0_working_directory/env001/data/20230912/at_gwas.xlsx
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