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R语言绘图 | 给气泡矩阵图上个色

上次小编教大家用R语言绘制气泡矩阵图后,好多朋友都在后台留言问小编怎么给气泡矩阵图上色,今天小编就教大家怎么给气泡矩阵图上个色 ! 不管我们做什么组学分析,分析到最后总是躲不过富集分析。...富集分析我们可以使用R包" clusterProfiler "进行(具体教程见使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析)。...准备好输入文件后,输入以下代码 : ## 导入R包 library("ggplot2") ## 导入数据 data <- read.table("input.txt",header = T,sep="...= Description, size = Count, color=qvalue)) + geom_point() +xlab("Enrichment Factor") ## 修改气泡颜色 p + scale_color_gradient...这样我们就完成气泡图的上色过程啦! 如果想要更改其他颜色,可以在scale_color_gradient 函数中修改。 参考资料: ggplot2|详解八大基本绘图要素

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    答读者问:R语言ggplot2画气泡图展示相关性分析的结果~文末留言送书

    有读者在公众号后台留言问下图应该如何实现 image.png image.png 实现这个图的办法很多,今天的推文介绍使用R语言ggplot2包实现这个图的方法。...library(ggplot2) ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+ geom_point(aes(size=value,color=value))+...scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc", breaks=seq(-1,1,0.2))+...> df2 head(df2) ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+ geom_point(aes(size=value,color=value))+ scale_color_gradient...小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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    跟着Nature Methods学画图:R语言ggplot2+ggtree+aplot画气泡图组合聚类树图

    今天继续昨天推文的内容跟着Nature Methods学画图:R语言ggplot2画气泡图(dotplot)展示基因表达量,今天的内容介绍如何在气泡图和左侧和上方添加聚类树图,今天的内容主要参考 aplot...既然已经拿到了数据,就用ggplot2自己来画吧 读入数据做气泡图, data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T,check.names=F) head...theme(panel.grid = element_blank(), axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+ scale_color_gradient...theme(panel.grid = element_blank(), axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+ scale_color_gradient...R语言ggtree按照指定的节点旋转树 如果需要示例数据可以直接文末留言!

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    ggplot2绘图

    背景 ggplot2 包提供了一个基于全面而连贯的语法的绘图系统。它弥补了 R 中创建图形缺乏一致性的缺点,使得用户可以创建有创新性的、新颖的图形类型。...ggplot2 是 R 语言绘图一个重要特性和优势。通过 ggplot2,只需少量的代码,就可以绘制出高质量的图形,满足出版需要。ggplot2 语法简介,逻辑清晰,功能强大,可以快速上手。...在 R 语言中自成一派,目前也有越来越多的绘图包基于 ggplot2 进行二次开发,一般都是以“gg”开头,例如 ggpubr,ggtree,ggvis,ggtree,ggstatsplot 等。...传统的 R 绘图称为“画家模式”,首先布局一块画布,然后在画布上添加点线面,而 ggplot2采用图层的方式,类似于“Photoshop”模式,通过累加不同的图层元素来绘图。...,ggplot2 默认的主题是其简单设置就可以生成高质量的图片,无需进行更多修改。

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    PSAE渐变工具色带波纹色彩过渡不均匀怎么办

    需要安装包的同学请查阅往期作品 PS或者AE中我们在使用渐变工具时,会发现渐变的过渡不均匀,出现明显的波纹,也就是色带(色阶),怎么能很好地优化这个问题呢?...关于色带,很多人都误以为是显卡问题或者显示问题,在其他设备上看就会消失,其实这是错的,色带是在渐变时由于颜色间色值差异过小而产生的一种条纹,通常颜色越接近,色相越统一,其产生的色带就越明显,如下是一组灰色渐变...,大家可以明显的观测到,颜色相近的渐变产生了较大的色带,而反之则变得很小且数量更多。   ...一、渐变工具   首先以Photoshop为例,我们在PS中使用 渐变工具 画一个渐变出来,我们会发现明显的过渡不均匀。   ...二、硬件问题   有人说此问题出现时由于显示器显示的色彩数不够导致的,所以换专业的显示器问题就会解决,其实不然,笔者用Retina 5K屏iMac测试仔细观察,依然会发现色带,只是比一般显示器效果好一些

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    R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

    遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候,我想给进化树的枝分组映射颜色,对应的推文是跟着Nature Genetics学画图:R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的,如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!

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    R语言ggplot2做云雨图的简单小例子

    云雨图的样子如下 ?...是一半的小提琴图加散点图的组合,看起来有些像云朵加雨滴的形式,所以得名云雨图,主要的作用还是用来展示数据的分布情况 之前看到过相关推文进行介绍,大部分的推文介绍的实现办法都是使用gghalves包,这个包中的函数可以将...ggplot2的常规图形只画其中的一般,比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see,这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数,画云雨图非常方便,下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 library(ggplot2...see这个包里还提供了许多新的配色方案,通过help(package="see")命令查看帮助文档,以scale开头的函数有很多 ?

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    空间转录组细胞类型和配受体的空间定位图

    (热图标记感兴趣的基因,基础知识)ggplot2给并排条形图自定义添加P值这一篇我们继续来分享一点空间的个性化绘图内容,当然我知道了大家做了空间转录组拿到了公司的分析结果,但是都是标准化的结果,连图片什么的都是标准化的做法...,大家要注意一点,凡是好一点的文章图片都是精修的,而且没有两篇文章的图片格式是一样的。...,而且展示效果来讲不错,我们来实现一下:suppressMessages({library(Seurat)library(dplyr)library(ggplot2)})cortex_sp = readRDS...)+geom_point(aes(size=1,color=IIx,alpha = IIx,stroke = 1.2), shape=21)+guides(alpha = F,size = F) + scale_color_gradient...(low = 'white',high = 'blue') + new_scale('color') + geom_point(aes(size=1,color=IIb,alpha = IIb)) +scale_color_gradient

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    体验R和python的不同绘制风格

    随着科技的发展,我们生活中生产的数据日益增加,数据可视化变得至关重要!通过大数据的可视化,使我们更能读懂其中的奥秘! 目前r和Python是数据分析领域最常见的两个编程语言,尤其适合于统计可视化。...它们两个编程语言的可视化体系也非常复杂,目前主流的是R的ggplot2和Python的matplotlib、seaborn,我们来分开介绍一下: ggplot2绘图体系的核心思想是将数据映射到图形属性上...ggplot2提供了多种标度函数,如scale_x_continuous、scale_color_gradient等。 坐标系(Coordinate):坐标系定义了图形的坐标轴和网格线的样式。...那我们接下来体验一下使用R的ggplot2和Python的matplotlib绘制一张饼图吧!...R的ggplot2绘图 1.模拟数据 library(ggplot2) #模拟数据 labels=c('Normal', 'FL', 'FH', 'CS', 'DL', 'DH', 'T1', 'T2'

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    R语言ggplot2画带有弧度的线段简单小例子

    image.png 在一个交流讨论群里看到有人讨论这个图,很早之前就看到过这个图,当时记得有一个现成的R包可以做。如果让自己使用ggplot2来实现当时还真没有思路。...现在有一些思路,这个就是点 和 线段 的组合,把握好坐标位置就好了 但是这个图里的线段是带有弧度的,之前画图的线段都是直线,所以就查了一下ggplot2画带有弧度的线段的办法,找到了参考资料 Line...segments and curves — geom_segment • ggplot2 (tidyverse.org) 没有弧度的线段使用的是geom_segment()函数 有弧度可以使用geom_curve...()函数 下面是一个小例子 library(ggplot2) b <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point() df 的内容暂时先到这里了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学

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    R语言ggplot2气泡图叠加图片的简单小例子

    image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法,这个是气泡图,用ggplot2很方便能够实现,但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片,当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的,但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间,正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...首先第一步是安装ggimg install.packages("ggimg") 接下来我们运行一个简单的小例子 我将三张图片放到了当前目录下的 ggimg_example 文件夹下 代码 library...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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