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问如何在R中绘制X轴上的多个列？
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Stack Overflow用户

提问于 2015-11-24 14:12:03

回答 1查看 1.6K关注 0票数 0

我从一组在某种生物物质中最常发现的100个基因开始，这个列表被称为"top100“。使用MERGE，我设法从每个样本的数据集中获得了这100个蛋白质中的每一个的计数。我想绘制每个样本中每个单独蛋白质的计数图。

所以基本上我想要一个图，它显示了，例如，蛋白质: PKM和每个样本(在这个例子中是N=2)的计数，然后我想对单个图中的所有100个蛋白质重复这个过程。

            row.names   Gene.Symbol     Normalised.count.(B)        Normalised.count.(A)
    1           1           A2M             46.073855                   280.736354
    2           5           ACTN4           0.000000                    10.436296
    3           8           ALDOA           39.354751                   61.574145
    4           9           ANXA1           1.919744                    1.043630
    5           13          ANXA5           8.638848                    0.000000
    6           17          BSG             5.759232                    1.043630
    7           22          CD81            1.919744                    2.087259
    8           23          CD9             2.879616                    4.174518
    9           25          CFL1            5.759232                    10.436296
    10          26          CLIC1           1.919744                    10.436296

这是总列表的1/10，所以对于每个基因符号，我希望将两个归一化计数值绘制在

X1 =基因符号y= normalised.count。(A)

X2=基因符号y= normalised.count.(B)

这就是我到目前为止要排序到最终列表的内容。

 library("openxlsx") 
 library("dplyr")
 library("ggplot2")
 library('reshape2')
 library('gdata')

 protein_report <- read.xlsx(file.choose(), sheet=1)
 top100 <- read.xlsx(file.choose(), sheet=1)

 norm <- matchcols(protein_report,with = "Norm")
 top <- na.omit(merge(top100, protein_report[c("Gene.names",norm)], by.x="Gene.Symbol",by.y="Gene.names", all.x = T, all.y = F))

如何绘制这些值？

multiple-columns

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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2015-11-24 14:28:21

您可以使用tidyr和聚集函数首先将数据整形为长格式，然后使用ggplot对其进行绘图

library(tidyr)
library(ggplot2)

plotData <- protein_report %>% gather(type,Normalised.count,
                                      Normalised.count.A,Normalised.count.B)

ggplot(plotData,aes(x=Gene.Symbol,y=Normalised.count,color=type) + 
       geom_line()    ## For a line plot

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/33895850

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