您好,我想问一个小问题,就是rMATS的输入文件是bam或者fq文件,有一个参数是readLength,是不是就是要求我的read不能是trim之后的,必须是长度一致的raw data? 奇怪的是我给的是质控后fq文件(36-150bp),readLength我给的是150.软件没有报错,但是输出结果中,所有的SkipFormLen 都是149. 而在JC文件和JCEC文件中,同一个事件的IncFormLen也不一样~ 这是为什么呢? 非常感谢您能回答的问题,期待您的回复
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